t/data/short.blx

   1 BLASTX 2.0.13 [May-26-2000]
   2
   3
   4 Reference: Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schaffer,
   5 Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
   6 "Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
   7 programs",  Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
   8
   9 Query= 18.ctg12393
  10          (6959 letters)
  11
  12 Database: h_nrNov10_2000
  13            57,234 sequences; 18,303,128 total letters
  14
  15 Searching..................................................done
  16
  17                                                                    Score     E
  18 Sequences producing significant alignments:                        (bits)  Value
  19
  20 gi|728837|sp|P39194|ALU7_HUMAN ALU SUBFAMILY SQ SEQUENCE CONTAM...   161  8e-39
  21 gi|728836|sp|P39193|ALU6_HUMAN ALU SUBFAMILY SP SEQUENCE CONTAM...   156  3e-37
  22
  23 >gi|728837|sp|P39194|ALU7_HUMAN ALU SUBFAMILY SQ SEQUENCE
  24             CONTAMINATION WARNING ENTRY
  25           Length = 593
  26
  27  Score =  161 bits (404), Expect = 8e-39
  28  Identities = 73/97 (75%), Positives = 76/97 (78%)
  29  Frame = -1
  30
  31 Query: 2996 FFLRQSFTLVTQAGVQWHDLSSLQPLPPRFKGFSSLSLPISWDYRRLPPCLANFCIFHKD 2817
  32             FFLR+SF LV QAGVQW DL SLQP PP FK FS LSLP SWDYRR PP  ANFCIF +D
  33 Sbjct: 299  FFLRRSFALVAQAGVQWRDLGSLQPPPPGFKRFSCLSLPSSWDYRRPPPRPANFCIFSRD 358
  34
  35 Query: 2816 GVLPCWPGWS*TPDLR*YAHFGIPKCWDYRREPPCPA 2706
  36             GV PCWPGWS TPDLR     G+PKCWDYRREPP PA
  37 Sbjct: 359  GVSPCWPGWSRTPDLRXSTRLGLPKCWDYRREPPRPA 395
  38
  39
  40  Score =  156 bits (391), Expect = 3e-37
  41  Identities = 76/97 (78%), Positives = 83/97 (85%)
  42  Frame = +3
  43
  44 Query: 2706 GRARWLTPVIPALWDAKVGISSEVRSSRPAWPTWQNSVFMKNTKISQAWWQAPVIPANWE 2885
  45             GRARWLTPVIPALW+A+ G S EVRSSRPAWPTW N V  KNTKIS+AWW+APVIPA  E
  46 Sbjct: 1    GRARWLTPVIPALWEAEAGGSPEVRSSRPAWPTWXNPVSTKNTKISRAWWRAPVIPATRE 60
  47
  48 Query: 2886 AEAGESLESRRQRLQ*AEIVPLHSSLGDKSKTLSQKK 2996
  49             AEAGESLE  R+RLQ AEI PLHSSLG+KS+T SQKK
  50 Sbjct: 61   AEAGESLEPGRRRLQXAEIAPLHSSLGNKSETPSQKK 97
  51
  52
  53  Score =  140 bits (349), Expect = 2e-32
  54  Identities = 74/101 (73%), Positives = 79/101 (77%)
  55  Frame = -2
  56
  57 Query: 2995 FF*DRVLLLSPRLECNGTISAHCNLCLLDSRDSPASASQLAGITGACHHAWLIFVFFIKT 2816
  58             FF D V LL PRLEC+G ISAHCNL L  S DSPASAS++AGITGA HHA LIFVF ++T
  59 Sbjct: 399  FFXDGVSLLLPRLECSGAISAHCNLRLPGSSDSPASASRVAGITGARHHARLIFVFLVET 458
