Bio::DB::TFBS namespace has been moved to its own distribution named after itself
[bioperl-live.git] / t / data / repeatmasker.fa.out
blobfa549e84496533bdba6b3853f129bbf49c4fea09
1    SW  perc perc perc  query        position in query    matching  repeat        position in  repeat
2 score  div. del. ins.  sequence     begin  end (left)   repeat    class/family  begin  end (left)  ID
4   504   0.0  5.6  0.0  contig11600   1337 1407  (994) +  (TTAGGG)n Simple_repeat     2   76    (0)   1  
5   890   5.3  5.9  0.0  contig11600   1712 2225  (176) +  (TTAGGG)n Simple_repeat     1  544    (0)   5  
6    685  17.0  1.4 10.9  SL2.30ch10     31794    32004 (64801061) +  LTR_PGSC0003DMS000000301_448   LTR              11852 12044  (2451)    40      
7    651  21.0  3.3  3.3  SL2.30ch10     38677    38858 (64794207) C  LTR_PGSC0003DMS000000301_448   LTR             (2465) 12030   11849    45      
8    285  17.8  5.4  2.1  SL2.30ch10     38849    38940 (64794125) C  LTR_PGSC0003DMS000000301_448   LTR             (3720) 10775   10681    45   *  
9    604  20.8  1.0 13.1  SL2.30ch10     38972    39176 (64793889) C  LTR_PGSC0003DMS000000301_448   LTR             (3715) 10780   10598    45      
10    342  24.0  4.2  5.3  SL2.30ch10     46512    46599 (64786466) C  LTR_PGSC0003DMS000000301_448   LTR             (9298) 12245    6277    50      
11    342  24.0  4.2  5.3  SL2.30ch10     46726    46745 (64786320) C  LTR_PGSC0003DMS000000301_448   LTR            (15267)  6276    4973    50      
12    450  19.0  1.0  3.7  SL2.30ch10     52652    52763 (64780302) C  LTR_PGSC0003DMS000000301_448   LTR             (6884) 13693    5865    55      
13    548  13.2 12.2  2.5  SL2.30ch10    183688   183835 (64649230) C  LTR_PGSC0003DMS000000301_448   LTR             (2484) 12011   11850   181      
14    563  17.2  0.0  0.0  SL2.30ch10    205612   205698 (64627367) C  LTR_PGSC0003DMS000000301_448   LTR             (7392)  7103    7017   195      
15    334  18.2  0.0  3.9  SL2.30ch10    221149   221228 (64611837) C  LTR_PGSC0003DMS000000301_448   LTR            (11595)  2900    2824   205