t/data/HUMBETGLOA.tblastx

   1 TBLASTX 2.1.2 [Oct-19-2000]
   2
   3
   4 Reference: Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schaffer,
   5 Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
   6 "Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
   7 programs",  Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
   8
   9 Query= HUMBETGLOA Human haplotype C4 beta-globin gene, complete cds.
  10          (3002 letters)
  11
  12 Database: ecoli.nt
  13            400 sequences; 4,662,239 total letters
  14
  15 Searching.................................................done
  16
  17                                                                    Score     E
  18 Sequences producing significant alignments:                        (bits)  Value
  19
  20 gb|AE000479.1|AE000479 Escherichia coli K-12 MG1655 section 369 ...    34  0.13
  21 gb|AE000302.1|AE000302 Escherichia coli K-12 MG1655 section 192 ...    31  0.61
  22 gb|AE000277.1|AE000277 Escherichia coli K-12 MG1655 section 167 ...    31  0.84
  23 gb|AE000168.1|AE000168 Escherichia coli K-12 MG1655 section 58 o...    29  2.2
  24 gb|AE000400.1|AE000400 Escherichia coli K-12 MG1655 section 290 ...    29  3.0
  25 gb|AE000408.1|AE000408 Escherichia coli K-12 MG1655 section 298 ...    29  3.0
  26 gb|AE000438.1|AE000438 Escherichia coli K-12 MG1655 section 328 ...    29  3.0
  27 gb|AE000396.1|AE000396 Escherichia coli K-12 MG1655 section 286 ...    29  3.0
  28 gb|AE000466.1|AE000466 Escherichia coli K-12 MG1655 section 356 ...    26  3.4
  29 gb|AE000482.1|AE000482 Escherichia coli K-12 MG1655 section 372 ...    29  4.1
  30 gb|AE000341.1|AE000341 Escherichia coli K-12 MG1655 section 231 ...    29  4.1
  31 gb|AE000198.1|AE000198 Escherichia coli K-12 MG1655 section 88 o...    29  4.1
  32 gb|AE000367.1|AE000367 Escherichia coli K-12 MG1655 section 257 ...    29  4.1
  33 gb|AE000136.1|AE000136 Escherichia coli K-12 MG1655 section 26 o...    29  4.1
  34 gb|AE000327.1|AE000327 Escherichia coli K-12 MG1655 section 217 ...    28  5.7
  35 gb|AE000498.1|AE000498 Escherichia coli K-12 MG1655 section 388 ...    28  7.8
  36 gb|AE000509.1|AE000509 Escherichia coli K-12 MG1655 section 399 ...    28  7.8
  37 gb|AE000306.1|AE000306 Escherichia coli K-12 MG1655 section 196 ...    28  7.8
  38 gb|AE000203.1|AE000203 Escherichia coli K-12 MG1655 section 93 o...    28  7.8
  39 gb|AE000208.1|AE000208 Escherichia coli K-12 MG1655 section 98 o...    28  7.8
  40
  41 >gb|AE000479.1|AE000479 Escherichia coli K-12 MG1655 section 369 of 400 of the complete
  42             genome
  43           Length = 10934
  44
  45  Score = 33.6 bits (67), Expect = 0.13
  46  Identities = 11/26 (42%), Positives = 16/26 (61%)
  47  Frame = +1 / -2
  48
  49
  50 Query: 1057 SAYWSIFPPLGCWWSTLGPRGSLSPL 1134
  51             +A W++FPP+G  W  L  +   SPL
  52 Sbjct: 5893 AAVWALFPPVGSQWGCLASQWRTSPL 5816
  53
  54
  55 >gb|AE000302.1|AE000302 Escherichia coli K-12 MG1655 section 192 of 400 of the complete
  56             genome
  57           Length = 10264
