t/data/BOSS_DROME.FASTP_v35_04

   1 # fasta35 -E 1 -H BOSS_DROME.fa wormpep190
   2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank
   3  version 35.04 Aug. 28, 2008
   4 Please cite:
   5  W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
   6
   7 Query: BOSS_DROME.fa
   8   1>>>BOSS_DROME Protein bride of sevenless precursor. - 896 aa
   9 Library: wormpep190 10449259 residues in 23771 sequences
  10
  11 10449259 residues in 23771 sequences
  12 Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.6522+/-0.000443; mu= 12.7762+/- 0.026
  13  mean_var=109.3856+/-23.016, 0's: 1 Z-trim: 2  B-trim: 0 in 0/59
  14  Lambda= 0.122629
  15 Algorithm: FASTA (3.5 Sept 2006) [optimized]
  16 Parameters: BL50 matrix (15:-5) ktup: 2
  17  join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width:  16
  18  Scan time:  2.980
  19
  20 The best scores are:                                      opt bits E(23771)
  21 F35H10.10 CE24945 WBGene00018073 status:Confirmed  (1404)  207 48.2 9.2e-05
  22
  23 >>F35H10.10 CE24945 WBGene00018073 status:Confirmed UniP  (1404 aa)
  24  initn:  94 init1:  94 opt: 207  Z-score: 196.5  bits: 48.2 E(): 9.2e-05
  25 Smith-Waterman score: 275; 22.7% identity (52.3% similar) in 728 aa overlap (207-847:640-1330)
  26
  27         180       190       200       210       220          230
  28 BOSS_D RAISIDNASLAENLLIQEVQFLQQCTTYSMGIFVDWELYKQLESVIKD---LEYNIWPIP
  29                                      : : . .   .: :: ..   :. ..  .:
  30 F35H10 NQAGRNITIVPKSVFGYASALHGDSQESLKGYFSSGDTDASLVSVDSEHSALQRSFTALP
  31      610       620       630       640       650       660
  32
  33            240       250        260       270       280
  34 BOSS_D GTRAHLFPKVAHLLHQMPWGEKIASV-EIATETLEMYNEFMEAARQEHMCLM--------
  35        ..: . .  . .::..: :    :.. :   :.: ..  : . : .. .::
  36 F35H10 SSRNQALA-LLKLLNRMQWQFVTAALSEQDPESLSLFRAFERLALDRGVCLAEVLNIGGS
  37      670        680       690       700       710       720
  38
  39              290        300           310       320             330
  40 BOSS_D ---HFKSDDNVYIMFGN-KLASHF----KENGTLFSVPTDRTDDEFLAD------LPNRA
  41           ...:  :: :.:.. . :. .    :  :.  .:   .. : .:        .:. .
  42 F35H10 RLDNIRSTTNVTIVFSTARDAADYLIASKIRGNHVNVMMGEAHDWYLHAPNNKELFPGTV
  43       730       740       750       760       770       780
  44
  45                 340       350       360          370
  46 BOSS_D FVLMENEI--DLSTAVELDATPTALDEILIGKSVLPSR---VLSFAGSII--------DL
  47         :  .: .  :.   .:  .:: .: : :   : . ::   .::  ...:        .:
  48 F35H10 SVQPRNILYGDFREWLET-TTPLTLPE-LWYWSYIESRYGCALSQKSKVIYGKMCTGDEL
  49       790       800        810        820       830       840
  50
  51        380          390       400       410       420       430
  52 BOSS_D MNWLR-GSLSK--HCKRGEEHDLYVLESCFNFLNFIEDWRTSEYRQAHDTAEILSLLLMR
  53        .:    : ..:  . .:: :. :....: .. :   ..    :. . .   .::. :  .
  54 F35H10 LNIESLGRMTKAGYLSRGVERFLFAMDSVYKSLCPAQNGLCLEFYE-QGRRQILTQL--K
  55         850       860       870       880       890        900
  56
  57           440       450       460       470       480       490
  58 BOSS_D KLGTAMNFQMYQKKVLTLDKITGESRTELREIASQNFVTNVTTYYHYNRDNHTSLELKTK
  59        : .:  . ..:.     :  :...   .:  ::. ...:..    .:   : .  : : .
