t/data/rpsblast.bls

   1 RPS-BLAST 2.2.18 [Mar-02-2008]
   2
   3 Database: CDD.v.2.12
   4            24,291 sequences; 6,026,850 total letters
   5
   6 Searching..................................................done
   7
   8 Query= orf10
   9          (129 letters)
  10
  11  ***** No hits found ******
  12
  13
  14 Query= orf20
  15          (765 letters)
  16
  17
  18
  19                                                                  Score    E
  20 Sequences producing significant alignments:                      (bits) Value
  21
  22 gnl|CDD|82074 PRK07003, PRK07003, DNA polymerase III subunits ga...    41   0.001
  23
  24 >gnl|CDD|82074 PRK07003, PRK07003, DNA polymerase III subunits gamma and tau.
  25           Length = 825
  26
  27  Score = 41.0 bits (95), Expect = 0.001
  28  Identities = 51/212 (24%), Positives = 65/212 (30%)
  29
  30 Query: 101 GTGTTTCAGAAGATATAATAAAAAAAATAGAAAAAAAAAATTGGAAACTAATAGCAATTT 160
  31            G       GA+   A      A  AA    AAAA AA  A    AA    ATA      +
  32 Sbjct: 384 GARAAAAVGASAVPAVTGATGATGAALAPKAAAARAATRAEAPPAAPARPATAERGDDAS 443
  33
  34 Query: 161 TATTAACTCATAATCATATTGATCATGTAGGAGGAGTAGAAGAAATTATAAGAAGATATC 220
  35                     A A   A +      A   A     +G A +A       +A  AA  +A
  36 Sbjct: 444 DGDAPVPAKANARASADSRCDERDAQPPADSGSASGAASSAPPDTAFESAPRAAAPSAAT 503
  37
  38 Query: 221 CAAACGTAACTGTTTTTGGTCCTGAAGAAACAAAAACAAGAAATGTAAATAAAATTGTAA 280
  39             AA     A    +          AA  +     AA A  + ATG AAA       G
  40 Sbjct: 504 PAAVPDARAPAAASAEDAVEAAAPAAPESRPPTPAAGAPVSRATGAAAALDVLRNAGMRV 563
  41
  42 Query: 281 AACAAGGAGATGTAATAAAATTGTTAAAAAGT 312
  43            ++    GA        A+       A  +  T
  44 Sbjct: 564 SSGRGAGAARPAAGPAASPTKPAPRAQVSVPT 595
  45
  46
  47 Query= orf30
  48          (225 letters)
  49
  50  ***** No hits found ******
  51
  52
  53 Query= orf40
  54          (858 letters)
  55
  56
  57
  58                                                                  Score    E
  59 Sequences producing significant alignments:                      (bits) Value
  60
  61 gnl|CDD|33678 COG3889, COG3889, Predicted solute binding protein...    47   2e-05
  62
  63 >gnl|CDD|33678 COG3889, COG3889, Predicted solute binding protein [General
  64            function prediction only].
  65           Length = 872
  66
  67  Score = 47.3 bits (112), Expect = 2e-05
  68  Identities = 33/147 (22%), Positives = 48/147 (32%), Gaps = 3/147 (2%)
  69
  70 Query: 505 TTGGGTGTTTTTATTTTAATTTTATTTTATAGTGTAAAGATGAAGGGATTAATTGGTTTT 564
  71               G   T   +     A        TT                G   TT+ T
  72 Sbjct: 721 VKIGQALTVYGSLEVFPAGENWGFIPTTK--RVKVRIMDPASGTGTSITTSGTFTAEVPQ 778
  73
  74 Query: 565 TGTAAAGAACTTACTTTACAACCTTTTAATCATCCTGTATTTTTTATTTTTAATTTTTTA 624
  75            + T        +A + T+     TT+   T     T T T++ +   TT+   T+T+TT
  76 Sbjct: 779 SPTKTETTLSYSAYSNTSILIE-TTSVVITKTVTQTQTTTSSPSPTQTTSPTQTSTSTTT 837
  77
  78 Query: 625 TTAGAATTAGTTTCTTTATTATCAAAA 651
  79            TT+ + TT G   C         AA A
  80 Sbjct: 838 TTSPSQTTTGGGICGPIVIIVGLAALA 864
  81
  82
  83
  84  Score = 45.4 bits (107), Expect = 5e-05
  85  Identities = 30/134 (22%), Positives = 44/134 (32%), Gaps = 5/134 (3%)
  86
  87 Query: 522 AATTTTATTTTATAGTGTAAAGATGAAGGGATTAATTGGTTTTTGTAAAGAACTTACTTT 581
