t/data/brassica_ATH.WUBLASTN

   1 BLASTN 2.0MP-WashU [22-Aug-2004] [linux24-i686-ILP32F64 2004-08-22T21:42:14]
   2
   3 Copyright (C) 1996-2004 Washington University, Saint Louis, Missouri USA.
   4 All Rights Reserved.
   5
   6 Reference:  Gish, W. (1996-2004) http://blast.wustl.edu
   7
   8 Notice:  this program and its default parameter settings are optimized to find
   9 nearly identical sequences rapidly.  To identify weak protein similarities
  10 encoded in nucleic acid, use BLASTX, TBLASTN or TBLASTX.
  11
  12 Query=  e15_99na_plate_1as gi|21844367|gb|BQ704948.1|BQ704948 Bn01_02k05_A
  13     Bn01_AAFC_ECORC_transgenic_Brassica_napus_overexpressing_BNCBF17_constituti
  14     vely_frost_tolerant Brassica napus cDNA clone Bn01_02k05, mRNA sequence
  15         (598 letters)
  16
  17 Database:  ATH1_chr_all.5con
  18            5 sequences; 119,186,497 total letters.
  19 Searching....10....20....30....40....50....60....70....80....90....100% done
  20
  21                                                                      Smallest
  22                                                                        Sum
  23                                                               High  Probability
  24 Sequences producing High-scoring Segment Pairs:              Score  P(N)      N
  25
  26 CHR1v01212004                                                  932  1.3e-79   3
  27 CHR5v01212004                                                 1035  6.9e-71   2
  28
  29
  30
  31 >CHR1v01212004
  32         Length = 30,432,563
  33
  34   Plus Strand HSPs:
  35
  36  Score = 932 (145.9 bits), Expect = 1.3e-79, Sum P(3) = 1.3e-79, Group = 1
  37  Identities = 230/282 (81%), Positives = 240/282 (85%), Strand = Plus / Plus
  38  Links = (1)-3-2
  39
  40 Query:       23 AAAGGARATTAAGCACCGGSTGAAGCTTGGTGGCTTGTAGGCGATGAAGACTGATGCRCT 82
  41                 || |||+|||||   |||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||+||
  42 Sbjct: 25052120 AAGGGAAATTAA---CCGG-TGAAGCTTGGTGGCTTGTAGGCAATGAA-ACTGATGCACT 25052174
  43
  44 Query:       83 GGACCTGRCGCGTTGTTGTCGAATCCAATGATTCTAATAAAGGCGKTAGGGKACTCCGTT 142
  45                 |||| ||+|| || |||||||||||| ||||| ||||| ||||| +| |||+||||| ||
  46 Sbjct: 25052175 GGACTTGACGGGT-GTTGTCGAATCCGATGATCCTAATGAAGGCATTGGGGTACTCC-TT 25052232
  47
  48 Query:      143 CTTGSACTCTTGCACTTCCTTCAACACTTGAGARGRGTCGGKGCATCCGARCAAAGGAAG 202
  49                 ||||+|||||| |||||||||||||||||||| +|+|||||+||| ||||+||| |||||
  50 Sbjct: 25052233 CTTGCACTCTTCCACTTCCTTCAACACTTGAGCGGAGTCGGTGCAACCGAACAAGGGAAG 25052292
  51
  52 Query:      203 CTTCCACATTGTCCAATAACGGCCATCGTAGTATCCAGGTGTGCTTCCATGCTCACGGTA 262
  53                 ||||||||||||||| || || ||||| |||||||| |||| | | || |||||||||||
  54 Sbjct: 25052293 CTTCCACATTGTCCAGTACCGTCCATCATAGTATCCGGGTGAGTTACCGTGCTCACGGTA 25052352
  55
  56 Query:      263 CACAAATCCGTGCTC--CAACTCAAATTCAACACAAGGAATC 302
  57                 ||||||||||||||   |||  || ||   ||| ||  | ||
  58 Sbjct: 25052353 CACAAATCCGTGCTATACAAACCACATGTTACA-AACCACTC 25052393
  59
  60  Score = 580 (93.1 bits), Expect = 1.3e-79, Sum P(3) = 1.3e-79, Group = 1
  61  Identities = 153/192 (79%), Positives = 158/192 (82%), Strand = Plus / Plus
  62  Links = 1-3-(2)
  63
