t/data/ecoli-trna-qrna.out

   1 #---------------------------------------------------------------------------------
   2 #      qrna 1.2b (Tue Dec 18 15:04:38 CST 2001) using squid 1.5m (Sept 1997)
   3 #---------------------------------------------------------------------------------
   4 #      PAM model =  BLOSUM62 scaled by 1.000
   5 #---------------------------------------------------------------------------------
   6 #      RNA model =  /mix_tied_linux.cfg
   7 #---------------------------------------------------------------------------------
   8 #      seq file  =  ecoli-trna.blast.q
   9 #                   #seqs: 94 (max_len = 78)
  10 #---------------------------------------------------------------------------------
  11 #      full length version:  -- length range = [0,1000]
  12 #---------------------------------------------------------------------------------
  13 # 1  [+ strand]
  14 >DA0780-1- (76)
  15 >ECOLI-225501- (76)
  16
  17 length alignment: 76 (id=77.63)
  18 posX: 0-75 [0-72](73) -- (0.18 0.30 0.36 0.16)
  19 posY: 0-75 [0-71](72) -- (0.17 0.29 0.33 0.21)
  20  21.414226 -10.515196 16.075247
  21  19.988807 -3.972533 12.698167
  22 LOCAL_DIAG_VITERBI -- [Inside SCFG]
  23 winner = OTH
  24 OTH  ends = 0 75
  25 COD  ends = 74 0
  26 RNA  ends = 0 12
  27               OTH =       20.871             COD =       -4.957             RNA =       15.208
  28    logoddspostOTH =        0.000  logoddspostCOD =      -25.828  logoddspostRNA =       -5.663
  29
  30 # 2  [+ strand]
  31 >DA0780-1- (76)
  32 >ECOLI-4034592- (76)
  33
  34 length alignment: 76 (id=77.63)
  35 posX: 0-75 [0-72](73) -- (0.18 0.30 0.36 0.16)
  36 posY: 0-75 [0-71](72) -- (0.17 0.29 0.33 0.21)
  37  21.414226 -10.515196 16.075247
  38  19.988807 -3.972533 12.698167
  39 LOCAL_DIAG_VITERBI -- [Inside SCFG]
  40 winner = OTH
  41 OTH  ends = 0 75
  42 COD  ends = 74 0
  43 RNA  ends = 0 12
  44               OTH =       20.871             COD =       -4.957             RNA =       15.208
  45    logoddspostOTH =        0.000  logoddspostCOD =      -25.828  logoddspostRNA =       -5.663
  46
  47 # 3  [+ strand]
  48 >DA0780-1- (70)
  49 >ECOLI-3979754- (70)
  50
  51 length alignment: 70 (id=72.86)
  52 posX: 0-69 [0-68](69) -- (0.17 0.29 0.38 0.16)
  53 posY: 0-69 [0-69](70) -- (0.16 0.30 0.36 0.19)
  54  21.384909 12.463364 22.249356
  55  21.249381 17.921616 22.037246
  56 LOCAL_DIAG_VITERBI -- [Inside SCFG]
  57 winner = RNA
  58 OTH  ends = 0 69
  59 COD  ends = 68 1
  60 RNA  ends = 3 69
  61               OTH =       21.319             COD =       16.954             RNA =       22.147
  62    logoddspostOTH =        0.000  logoddspostCOD =       -4.365  logoddspostRNA =        0.828
  63
  64 # 4  [+ strand]
  65 >DA0780-8- (56)
  66 >ECOLI-779995- (56)
  67
  68 length alignment: 56 (id=71.43)
  69 posX: 0-55 [0-55](56) -- (0.20 0.29 0.34 0.18)
  70 posY: 0-55 [0-54](55) -- (0.18 0.29 0.35 0.18)
  71  14.761275 -0.369781 17.076846
  72  14.838704 10.225100 21.877122
  73 LOCAL_DIAG_VITERBI -- [Inside SCFG]
  74 winner = RNA
  75 OTH  ends = 55 0
  76 COD  ends = 54 0
  77 RNA  ends = 35 19
  78               OTH =       14.801             COD =        9.226             RNA =       20.928
  79    logoddspostOTH =        0.000  logoddspostCOD =       -5.574  logoddspostRNA =        6.127
  80
  81 # 5  [+ strand]
  82 >DA0780-8- (56)
  83 >ECOLI-780298- (56)
  84
  85 length alignment: 56 (id=71.43)
  86 posX: 0-55 [0-55](56) -- (0.20 0.29 0.34 0.18)
  87 posY: 0-55 [0-54](55) -- (0.18 0.29 0.35 0.18)
  88  14.761275 -0.369781 17.076846
  89  14.838704 10.225100 21.877122
  90 LOCAL_DIAG_VITERBI -- [Inside SCFG]
  91 winner = RNA
  92 OTH  ends = 55 0
  93 COD  ends = 54 0