  60
  61 Query: 2815 EFCHVGQAGLELLTSDDMPTLASQSAGITGVSHRARPGIMF 2693
  62              F HVGQAGLELLTS D P  ASQSAGITGVSHRAR    F
  63 Sbjct: 459  GFHHVGQAGLELLTSGDPPASASQSAGITGVSHRARXXXFF 499
  64
  65
  66  Score =  134 bits (334), Expect = 1e-30
  67  Identities = 67/89 (75%), Positives = 71/89 (79%)
  68  Frame = +1
  69
  70 Query: 2707 AGHGGSRL*SQHFGMPKWAYHLRSGVQDQPGQHGKTPSL*KIQKLARHGGRRL*SQLIGR 2886
  71             AG GGSRL SQHFG P+   HLRSGV+DQPGQHG+TPSL KIQKLA  GG RL SQL+GR
  72 Sbjct: 101  AGRGGSRLXSQHFGRPRRVDHLRSGVRDQPGQHGETPSLLKIQKLAGRGGGRLXSQLLGR 160
  73
  74 Query: 2887 LRLENPLNLGGRGCSELRSCHCTPAWVTR 2973
  75             LR EN LN GG GCSE RS HCTPAW TR
  76 Sbjct: 161  LRQENRLNPGGGGCSEPRSRHCTPAWATR 189
  77
  78
  79  Score =  129 bits (321), Expect = 4e-29
  80  Identities = 72/101 (71%), Positives = 75/101 (73%)
  81  Frame = +2
  82
  83 Query: 2693 KHYTWPGTVAHACNPSTLGCQSGHII*GQEFKTSLANMAKLRLYEKYKN*PGMVAGACNP 2872
  84             K    PG VAHACNPSTLG + G I  GQEF+TSLANM K RLY KYKN PG+VAGACNP
  85 Sbjct: 195  KKXXXPGAVAHACNPSTLGGRGGWITXGQEFETSLANMVKPRLYXKYKNXPGVVAGACNP 254
  86
  87 Query: 2873 S*LGG*GWRIP*I*EAEVAVS*DRAIALQPG*QE*NSVSKK 2995
  88             S  GG G RI    EAEVAVS DRA ALQPG QE NSVSKK
  89 Sbjct: 255  SYSGGXGRRIAXTREAEVAVSRDRATALQPGQQERNSVSKK 295
  90
  91
  92  Score =  119 bits (295), Expect = 5e-26
  93  Identities = 74/101 (73%), Positives = 79/101 (77%), Gaps = 54/101 (53%)
  94  Frame = +1
  95
  96 Query: 5179 FFLRWSFALSPRLECSGAISAHCNLRLPGSSNSPASASRVAGTTGVRHHTRLIFVFFVKT 5358
  97             FF      L PRLECSGAISAHCNLRLPGSS+SPASASRVAG TG RHH RLIFVF V+T
  98 Sbjct: 399  FFXDGVSLLLPRLECSGAISAHCNLRLPGSSDSPASASRVAGITGARHHARLIFVFLVET 458
  99
 100 Query: 5359 GFHHVGQ------------------AGLN------------------------------- 5391
 101             GFHHVGQ                  AG+
 102 Sbjct: 459  GFHHVGQAGLELLTSGDPPASASQSAGITGVSHRARXXXFFETEFRSCCPGWSAVARSRL 518
 103
 104 Query: 5392 -----SRPQVIHLSQPPKVLGLQV*ATVPGYFMDF 5481
 105                  SR Q I L QPP+ LGLQ  AT PG F+ F
 106 Sbjct: 519  TATSASRVQAILLPQPPEXLGLQAPATTPGXFLYF 553
 107
 108
 109  Score =  113 bits (281), Expect = 2e-24
 110  Identities = 65/94 (69%), Positives = 73/94 (77%), Gaps = 55/94 (58%)
 111  Frame = +3
 112
 113 Query: 5205 VTQAGMQWCNLSSLQPPPPRFKQFSCLSLPSSWDYRCAPPHQANFCIFCKDRFSPRWPGW 5384
 114             V QAG+QW +L SLQPPPP FK+FSCLSLPSSWDYR  PP  ANFCIF +D  SP WPGW
 115 Sbjct: 308  VAQAGVQWRDLGSLQPPPPGFKRFSCLSLPSSWDYRRPPPRPANFCIFSRDGVSPCWPGW 367
 116