  64 Query:      410 ACCTTCATGCAGCTAACTCTTCCTCCGTTGCTTGCAATGGAAGTAATATCAGTGTT-GCT 468
  65                 |||| ||||||| |||||||||| ||||||||||  ||||||||||| ||  |||| ||
  66 Sbjct: 25052740 ACCTGCATGCAGTTAACTCTTCCGCCGTTGCTTGTGATGGAAGTAATGTCGTTGTTAGCC 25052799
  67
  68 Query:      469 TTTGCGGGTGASTGGGAATGCRGCGGATGACTTCAAG-CCGGTRAAKWGGAGC-ACCATG 526
  69                 || ||||||| +|||||| ||+||||| ||||| ||| ||| |+|| +||||| |||||
  70 Sbjct: 25052800 TT-GCGGGTGGCTGGGAAGGCAGCGGAGGACTT-AAGTCCGTTGAA-AGGAGCGACCATA 25052856
  71
  72 Query:      527 GTGGCTTGAGCCGGTGAGGTAGCCACAGCGGCGGGAGGAGAGCATAGRAGGWAGCCATTA 586
  73                 ||||| |||||||| |||| | ||| ||  |||| || ||||||||| |||+|||||||
  74 Sbjct: 25052857 GTGGCCTGAGCCGGAGAGGCAACCATAGTAGCGGAAG-AGAGCATAG-AGGAAGCCATTG 25052914
  75
  76 Query:      587 CTACTTCTTTTC 598
  77                  | ||||||| |
  78 Sbjct: 25052915 TT-CTTCTTTAC 25052925
  79
  80  Score = 512 (82.9 bits), Expect = 1.3e-79, Sum P(3) = 1.3e-79, Group = 1
  81  Identities = 118/139 (84%), Positives = 121/139 (87%), Strand = Plus / Plus
  82  Links = 1-(3)-2
  83
  84 Query:      275 CTCCAACTCAAATTCAACACAAGGAATCCACTCTGTTGCGGAGAAGGTAGTCAACTTCTT 334
  85                 ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |
  86 Sbjct: 25052501 CTCCAACTCGAATTCAACACAAGGAATCCACT-TGTTGCGGATAAGGTAGTCAACTTCCT 25052559
  87
  88 Query:      335 TGGCCAATTCAACGTCAGTRAGGTCAGGRAGATAAGAGAGAGTCTCAGHACTTCTTCTTT 394
  89                 | ||||||||    || ||+||||||||+|| |||||||||||||||  |||||||||||
  90 Sbjct: 25052560 TAGCCAATTCGGAATCGGTAAGGTCAGGAAGGTAAGAGAGAGTCTCA-AACTTCTTCTTT 25052618
  91
  92 Query:      395 SCGACTGGKGGGCACACCT 413
  93                 +| |  || || |||||||
  94 Sbjct: 25052619 CCAATCGGAGGCCACACCT 25052637
  95
  96
  97 >CHR5v01212004
  98         Length = 26,992,728
  99
 100   Plus Strand HSPs:
 101
 102  Score = 1035 (161.3 bits), Expect = 6.9e-71, Sum P(2) = 6.9e-71, Group = 1
 103  Identities = 272/348 (78%), Positives = 281/348 (80%), Strand = Plus / Plus
 104  Links = (1)-2
 105
 106 Query:        1 GATTATT-ATATGATTGTTTTAGAAAGGARATTAAGCACCGGSTGAAGCTTGGTGGCTTG 59
 107                 ||| ||| ||| || ||||||||||| ||+|||||||  ||| |||||||||| ||||||
 108 Sbjct: 15394700 GATAATTCATAAGAATGTTTTAGAAAAGAAATTAAGCTTCGG-TGAAGCTTGGGGGCTTG 15394758
 109
 110 Query:       60 TAGGCGATGAAGACTGATGCRCTGGACCTGRCGCGTTGTTGTCGAATCCAATGATTCTAA 119
 111                 ||||| ||||| ||||||||+ ||||| ||+|| || |||||||||||| ||||| ||||
 112 Sbjct: 15394759 TAGGCAATGAA-ACTGATGCATTGGACTTGACGGGT-GTTGTCGAATCCGATGATCCTAA 15394816
 113
 114 Query:      120 TAAAGGCGKTAGGGKACTCCGTTCTTGSACTCTTGCACTTCCTTCAACACTTGAGARGRG 179
 115                 | ||||||   |||+||||| ||||||+| ||||  ||||||||||||||||||| +|+|
 116 Sbjct: 15394817 TGAAGGCGCCCGGGTACTCC-TTCTTGCATTCTTCAACTTCCTTCAACACTTGAGCGGAG 15394875
 117
 118 Query:      180 TCGGKGCATCCGARCAAAGGAAGCTTCCACATTGTCCAATAACGGCCATCGTAGTATCCA 239
 119                 ||||+||||||||+||| |||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||
 120 Sbjct: 15394876 TCGGTGCATCCGAACAATGGAAGCTTCCACATTGTCCAGTACCGTCCATCGTAGTATCCG 15394935
 121
 122 Query:      240 GGTGTGCTTCCATGCTCACGGTACACAAATCCGTGCTCCAA-CTCA-AATTCAACACAAG 297
 123                 || ||| |||| |||||||||||||||||||||||||  || | || ||   ||| ||
 124 Sbjct: 15394936 GGAGTGTTTCCGTGCTCACGGTACACAAATCCGTGCTATAAACACATAAGAAAAC-CATT 15394994