  94 RNA  ends = 35 19
  95               OTH =       14.801             COD =        9.226             RNA =       20.928
  96    logoddspostOTH =        0.000  logoddspostCOD =       -5.574  logoddspostRNA =        6.127
  97
  98 # 6  [+ strand]
  99 >DA0780-8- (56)
 100 >ECOLI-2518730- (56)
 101
 102 length alignment: 56 (id=71.43)
 103 posX: 0-55 [0-55](56) -- (0.20 0.29 0.34 0.18)
 104 posY: 0-55 [0-54](55) -- (0.18 0.29 0.35 0.18)
 105  14.761275 -0.369781 17.076846
 106  14.838704 10.225100 21.877122
 107 LOCAL_DIAG_VITERBI -- [Inside SCFG]
 108 winner = RNA
 109 OTH  ends = 55 0
 110 COD  ends = 54 0
 111 RNA  ends = 35 19
 112               OTH =       14.801             COD =        9.226             RNA =       20.928
 113    logoddspostOTH =        0.000  logoddspostCOD =       -5.574  logoddspostRNA =        6.127
 114
 115 # 7  [+ strand]
 116 >DA0780-8- (56)
 117 >ECOLI-2518850- (56)
 118
 119 length alignment: 56 (id=71.43)
 120 posX: 0-55 [0-55](56) -- (0.20 0.29 0.34 0.18)
 121 posY: 0-55 [0-54](55) -- (0.18 0.29 0.35 0.18)
 122  14.761275 -0.369781 17.076846
 123  14.838704 10.225100 21.877122
 124 LOCAL_DIAG_VITERBI -- [Inside SCFG]
 125 winner = RNA
 126 OTH  ends = 55 0
 127 COD  ends = 54 0
 128 RNA  ends = 35 19
 129               OTH =       14.801             COD =        9.226             RNA =       20.928
 130    logoddspostOTH =        0.000  logoddspostCOD =       -5.574  logoddspostRNA =        6.127
 131
 132 # 8  [+ strand]
 133 >DA0780-8- (56)
 134 >ECOLI-2518972- (56)
 135
 136 length alignment: 56 (id=71.43)
 137 posX: 0-55 [0-55](56) -- (0.20 0.29 0.34 0.18)
 138 posY: 0-55 [0-54](55) -- (0.18 0.29 0.35 0.18)
 139  14.761275 -0.369781 17.076846
 140  14.838704 10.225100 21.877122
 141 LOCAL_DIAG_VITERBI -- [Inside SCFG]
 142 winner = RNA
 143 OTH  ends = 55 0
 144 COD  ends = 54 0
 145 RNA  ends = 35 19
 146               OTH =       14.801             COD =        9.226             RNA =       20.928
 147    logoddspostOTH =        0.000  logoddspostCOD =       -5.574  logoddspostRNA =        6.127
 148
 149 # 9  [+ strand]
 150 >DA0780-2- (73)
 151 >ECOLI-2284230- (73)
 152
 153 length alignment: 73 (id=64.38)
 154 posX: 0-72 [0-71](72) -- (0.18 0.31 0.35 0.17)
 155 posY: 0-72 [0-72](73) -- (0.15 0.27 0.38 0.19)
 156  13.918545 -8.608490 24.007519
 157  15.073192 7.016852 12.344431
 158 LOCAL_DIAG_VITERBI -- [Inside SCFG]
 159 winner = RNA
 160 OTH  ends = 72 0
 161 COD  ends = 72 0
 162 RNA  ends = 0 70
 163               OTH =       14.608             COD =        6.017             RNA =       23.008
 164    logoddspostOTH =        0.000  logoddspostCOD =       -8.592  logoddspostRNA =        8.400
 165
 166 # 10  [+ strand]
 167 >DA0780-7- (59)
 168 >ECOLI-2945191- (59)
 169
 170 length alignment: 59 (id=67.80)
 171 posX: 0-58 [0-55](56) -- (0.20 0.27 0.36 0.18)
 172 posY: 0-58 [0-56](57) -- (0.19 0.28 0.32 0.21)
 173  7.994668 -17.443195 7.730549
 174  8.785962 -9.672509 13.155362
 175 LOCAL_DIAG_VITERBI -- [Inside SCFG]
 176 winner = RNA
 177 OTH  ends = 58 0
 178 COD  ends = 58 1
 179 RNA  ends = 39 21
 180               OTH =        8.444             COD =      -10.666             RNA =       12.189
 181    logoddspostOTH =        0.000  logoddspostCOD =      -19.110  logoddspostRNA =        3.745
 182
 183 # 11  [+ strand]
 184 >DA0780-7- (59)
 185 >ECOLI-2945301- (59)
 186
 187 length alignment: 59 (id=67.80)
 188 posX: 0-58 [0-55](56) -- (0.20 0.27 0.36 0.18)
 189 posY: 0-58 [0-56](57) -- (0.19 0.28 0.32 0.21)
 190  7.994668 -17.443195 7.730549
 191  8.785962 -9.672509 13.155362
 192 LOCAL_DIAG_VITERBI -- [Inside SCFG]
 193 winner = RNA
 194 OTH  ends = 58 0
 195 COD  ends = 58 1
 196 RNA  ends = 39 21
