t/data/purine_v081.infernal

   1 CM 1: Purine
   2 CM statistics calculated with simulation of 100 samples of length 238
   3 Random seed: 1186083728
   4 No partition points
   5 Using CM E cutoff of 200.00
   6
   7 >gi|633168|emb|X83878.1|
   8
   9   Plus strand results:
  10
  11  Query = 1 - 102, Target = 168 - 267
  12  Score = 79.36, E = 1.945e-07, P = 1.945e-07, GC =  46
  13
  14            :::::::::::::::::((((((((,,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,,,,,,,<<<
  15          1 aAaaauaaAaaaaaaaauaCuCgUAUAaucucgggAAUAUGGcccgagaGUuUCUACCaG 60
  16            + A A++A AA A  AA:AC+C:UAUAAU::CG:G AUAUGGC:CG::AGUUUCUACC:G
  17        168 UUACAAUAUAAUAGGAACACUCAUAUAAUCGCGUGGAUAUGGCACGCAAGUUUCUACCGG 227
  18
  19            <<<<_______>>>>>>>,,))))))))::::::::::::::
  20         61 gcaaCCGUAAAuugcCuGACUAcGaGuaAauauuaaauauuu 102
  21             CA CCGUAAA UG C:GACUA:G+GU:A  A+U  A+
  22        228 GCA-CCGUAAA-UGUCCGACUAUGGGUGAGCAAUGGAACCGC 267
  23
  24
  25   Minus strand results:
  26
  27  Query = 1 - 102, Target = 270 - 171
  28  Score = 2.25, E = 6.802, P = 0.9989, GC =  48
  29
  30            :::::::::::::::::((((((((,,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,,,,,,,<<<
  31          1 aAaaauaaAaaaaaaaauaCuCgUAUAaucucgggAAUAUGGcccgagaGUuUCUACCaG 60
  32              +    +   A    +:AC C:UA  +::: ::   UA GG :: :::GU    AC: G
  33        270 CGUGCGGUUCCAUUGCUCACCCAUA-GUCGGACAU-UUACGG-UGCCCGGUAGAAACUUG 214
  34
  35            <<<<_______>>>>>>>,,.))))))))::::::::::::::
  36         61 gcaaCCGUAAAuugcCuGAC.UAcGaGuaAauauuaaauauuu 102
  37            ::::CC UA  ::::C :   UA:G GU: +  U+++AUAUU
  38        213 CGUGCCAUAUCCACGCGAUUaUAUGAGUGUUCCUAUUAUAUUG 171
  39
  40
  41 >gi|2239287|gb|U51115.1|BSU51115
  42
  43   Plus strand results:
  44
  45  Query = 1 - 102, Target = 11655 - 11756
  46  Score = 81.29, E = 1.259e-07, P = 1.259e-07, GC =  38
  47
  48            :::::::::::::::::((((((((,,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,,,,,,,<<<
  49          1 aAaaauaaAaaaaaaaauaCuCgUAUAaucucgggAAUAUGGcccgagaGUuUCUACCaG 60
  50            A AAAU AAA+AA A+   : CGUAUAAU::CG:GAAUAUGGC:CG::AGU UCUACCA:
  51      11655 AGAAAUCAAAUAAGAUGAAUUCGUAUAAUCGCGGGAAUAUGGCUCGCAAGUCUCUACCAA 11714
  52
  53            <<<<_______>>>>>>>,,))))))))::::::::::::::
  54         61 gcaaCCGUAAAuugcCuGACUAcGaGuaAauauuaaauauuu 102
  55            GC ACCGUAAAU GC:UGACUACG :   AU+U +++  UUU
  56      11715 GCUACCGUAAAUGGCUUGACUACGUAAACAUUUCUUUCGUUU 11756
  57
  58
  59  Query = 1 - 102, Target = 15589 - 15691
  60  Score = 78.40, E = 2.415e-07, P = 2.415e-07, GC =  42
  61
  62            :::::::::::::::::((((((((,,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,,,,,,,<<<
  63          1 aAaaauaaAaaaaaaaauaCuCgUAUAaucucgggAAUAUGGcccgagaGUuUCUACCaG 60
