t/data/exonerate.whitespace_before_query.works

   1 Command line: [exonerate -q exonerate_cdna.fa -t exonerate_genomic.fa --model est2genome --bestn 1]
   2 Hostname: [fgu204.anat.ox.ac.uk]
   3 C4 Alignment display:
   4   Model: est2genome
   5   Raw score: 6137
   6   Aligned positions 3->1279 of query
   7   Aligned positions 28->3074 of target
   8
   9  Query: MUSSPSYN Mouse spermidine synthase mRNA, complete cds.
  10 Target: 4.143962167-143965267 Slice, no description
  11
  12     4 : GTTGTGCT-GGGGGGGTCCGCGCGCCCTGCAGTCCCGAACCCGCTACGCGCTCCGTCGGCCC :   64
  13         |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  14    29 : GTTGTGCTGGGGGGGGTCCGCGCGCCCTGCAGTCCCGAACCCGCTACGCGCTCCGTCGGCCC :   90
  15
  16    65 : GCCCGCCCGCCATGGAGCCTGGCCCCGACGGCCCAGCCGCGCCCGGCCCCGCCGCCATCCGT :  126
  17         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  18    91 : GCCCGCCCGCCATGGAGCCTGGCCCCGACGGCCCAGCCGCGCCCGGCCCCGCCGCCATCCGT :  152
  19
  20   127 : GAGGGCTGGTTCCGAGAGACCTGCAGCCTGTGGCCCGGCCAGGCCCTGTCGCTGCAAGTGGA :  188
  21         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  22   153 : GAGGGCTGGTTCCGAGAGACCTGCAGCCTGTGGCCCGGCCAGGCCCTGTCGCTGCAAGTGGA :  214
  23
  24   189 : GCAGCTGCTTCACCACCGGCGATCGCGGTACCAAGACATCCTCGTCTTCCGCAG  >>>> T :  243
  25         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||++
  26   215 : GCAGCTGCTTCACCACCGGCGATCGCGGTACCAAGACATCCTCGTCTTCCGCAGgt...... :  271
  27
  28   244 : arget Intron 1 >>>>  TAAAACCTACGGCAACGTGCTGGTTCTGGATGGCGTCATCC :  283
  29             257 bp         ++|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  30   272 : ...................agTAAAACCTACGGCAACGTGCTGGTTCTGGATGGCGTCATCC :  566
  31
  32   284 : AGTGTACTGAGAGGGATGAGTTCTCCTACCAGGAGATGATCGCCAACCTGCCGCTCTGCAGC :  345
  33         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  34   567 : AGTGTACTGAGAGGGATGAGTTCTCCTACCAGGAGATGATCGCCAACCTGCCGCTCTGCAGC :  628
  35
  36   346 : CACCCCAACCCGCGGAAG  >>>> Target Intron 2 >>>>  GTGCTGATCATCGGG :  378
  37         ||||||||||||||||||++          317 bp         ++|||||||||||||||
  38   629 : CACCCCAACCCGCGGAAGgt.........................agGTGCTGATCATCGGG :  978
  39
  40   379 : GGTGGAGATGGGGGCGTCCTACGGGAAGTGGTGAAGCACCCCTCTGTGGAGTCGGTGGTCCA :  440
  41         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  42   979 : GGTGGAGATGGGGGCGTCCTACGGGAAGTGGTGAAGCACCCCTCTGTGGAGTCGGTGGTCCA : 1040
  43
  44   441 : GTGCGAGATTGATGAG  >>>> Target Intron 3 >>>>  GATGTCATTGAAGTCTC :  473
  45         ||||||||||||||||++          713 bp         ++|||||||||||||||||
  46  1041 : GTGCGAGATTGATGAGgt.........................agGATGTCATTGAAGTCTC : 1786
  47
  48   474 : TAAGAAGTTCCTGCCTGGCATGGCCGTTGGCTTCTCCAGCTCAAAGCTGACTCTCCACGTGG :  535
  49         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  50  1787 : TAAGAAGTTCCTGCCTGGCATGGCCGTTGGCTTCTCCAGCTCAAAGCTGACTCTCCACGTGG : 1848
  51
  52   536 : GCGATGGCTTTGAGTTCATGAAACAGAACCAAGATGCCTTTGACGTCATCATCACCGACTCC :  597
  53         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  54  1849 : GCGATGGCTTTGAGTTCATGAAACAGAACCAAGATGCCTTTGACGTCATCATCACCGACTCC : 1910
  55
  56   598 : TCAGACCCCATGG  >>>> Target Intron 4 >>>>  GCCCTGCTGAGAGCCTCTTC :  630
