t/SearchIO/waba.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id: WABA.t 11525 2007-06-27 10:16:38Z sendu $
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use lib '.';
   8     use Bio::Root::Test;
   9
  10     test_begin(-tests => 64);
  11
  12     use_ok('Bio::SearchIO');
  13 }
  14
  15 my $wabain = Bio::SearchIO->new(
  16     -format => 'waba',
  17     -file   => test_input_file('test.waba')
  18 );
  19
  20 isa_ok($wabain, 'Bio::SearchIO') ;
  21
  22 # These won't look the same as the WABA file because Jim's code is 0 based
  23 # while we (bioperl) are 1 based.
  24 my @results = (
  25     [
  26         'U57623',
  27         'pair1_hs.fa',
  28         'pair1_mm.fa',
  29         [
  30             'U02884',
  31             3,
  32             [qw(3833 34 2972 1 243 3688 1 40.9)],
  33             [qw(4211 3022 6914 1 3705 6848 1 43.7)],
  34             [qw(2218 7004 9171 1 6892 8712 1 50.3)],
  35         ],
  36     ],
  37     [
  38         'X57152', 'pair9_hs.fa',
  39         'pair9_mm.fa', [ 'X80685', 1, [qw(7572 4 5845 1 632 7368 1 46.8)], ],
  40     ]
  41 );
  42
  43 while ( my $wabar = $wabain->next_result ) {
  44     my @r = @{ shift @results };
  45     is( $wabar->query_name,     shift @r, 'query_name'     );
  46     is( $wabar->query_database, shift @r, 'query database' );
  47     is( $wabar->database_name,  shift @r, 'database name'  );
  48
  49     while ( my $wabah = $wabar->next_hit ) {
  50         my (@h) = @{ shift @r };
  51         is( $wabah->name, shift @h, 'name' );
  52         is( $wabah->hsps(), shift @h, 'hsps' );
  53
  54         while ( my $wabahsp = $wabah->next_hsp ) {
  55             my (@hsp) = @{ shift @h };
  56             is( $wabahsp->length('total'),        shift @hsp , 'total length');
  57             is( $wabahsp->query->start,           shift @hsp , 'start'       );
  58             is( $wabahsp->query->end,             shift @hsp , 'end'         );
  59             is( $wabahsp->strand('query'),        shift @hsp , 'strand'      );
  60             is( $wabahsp->start('hit'),           shift @hsp , 'start'       );
  61             is( $wabahsp->end('subject'),         shift @hsp , 'end'         );
  62             is( $wabahsp->subject->strand,        shift @hsp, 'strand'       );
  63             is( length( $wabahsp->query_string ), $wabahsp->length('total') , 'query string');
  64             is( length( $wabahsp->hit_string ),   $wabahsp->length('total') , 'hit_string'  );
  65             is( length( $wabahsp->hmmstate_string ),
  66                 $wabahsp->length('total') , 'hmmstate string');
  67             my $hs = $wabahsp->hit_string;
  68             is( $wabahsp->gaps('hit'), $hs =~ tr/\-// );
  69             my $qs = $wabahsp->query_string;
  70             is( $wabahsp->gaps('query'), $qs =~ tr/\-// );
  71             is( sprintf( "%.1f", $wabahsp->percent_identity ), shift @hsp );
  72         }
  73     }
  74 }