  60 F35H10 KTSTEDDVEIYE----FLPDINNHFTYHL--IANWTLTTGLRMTNQYRNGNGVPTESKCQ
  61            910           920         930       940       950
  62
  63                            500            510       520
  64 BOSS_D -----------FGQ------VFNCQYSAGDN-----RRYPFLFDGESV----MFWRIKMD
  65                   : :      ::  .   :..     .: :  : .:..    .: .:
  66 F35H10 PPMCKCFLDGDFFQRPLDSFVFRPDEPEGSDQSSYIKRQP-AFGSEKIEYQSVFEHITTG
  67        960       970       980       990       1000      1010
  68
  69       530       540            550       560       570       580
  70 BOSS_D TWVATGLTAAILGLIATL-----AILVFIVVRISLGDVFEGNPTTSILLLLSLILVFCSF
  71         :     . ..:.::..:     :.::...:.. :  : .:: . .: ::...:..
  72 F35H10 HWRDHPHNYVLLALITVLVVVAIAVLVLVLVKLYL-RVVKGNQSLGISLLIGIIIL----
  73        1020      1030      1040      1050       1060      1070
  74
  75            590       600       610       620       630       640
  76 BOSS_D VPYSIEYVGEQRNSHVTFEDAQTLNTLCAVRVFIMTLVYCFVFSLLLCRAVMLASIGSEG
  77          ::  .         .:. .   ...: .::..  : : . :.... .:..: .  . :
  78 F35H10 --YSTAFF-------FVFDPT---DSVCRLRVILHGLGYTICFGVMIAKATQLRNAETLG
  79                      1080         1090      1100      1110
  80
  81             650       660       670       680            690
  82 BOSS_D -GFLSHVNGYIQAVICAFSVVAQVGMSVQLLVVMHVASETVSCENIY-----YGRWLWGL
  83         :   :.. .   ..  : : .:...:.. ..   ...  :   :.      .:.  . .
  84 F35H10 FGTAIHISFWNYWLLLFFIVGVQIALSISWFLEPFMSTIGVIDTNVQRMMCTMGKVEFVV
  85     1120      1130      1140      1150      1160      1170
  86
  87        700       710        720       730       740       750
  88 BOSS_D LAYDFALLCCVGALIPSIYRS-QRNYREGILIVIGSVLIMVIWVAWIALSLFGD-EWRDA
  89          .   .:  .. .:  . :. .:::.:   .. ..:: .  :::::.: :  : :.::.
  90 F35H10 SNFYVMILIFMALFISMLNRNIKRNYKETKWLLYSTVLCFFTWVAWITLYLVLDHEFRDT
  91     1180      1190      1200      1210      1220      1230
  92
  93          760       770        780       790          800       810
  94 BOSS_D AIPLGLQASGWAVLVGILI-PRTFLIVRGIERSDIA---QALPSLTSLAFAQNNQYSSEQ
  95        .: . : : . ..:.:.:. :. .... . :   .:   . .:. :.: : ....  :..
  96 F35H10 VIVVELVACA-TILLGFLFGPKIYILL-SYEPVVVAFKRDPFPNHTDL-FEKDDDLPSQR
  97     1240       1250      1260       1270      1280       1290
  98
  99              820       830       840         850       860
 100 BOSS_D SVYECVNPAMRHCSQDEVNHQSPSEIPTL--PLRGGGPRRQQFFANLRQANANINPQRPP
 101        .    :.::    :... . .. :   .   :. . ::
 102 F35H10 A----VSPASSTSSSSNRSSSGSSYTSSSKRPVNAVGPLPLNKNVEDQSPIFHTVMRKKT
 103            1300      1310      1320      1330      1340      1350
 104
 105      870       880       890
 106 BOSS_D PRPQQSPSRSSVSSLPPSPDHNKITRF
 107
 108 F35H10 KVRRSNSEHDTIMNVGIPMTSVPIIRSPSARDEKVHRVAISPPIRDYNSINH
 109            1360      1370      1380      1390      1400
 110
 111
 112
 113 896 residues in 1 query   sequences
 114 10449259 residues in 23771 library sequences
 115  Scomplib [35.04]
 116  start: Wed Oct 22 20:59:06 2008 done: Wed Oct 22 20:59:09 2008
 117  Total Scan time:  2.980 Total Display time:  0.030
 118
 119 Function used was FASTA [version 35.04 Aug. 28, 2008]