t/Tools/Primer3.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4
   5 use strict;
   6
   7 BEGIN {
   8     use lib '.';
   9     use Bio::Root::Test;
  10
  11     test_begin(-tests => 14);
  12
  13     use_ok('Bio::Tools::Primer3');
  14 }
  15
  16 my ($p3, $num, $primer);
  17
  18 ok $p3 = Bio::Tools::Primer3->new(-file => test_input_file('primer3_output.txt'));
  19 ok $num = $p3->number_of_results;
  20 is $num, 5 or diag "Got $num";
  21 ok $num = $p3->all_results;
  22 is defined $num, 1 or diag "Can't get all results";
  23 ok $num = $p3->primer_results(1);
  24 is defined $num, 1 or diag "Can't get results for 1";
  25 ok $primer = $p3->next_primer;
  26 isa_ok $primer, "Bio::Seq::PrimedSeq" or diag
  27   "reference for primer stream is not right";
  28
  29 # get the left primer
  30 my $left_primer = $primer->get_primer('left');
  31
  32 # get the sequence for that primer. This is a test to verify behavior
  33 # on the bioperl list in or about 050315
  34 my $seqobj = $left_primer->seq();
  35
  36 my $seq = $seqobj->seq();
  37
  38 my $other_left_primer = $primer->get_primer();
  39
  40 # a different way to access the primers in the stream
  41 my $alt = $p3->primer_results(0,'PRIMER_LEFT_INPUT');
  42
  43 # next one
  44 ok $primer = $p3->next_primer;
  45 # get the left primer
  46 my $left_primer_seq = $primer->get_primer('left')->seq;
  47 is $left_primer_seq->seq, "GAGGGTAACACGCTGGTCAT";
  48
  49 # bug 2862
  50 ok $p3 = Bio::Tools::Primer3->new(-file => test_input_file('bug2862.pmr'));
  51 $num = 0;
  52 while ($p3->next_primer) { $num++ };
  53 is $p3->number_of_results, $num, 'bug 2862';