 117 Query: 5385 S-----------------------------------------ELQTSG------------ 5405
 118             S                                          L+ SG
 119 Sbjct: 368  SRTPDLRXSTRLGLPKCWDYRREPPRPAXXXFFXDGVSLLLPRLECSGAISAHCNLRLPG 427
 120
 121 Query: 5406 --DSPVSASQSAGITGVSHRARLLHGFLI 5486
 122               DSP SAS+ AGITG  H ARL+  FL+
 123 Sbjct: 428  SSDSPASASRVAGITGARHHARLIFVFLV 456
 124
 125
 126  Score =  111 bits (276), Expect(2) = 1e-32
 127  Identities = 51/63 (80%), Positives = 55/63 (86%)
 128  Frame = -1
 129
 130 Query: 5387 RPAWPTW*KPVFTKNTKISLVWWRTPVVPATREAEAGELLEPGRRRLQ*AEIAPLHSSLG 5208
 131             RPAWPTW  PV TKNTKIS  WWR PV+PATREAEAGE LEPGRRRLQ AEIAPLHSSLG
 132 Sbjct: 28   RPAWPTWXNPVSTKNTKISRAWWRAPVIPATREAEAGESLEPGRRRLQXAEIAPLHSSLG 87
 133
 134 Query: 5207 DRA 5199
 135             +++
 136 Sbjct: 88   NKS 90
 137
 138
 139  Score = 89.7 bits (219), Expect(2) = 6e-24
 140  Identities = 45/61 (73%), Positives = 45/61 (73%)
 141  Frame = -2
 142
 143 Query: 5386 DQPGQRGENLSLQKIQKLAWCGGAHL*SQLLGRLRQENCLNLGGGGCSELRLHHCIPAWV 5207
 144             DQPGQ GE  SL KIQKLA  GG  L SQLLGRLRQEN LN GGGGCSE R  HC PAW
 145 Sbjct: 128  DQPGQHGETPSLLKIQKLAGRGGGRLXSQLLGRLRQENRLNPGGGGCSEPRSRHCTPAWA 187
 146
 147 Query: 5206 T 5204
 148             T
 149 Sbjct: 188  T 188
 150
 151
 152  Score = 87.8 bits (214), Expect = 1e-16
 153  Identities = 53/89 (59%), Positives = 56/89 (62%)
 154  Frame = -3
 155
 156 Query: 2973 SCHPGWSAMARSQLTATSASXXXXXXXXXXXXXXXXXXXATMPG*FLYFS*RRSFAMLAR 2794
 157             SC PGWSA+ARS+LTATSAS                   AT PG FLYF  RR F MLAR
 158 Sbjct: 505  SCCPGWSAVARSRLTATSASRVQAILLPQPPEXLGLQAPATTPGXFLYFXXRRGFTMLAR 564
 159
 160 Query: 2793 LVLNS*PQMICPLWHPKVLGLQA*ATVPG 2707
 161             LV NS PQ+I P   PKVLGLQA AT PG
 162 Sbjct: 565  LVSNSXPQVIHPPRPPKVLGLQAXATAPG 593
 163
 164
 165  Score = 83.1 bits (202), Expect = 4e-15
 166  Identities = 45/62 (72%), Positives = 48/62 (76%)
 167  Frame = -3
 168
 169 Query: 5388 QTSLANVVKTCLYKKYKN*PGVVAHTCSPSYSGG*GRRIA*TWEAEVAVS*DCTTAFQPG 5209
 170             +TSLAN+VK  LY KYKN PGVVA  C+PSYSGG GRRIA T EAEVAVS D  TA QPG
 171 Sbjct: 226  ETSLANMVKPRLYXKYKNXPGVVAGACNPSYSGGXGRRIAXTREAEVAVSRDRATALQPG 285
 172
 173 Query: 5208 *Q 5203
 174              Q
 175 Sbjct: 286  QQ 287
 176
 177
 178  Score = 62.8 bits (150), Expect = 5e-09
 179  Identities = 36/61 (59%), Positives = 41/61 (67%)
 180  Frame = +2
 181
 182 Query: 5204 CHPGWNAVVQSQLTATSASQVQAIXXXXXXXXXXXXVCATTPG*FLYFL*RQVFTTLARL 5383
