t/data/exonerate.output.dontwork

   1 Command line: [exonerate -q test_aa.fa -t test_cds.fa --model protein2dna]
   2 Hostname: [fgu204.anat.ox.ac.uk]
   3 C4 Alignment display:
   4   Model: protein2dna
   5   Raw score: 1059
   6   Aligned positions 0->204 of query
   7   Aligned positions 2->614 of target
   8
   9 Query: SJCHGC00851 AA
  10 Target: SJCHGC00851 CDS
  11
  12    1 : ArgAlaProArgProSerLeuLeuTyrPheAsnValPheLeuLeuLeuValHisSerPheSerG :  22
  13        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  14        ArgAlaProArgProSerLeuLeuTyrPheAsnValPheLeuLeuLeuValHisSerPheSerG
  15    3 : CGTGCCCCTCGTCCTTCTTTGCTCTACTTCAACGTGTTTCTTTTGTTGGTTCATTCATTTTCAC :  66
  16
  17   23 : lnAspLysLysAspValLeuLysLysLeuAsnSerThrLeuLeuSerMetGluAsnSerLeuLe :  43
  18        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  19        lnAspLysLysAspValLeuLysLysLeuAsnSerThrLeuLeuSerMetGluAsnSerLeuLe
  20   67 : AAGATAAAAAGGATGTGTTGAAGAAGTTAAACTCTACTTTACTTTCAATGGAAAACAGCTTATT : 129
  21
  22   44 : uLysValGlnGlnAsnIleGlnAsnThrAspHisGluValLysAsnSerThrLysArgIleAsn :  64
  23        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  24        uLysValGlnGlnAsnIleGlnAsnThrAspHisGluValLysAsnSerThrLysArgIleAsn
  25  130 : AAAAGTTCAACAAAACATTCAAAACACTGACCACGAAGTAAAGAATTCGACAAAGAGAATAAAT : 192
  26
  27   65 : LysValLeuAlaProHisGlyArgThrIleAspGluTyrValLysCysLysThrAsnGluPheL :  86
  28        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  29        LysValLeuAlaProHisGlyArgThrIleAspGluTyrValLysCysLysThrAsnGluPheL
  30  193 : AAAGTACTTGCACCTCACGGAAGAACAATTGACGAATATGTCAAATGCAAAACTAATGAATTTA : 258
  31
  32   87 : ysAlaGluGluGlyLeuSerThrAsnThrLysPheLeuLysGluPheIleProGlyThrPheAr : 107
  33        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  34        ysAlaGluGluGlyLeuSerThrAsnThrLysPheLeuLysGluPheIleProGlyThrPheAr
  35  259 : AAGCTGAAGAAGGTTTATCTACAAATACTAAATTCTTAAAAGAGTTTATTCCTGGAACTTTTCG : 321
  36
  37  108 : gValTyrArgLysTyrLeuThrAspGluAspIleHisTrpLysAsnAlaAlaGluGluArgLys : 128
  38        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  39        gValTyrArgLysTyrLeuThrAspGluAspIleHisTrpLysAsnAlaAlaGluGluArgLys
  40  322 : TGTTTATAGAAAATACCTGACTGATGAAGATATACATTGGAAAAACGCCGCTGAAGAACGGAAG : 384
  41
  42  129 : AlaLysTyrLysThrMetAlaLeuGluHisThrSerGluLysCysAspGluLeuAlaAspGlnP : 150
  43        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  44        AlaLysTyrLysThrMetAlaLeuGluHisThrSerGluLysCysAspGluLeuAlaAspGlnP
  45  385 : GCAAAATATAAAACAATGGCCTTAGAGCACACTTCGGAAAAGTGTGATGAACTTGCTGATCAAT : 450
  46
  47  151 : heProGluAlaPheValGluIleGlnGluLeuLysAspGlnIleTyrGluArgGlnArgTyrGl : 171
  48        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  49        heProGluAlaPheValGluIleGlnGluLeuLysAspGlnIleTyrGluArgGlnArgTyrGl
  50  451 : TTCCTGAAGCGTTTGTAGAAATTCAAGAACTTAAGGATCAAATATATGAACGACAAAGATACGA : 513
  51
  52  172 : uLeuGlnTyrAspTyrMetPheTyrLysPhePheValLeuLeuAspIleTyrArgLysValGln : 192
  53        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  54        uLeuGlnTyrAspTyrMetPheTyrLysPhePheValLeuLeuAspIleTyrArgLysValGln
  55  514 : ATTACAATATGATTATATGTTTTATAAGTTTTTCGTGCTATTAGATATTTATAGAAAAGTGCAA : 576
  56
  57  193 : AlaPheAspGluThrArgGluGluHisGluGln*** : 204
  58        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  59        AlaPheAspGluThrArgGluGluHisGluGln***
  60  577 : GCATTTGATGAAACACGTGAAGAACATGAGCAGTGA : 614
  61
  62 vulgar: SJCHGC00851 0 204 . SJCHGC00851 2 614 + 1059 M 204 612
  63 -- completed exonerate analysis