  58
  59  Score = 31.3 bits (62), Expect = 0.61
  60  Identities = 8/17 (47%), Positives = 13/17 (76%)
  61  Frame = +2 / +2
  62
  63
  64 Query: 2177 WSVCWPITLAKNSPHQC 2227
  65             +  CWP+ L ++SP+QC
  66 Sbjct: 1157 YPACWPLPLRRSSPYQC 1207
  67
  68
  69 >gb|AE000277.1|AE000277 Escherichia coli K-12 MG1655 section 167 of 400 of the complete
  70             genome
  71           Length = 11653
  72
  73  Score = 30.8 bits (61), Expect = 0.84
  74  Identities = 9/25 (36%), Positives = 14/25 (56%)
  75  Frame = +2 / -3
  76
  77
  78 Query: 2174 CWSVCWPITLAKNSPHQCRLPIRKW 2248
  79             CW     + L K+ P QCR+ + +W
  80 Sbjct: 4931 CWLTASVLRLQKSLPRQCRITVVRW 4857
  81
  82
  83 >gb|AE000168.1|AE000168 Escherichia coli K-12 MG1655 section 58 of 400 of the complete genome
  84           Length = 12663
  85
  86  Score = 29.5 bits (58), Expect = 2.2
  87  Identities = 12/41 (29%), Positives = 24/41 (58%)
  88  Frame = -1 / +1
  89
  90
  91 Query: 2813 KEHFRGKVVSLSKRTEWSQG*EMQDKQMGSEKTFMRTAKTI 2691
  92             K H RG+ V + ++   ++  E+ D++ G+ +   RT +TI
  93 Sbjct: 13   KRHLRGE*VKVGEKYITARRGELPDQEPGNGEASYRTMRTI 135
  94
  95
  96 >gb|AE000400.1|AE000400 Escherichia coli K-12 MG1655 section 290 of 400 of the complete
  97             genome
  98           Length = 14295
  99
 100  Score = 29.0 bits (57), Expect = 3.0
 101  Identities = 7/18 (38%), Positives = 10/18 (54%)
 102  Frame = +2 / +3
 103
 104
 105 Query: 2165 WATCWSVCWPITLAKNSP 2218
 106             W TCW+ CW      ++P
 107 Sbjct: 9096 WITCWNCCWQAGWISSAP 9149
 108
 109
 110 >gb|AE000408.1|AE000408 Escherichia coli K-12 MG1655 section 298 of 400 of the complete
 111             genome
 112           Length = 10944
 113
 114  Score = 29.0 bits (57), Expect = 3.0
 115  Identities = 17/39 (43%), Positives = 20/39 (50%)
 116  Frame = -3 / +1
 117
 118
 119 Query: 1020 LSPHAQFLLVSLNLSCNLDTNLPRASPPTSSTFTLPHRA 904
 120             L+  A FLLV + +S   DT LPR    T  TF    RA
 121 Sbjct: 7618 LTSTAAFLLV*VKISRACDTFLPRIRSATRRTF*AEERA 7734
 122
 123
 124 >gb|AE000438.1|AE000438 Escherichia coli K-12 MG1655 section 328 of 400 of the complete
 125             genome
 126           Length = 10426
 127
 128  Score = 29.0 bits (57), Expect = 3.0
 129  Identities = 10/28 (35%), Positives = 12/28 (42%)
 130  Frame = +2 / +3
 131
 132
 133 Query: 2165 WATCWSVCWPITLAKNSPHQCRLPIRKW 2248
 134             WA CW  C  + +A NS    R     W
 135 Sbjct: 750  WACCWRTCSLVVVALNSLRAVRQSSTSW 833
 136
 137
 138 >gb|AE000396.1|AE000396 Escherichia coli K-12 MG1655 section 286 of 400 of the complete
 139            genome
 140           Length = 10098
 141
 142  Score = 29.0 bits (57), Expect = 3.0
 143  Identities = 9/27 (33%), Positives = 18/27 (66%)
 144  Frame = -3 / -1
 145
 146
 147 Query: 633 PPSKIYLLAPYHQYKLLLKTSSFASVF 553
 148            PP++ YLL+P H+++++   S +   F
 149 Sbjct: 309 PPARFYLLSPVHEWRVIAS*SWYHQSF 229
 150
 151
 152 >gb|AE000466.1|AE000466 Escherichia coli K-12 MG1655 section 356 of 400 of the complete
 153             genome
 154           Length = 10208
