Bio::DB::TFBS namespace has been moved to its own distribution named after itself
[bioperl-live.git] / t / data / AB077698.gb
blob100a3d4a8d15c44839ba513ca8d061882d7b8bee
1 LOCUS       AB077698                2701 bp    mRNA    linear   PRI 01-MAR-2002
2 DEFINITION  Homo sapiens mRNA for hCHCR-G, complete cds.
3 ACCESSION   AB077698
4 VERSION     AB077698.1  GI:19032344
5 KEYWORDS    .
6 SOURCE      Homo sapiens cDNA to mRNA.
7   ORGANISM  Homo sapiens
8             Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi;
9             Mammalia; Eutheria; Primates; Catarrhini; Hominidae; Homo.
10 REFERENCE   1
11   AUTHORS   Squillace,R.M., Chenault,D.M. and Wang,E.H.
12   TITLE     Inhibition of myogenesis by the novel Muscleblind-related protein
13             CHCR
14   JOURNAL   Unpublished
15 REFERENCE   2
16   AUTHORS   Squillace,R.M. and Wang,E.H.
17   TITLE     Genomic structure, chromosomal localization, and splicing variation
18             of the human CHCR gene, cloning and characterization of mouse CHCR
19   JOURNAL   Unpublished
20 REFERENCE   3  (bases 1 to 2701)
21   AUTHORS   Squillace,R.M., Chenault,D.M. and Wang,E.H.
22   TITLE     Direct Submission
23   JOURNAL   Submitted (10-JAN-2002) Edith H. Wang, University of Washington,
24             Pharmacology; 1959 NE Pacific Ave., Box 357280, Seattle, Washington
25             98195, USA (E-mail:ehwang@u.washington.edu, Tel:206-616-5376,
26             Fax:206-685-3822)
27 FEATURES             Location/Qualifiers
28      source          1..2701
29                      /organism="Homo sapiens"
30                      /db_xref="taxon:9606"
31                      /chromosome="X"
32                      /map="Xq26.1"
33      gene            1..2701
34                      /gene="CHCR"
35      5'UTR           <1..79
36                      /gene="CHCR"
37      CDS             80..1144
38                      /gene="CHCR"
39                      /note="Cys3His CCG1-Required
40                      Encoded on BAC clone RP5-842K24 (AL050310)
41                      The human CHCR (Cys3His CCG1-Required) protein is highly
42                      related to EXP/MBNL (Y13829, NM_021038, AF401998) and MBLL
43                      (NM_005757,AF061261), which together comprise the human
44                      Muscleblind family"
45                      /codon_start=1
46                      /product="hCHCR-G"
47                      /protein_id="BAB85648.1"
48                      /db_xref="GI:19032345"
49                      /translation="MTAVNVALIRDTKWLTLEVCREFQRGTCSRADADCKFAHPPRVC
50                      HVENGRVVACFDSLKGRCTRENCKYLHPPPHLKTQLEINGRNNLIQQKTAAAMFAQQM
51                      QLMLQNAQMSSLGSFPMTPSIPANPPMAFNPYIPHPGMGLVPAELVPNTPVLIPGNPP
52                      LAMPGAVGPKLMRSDKLEVCREFQRGNCTRGENDCRYAHPTDASMIEASDNTVTICMD
53                      YIKGRCSREKCKYFHPPAHLQARLKAAHHQMNHSAASAMALQPGTLQLIPKRSALEKP
54                      NGATPVFNPTVFHCQQALTNLQLPQPAFIPAGPILCMAPASNIVPMMHGATPTTVSAA
55                      TTPATSVPFAAPTTGNQLKF"
56      misc_feature    137..196
57                      /gene="CHCR"
58                      /note="Cys3His, zinc finger
59                      Encoded on BAC clone RP5-842K24 (AL050310)"
60      misc_feature    239..292
61                      /gene="CHCR"
62                      /note="Cys3His, zinc finger
63                      Encoded on BAC clone RP5-842K24 (AL050310)"
64      misc_feature    617..676
65                      /gene="CHCR"
66                      /note="Cys3His, zinc finger
67                      Encoded on BAC clone RP5-842K24 (AL050310)"
68      misc_feature    725..778
69                      /gene="CHCR"
70                      /note="Cys3His, zinc finger
71                      Encoded on BAC clone RP5-842K24 (AL050310)"
72      3'UTR           1145..2659
73                      /gene="CHCR"
74      polyA_site      1606
75                      /gene="CHCR"
76                      /note="Encoded on BAC clone RP5-842K24 (AL050310);