 197               OTH =        8.444             COD =      -10.666             RNA =       12.189
 198    logoddspostOTH =        0.000  logoddspostCOD =      -19.110  logoddspostRNA =        3.745
 199
 200 # 12  [+ strand]
 201 >DA0780-7- (59)
 202 >ECOLI-2945411- (59)
 203
 204 length alignment: 59 (id=67.80)
 205 posX: 0-58 [0-55](56) -- (0.20 0.27 0.36 0.18)
 206 posY: 0-58 [0-56](57) -- (0.19 0.28 0.32 0.21)
 207  7.994668 -17.443195 7.730549
 208  8.785962 -9.672509 13.155362
 209 LOCAL_DIAG_VITERBI -- [Inside SCFG]
 210 winner = RNA
 211 OTH  ends = 58 0
 212 COD  ends = 58 1
 213 RNA  ends = 39 21
 214               OTH =        8.444             COD =      -10.666             RNA =       12.189
 215    logoddspostOTH =        0.000  logoddspostCOD =      -19.110  logoddspostRNA =        3.745
 216
 217 # 13  [+ strand]
 218 >DA0780-1- (76)
 219 >ECOLI-3424373- (76)
 220
 221 length alignment: 76 (id=77.63)
 222 posX: 0-75 [0-72](73) -- (0.16 0.36 0.30 0.18)
 223 posY: 0-75 [0-71](72) -- (0.21 0.33 0.29 0.17)
 224  20.682006 -9.755632 13.248665
 225  21.241284 -22.237923 16.258281
 226 LOCAL_DIAG_VITERBI -- [Inside SCFG]
 227 winner = OTH
 228 OTH  ends = 75 0
 229 COD  ends = 1 68
 230 RNA  ends = 75 63
 231               OTH =       20.989             COD =      -10.755             RNA =       15.427
 232    logoddspostOTH =        0.000  logoddspostCOD =      -31.744  logoddspostRNA =       -5.561
 233
 234 # 14  [+ strand]
 235 >DA0780-6- (71)
 236 >ECOLI-2815582- (71)
 237
 238 length alignment: 71 (id=71.83)
 239 posX: 0-70 [0-67](68) -- (0.16 0.34 0.31 0.19)
 240 posY: 0-70 [0-68](69) -- (0.19 0.32 0.28 0.22)
 241  16.431838 -14.269383 12.463979
 242  16.326307 -7.331733 13.720289
 243 LOCAL_DIAG_VITERBI -- [Inside SCFG]
 244 winner = OTH
 245 OTH  ends = 0 70
 246 COD  ends = 70 1
 247 RNA  ends = 24 8
 248               OTH =       16.380             COD =       -8.320             RNA =       13.225
 249    logoddspostOTH =        0.000  logoddspostCOD =      -24.700  logoddspostRNA =       -3.155
 250
 251 # 15  [+ strand]
 252 >DA0780-6- (71)
 253 >ECOLI-2815857- (71)
 254
 255 length alignment: 71 (id=71.83)
 256 posX: 0-70 [0-67](68) -- (0.16 0.34 0.31 0.19)
 257 posY: 0-70 [0-68](69) -- (0.19 0.32 0.28 0.22)
 258  16.431838 -14.269383 12.463979
 259  16.326307 -7.331733 13.720289
 260 LOCAL_DIAG_VITERBI -- [Inside SCFG]
 261 winner = OTH
 262 OTH  ends = 0 70
 263 COD  ends = 70 1
 264 RNA  ends = 24 8
 265               OTH =       16.380             COD =       -8.320             RNA =       13.225
 266    logoddspostOTH =        0.000  logoddspostCOD =      -24.700  logoddspostRNA =       -3.155
 267
 268 # 16  [+ strand]
 269 >DA0780-6- (71)
 270 >ECOLI-2815996- (71)
 271
 272 length alignment: 71 (id=71.83)
 273 posX: 0-70 [0-67](68) -- (0.16 0.34 0.31 0.19)
 274 posY: 0-70 [0-68](69) -- (0.19 0.32 0.28 0.22)
 275  16.431838 -14.269383 12.463979
 276  16.326307 -7.331733 13.720289
 277 LOCAL_DIAG_VITERBI -- [Inside SCFG]
 278 winner = OTH
 279 OTH  ends = 0 70
 280 COD  ends = 70 1
 281 RNA  ends = 24 8
 282               OTH =       16.380             COD =       -8.320             RNA =       13.225
 283    logoddspostOTH =        0.000  logoddspostCOD =      -24.700  logoddspostRNA =       -3.155
 284
 285 # 17  [+ strand]
 286 >DA0780-6- (71)
 287 >ECOLI-2816271- (71)
 288
 289 length alignment: 71 (id=71.83)
 290 posX: 0-70 [0-67](68) -- (0.16 0.34 0.31 0.19)
 291 posY: 0-70 [0-68](69) -- (0.19 0.32 0.28 0.22)
 292  16.431838 -14.269383 12.463979
 293  16.326307 -7.331733 13.720289
 294 LOCAL_DIAG_VITERBI -- [Inside SCFG]
 295 winner = OTH
 296 OTH  ends = 0 70
 297 COD  ends = 70 1
 298 RNA  ends = 24 8