  88             A T   +     AG        T          A+  GT+ TT         T     +
  89 Sbjct: 725 QALTVYGSLEVFPAGENWGFIPTTKRVKVRIMDPASGTGTSITTSGTF-----TAEVPQS 779
  90
  91 Query: 582 ACAACCTTTTAATCATCCTGTATTTTTTATTTTTAATTTTTTATTAGAATTAGTTTCTTT 641
  92                  T + +A   T      T+   T T T T  TT++ + T   + T   T+T TTT
  93 Sbjct: 780 PTKTETTLSYSAYSNTSILIETTSVVITKTVTQTQTTTSSPSPTQTTSPTQTSTSTTTTT 839
  94
  95 Query: 642 ATTATCAAAACCAA 655
  96            + + T      C
  97 Sbjct: 840 SPSQTTTGGGICGP 853
  98
  99
 100
 101  Score = 45.0 bits (106), Expect = 8e-05
 102  Identities = 28/132 (21%), Positives = 41/132 (31%)
 103
 104 Query: 105 AGATTTATGTAATTTTAAGTTTGTTGAACCAGGAAAAATTGTTTCTCATTTTTGGGTTTT 164
 105             G   T  G+              T           A+ TGT+  T  T T     + T
 106 Sbjct: 723 IGQALTVYGSLEVFPAGENWGFIPTTKRVKVRIMDPASGTGTSITTSGTFTAEVPQSPTK 782
 107
 108 Query: 165 AAATATTGATTCAATCATATTTTCTCTTGTATTAGGATGTTTTTTTTTGAGCATCTTTTA 224
 109               T +  A +  +     T+   T T     T   +   T TT+ T  +   T TT+ +
 110 Sbjct: 783 TETTLSYSAYSNTSILIETTSVVITKTVTQTQTTTSSPSPTQTTSPTQTSTSTTTTTSPS 842
 111
 112 Query: 225 CACAGTGGCAAA 236
 113                G G C
 114 Sbjct: 843 QTTTGGGICGPI 854
 115
 116
 117
 118  Score = 42.3 bits (99), Expect = 4e-04
 119  Identities = 26/96 (27%), Positives = 39/96 (40%)
 120
 121 Query: 368 TTGTTTGGGTTTTTTTAATGAATCTTATGGATTTAATTCCAATTGATTTTTTTCCATTTA 427
 122             +GT T   T+ T T     + T T  T   +  + T+    TT    T T T   TTT+
 123 Sbjct: 759 ASGTGTSITTSGTFTAEVPQSPTKTETTLSYSAYSNTSILIETTSVVITKTVTQTQTTTS 818
 124
 125 Query: 428 TTTCTGAGAGGTTTTTTCATTTTCCAGCAATGCGTA 463
 126            + + T   +   T+T+T  TT+          CG
 127 Sbjct: 819 SPSPTQTTSPTQTSTSTTTTTSPSQTTTGGGICGPI 854
 128
 129
 130 Query= orf50
 131          (189 letters)
 132
 133  ***** No hits found ******
 134
 135
 136 Query= orf60
 137          (387 letters)
 138
 139  ***** No hits found ******
 140
 141
 142 Query= orf70
 143          (600 letters)
 144
 145  ***** No hits found ******
 146
 147
 148 Query= orf80
 149          (270 letters)
 150
 151  ***** No hits found ******
 152
 153
 154 Query= orf90
 155          (987 letters)
 156
 157  ***** No hits found ******
 158
 159
 160 Query= orf100
 161          (624 letters)
 162
 163  ***** No hits found ******
 164
 165
 166 Query= orf110
 167          (435 letters)
 168
 169  ***** No hits found ******
 170
 171
 172   Database: CDD.v.2.12
 173     Posted date:  Aug 13, 2008 12:02 PM
 174   Number of letters in database: 6,026,850
 175   Number of sequences in database:  24,291
 176
 177 Lambda     K      H
 178    0.320    0.134    0.503
 179
 180 Gapped
 181 Lambda     K      H
 182    0.267   0.0579    0.140
 183
 184
 185 Matrix: BLOSUM62
 186 Gap Penalties: Existence: 11, Extension: 1
 187 Number of Sequences: 24291
 188 Number of Hits to DB: 98,336,059
 189 Number of extensions: 7540086
 190 Number of successful extensions: 79485
 191 Number of sequences better than 1.0e-03: 11
 192 Number of HSP's gapped: 59896
 193 Number of HSP's successfully gapped: 1457
 194 Length of database: 6,026,850
 195 Neighboring words threshold: 11
 196 Window for multiple hits: 40
 197 X1: 16 ( 7.4 bits)
 198 X2: 38 (14.6 bits)
 199 X3: 64 (24.7 bits)
 200 S1: 41 (21.8 bits)
 201 S2: 86 (37.2 bits)