 125
 126 Query:      298 GAATCCACTCTGTTGC-GGAGAAGGTAGTCAACTTCTT-TGGCCAATT 343
 127                  ||| || | || |   |||| |  |   |||  |  | | | | |||
 128 Sbjct: 15394995 CAATACAAT-TGATATTGGAGGATATGCACAAGGTGATATAGTCTATT 15395041
 129
 130  Score = 739 (116.9 bits), Expect = 6.9e-71, Sum P(2) = 6.9e-71, Group = 1
 131  Identities = 166/189 (87%), Positives = 171/189 (90%), Strand = Plus / Plus
 132  Links = 1-(2)
 133
 134 Query:      410 ACCTTCATGCAGCTAACTCTTCCTCCGTTGCTTGCAATGGAAGTAATATCAGTGTTGCTT 469
 135                 ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| || ||  ||||| |
 136 Sbjct: 15395364 ACCTTCATGCAGCTAACTCTTCCCCCGTTGCTTGCGATGGAAGTGATGTCCTTGTTGGTC 15395423
 137
 138 Query:      470 TTGCGGGTGASTGGGAATGCRGCGGATGACTTCAAGCCGGTRAAKWGGAGC-ACCATGGT 528
 139                 ||||||||||+ ||||||||+||||||||||||||||||||+||+ ||||| ||||||||
 140 Sbjct: 15395424 TTGCGGGTGACCGGGAATGCAGCGGATGACTTCAAGCCGGTGAAT-GGAGCGACCATGGT 15395482
 141
 142 Query:      529 GGCTTGAGCCGGTGAGGTAGCCACAGCGGCGGGAGGAGAGCATAGRAGGWAGCCATTACT 588
 143                 ||| |||||||| || ||| |||||||||||| |||||||||||| |||+||||||||||
 144 Sbjct: 15395483 GGCCTGAGCCGGGGATGTAACCACAGCGGCGG-AGGAGAGCATAG-AGGAAGCCATTACT 15395540
 145
 146 Query:      589 ACTTCTTTT 597
 147                 ||||||| |
 148 Sbjct: 15395541 ACTTCTTGT 15395549
 149
 150
 151 Parameters:
 152   -i /home/jasons/pubbrassica/pub_brassica.4
 153   -d /home/jasons/pubbrassica/ATH1_chr_all.5con
 154   E=1e-5
 155   topcomboE=10
 156   wordmask=seg
 157   hspsepsmax=1000
 158   links
 159
 160   ctxfactor=2.00
 161
 162   Query                        -----  As Used  -----    -----  Computed  ----
 163   Strand MatID Matrix name     Lambda    K       H      Lambda    K       H
 164    +1      0   +5,-4           0.195   0.175   0.361    same    same    same
 165                Q=10,R=10       0.104   0.0151  0.0600    n/a     n/a     n/a
 166    -1      0   +5,-4           0.195   0.175   0.361    same    same    same
 167                Q=10,R=10       0.104   0.0151  0.0600    n/a     n/a     n/a
 168
 169   Query
 170   Strand MatID  Length  Eff.Length     E     S  W   T   X   E2      S2
 171    +1      0      598       598   1.0e-05  299 11 n/a  72  0.023    78
 172                                                       134  0.025   117
 173    -1      0      598       598   1.0e-05  299 11 n/a  72  0.023    78
 174                                                       134  0.025   117
 175
 176
 177 Statistics:
 178
 179   Database:  /home/jasons/pubbrassica/ATH1_chr_all.5con
 180    Title:  ATH1_chr_all.5con
 181    Posted:  11:14:54 AM EST Sep 1, 2004
 182    Created:  12:14:50 PM EETDT Sep 01, 2004
 183    Format:  XDF-1
 184    # of letters in database:  119,186,497
 185    # of sequences in database:  5
 186    # of database sequences satisfying E:  2
 187   No. of states in DFA:  233 (233 KB)
 188   Total size of DFA:  254 KB (2059 KB)
 189   Time to generate neighborhood:  0.00u 0.01s 0.01t  Elapsed: 00:00:00
 190   No. of threads or processors used:  2
 191   Search cpu time:  0.58u 0.06s 0.64t  Elapsed: 00:00:00
 192   Total cpu time:  0.66u 0.29s 0.95t  Elapsed: 00:00:01
 193   Start:  Wed Sep  1 13:19:06 2004   End:  Wed Sep  1 13:19:07 2004