 183             C PGW+AV +S+LTATSAS+VQAI              ATTPG FLYF  R+ FT LARL
 184 Sbjct: 506  CCPGWSAVARSRLTATSASRVQAILLPQPPEXLGLQAPATTPGXFLYFXXRRGFTMLARL 565
 185
 186 Query: 5384 V 5386
 187             V
 188 Sbjct: 566  V 566
 189
 190
 191  Score = 50.4 bits (118), Expect(2) = 1e-32
 192  Identities = 23/26 (88%), Positives = 23/26 (88%)
 193  Frame = -2
 194
 195 Query: 5464 RARWLTPVIPALWEAETGESPEVWSS 5387
 196             RARWLTPVIPALWEAE G SPEV SS
 197 Sbjct: 2    RARWLTPVIPALWEAEAGGSPEVRSS 27
 198
 199
 200  Score = 47.6 bits (111), Expect = 2e-04
 201  Identities = 23/38 (60%), Positives = 24/38 (62%)
 202  Frame = +2
 203
 204 Query: 5390 TPDLR*FTCLSLPKCWDYRCEPPCPATSWIFDYRLCLL 5503
 205             TPDLR  T L LPKCWDYR EPP PA    F   + LL
 206 Sbjct: 370  TPDLRXSTRLGLPKCWDYRREPPRPAXXXFFXDGVSLL 407
 207
 208
 209  Score = 43.4 bits (100), Expect(2) = 6e-24
 210  Identities = 20/27 (74%), Positives = 23/27 (85%)
 211  Frame = -3
 212
 213 Query: 5466 AGHGGSHL*SQHFGRLRQVNHLRSGVQ 5386
 214             AG GGS L SQHFGR R+V+HLRSGV+
 215 Sbjct: 101  AGRGGSRLXSQHFGRPRRVDHLRSGVR 127
 216
 217
 218 >gi|728836|sp|P39193|ALU6_HUMAN ALU SUBFAMILY SP SEQUENCE
 219             CONTAMINATION WARNING ENTRY
 220           Length = 593
 221
 222  Score =  156 bits (390), Expect = 3e-37
 223  Identities = 71/97 (73%), Positives = 74/97 (76%)
 224  Frame = -1
 225
 226 Query: 2996 FFLRQSFTLVTQAGVQWHDLSSLQPLPPRFKGFSSLSLPISWDYRRLPPCLANFCIFHKD 2817
 227             FFLR+SF LV QAGVQW DL S QP PP FK FS LSLP SWDYR  PP  ANFCIF +D
 228 Sbjct: 299  FFLRRSFALVAQAGVQWRDLGSPQPPPPGFKRFSCLSLPSSWDYRHAPPRPANFCIFSRD 358
 229
 230 Query: 2816 GVLPCWPGWS*TPDLR*YAHFGIPKCWDYRREPPCPA 2706
 231             GV PCW GWS TPDLR  A  G+PKCWDYRREPP PA
 232 Sbjct: 359  GVSPCWSGWSRTPDLRXSARLGLPKCWDYRREPPRPA 395
 233
 234
 235  Score =  146 bits (364), Expect = 4e-34
 236  Identities = 72/97 (74%), Positives = 81/97 (83%)
 237  Frame = +3
 238
 239 Query: 2706 GRARWLTPVIPALWDAKVGISSEVRSSRPAWPTWQNSVFMKNTKISQAWWQAPVIPANWE 2885
 240             GRARWLTPVIPALW+A+ G S EV SSRPA PTW+N V  KNTKIS+AWW+ PVIPA  E
 241 Sbjct: 1    GRARWLTPVIPALWEAEAGGSPEVGSSRPAXPTWRNPVSTKNTKISRAWWRMPVIPATRE 60
 242
 243 Query: 2886 AEAGESLESRRQRLQ*AEIVPLHSSLGDKSKTLSQKK 2996
 244             AEAGESLE  R+RL+ AEI PLHSSLG+KS+T SQKK
 245 Sbjct: 61   AEAGESLEPGRRRLRXAEIAPLHSSLGNKSETPSQKK 97
 246
 247
 248  Score =  133 bits (332), Expect = 2e-30
 249  Identities = 72/101 (71%), Positives = 76/101 (74%)
 250  Frame = -2
 251
 252 Query: 2995 FF*DRVLLLSPRLECNGTISAHCNLCLLDSRDSPASASQLAGITGACHHAWLIFVFFIKT 2816
