t/Tools/Analysis/Protein/Scansite.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use lib '.';
   8     use Bio::Root::Test;
   9
  10     test_begin(-tests            => 14,
  11                -requires_modules => [qw(IO::String
  12                                         LWP::UserAgent
  13                                         Data::Stag)]);
  14
  15     use_ok('Bio::Tools::Analysis::Protein::Scansite');
  16     use_ok('Bio::SeqIO');
  17     use_ok('Bio::WebAgent');
  18 }
  19
  20 my $verbose = test_debug();
  21
  22 ok my $tool = Bio::WebAgent->new(-verbose =>$verbose);
  23
  24
  25 my $seqio=Bio::SeqIO->new( -verbose => $verbose,
  26                   -format => 'swiss',
  27                   -file   => test_input_file('swiss.dat'));
  28
  29 my $seq = $seqio->next_seq();
  30 ok $tool = Bio::Tools::Analysis::Protein::Scansite->new(
  31                                         -seq=>$seq->primary_seq);
  32 ok $tool->stringency('Low');
  33 is $tool->stringency(), 'Low';
  34 is $tool->protein_id(), $tool->seq->display_id();
  35
  36 SKIP: {
  37         test_skip(-tests => 6, -requires_networking => 2);
  38         ok $tool->run();
  39         skip "Something wrong with server? Terminated by error, skipping tests", 5 if $tool->status eq 'TERMINATED_BY_ERROR';
  40         ok my $raw = $tool->result('');
  41         print $raw if $verbose;
  42         ok my $parsed = $tool->result('parsed');
  43         is $parsed->[0]{'site'}, 'T101';
  44         ok my @res = $tool->result('Bio::SeqFeatureI');
  45         is $res[0]->start, 101;
  46 }