t/SearchIO/axt.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2
   3 use strict;
   4
   5 BEGIN {
   6     use lib '.';
   7     use Bio::Root::Test;
   8
   9     test_begin(-tests => 19);
  10
  11     use_ok('Bio::SearchIO');
  12 }
  13
  14 my $axtparser = Bio::SearchIO->new(-format => 'axt',
  15                                   -file   => test_input_file('test_data.axt'));
  16
  17 my $result = $axtparser->next_result;
  18 is($result->query_name, 'chr19');
  19
  20 my $hit = $result->next_hit;
  21 is($hit->name, 'chr11');
  22
  23 my $hsp    = $hit->next_hsp;
  24 is($hsp->query->start,3001012);
  25 is($hsp->query->end,3001075);
  26 is($hsp->query->length, 64);
  27 is($hsp->query->strand, 1);
  28
  29 is($hsp->hit->start,70568380);
  30 is($hsp->hit->end,70568443);
  31 is($hsp->hit->length, 64);
  32 is($hsp->hit->strand, -1);
  33
  34 # next HSP returns next alignment, but shouldn't this be the next_hit instead????
  35 # what happens if the hit name changes?
  36
  37 $hsp    = $hit->next_hsp;
  38 is($hsp->query->start,3008279);
  39 is($hsp->query->end,3008357);
  40 is($hsp->query->length, 79);
  41 is($hsp->query->strand, 1);
  42
  43 is($hsp->hit->start,70573976);
  44 is($hsp->hit->end,70574054);
  45 is($hsp->hit->length, 79);
  46 is($hsp->hit->strand, -1);
  47