77                      PolyA_site#1 used by CHCR EST clone PLACE1010202
78                      (AK002178)"
79      polyA_site      2660
80                      /gene="CHCR"
81                      /note="Encoded on BAC clone RP5-842K24 (AL050310);
82                      PolyA_site#2 used by CHCR EST clone DKFZp434G2222
83                      (AL133625)"
84 BASE COUNT      817 a    570 c    525 g    789 t
85 ORIGIN      
86         1 aattcatttt taatccttta atagtccaca gtaatattgt cctaaagagg gtacattgga
87        61 ttttaatttt gctttcaata tgacggctgt caatgttgcc ctgattcgtg ataccaagtg
88       121 gctgacttta gaagtctgta gagaatttca gagaggaact tgctctcgag ctgatgcaga
89       181 ttgcaagttt gcccatccac caagagtttg ccatgtggaa aatggtcgtg tggtggcctg
90       241 ttttgattct ctaaagggtc ggtgtacccg agagaactgc aagtaccttc accctcctcc
91       301 acacttaaaa acgcagctgg agattaatgg gcggaacaat ctgattcaac agaagactgc
92       361 cgcagccatg ttcgcccagc agatgcagct tatgctccaa aacgctcaaa tgtcatcact
93       421 tggttctttt cctatgactc catcaattcc agctaatcct cccatggctt tcaatcctta
94       481 cataccacat cctgggatgg gcctcgttcc tgcagaactt gtaccaaata cacctgttct
95       541 gattcctgga aacccacctc ttgcaatgcc aggagctgtt ggcccaaaac tgatgcgttc
96       601 agataaactg gaggtttgcc gagaatttca gcgtggaaat tgtacccgtg gggagaatga
97       661 ttgccgctat gctcacccta ctgatgcttc catgattgaa gcgagtgata atactgtgac
98       721 aatctgcatg gattacatca aaggtcgatg ctcgcgggag aaatgcaagt actttcatcc
99       781 tcctgcacac ttgcaagcca gactcaaggc agctcatcat cagatgaacc attcagctgc
100       841 ctctgccatg gccctgcagc ctggtacact gcaactgata ccaaagagat cagcactgga
101       901 aaagcccaat ggtgccaccc cggtctttaa tcccactgtt ttccactgcc aacaggctct
102       961 gactaacctg cagctcccac agccggcatt tatccctgca gggccaatac tgtgcatggc
103      1021 acccgcttca aatattgtgc ccatgatgca cggtgctaca cctaccactg tgtctgcagc
104      1081 aacaacacct gccaccagcg ttccgttcgc tgcaccaact acaggcaatc agctgaaatt
105      1141 ctgaacagca gagttatgga gtatcagaat ctttccatgg aaacctccat atggcctttc
106      1201 tatatatatt ctcgtatgtc ttattctacc aacacaacaa taagcgtgtt gcagtcaatg
107      1261 tattaagcaa agcaaacctg ccagccagca aattcaaata aaaaataaag cattaaaaat
108      1321 caatggagat gttaaaacaa cacaaataga aaactagtaa ctaccatcca tcctatttga
109      1381 attatcaagc agaacatgac cataaaattt ggtaacttgt tacattactc tttgtgattt
110      1441 tctaataacc atgctaagtg tatttccaca gtgagctttt ggcttactat atacattctt
111      1501 ggtggataaa ttgttcatct gtttttgaag tgttacctta ctattttgtt tacaagatag
112      1561 tctattgggt tgattcagga tgtaacaaat atattcagta ccatttcttg tgttgtattg
113      1621 tgttgtgctg tgttaggttt ttacatactg tagtgttttg ctgtatatgt gtggtgtttg
114      1681 atttcaacta aagtgttatt agtggggaac agaagtatat gtgcttaaga acatgacagg
115      1741 ttcatgcaaa tatgctctct ttctttagaa tatttctgta ggtttcttgg gactgacatt
116      1801 taaaacgcct cacttttgaa tgtgcacaaa acctgctcat taacatgcat gtgtataatt
117      1861 tgtacctgca gatctgatgt tgcataatac aatcaaatta ctagattttt taaagagaga
118      1921 aataattacc tgcacaaagc agagaacttc ataaaacatt aacccctaat tcactcttct
119      1981 taaatagctt ggcaaataag actttacctt taaatgaatt tctcagcatt tatactaaaa
120      2041 attatgtaac gtgctcatta gattttttgt gtgtgtggct tgagaatccc atctcctaaa
121      2101 ttgagtgtct aaaactgagc catttgtcat cttcagctga gaaactggta cttgggagct
122      2161 taaaaatatg ctaattacaa gttataaatc aaacggagag atgggggcat ggagatagtt
123      2221 tttacgtact ggaggaaagt gtgtaaaacc atggcaatgt caccttttac acaaatgcca
124      2281 ttttccaaat gcaaatggct catgctcttt agactactct ttgaataaca agtaagatgc
125      2341 aatctagcaa aagtcagtca gggtgaaaga gaattggttg caaatgagga cttccctccc
126      2401 caaatggaca gtcttctctg ttgatcacag agggagcctg agtacaggct tggagaaatg
127      2461 gctaggacag ggaacaggga agcacttaca attattcctt gatttattca aaagaactgg
128      2521 gaaagatggt tgtagttgtc tttagcttcg gttcaactga gtttcgtttt gttaaacagt
129      2581 tcagtgaagg agaaagcacc tgtgatatat ggcaagtgtc cccctgccca aactttaaca
130      2641 tcagaccctc tcacatcata aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa
131      2701 a