  64             A+ A+A+ AAAA A   :CUC:UAUAAU: :GGGAAUAUGGCCC: :AGUUUCUACC:G
  65      15589 CAUGAAAUCAAAACACGACCUCAUAUAAUCUUGGGAAUAUGGCCCAUAAGUUUCUACCCG 15648
  66
  67            <<<<_______>>>>>>>,,)))).))))::::::::::::::
  68         61 gcaaCCGUAAAuugcCuGACUAcG.aGuaAauauuaaauauuu 102
  69            GCAACCGUAAAUUGCC:GACUA:G AG: AA + ++  +++++
  70      15649 GCAACCGUAAAUUGCCGGACUAUGcAGGGAAGUGAUCGAUAAA 15691
  71
  72
  73  Query = 1 - 102, Target = 13198 - 13294
  74  Score = 5.41, E = 3.338, P = 0.9645, GC =  34
  75
  76            :::::::::::::::::((((((((,,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,,,,,,,<<<
  77          1 aAaaauaaAaaaaaaaauaCuCgUAUAaucucgggAAUAUGGcccgagaGUuUCUACCaG 60
  78            +A+ +U + AAAA AA : :U:::A AA:C::::G A  UGGC::::G: UUU U  ::
  79      13198 UAUCUUCUUAAAAUAAGGAAUGAAAAAACCAGCUGCAC-UGGCAGCUGGUUUUUUUUGU- 13255
  80
  81            <<<<_______>>>>>>>,,))))))))::::::::::::::
  82         61 gcaaCCGUAAAuugcCuGACUAcGaGuaAauauuaaauauuu 102
  83               : C  AA :U+++::  U:::A: : AUAU+   U +U
  84      13256 ---UGCAAAAGAUAAAACCAUUUCAUACGAUAUACCGUCAUG 13294
  85
  86
  87   Minus strand results:
  88
  89  Query = 1 - 102, Target = 11759 - 11658
  90  Score = 9.64, E = 1.287, P = 0.7239, GC =  38
  91
  92            :::::::::::::::::((((((((,,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,,,,,,,<<<
  93          1 aAaaauaaAaaaaaaaauaCuCgUAUAaucucgggAAUAUGGcccgagaGUuUCUACCaG 60
  94            A  AA+  AAA AAA+   : CGUA  +::::: :  UA GG: :::::GU    AC: G
  95      11759 AUCAAACGAAAGAAAUGUUUACGUA-GUCAAGCCAUUUACGGUAGCUUGGUAGAGACUUG 11701
  96
  97            <<<<_______>>>>>>>,,.))))))))::::::::::::::
  98         61 gcaaCCGUAAAuugcCuGAC.UAcGaGuaAauauuaaauauuu 102
  99            :: :CC UA  : ::C :   UACG :   AU UUA++U +UU
 100      11700 CGAGCCAUAUUCCCGCGAUUaUACGAAUUCAUCUUAUUUGAUU 11658
 101
 102
 103  Query = 1 - 102, Target = 15695 - 15594
 104  Score = 7.88, E = 1.911, P = 0.8521, GC =  43
 105
 106            :::::::::::::::::((((((((,,.,<<<<<<<_______>>>>>>>,,,,,,,,<<
 107          1 aAaaauaaAaaaaaaaauaCuCgUAUA.aucucgggAAUAUGGcccgagaGUuUCUACCa 59
 108             A ++U+A   A  A ++ C :: AUA +:C:::::  UA GG:::::G:GU    AC::
 109      15695 CAGUUUUAUCGAUCACUUCCCUGCAUAgUCCGGCAAUUUACGGUUGCCGGGUAGAAACUU 15636
 110
 111            <<<<<_______>>>>>>>,,))))))))::::::::::::::
 112         60 GgcaaCCGUAAAuugcCuGACUAcGaGuaAauauuaaauauuu 102
 113            +::::CC UA  :::: ::A U :: G + +  U++++U +UU
 114      15635 AUGGGCCAUAUUCCCA-AGAUUAUAUGAGGUCGUGUUUUGAUU 15594
 115
 116
 117  Query = 1 - 102, Target = 13846 - 13740
 118  Score = 6.35, E = 2.7, P = 0.9328, GC =  45
 119
 120            :::::::::::::::::((((((((,,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,,,,,.....
