t/data/consed_project/edit_dir/test_project.fasta.screen.log

   1 No. words: 2989; after pruning: 2826
   2
   3
   4 Histogram of relative pair offsets, for read pairs with multiple alignments:
   5
   6 Pass 1
   7              Gap  Score
   8
   9 Pass: 1
  10 #reads  #contigs (not counting singlets)
  11     1      2
  12
  13 N.B. Following not based on all pairs!!
  14
  15 Lowest   # merges  # failures
  16 LLR score
  17
  18 Gap   # merges  # failures
  19  size
  20
  21 Offset
  22
  23 Pass 3
  24              Gap  Score
  25 Merge:(0)    0    0.0 15.1 (1,1:768)  628  3.27 0.00 0.00  ML4924F       10   713 (21)  C ML4924R   (3)   760    57 *
  26
  27 Pass: 3
  28 #reads  #contigs (not counting singlets)
  29     2      1
  30
  31 N.B. Following not based on all pairs!!
  32
  33 Lowest   # merges  # failures
  34 LLR score
  35 0.0       1        0
  36
  37 Gap   # merges  # failures
  38  size
  39  0       1        0
  40
  41 Offset
  42   0       1
  43
  44 Pass 4
  45              Gap  Score
  46
  47 Pass: 4
  48 #reads  #contigs (not counting singlets)
  49     2      1
  50
  51 N.B. Following not based on all pairs!!
  52
  53 Lowest   # merges  # failures
  54 LLR score
  55
  56 Gap   # merges  # failures
  57  size
  58
  59 Offset
  60
  61 Read equivalence class histogram:
  62     1    2
  63     2    1
  64
  65 Chimera merges:
  66
  67
  68 Contig 1:  302 nodes
  69
  70  153 str. conn. components
  71
  72 Path
  73     1  C ML4924R         763
  74    19    ML4924F          25
  75   275  C ML4924R         489
  76   610    ML4924F         616
  77   622  C ML4924R         142
  78   660    ML4924F         666
  79   668  C ML4924R          96
  80 Contig length: old 769, new 763
  81
  82 Contig length: old 763, new 708
  83 New start: 0
  84
  85 Contig 1 unpadded => padded conversion:
  86   200 =>   200
  87   400 =>   400
  88   600 =>   600