 253             FF D V LL PRLECNG ISAH NL L  S DSPASAS++AGITG  HHA LIFVF ++T
 254 Sbjct: 399  FFXDGVSLLLPRLECNGAISAHRNLRLPGSSDSPASASRVAGITGMRHHARLIFVFLVET 458
 255
 256 Query: 2815 EFCHVGQAGLELLTSDDMPTLASQSAGITGVSHRARPGIMF 2693
 257              F HVGQAGLEL TS D P  ASQSAGITGVSHRAR    F
 258 Sbjct: 459  GFLHVGQAGLELPTSGDPPASASQSAGITGVSHRARXXXFF 499
 259
 260
 261  Score =  129 bits (320), Expect = 5e-29
 262  Identities = 65/89 (73%), Positives = 69/89 (77%)
 263  Frame = +1
 264
 265 Query: 2707 AGHGGSRL*SQHFGMPKWAYHLRSGVQDQPGQHGKTPSL*KIQKLARHGGRRL*SQLIGR 2886
 266             AG GGSRL SQHFG P+ A HLRSGV+DQP QHG+TPSL KIQKLA  GG  L SQL+GR
 267 Sbjct: 101  AGRGGSRLXSQHFGRPRRADHLRSGVRDQPDQHGETPSLLKIQKLAGRGGACLXSQLLGR 160
 268
 269 Query: 2887 LRLENPLNLGGRGCSELRSCHCTPAWVTR 2973
 270             LR EN LN GG GC E RS HCTPAW TR
 271 Sbjct: 161  LRQENRLNPGGGGCGEPRSRHCTPAWATR 189
 272
 273
 274  Score =  125 bits (311), Expect = 6e-28
 275  Identities = 70/101 (69%), Positives = 74/101 (72%)
 276  Frame = +2
 277
 278 Query: 2693 KHYTWPGTVAHACNPSTLGCQSGHII*GQEFKTSLANMAKLRLYEKYKN*PGMVAGACNP 2872
 279             K    PG VAHACNPSTLG + G I  G+EF+TSL NM K RLY KYKN PG+VA ACNP
 280 Sbjct: 195  KKXXXPGAVAHACNPSTLGGRGGRITXGREFETSLTNMEKPRLYXKYKNXPGVVAHACNP 254
 281
 282 Query: 2873 S*LGG*GWRIP*I*EAEVAVS*DRAIALQPG*QE*NSVSKK 2995
 283             S  GG G RI    EAEVAVS DRAIALQPG QE NSVSKK
 284 Sbjct: 255  SYSGGXGRRIAXTREAEVAVSRDRAIALQPGQQERNSVSKK 295
 285
 286
 287  Score =  109 bits (270), Expect = 4e-23
 288  Identities = 71/101 (70%), Positives = 78/101 (76%), Gaps = 54/101 (53%)
 289  Frame = +1
 290
 291 Query: 5179 FFLRWSFALSPRLECSGAISAHCNLRLPGSSNSPASASRVAGTTGVRHHTRLIFVFFVKT 5358
 292             FF      L PRLEC+GAISAH NLRLPGSS+SPASASRVAG TG+RHH RLIFVF V+T
 293 Sbjct: 399  FFXDGVSLLLPRLECNGAISAHRNLRLPGSSDSPASASRVAGITGMRHHARLIFVFLVET 458
 294
 295 Query: 5359 GFHHVGQ------------------AGLN------------------------------- 5391
 296             GF HVGQ                  AG+
 297 Sbjct: 459  GFLHVGQAGLELPTSGDPPASASQSAGITGVSHRARXXXFFETEFRSCCPGWSAMARSRL 518
 298
 299 Query: 5392 -----SRPQVIHLSQPPKVLGLQV*ATVPGYFMDF 5481
 300                  SR Q I L QPP+ LGLQ  AT PG F+ F
 301 Sbjct: 519  TATSASRVQAILLPQPPEXLGLQACATTPGXFLYF 553
 302
 303
 304  Score =  105 bits (260), Expect = 6e-22
 305  Identities = 62/94 (65%), Positives = 71/94 (74%), Gaps = 55/94 (58%)
 306  Frame = +3
 307
 308 Query: 5205 VTQAGMQWCNLSSLQPPPPRFKQFSCLSLPSSWDYRCAPPHQANFCIFCKDRFSPRWPGW 5384