 299               OTH =       16.380             COD =       -8.320             RNA =       13.225
 300    logoddspostOTH =        0.000  logoddspostCOD =      -24.700  logoddspostRNA =       -3.155
 301
 302 # 18  [+ strand]
 303 >DA0780-1- (76)
 304 >ECOLI-2515836- (76)
 305
 306 length alignment: 76 (id=71.05)
 307 posX: 0-75 [0-72](73) -- (0.16 0.36 0.30 0.18)
 308 posY: 0-75 [0-71](72) -- (0.21 0.33 0.26 0.19)
 309  14.736984 -14.375325 8.884532
 310  14.851236 -24.156886 9.868232
 311 LOCAL_DIAG_VITERBI -- [Inside SCFG]
 312 winner = OTH
 313 OTH  ends = 75 0
 314 COD  ends = 1 75
 315 RNA  ends = 75 63
 316               OTH =       14.795             COD =      -15.374             RNA =        9.459
 317    logoddspostOTH =        0.000  logoddspostCOD =      -30.169  logoddspostRNA =       -5.337
 318
 319 # 19  [+ strand]
 320 >DA0780-1- (76)
 321 >ECOLI-2515951- (76)
 322
 323 length alignment: 76 (id=71.05)
 324 posX: 0-75 [0-72](73) -- (0.16 0.36 0.30 0.18)
 325 posY: 0-75 [0-71](72) -- (0.21 0.33 0.26 0.19)
 326  14.736984 -14.375325 8.884532
 327  14.851236 -24.156886 9.868232
 328 LOCAL_DIAG_VITERBI -- [Inside SCFG]
 329 winner = OTH
 330 OTH  ends = 75 0
 331 COD  ends = 1 75
 332 RNA  ends = 75 63
 333               OTH =       14.795             COD =      -15.374             RNA =        9.459
 334    logoddspostOTH =        0.000  logoddspostCOD =      -30.169  logoddspostRNA =       -5.337
 335
 336 # 20  [+ strand]
 337 >DA0780-6- (52)
 338 >ECOLI-2155594- (52)
 339
 340 length alignment: 52 (id=71.15)
 341 posX: 0-51 [0-48](49) -- (0.16 0.41 0.27 0.16)
 342 posY: 0-51 [0-48](49) -- (0.18 0.41 0.29 0.12)
 343  5.862400 -19.930995 -1.194701
 344  7.783836 -15.355771 0.726735
 345 LOCAL_DIAG_VITERBI -- [Inside SCFG]
 346 winner = OTH
 347 OTH  ends = 51 0
 348 COD  ends = 50 0
 349 RNA  ends = 52 52
 350               OTH =        7.122             COD =      -16.296             RNA =        0.065
 351    logoddspostOTH =        0.000  logoddspostCOD =      -23.418  logoddspostRNA =       -7.057
 352
 353 # 21  [+ strand]
 354 >DA0780-7- (59)
 355 >ECOLI-3315645- (59)
 356
 357 length alignment: 59 (id=66.10)
 358 posX: 0-58 [0-55](56) -- (0.18 0.36 0.27 0.20)
 359 posY: 0-58 [0-56](57) -- (0.21 0.30 0.28 0.21)
 360  7.886726 -12.920042 12.597060
 361  6.999592 -16.997763 6.986972
 362 LOCAL_DIAG_VITERBI -- [Inside SCFG]
 363 winner = RNA
 364 OTH  ends = 0 58
 365 COD  ends = 0 58
 366 RNA  ends = 20 36
 367               OTH =        7.510             COD =      -13.837             RNA =       11.626
 368    logoddspostOTH =        0.000  logoddspostCOD =      -21.347  logoddspostRNA =        4.116
 369
 370 # 22  [+ strand]
 371 >DA0940-1- (77)
 372 >ECOLI-225500- (77)
 373
 374 length alignment: 77 (id=75.32)
 375 posX: 0-76 [0-75](76) -- (0.14 0.34 0.37 0.14)
 376 posY: 0-76 [0-74](75) -- (0.16 0.31 0.33 0.20)
 377  24.181055 -0.353323 26.401988
 378  23.109013 11.590026 23.929123
 379 LOCAL_DIAG_VITERBI -- [Inside SCFG]
 380 winner = RNA
 381 OTH  ends = 0 76
 382 COD  ends = 76 0
 383 RNA  ends = 0 73
 384               OTH =       23.742             COD =       10.590             RNA =       25.641
 385    logoddspostOTH =        0.000  logoddspostCOD =      -13.152  logoddspostRNA =        1.899
 386
 387 # 23  [+ strand]
 388 >DA0940-1- (77)
 389 >ECOLI-4034591- (77)
 390
 391 length alignment: 77 (id=75.32)
 392 posX: 0-76 [0-75](76) -- (0.14 0.34 0.37 0.14)
 393 posY: 0-76 [0-74](75) -- (0.16 0.31 0.33 0.20)
 394  24.181055 -0.353323 26.401988
 395  23.109013 11.590026 23.929123
 396 LOCAL_DIAG_VITERBI -- [Inside SCFG]
 397 winner = RNA
 398 OTH  ends = 0 76
 399 COD  ends = 76 0
 400 RNA  ends = 0 73
 401               OTH =       23.742             COD =       10.590             RNA =       25.641