  57         |||||||||||||++          326 bp         ++||||||||||||||||||||
  58  1911 : TCAGACCCCATGGgt.........................agGCCCTGCTGAGAGCCTCTTC : 2269
  59
  60   631 : AAGGAGTCCTATTACCAGCTCATGAAGACAGCACTCAAAGAAGATGGCATCCTGTGCTGCCA :  692
  61         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  62  2270 : AAGGAGTCCTATTACCAGCTCATGAAGACAGCACTCAAAGAAGATGGCATCCTGTGCTGCCA : 2331
  63
  64   693 : GGGTGAGTGCCAGTGGCTGCACCTGGACCTCATCAAGGAGATGAGGCACTTCTGCAAATCTC :  754
  65         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  66  2332 : GGGTGAGTGCCAGTGGCTGCACCTGGACCTCATCAAGGAGATGAGGCACTTCTGCAAATCTC : 2393
  67
  68   755 : TCTTCCCCGTGGTGGACTACGCCTACTGTAGCATTCCTACCTATCCCAGCGGCCAGATCGGC :  816
  69         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  70  2394 : TCTTCCCCGTGGTGGACTACGCCTACTGTAGCATTCCTACCTATCCCAGCGGCCAGATCGGC : 2455
  71
  72   817 : TTCATGCTGTGTAGCAAAAACCCG  >>>> Target Intron 5 >>>>  AGCACCAAC :  849
  73         ||||||||||||||||||||||||++          85 bp          ++|||||||||
  74  2456 : TTCATGCTGTGTAGCAAAAACCCGgt.........................agAGCACCAAC : 2573
  75
  76   850 : TTCCGGGAGCCAGTGCAGCAGTTGACACAGGCCCAGGTGGAGCAGATGCAGCTGAAATACTA :  911
  77         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  78  2574 : TTCCGGGAGCCAGTGCAGCAGTTGACACAGGCCCAGGTGGAGCAGATGCAGCTGAAATACTA : 2635
  79
  80   912 : TAACTCGGACATGCACCGTGCCGCCTTCGTACTGCCTGAGTTCACCCGGAAG  >>>> Tar :  964
  81         |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||++
  82  2636 : TAACTCGGACATGCACCGTGCCGCCTTCGTACTGCCCGAGTTCACCCGGAAGgt........ : 2690
  83
  84   965 : get Intron 6 >>>>  GCCCTCAATGACATAAGCTGAATCCAGGTGCCACTGTGACACC : 1006
  85           81 bp          ++|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  86  2691 : .................agGCCCTCAATGACATAAGCTGAATCCAGGTGCCACTGTGACACC : 2811
  87
  88  1007 : ACCCGAGACCTCAATCGGATTGGACCAAGGATCTTCCAAGTTGTCTGGGGACCACCAGTCCT : 1068
  89         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  90  2812 : ACCCGAGACCTCAATCGGATTGGACCAAGGATCTTCCAAGTTGTCTGGGGACCACCAGTCCT : 2873
  91
  92  1069 : GGACCAGACTCCCAGATGACTCTTGCCCACCAACCAAGTGTTACAGGCCCCATGATGCTGCC : 1130
  93         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
  94  2874 : GGACCAGACTCCCAGATGACTCTTGCCCACCAACCAAGTGTTACAGGCCCCACGATGCTGCC : 2935
  95
  96  1131 : TGGCCTGGCCTGGCCTGGCCTGGCCTGGCCTGCCCTGCTGGGTGGACTCAGTCTCTGTCTGT : 1192
  97         |||||||||          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  98  2936 : TGGCCTGGC----------CTGGCCTGGCCTGCCCTGCTGGGTGGACTCAGTCTCTGTCTGT : 2987
  99
 100  1193 : CTATCTCTGTGGCGTTCAGCCCCACGCCTATACCAGCTCTGTACAGCACCGCCTATGCCCTG : 1254
 101         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102  2988 : CTATCTCTGTGGCGTTCAGCCCCACGCCTATACCAGCTCTGTACAGCACCGCCTATGCCCTG : 3049
 103
 104  1255 : TGACCCAACAAAATACATGTGTATT : 1279
 105         |||||||||||||||||||||||||
 106  3050 : TGACCCAACAAAATACATGTGTATT : 3074
 107
 108 vulgar: MUSSPSYN 3 1279 + 4.143962167-143965267 28 3074 + 6137 M 8 8 G 0 1 M 231 231 5 0 2 I 0 253 3 0 2 M 121 121 5 0 2 I 0 313 3 0 2 M 93 93 5 0 2 I 0 709 3 0 2 M 154 154 5 0 2 I 0 322 3 0 2 M 230 230 5 0 2 I 0 81 3 0 2 M 123 123 5 0 2 I 0 77 3 0 2 M 176 176 G 10 0 M 130 130
 109 -- completed exonerate analysis