 309             V QAG+QW +L S QPPPP FK+FSCLSLPSSWDYR APP  ANFCIF +D  SP W GW
 310 Sbjct: 308  VAQAGVQWRDLGSPQPPPPGFKRFSCLSLPSSWDYRHAPPRPANFCIFSRDGVSPCWSGW 367
 311
 312 Query: 5385 S-----------------------------------------------------ELQTSG 5405
 313             S                                                      L+  G
 314 Sbjct: 368  SRTPDLRXSARLGLPKCWDYRREPPRPAXXXFFXDGVSLLLPRLECNGAISAHRNLRLPG 427
 315
 316 Query: 5406 DS--PVSASQSAGITGVSHRARLLHGFLI 5486
 317              S  P SAS+ AGITG+ H ARL+  FL+
 318 Sbjct: 428  SSDSPASASRVAGITGMRHHARLIFVFLV 456
 319
 320
 321  Score =  104 bits (258), Expect(2) = 1e-30
 322  Identities = 49/63 (77%), Positives = 54/63 (84%)
 323  Frame = -1
 324
 325 Query: 5387 RPAWPTW*KPVFTKNTKISLVWWRTPVVPATREAEAGELLEPGRRRLQ*AEIAPLHSSLG 5208
 326             RPA PTW  PV TKNTKIS  WWR PV+PATREAEAGE LEPGRRRL+ AEIAPLHSSLG
 327 Sbjct: 28   RPAXPTWRNPVSTKNTKISRAWWRMPVIPATREAEAGESLEPGRRRLRXAEIAPLHSSLG 87
 328
 329 Query: 5207 DRA 5199
 330             +++
 331 Sbjct: 88   NKS 90
 332
 333
 334  Score = 88.2 bits (215), Expect = 1e-16
 335  Identities = 53/89 (59%), Positives = 56/89 (62%)
 336  Frame = -3
 337
 338 Query: 2973 SCHPGWSAMARSQLTATSASXXXXXXXXXXXXXXXXXXXATMPG*FLYFS*RRSFAMLAR 2794
 339             SC PGWSAMARS+LTATSAS                   AT PG FLYF  RR F+ML R
 340 Sbjct: 505  SCCPGWSAMARSRLTATSASRVQAILLPQPPEXLGLQACATTPGXFLYFXXRRGFSMLVR 564
 341
 342 Query: 2793 LVLNS*PQMICPLWHPKVLGLQA*ATVPG 2707
 343             LV NS PQ+I P   PKVLGLQA AT PG
 344 Sbjct: 565  LVSNSRPQVIRPPRPPKVLGLQAXATAPG 593
 345
 346
 347  Score = 85.8 bits (209), Expect(2) = 2e-22
 348  Identities = 44/61 (72%), Positives = 44/61 (72%)
 349  Frame = -2
 350
 351 Query: 5386 DQPGQRGENLSLQKIQKLAWCGGAHL*SQLLGRLRQENCLNLGGGGCSELRLHHCIPAWV 5207
 352             DQP Q GE  SL KIQKLA  GGA L SQLLGRLRQEN LN GGGGC E R  HC PAW
 353 Sbjct: 128  DQPDQHGETPSLLKIQKLAGRGGACLXSQLLGRLRQENRLNPGGGGCGEPRSRHCTPAWA 187
 354
 355 Query: 5206 T 5204
 356             T
 357 Sbjct: 188  T 188
 358
 359
 360  Score = 80.8 bits (196), Expect = 2e-14
 361  Identities = 43/62 (69%), Positives = 46/62 (73%)
 362  Frame = -3
 363
 364 Query: 5388 QTSLANVVKTCLYKKYKN*PGVVAHTCSPSYSGG*GRRIA*TWEAEVAVS*DCTTAFQPG 5209
 365             +TSL N+ K  LY KYKN PGVVAH C+PSYSGG GRRIA T EAEVAVS D   A QPG
 366 Sbjct: 226  ETSLTNMEKPRLYXKYKNXPGVVAHACNPSYSGGXGRRIAXTREAEVAVSRDRAIALQPG 285
 367
 368 Query: 5208 *Q 5203
 369              Q
 370 Sbjct: 286  QQ 287
 371
 372
 373  Score = 63.2 bits (151), Expect = 4e-09