 121          1 aAaaauaaAaaaaaaaauaCuCgUAUAaucucgggAAUAUGGcccgagaGUuUCU..... 55
 122             A  A+A+A A AA AA:A  :::A A :C ::::A  A G :::: G:  UUCU
 123      13846 CAGCAAAUACACAAGAACAACUAAAAACCCGUCAUAGAAAGCAUGAUGGCGUUCUccgaa 13787
 124
 125            ,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,))))))))::::::::::::::
 126         56 ACCaGgcaaCCGUAAAuugcCuGACUAcGaGuaAauauuaaauauuu 102
 127            ACC::GC :CCG    : GC::G CU:::  U:AA+  +A++   ++
 128      13786 ACCGAGCGGCCGAUUCCAGCUUGCCUUUAACUGAAACCAAUUCCCAA 13740
 129
 130
 131  Query = 1 - 102, Target = 825 - 748
 132  Score = 2.84, E = 5.952, P = 0.9974, GC =  30
 133
 134            :::::::::::::::::((((((((,,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,,,,,,,<<<
 135          1 aAaaauaaAaaaaaaaauaCuCgUAUAaucucgggAAUAUGGcccgagaGUuUCUACCaG 60
 136            +AAAA+ AA AAAA  A: ::C:U:U A           UG  C+ A A   UCUAC
 137        825 UAAAAACAACAAAAGGAGCUGCUUUUUA-----------UGCUCACACACGAUCUAC--- 780
 138
 139            <<<<_______>>>>>>>,,))))))))::::::::::::::
 140         61 gcaaCCGUAAAuugcCuGACUAcGaGuaAauauuaaauauuu 102
 141                  G AAA      +AC:A:G:: :A ++UU  AU+U+U
 142        779 ----AUGAAAA------AACAAAGCAUUACAUUUCCAUUUAU 748
 143
 144
 145  Query = 1 - 102, Target = 8105 - 8018
 146  Score = 1.70, E = 7.686, P = 0.9995, GC =  36
 147
 148            :::::::::::::::::((((((((,,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,,,,,,,<<<
 149          1 aAaaauaaAaaaaaaaauaCuCgUAUAaucucgggAAUAUGGcccgagaGUuUCUACCaG 60
 150             A+A   A +A    AA   U:::AU A         UAUGGC ++A+ GU UC A
 151       8105 GAUACGGAUUACGGCAAAAGUGGCAUCA---------UAUGGCGUAAAGGUAUCAAG--- 8058
 152
 153            <<<<_______>>>>>>>,,))))))))::::::::::::::
 154         61 gcaaCCGUAAAuugcCuGACUAcGaGuaAauauuaaauauuu 102
 155              A  CGUAA  U+C   ACU:::A   AA+A +AAA+ +++
 156       8057 --AAUCGUAAUAUACGCUACUGUCAUCAAAAAGAAAAACAAA 8018
 157
 158
 159  Query = 1 - 102, Target = 4125 - 4023
 160  Score = 1.38, E = 8.261, P = 0.9997, GC =  25
 161
 162            :::::::::::::::::((((((((,,,<<<<<<<_______.>>>.>>>>,,,,,,,,<
 163          1 aAaaauaaAaaaaaaaauaCuCgUAUAaucucgggAAUAUGG.ccc.gagaGUuUCUACC 58
 164             AAA +AAA A  A AA: :U:::AUAA :+:G:: AU U   ::C :+:  UUUC AC
 165       4125 CAAACAAAACACUACAAAUUUGAAAUAAGCUGGUAUAUUUUCuUACaCGAAUUUUCGAC- 4067
 166
 167            <<<<<<_______>>>...>>>>,,))))))))::::::::::::::
 168         59 aGgcaaCCGUAAAuug...cCuGACUAcGaGuaAauauuaaauauuu 102
 169               :AAC GUA AUU:   + +GA U:::A: :A+ AU+A+AU+ +
 170       4066 ---AAACUGUAUAUUUaugAUAGAGUUUCAAUUAUCAUAAUAUUCAG 4023
 171
 172
 173  Query = 1 - 102, Target = 14215 - 14125
 174  Score = 0.90, E = 9.203, P = 0.9999, GC =  45
 175