 402    logoddspostOTH =        0.000  logoddspostCOD =      -13.152  logoddspostRNA =        1.899
 403
 404 # 24  [+ strand]
 405 >DA0940-1- (77)
 406 >ECOLI-779777- (77)
 407
 408 length alignment: 77 (id=70.13)
 409 posX: 0-76 [0-75](76) -- (0.14 0.34 0.37 0.14)
 410 posY: 0-76 [0-74](75) -- (0.21 0.24 0.27 0.28)
 411  19.326669 -6.735706 19.727199
 412  19.360233 -2.001147 14.966454
 413 LOCAL_DIAG_VITERBI -- [Inside SCFG]
 414 winner = OTH
 415 OTH  ends = 76 0
 416 COD  ends = 74 1
 417 RNA  ends = 0 73
 418               OTH =       19.344             COD =       -2.948             RNA =       18.779
 419    logoddspostOTH =        0.000  logoddspostCOD =      -22.291  logoddspostRNA =       -0.564
 420
 421 # 25  [+ strand]
 422 >DA0940-1- (77)
 423 >ECOLI-780066- (77)
 424
 425 length alignment: 77 (id=70.13)
 426 posX: 0-76 [0-75](76) -- (0.14 0.34 0.37 0.14)
 427 posY: 0-76 [0-74](75) -- (0.21 0.24 0.27 0.28)
 428  19.326669 -6.735706 19.727199
 429  19.360233 -2.001147 14.966454
 430 LOCAL_DIAG_VITERBI -- [Inside SCFG]
 431 winner = OTH
 432 OTH  ends = 76 0
 433 COD  ends = 74 1
 434 RNA  ends = 0 73
 435               OTH =       19.344             COD =       -2.948             RNA =       18.779
 436    logoddspostOTH =        0.000  logoddspostCOD =      -22.291  logoddspostRNA =       -0.564
 437
 438 # 26  [+ strand]
 439 >DA0940-1- (77)
 440 >ECOLI-780370- (77)
 441
 442 length alignment: 77 (id=70.13)
 443 posX: 0-76 [0-75](76) -- (0.14 0.34 0.37 0.14)
 444 posY: 0-76 [0-74](75) -- (0.21 0.24 0.27 0.28)
 445  19.326669 -6.735706 19.727199
 446  19.360233 -2.001147 14.966454
 447 LOCAL_DIAG_VITERBI -- [Inside SCFG]
 448 winner = OTH
 449 OTH  ends = 76 0
 450 COD  ends = 74 1
 451 RNA  ends = 0 73
 452               OTH =       19.344             COD =       -2.948             RNA =       18.779
 453    logoddspostOTH =        0.000  logoddspostCOD =      -22.291  logoddspostRNA =       -0.564
 454
 455 # 27  [+ strand]
 456 >DA0940-1- (77)
 457 >ECOLI-780592- (77)
 458
 459 length alignment: 77 (id=70.13)
 460 posX: 0-76 [0-75](76) -- (0.14 0.34 0.37 0.14)
 461 posY: 0-76 [0-74](75) -- (0.21 0.24 0.27 0.28)
 462  19.326669 -6.735706 19.727199
 463  19.360233 -2.001147 14.966454
 464 LOCAL_DIAG_VITERBI -- [Inside SCFG]
 465 winner = OTH
 466 OTH  ends = 76 0
 467 COD  ends = 74 1
 468 RNA  ends = 0 73
 469               OTH =       19.344             COD =       -2.948             RNA =       18.779
 470    logoddspostOTH =        0.000  logoddspostCOD =      -22.291  logoddspostRNA =       -0.564
 471
 472 # 28  [+ strand]
 473 >DA0940-1- (77)
 474 >ECOLI-780800- (77)
 475
 476 length alignment: 77 (id=70.13)
 477 posX: 0-76 [0-75](76) -- (0.14 0.34 0.37 0.14)
 478 posY: 0-76 [0-74](75) -- (0.21 0.24 0.27 0.28)
 479  19.326669 -6.735706 19.727199
 480  19.360233 -2.001147 14.966454
 481 LOCAL_DIAG_VITERBI -- [Inside SCFG]
 482 winner = OTH
 483 OTH  ends = 76 0
 484 COD  ends = 74 1
 485 RNA  ends = 0 73
 486               OTH =       19.344             COD =       -2.948             RNA =       18.779
 487    logoddspostOTH =        0.000  logoddspostCOD =      -22.291  logoddspostRNA =       -0.564
 488
 489 # 29  [+ strand]
 490 >DA0940-1- (77)
 491 >ECOLI-2519045- (77)
 492
 493 length alignment: 77 (id=70.13)
 494 posX: 0-76 [0-75](76) -- (0.14 0.34 0.37 0.14)
 495 posY: 0-76 [0-74](75) -- (0.21 0.24 0.27 0.28)
 496  19.326669 -6.735706 19.727199
 497  19.360233 -2.001147 14.966454
 498 LOCAL_DIAG_VITERBI -- [Inside SCFG]
 499 winner = OTH
 500 OTH  ends = 76 0
 501 COD  ends = 74 1
 502 RNA  ends = 0 73
 503               OTH =       19.344             COD =       -2.948             RNA =       18.779