 374  Identities = 34/61 (55%), Positives = 41/61 (66%)
 375  Frame = +2
 376
 377 Query: 5204 CHPGWNAVVQSQLTATSASQVQAIXXXXXXXXXXXXVCATTPG*FLYFL*RQVFTTLARL 5383
 378             C PGW+A+ +S+LTATSAS+VQAI             CATTPG FLYF  R+ F+ L RL
 379 Sbjct: 506  CCPGWSAMARSRLTATSASRVQAILLPQPPEXLGLQACATTPGXFLYFXXRRGFSMLVRL 565
 380
 381 Query: 5384 V 5386
 382             V
 383 Sbjct: 566  V 566
 384
 385
 386  Score = 50.8 bits (119), Expect(2) = 1e-30
 387  Identities = 23/26 (88%), Positives = 23/26 (88%)
 388  Frame = -2
 389
 390 Query: 5464 RARWLTPVIPALWEAETGESPEVWSS 5387
 391             RARWLTPVIPALWEAE G SPEV SS
 392 Sbjct: 2    RARWLTPVIPALWEAEAGGSPEVGSS 27
 393
 394
 395  Score = 45.7 bits (106), Expect = 7e-04
 396  Identities = 22/38 (57%), Positives = 23/38 (59%)
 397  Frame = +2
 398
 399 Query: 5390 TPDLR*FTCLSLPKCWDYRCEPPCPATSWIFDYRLCLL 5503
 400             TPDLR    L LPKCWDYR EPP PA    F   + LL
 401 Sbjct: 370  TPDLRXSARLGLPKCWDYRREPPRPAXXXFFXDGVSLL 407
 402
 403
 404  Score = 41.8 bits (96), Expect(2) = 2e-22
 405  Identities = 19/27 (70%), Positives = 22/27 (81%)
 406  Frame = -3
 407
 408 Query: 5466 AGHGGSHL*SQHFGRLRQVNHLRSGVQ 5386
 409             AG GGS L SQHFGR R+ +HLRSGV+
 410 Sbjct: 101  AGRGGSRLXSQHFGRPRRADHLRSGVR 127
 411
 412
 413   Database: h_nrNov10_2000
 414     Posted date:  Nov 10, 2000  9:40 AM
 415   Number of letters in database: 18,303,128
 416   Number of sequences in database:  57,234
 417
 418 Lambda     K      H
 419    0.318    0.135    0.401
 420
 421 Gapped
 422 Lambda     K      H
 423    0.270   0.0470    0.230
 424
 425
 426 Matrix: BLOSUM62
 427 Gap Penalties: Existence: 11, Extension: 1
 428 Number of Hits to DB: 262249022
 429 Number of Sequences: 57234
 430 Number of extensions: 6465920
 431 Number of successful extensions: 16162
 432 Number of sequences better than 1.0e-03: 302
 433 Number of HSP's better than  0.0 without gapping: 147
 434 Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 4
 435 Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 14866
 436 Number of HSP's gapped (non-prelim): 1104
 437 length of query: 2319
 438 length of database: 18,303,128
 439 effective HSP length: 55
 440 effective length of query: 2264
 441 effective length of database: 15,155,258
 442 effective search space: 34311504112
 443 effective search space used: 34311504112
 444 frameshift window, decay const: 50,  0.1
 445 T: 12
 446 A: 40
 447 X1: 16 ( 7.3 bits)
 448 X2: 38 (14.8 bits)
 449 X3: 64 (24.9 bits)
 450 S1: 41 (21.7 bits)
 451 S2: 105 (45.3 bits)