 176            :::::::::::::::::((((((((,,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,,,,,,,<<<
 177          1 aAaaauaaAaaaaaaaauaCuCgUAUAaucucgggAAUAUGGcccgagaGUuUCUACCaG 60
 178            AA    AA  AA  A    :+ :UAUA+U: :+++ A A GG   : :AGU
 179      14215 AAGCGGAAUCAACGACGCCGUAAUAUAUUCAGAAAUAAACGG---CCAAGUCA------- 14166
 180
 181            <<<<_______>>>>>>>,,))))))))::::::::::::::
 182         61 gcaaCCGUAAAuugcCuGACUAcGaGuaAauauuaaauauuu 102
 183             C::CCGUAAA::GC+   CUA: +:   ++ U+ AA+++ +
 184      14165 -CUGCCGUAAACAGCAGCGCUAUCGCAACUACUGCAAAUACA 14125
 185
 186
 187  Query = 1 - 102, Target = 13350 - 13253
 188  Score = 0.79, E = 9.449, P = 0.9999, GC =  37
 189
 190            :::::::::::::::::((((((((,,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,,,,,,,<<<
 191          1 aAaaauaaAaaaaaaaauaCuCgUAUAaucucgggAAUAUGGcccgagaGUuUCUACCaG 60
 192            +AA  UA   AA A + :A +C:U:    C:::  AA       :::G G   C  C:A
 193      13350 UAAGGUACCGAACAGUCAAGUCAUU---UCCAUUUAAGUAAAGCAUGGCGGCACAUCUAC 13294
 194
 195            <<<<_______>>>>>>>,,))))))))::::::::::::::
 196         61 gcaaCCGUAAAuugcCuGACUAcGaGuaAauauuaaauauuu 102
 197            : :AC GUA AU: : U:A :A:G+ U: AU UU++  A+ +
 198      13293 AUGACGGUAUAUCGUAUGA-AAUGGUUUUAUCUUUUGCAACA 13253
 199
 200
 201 >gi|633168|emb|X83878.1|
 202
 203   Plus strand results:
 204
 205  Query = 1 - 102, Target = 168 - 267
 206  Score = 79.36, E = 1.945e-07, P = 1.945e-07, GC =  46
 207
 208            :::::::::::::::::((((((((,,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,,,,,,,<<<
 209          1 aAaaauaaAaaaaaaaauaCuCgUAUAaucucgggAAUAUGGcccgagaGUuUCUACCaG 60
 210            + A A++A AA A  AA:AC+C:UAUAAU::CG:G AUAUGGC:CG::AGUUUCUACC:G
 211        168 UUACAAUAUAAUAGGAACACUCAUAUAAUCGCGUGGAUAUGGCACGCAAGUUUCUACCGG 227
 212
 213            <<<<_______>>>>>>>,,))))))))::::::::::::::
 214         61 gcaaCCGUAAAuugcCuGACUAcGaGuaAauauuaaauauuu 102
 215             CA CCGUAAA UG C:GACUA:G+GU:A  A+U  A+
 216        228 GCA-CCGUAAA-UGUCCGACUAUGGGUGAGCAAUGGAACCGC 267
 217
 218
 219   Minus strand results:
 220
 221  Query = 1 - 102, Target = 270 - 171
 222  Score = 2.25, E = 6.802, P = 0.9989, GC =  48
 223
 224            :::::::::::::::::((((((((,,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,,,,,,,<<<
 225          1 aAaaauaaAaaaaaaaauaCuCgUAUAaucucgggAAUAUGGcccgagaGUuUCUACCaG 60
 226              +    +   A    +:AC C:UA  +::: ::   UA GG :: :::GU    AC: G
 227        270 CGUGCGGUUCCAUUGCUCACCCAUA-GUCGGACAU-UUACGG-UGCCCGGUAGAAACUUG 214
 228
 229            <<<<_______>>>>>>>,,.))))))))::::::::::::::
 230         61 gcaaCCGUAAAuugcCuGAC.UAcGaGuaAauauuaaauauuu 102
 231            ::::CC UA  ::::C :   UA:G GU: +  U+++AUAUU
 232        213 CGUGCCAUAUCCACGCGAUUaUAUGAGUGUUCCUAUUAUAUUG 171
 233
 234
 235 //
 236 Fin