t/SearchIO/SimilarityPair.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use lib '.';
   8     use Bio::Root::Test;
   9
  10     test_begin(-tests => 12);
  11
  12         use_ok('Bio::SearchIO');
  13         use_ok('Bio::SeqIO');
  14 }
  15
  16 # test SimilarityPair
  17
  18 ok my $seq = (Bio::SeqIO->new('-format' => 'fasta',
  19                           '-file' => test_input_file('AAC12660.fa')))->next_seq();
  20 isa_ok $seq, 'Bio::SeqI';
  21 ok my $blast = Bio::SearchIO->new('-file'=>test_input_file('blast.report'), '-format' => 'blast');
  22 isa_ok $blast, 'Bio::SearchIO';
  23 my $r = $blast->next_result;
  24 ok my $hit = $r->next_hit;
  25 isa_ok $hit, 'Bio::Search::Hit::HitI';
  26 ok my $sim_pair = $hit->next_hsp;
  27 isa_ok $sim_pair, 'Bio::SeqFeatureI';
  28 ok $seq->add_SeqFeature($sim_pair);
  29 is $seq->all_SeqFeatures(), 1;