 504    logoddspostOTH =        0.000  logoddspostCOD =      -22.291  logoddspostRNA =       -0.564
 505
 506 # 30  [+ strand]
 507 >DA0940-1- (78)
 508 >ECOLI-563946- (78)
 509
 510 length alignment: 78 (id=69.23)
 511 posX: 0-77 [0-75](76) -- (0.14 0.34 0.37 0.14)
 512 posY: 0-77 [0-75](76) -- (0.18 0.30 0.32 0.20)
 513  17.963663 -9.269558 17.104482
 514  18.280556 -6.326426 22.143566
 515 LOCAL_DIAG_VITERBI -- [Inside SCFG]
 516 winner = RNA
 517 OTH  ends = 77 0
 518 COD  ends = 72 1
 519 RNA  ends = 44 28
 520               OTH =       18.131             COD =       -7.150             RNA =       21.187
 521    logoddspostOTH =        0.000  logoddspostCOD =      -25.281  logoddspostRNA =        3.056
 522
 523 # 31  [+ strand]
 524 >DA0940-1- (78)
 525 >ECOLI-3979754- (78)
 526
 527 length alignment: 78 (id=69.23)
 528 posX: 0-77 [0-75](76) -- (0.14 0.34 0.37 0.14)
 529 posY: 0-77 [0-75](76) -- (0.14 0.33 0.36 0.17)
 530  18.718315 -12.877073 20.514241
 531  18.551819 -5.649083 11.109117
 532 LOCAL_DIAG_VITERBI -- [Inside SCFG]
 533 winner = RNA
 534 OTH  ends = 0 77
 535 COD  ends = 76 1
 536 RNA  ends = 0 74
 537               OTH =       18.637             COD =       -6.639             RNA =       19.516
 538    logoddspostOTH =        0.000  logoddspostCOD =      -25.277  logoddspostRNA =        0.879
 539
 540 # 32  [+ strand]
 541 >DA0940-2- (75)
 542 >ECOLI-3980115- (75)
 543
 544 length alignment: 75 (id=64.00)
 545 posX: 0-74 [0-74](75) -- (0.15 0.35 0.36 0.15)
 546 posY: 0-74 [0-74](75) -- (0.16 0.27 0.36 0.21)
 547  16.673417 5.650160 34.947176
 548  16.791520 4.389619 18.597200
 549 LOCAL_DIAG_VITERBI -- [Inside SCFG]
 550 winner = RNA
 551 OTH  ends = 74 0
 552 COD  ends = 2 73
 553 RNA  ends = 0 70
 554               OTH =       16.734             COD =        5.153             RNA =       33.947
 555    logoddspostOTH =        0.000  logoddspostCOD =      -11.580  logoddspostRNA =       17.214
 556
 557 # 33  [+ strand]
 558 >DA0940-8- (58)
 559 >ECOLI-3979896- (58)
 560
 561 length alignment: 58 (id=68.97)
 562 posX: 0-57 [0-56](57) -- (0.18 0.32 0.33 0.18)
 563 posY: 0-57 [0-55](56) -- (0.16 0.21 0.30 0.32)
 564  11.514323 -1.612738 9.963681
 565  11.181613 -0.641287 8.426787
 566 LOCAL_DIAG_VITERBI -- [Inside SCFG]
 567 winner = OTH
 568 OTH  ends = 0 57
 569 COD  ends = 57 0
 570 RNA  ends = 20 37
 571               OTH =       11.358             COD =       -1.047             RNA =        9.391
 572    logoddspostOTH =        0.000  logoddspostCOD =      -12.404  logoddspostRNA =       -1.967
 573
 574 # 34  [+ strand]
 575 >DA0940-1- (77)
 576 >ECOLI-3424371- (77)
 577
 578 length alignment: 77 (id=75.32)
 579 posX: 0-76 [0-75](76) -- (0.14 0.37 0.34 0.14)
 580 posY: 0-76 [0-74](75) -- (0.20 0.33 0.31 0.16)
 581  23.109013 5.520843 24.913393
 582  24.181055 9.917873 33.181724
 583 LOCAL_DIAG_VITERBI -- [Inside SCFG]
 584 winner = RNA
 585 OTH  ends = 76 0
 586 COD  ends = 76 2
 587 RNA  ends = 76 3
 588               OTH =       23.742             COD =        8.985             RNA =       32.186
 589    logoddspostOTH =        0.000  logoddspostCOD =      -14.758  logoddspostRNA =        8.444
 590
 591 # 35  [+ strand]
 592 >DA0940-1- (77)
 593 >ECOLI-2515834- (77)
 594
 595 length alignment: 77 (id=70.13)
 596 posX: 0-76 [0-75](76) -- (0.14 0.37 0.34 0.14)
 597 posY: 0-76 [0-74](75) -- (0.20 0.33 0.28 0.19)
 598  18.645991 3.152473 25.533618
 599  18.627918 3.690656 29.967242
 600 LOCAL_DIAG_VITERBI -- [Inside SCFG]
 601 winner = RNA
 602 OTH  ends = 0 76
 603 COD  ends = 76 2
 604 RNA  ends = 76 3
 605               OTH =       18.637             COD =        3.447             RNA =       29.033