 155
 156  Score = 26.3 bits (51), Expect(2) = 3.4
 157  Identities = 11/26 (42%), Positives = 14/26 (53%)
 158  Frame = +3 / +2
 159
 160
 161 Query: 2796 SPEVFLPCFTARWFLLAWPLSLSCLC 2873
 162             S  V L C T  ++L  W L+LS  C
 163 Sbjct: 5579 SSAVVLRCLTTVFWLPVWALTLSICC 5656
 164
 165
 166  Score = 20.3 bits (38), Expect(2) = 3.4
 167  Identities = 4/11 (36%), Positives = 7/11 (63%)
 168  Frame = +3 / +1
 169
 170
 171 Query: 2892 LKKEKQGSWFD 2924
 172             +K+  +G W D
 173 Sbjct: 5737 MKRPFKGDWLD 5769
 174
 175
 176 >gb|AE000482.1|AE000482 Escherichia coli K-12 MG1655 section 372 of 400 of the complete genome
 177           Length = 20906
 178
 179  Score = 28.6 bits (56), Expect = 4.1
 180  Identities = 14/48 (29%), Positives = 19/48 (39%)
 181  Frame = +3 / +1
 182
 183
 184 Query: 660   SQCQKSQGQVRLSSLRPHPVEPHPRVGQSTPRSREGRSQGWA*KSGQS 803
 185              S+C    G  R    RP  + P       +P    GR +GW    GQ+
 186 Sbjct: 20239 SRCALILGPARRWVHRPESLSPAASAHGQSPHVAAGRRRGWKRADGQN 20382
 187
 188
 189 >gb|AE000341.1|AE000341 Escherichia coli K-12 MG1655 section 231 of 400 of the complete
 190             genome
 191           Length = 10231
 192
 193  Score = 28.6 bits (56), Expect = 4.1
 194  Identities = 12/20 (60%), Positives = 13/20 (65%)
 195  Frame = -2 / +2
 196
 197
 198 Query: 2995 PGD*HCRFRVTVSGGGREEG 2936
 199             PG  H  +R TVSG GRE G
 200 Sbjct: 7538 PGWLHAVYRETVSGSGREAG 7597
 201
 202
 203 >gb|AE000198.1|AE000198 Escherichia coli K-12 MG1655 section 88 of 400 of the complete genome
 204           Length = 11639
 205
 206  Score = 28.6 bits (56), Expect = 4.1
 207  Identities = 11/22 (50%), Positives = 15/22 (68%)
 208  Frame = +1 / +3
 209
 210
 211 Query: 2332  FPKSNY*TGGYYEGP*ASGFCL 2397
 212              F +S  * GGY+ GP +S FC+
 213 Sbjct: 10947 FQRSGG*PGGYHAGPGSSPFCV 11012
 214
 215
 216 >gb|AE000367.1|AE000367 Escherichia coli K-12 MG1655 section 257 of 400 of the complete
 217             genome
 218           Length = 11438
 219
 220  Score = 28.6 bits (56), Expect = 4.1
 221  Identities = 8/27 (29%), Positives = 13/27 (47%)
 222  Frame = +3 / -2
 223
 224
 225 Query: 1332 CFLSPSFLWLSSCHRKGISNRVQFRMG 1412
 226             C  + +F+W + CH+  I     F  G
 227 Sbjct: 7990 CLFAAAFVWFAKCHQPVIGRNTTFSKG 7910
 228
 229
 230 >gb|AE000136.1|AE000136 Escherichia coli K-12 MG1655 section 26 of 400 of the complete genome
 231           Length = 16823
 232
 233  Score = 28.6 bits (56), Expect = 4.1
 234  Identities = 11/23 (47%), Positives = 12/23 (51%)
 235  Frame = -2 / +1
 236
 237
 238 Query: 2860  RLSGQARRNHLAVKHGRNTSGER 2792
 239              RLSG+ RR   A  H    SG R
 240 Sbjct: 13873 RLSGKVRRRGSAASHFLYLSGSR 13941
 241
 242
 243 >gb|AE000327.1|AE000327 Escherichia coli K-12 MG1655 section 217 of 400 of the complete
 244             genome
 245           Length = 10048
 246
 247  Score = 28.1 bits (55), Expect = 5.7
 248  Identities = 9/19 (47%), Positives = 12/19 (62%)
 249  Frame = +1 / +2
 250
 251
 252 Query: 1231 WTTSRAPLPH*VSCTVTSC 1287
 253             W  S  P+PH   C+V+SC