 606    logoddspostOTH =        0.000  logoddspostCOD =      -15.190  logoddspostRNA =       10.396
 607
 608 # 36  [+ strand]
 609 >DA0940-1- (77)
 610 >ECOLI-2515949- (77)
 611
 612 length alignment: 77 (id=70.13)
 613 posX: 0-76 [0-75](76) -- (0.14 0.37 0.34 0.14)
 614 posY: 0-76 [0-74](75) -- (0.20 0.33 0.28 0.19)
 615  18.645991 3.152473 25.533618
 616  18.627918 3.690656 29.967242
 617 LOCAL_DIAG_VITERBI -- [Inside SCFG]
 618 winner = RNA
 619 OTH  ends = 0 76
 620 COD  ends = 76 2
 621 RNA  ends = 76 3
 622               OTH =       18.637             COD =        3.447             RNA =       29.033
 623    logoddspostOTH =        0.000  logoddspostCOD =      -15.190  logoddspostRNA =       10.396
 624
 625 # 37  [+ strand]
 626 >DA0940-5- (76)
 627 >ECOLI-2815580- (76)
 628
 629 length alignment: 76 (id=71.05)
 630 posX: 0-75 [0-71](72) -- (0.15 0.35 0.35 0.15)
 631 posY: 0-75 [0-71](72) -- (0.18 0.31 0.31 0.21)
 632  13.333636 -36.156781 13.057277
 633  13.159042 -36.377514 9.144681
 634 LOCAL_DIAG_VITERBI -- [Inside SCFG]
 635 winner = OTH
 636 OTH  ends = 0 75
 637 COD  ends = 0 73
 638 RNA  ends = 32 52
 639               OTH =       13.249             COD =      -36.263             RNA =       12.150
 640    logoddspostOTH =        0.000  logoddspostCOD =      -49.512  logoddspostRNA =       -1.099
 641
 642 # 38  [+ strand]
 643 >DA0940-5- (76)
 644 >ECOLI-2815855- (76)
 645
 646 length alignment: 76 (id=71.05)
 647 posX: 0-75 [0-71](72) -- (0.15 0.35 0.35 0.15)
 648 posY: 0-75 [0-71](72) -- (0.18 0.31 0.31 0.21)
 649  13.333636 -36.156781 13.057277
 650  13.159042 -36.377514 9.144681
 651 LOCAL_DIAG_VITERBI -- [Inside SCFG]
 652 winner = OTH
 653 OTH  ends = 0 75
 654 COD  ends = 0 73
 655 RNA  ends = 32 52
 656               OTH =       13.249             COD =      -36.263             RNA =       12.150
 657    logoddspostOTH =        0.000  logoddspostCOD =      -49.512  logoddspostRNA =       -1.099
 658
 659 # 39  [+ strand]
 660 >DA0940-5- (76)
 661 >ECOLI-2815994- (76)
 662
 663 length alignment: 76 (id=71.05)
 664 posX: 0-75 [0-71](72) -- (0.15 0.35 0.35 0.15)
 665 posY: 0-75 [0-71](72) -- (0.18 0.31 0.31 0.21)
 666  13.333636 -36.156781 13.057277
 667  13.159042 -36.377514 9.144681
 668 LOCAL_DIAG_VITERBI -- [Inside SCFG]
 669 winner = OTH
 670 OTH  ends = 0 75
 671 COD  ends = 0 73
 672 RNA  ends = 32 52
 673               OTH =       13.249             COD =      -36.263             RNA =       12.150
 674    logoddspostOTH =        0.000  logoddspostCOD =      -49.512  logoddspostRNA =       -1.099
 675
 676 # 40  [+ strand]
 677 >DA0940-5- (76)
 678 >ECOLI-2816269- (76)
 679
 680 length alignment: 76 (id=71.05)
 681 posX: 0-75 [0-71](72) -- (0.15 0.35 0.35 0.15)
 682 posY: 0-75 [0-71](72) -- (0.18 0.31 0.31 0.21)
 683  13.333636 -36.156781 13.057277
 684  13.159042 -36.377514 9.144681
 685 LOCAL_DIAG_VITERBI -- [Inside SCFG]
 686 winner = OTH
 687 OTH  ends = 0 75
 688 COD  ends = 0 73
 689 RNA  ends = 32 52
 690               OTH =       13.249             COD =      -36.263             RNA =       12.150
 691    logoddspostOTH =        0.000  logoddspostCOD =      -49.512  logoddspostRNA =       -1.099
 692
 693 # 41  [+ strand]
 694 >DA0940-9- (69)
 695 >ECOLI-1804478- (69)
 696
 697 length alignment: 69 (id=66.67)
 698 posX: 0-68 [0-67](68) -- (0.15 0.34 0.35 0.16)
 699 posY: 0-68 [0-66](67) -- (0.13 0.39 0.31 0.16)
 700  10.953909 -9.639667 10.662024
 701  12.823044 -5.075973 10.777964
 702 LOCAL_DIAG_VITERBI -- [Inside SCFG]
 703 winner = OTH
 704 OTH  ends = 68 0
 705 COD  ends = 66 1
 706 RNA  ends = 51 31
 707               OTH =       12.172             COD =       -6.016             RNA =       10.721
 708    logoddspostOTH =        0.000  logoddspostCOD =      -18.188  logoddspostRNA =       -1.451