 254 Sbjct: 2426 WRQSLYPIPHCYRCSVSSC 2482
 255
 256
 257 >gb|AE000498.1|AE000498 Escherichia coli K-12 MG1655 section 388 of 400 of the complete
 258             genome
 259           Length = 10264
 260
 261  Score = 27.6 bits (54), Expect = 7.8
 262  Identities = 8/18 (44%), Positives = 10/18 (55%)
 263  Frame = +3 / +3
 264
 265
 266 Query: 2670 YAVFYITYCFSCPHECLF 2723
 267             +   + T C SCPH C F
 268 Sbjct: 4278 FITLHFT*CVSCPHNCSF 4331
 269
 270
 271 >gb|AE000509.1|AE000509 Escherichia coli K-12 MG1655 section 399 of 400 of the complete
 272            genome
 273           Length = 10589
 274
 275  Score = 27.6 bits (54), Expect = 7.8
 276  Identities = 8/17 (47%), Positives = 12/17 (70%)
 277  Frame = -2 / -3
 278
 279
 280 Query: 682 PWLFWHWLRSWTSNPQP 632
 281            P L W+W+R   S+P+P
 282 Sbjct: 261 PSLLWYWVRRCLSSPRP 211
 283
 284
 285 >gb|AE000306.1|AE000306 Escherichia coli K-12 MG1655 section 196 of 400 of the complete
 286             genome
 287           Length = 10446
 288
 289  Score = 27.6 bits (54), Expect = 7.8
 290  Identities = 7/18 (38%), Positives = 12/18 (65%)
 291  Frame = +3 / +1
 292
 293
 294 Query: 1341 SPSFLWLSSCHRKGISNR 1394
 295             +P+  W+S CHR+ +  R
 296 Sbjct: 136  TPAGCWISGCHRRSVQQR 189
 297
 298
 299 >gb|AE000203.1|AE000203 Escherichia coli K-12 MG1655 section 93 of 400 of the complete genome
 300           Length = 10751
 301
 302  Score = 27.6 bits (54), Expect = 7.8
 303  Identities = 13/47 (27%), Positives = 23/47 (48%)
 304  Frame = +1 / +3
 305
 306
 307 Query: 1156 LLWATLR*RLMARKCSVPLVMAWLTWTTSRAPLPH*VSCTVTSCTWI 1296
 308             +L  T R    A   +  +V +   WT S  P P  + C+++S +W+
 309 Sbjct: 1554 ILRLTYRLPTWAEPVTWAMVSSMRVWTPSVRP*PEALICSISSGSWL 1694
 310
 311
 312 >gb|AE000208.1|AE000208 Escherichia coli K-12 MG1655 section 98 of 400 of the complete genome
 313           Length = 10619
 314
 315  Score = 27.6 bits (54), Expect = 7.8
 316  Identities = 10/25 (40%), Positives = 15/25 (60%)
 317  Frame = -3 / +3
 318
 319
 320 Query: 981  LSCNLDTNLPRASPPTSSTFTLPHR 907
 321             ++C L      + P  ++TFTLPHR
 322 Sbjct: 2829 VACTLTCKYRLSLPQRANTFTLPHR 2903
 323
 324
 325   Database: ecoli.nt
 326     Posted date:  Jun 14, 2001  3:27 PM
 327   Number of letters in database: 4,662,239
 328   Number of sequences in database:  400
 329
 330 Lambda     K      H
 331    0.318    0.135    0.401
 332
 333
 334 Matrix: BLOSUM62
 335 Number of Hits to DB: 31907970
 336 Number of Sequences: 400
 337 Number of extensions: 491769
 338 Number of successful extensions: 23184
 339 Number of sequences better than 10.0: 20
 340 length of query: 1000
 341 length of database: 1,554,079
 342 effective HSP length: 47
 343 effective length of query: 953
 344 effective length of database: 1,535,279
 345 effective search space: 1463120887
 346 effective search space used: 1463120887
 347 frameshift window, decay const: 50,  0.1
 348 T: 13
 349 A: 40
 350 X1: 16 ( 7.3 bits)
 351 X2: 0 ( 0.0 bits)
 352 S1: 41 (21.7 bits)
 353 S2: 53 (27.2 bits)