 709
 710 # 42  [+ strand]
 711 >DA0940-8- (58)
 712 >ECOLI-3706024- (58)
 713
 714 length alignment: 58 (id=68.97)
 715 posX: 0-57 [0-55](56) -- (0.18 0.34 0.30 0.18)
 716 posY: 0-57 [0-55](56) -- (0.20 0.39 0.25 0.16)
 717  9.771742 -15.688073 2.357499
 718  9.187335 -13.325765 1.773092
 719 LOCAL_DIAG_VITERBI -- [Inside SCFG]
 720 winner = OTH
 721 OTH  ends = 0 57
 722 COD  ends = 55 1
 723 RNA  ends = -1 -1
 724               OTH =        9.509             COD =      -14.069             RNA =        2.095
 725    logoddspostOTH =        0.000  logoddspostCOD =      -23.578  logoddspostRNA =       -7.414
 726
 727 # 43  [+ strand]
 728 >DA0940-7- (73)
 729 >ECOLI-695888- (73)
 730
 731 length alignment: 73 (id=64.38)
 732 posX: 0-72 [0-69](70) -- (0.16 0.34 0.34 0.16)
 733 posY: 0-72 [0-69](70) -- (0.24 0.26 0.26 0.24)
 734  10.281468 -22.207847 3.873799
 735  9.636380 -19.716135 1.831177
 736 LOCAL_DIAG_VITERBI -- [Inside SCFG]
 737 winner = OTH
 738 OTH  ends = 0 72
 739 COD  ends = 72 1
 740 RNA  ends = 10 26
 741               OTH =        9.995             COD =      -20.480             RNA =        3.187
 742    logoddspostOTH =        0.000  logoddspostCOD =      -30.475  logoddspostRNA =       -6.807
 743
 744 # 44  [+ strand]
 745 >DA0940-7- (73)
 746 >ECOLI-696281- (73)
 747
 748 length alignment: 73 (id=64.38)
 749 posX: 0-72 [0-69](70) -- (0.16 0.34 0.34 0.16)
 750 posY: 0-72 [0-69](70) -- (0.24 0.26 0.26 0.24)
 751  10.281468 -22.207847 3.873799
 752  9.636380 -19.716135 1.831177
 753 LOCAL_DIAG_VITERBI -- [Inside SCFG]
 754 winner = OTH
 755 OTH  ends = 0 72
 756 COD  ends = 72 1
 757 RNA  ends = 10 26
 758               OTH =        9.995             COD =      -20.480             RNA =        3.187
 759    logoddspostOTH =        0.000  logoddspostCOD =      -30.475  logoddspostRNA =       -6.807
 760
 761 # 45  [+ strand]
 762 >DA0940-6- (62)
 763 >ECOLI-695990- (62)
 764
 765 length alignment: 62 (id=62.90)
 766 posX: 0-61 [0-60](61) -- (0.16 0.38 0.30 0.16)
 767 posY: 0-61 [0-60](61) -- (0.25 0.30 0.26 0.20)
 768  10.452429 5.015902 10.936383
 769  9.772183 2.186248 11.450894
 770 LOCAL_DIAG_VITERBI -- [Inside SCFG]
 771 winner = RNA
 772 OTH  ends = 0 61
 773 COD  ends = 0 61
 774 RNA  ends = 38 22
 775               OTH =       10.152             COD =        4.206             RNA =       11.216
 776    logoddspostOTH =        0.000  logoddspostCOD =       -5.946  logoddspostRNA =        1.064
 777
 778 # 46  [+ strand]
 779 >DA0940-6- (62)
 780 >ECOLI-696099- (62)
 781
 782 length alignment: 62 (id=62.90)
 783 posX: 0-61 [0-60](61) -- (0.16 0.38 0.30 0.16)
 784 posY: 0-61 [0-60](61) -- (0.25 0.30 0.26 0.20)
 785  10.452429 5.015902 10.936383
 786  9.772183 2.186248 11.450894
 787 LOCAL_DIAG_VITERBI -- [Inside SCFG]
 788 winner = RNA
 789 OTH  ends = 0 61
 790 COD  ends = 0 61
 791 RNA  ends = 38 22
 792               OTH =       10.152             COD =        4.206             RNA =       11.216
 793    logoddspostOTH =        0.000  logoddspostCOD =       -5.946  logoddspostRNA =        1.064
 794
 795 # 47  [+ strand]
 796 >DA0940-10- (69)
 797 >ECOLI-2816349- (69)
 798
 799 length alignment: 69 (id=63.77)
 800 posX: 0-68 [0-66](67) -- (0.15 0.34 0.36 0.15)
 801 posY: 0-68 [0-65](66) -- (0.18 0.27 0.36 0.18)
 802  9.155278 -17.238488 5.252253
 803  9.115589 -17.289968 6.575597
 804 LOCAL_DIAG_VITERBI -- [Inside SCFG]
 805 winner = OTH
 806 OTH  ends = 0 68
 807 COD  ends = 0 56
 808 RNA  ends = 26 10
 809               OTH =        9.136             COD =      -17.264             RNA =        6.061
 810    logoddspostOTH =        0.000  logoddspostCOD =      -26.400  logoddspostRNA =       -3.075
 811