t/data/test.gcgfasta

   1 !!SEQUENCE_LIST 1.0
   2
   3
   4 (Peptide) FASTA of: test.gcg  from: 1 to: 146  August 25, 2003 13:25
   5
   6  REFORMAT of: b124_sp.pep  check: -1  from: 1  to: 146  January 28, 1999 16:22
   7  (No documentation)
   8
   9  TO: PIR:*  Sequences:    283,308  Symbols:    96,168,669  Word Size: 2
  10
  11  Databases searched:
  12    NBRF, Release 76.0, Released on 31Mar2003, Formatted on 7Apr2003
  13
  14  Scoring matrix: GenRunData:blosum50.cmp
  15  Variable pamfactor used
  16  Gap creation penalty: 12  Gap extension penalty: 2
  17
  18
  19
  20 Histogram Key:
  21  Each histogram symbol represents 474 search set sequences
  22  Each inset symbol represents 4 search set sequences
  23  z-scores computed from opt scores
  24
  25 z-score obs    exp
  26         (=)    (*)
  27
  28 < 20    789      0:==
  29   22      0      0:
  30   24      4      0:=
  31   26      8      6:*
  32   28      9     64:*
  33   30    101    390:*
  34   32    407   1509:=  *
  35   34   2185   4092:=====   *
  36   36   7555   8404:================ *
  37   38  16600  13889:=============================*======
  38   40  25000  19373:========================================*============
  39   42  27813  23681:=================================================*=========
  40   44  28394  26123:=======================================================*====
  41   46  26152  26607:========================================================*
  42   48  23191  25473:=================================================    *
  43   50  20419  23244:============================================     *
  44   52  18108  20435:=======================================    *
  45   54  15701  17455:==================================  *
  46   56  13874  14581:==============================*
  47   58  11026  11970:======================== *
  48   60   9392   9697:====================*
  49   62   7678   7774:================*
  50   64   6295   6183:=============*
  51   66   4986   4887:==========*
  52   68   3909   3844:========*
  53   70   3131   3012:======*
  54   72   2497   2354:====*=
  55   74   1858   1835:===*
  56   76   1469   1428:===*
  57   78   1160   1110:==*
  58   80    845    862:=*
  59   82    665    659:=*
  60   84    515    522:=*
  61   86    376    404:*
  62   88    261    313:*
  63   90    225    242:*
  64   92    157    187:*         :=======================================*
  65   94    132    145:*         :=================================   *
  66   96     93    112:*         :========================   *
  67   98     63     87:*         :================     *
  68  100     73     67:*         :================*==
  69  102     44     52:*         :=========== *
  70  104     32     40:*         :======== *
  71  106     27     31:*         :=======*
  72  108     18     24:*         :=====*
  73  110     18     19:*         :====*
  74  112     11     14:*         :===*
  75  114     11     11:*         :==*
  76  116     10      9:*         :==*
  77  118      8      7:*         :=*
  78 >120     13      5:*         :=*==
  79
  80 Joining threshold: 36, opt. threshold: 24, opt. width:  16, reg.-scaled
  81
  82
  83 The best scores are:                    init1 initn   opt    z-sc E(283250)..
  84
  85 PIR2:S44629    Begin: 342  End: 470
  86 ! F22B7.10 protein - Caenorhabditis e...  108   143   241   304.1  1.1e-09
  87 PIR1:WMBELM    Begin: 307  End: 385
  88 ! membrane protein LMP-2A - human her...   59    91    99   130.6     5.1
  89 PIR2:AG0762    Begin: 63  End: 144
  90 ! probable membrane protein STY2265 [...   65    65    96   128.9     6.4
  91 PIR2:B83179    Begin: 9  End: 86
  92 ! hypothetical protein PA3730 [import...   40    40    92   127.0     8.2
  93 \\End of List
  94
  95
  96 test.gcg
  97 PIR2:S44629
  98
  99 P1;S44629 - F22B7.10 protein - Caenorhabditis elegans
 100 C;Species: Caenorhabditis elegans
 101 C;Date: 20-Feb-1995 #sequence_revision 20-Feb-1995 #text_change 04-Mar-2000
 102 C;Accession: S44629
 103 R;Anderson, K.
 104 submitted to the EMBL Data Library, March 1993 . . .
 105
 106
 107 SCORES   Init1: 108   Initn: 143   Opt: 241   z-score: 304.1 E(): 1.1e-09
 108 >>PIR2:S44629                                             (628 aa)
 109  initn: 143 init1: 108 opt: 241 Z-score: 304.1 expect(): 1.1e-09
 110 Smith-Waterman score: 241;    32.6% identity in 135 aa overlap
 111  (3-135:342-470)
 112
 113                                                  10        20        30
 114 test.gcg                                 VXCAAEFDFMEKETPLRYTKTLLLPVVLVVFV
 115                                            |:|||||::  |  :   |||:|::|: :|
 116 S44629       GLGIEDDAHIFDILRSKFTSFANFHTRLYTCSAEFDFIQYSTIEKLCGTLLIPLALISLV
 117                    320       330       340       350       360       370
 118
 119                    40        50        60        70        80        90
 120 test.gcg     AIVRKIISDMWGVLAKQQTHVRKHQFDHGELVYHALQLLAYTALGILIMRLKLFLTPYMC
 121              ::| :::::  ::| ::: ::     ::||::|:::||   |::::||||||||:||::|
 122 S44629       TFVFNFVKNT-NLLWRNSEEIG----ENGEILYNVVQLCCSTVMAFLIMRLKLFMTPHLC
 123                    380        390           400       410       420
 124
 125                   100         110       120       130       140
 126 test.gcg     VMASLICSRQLFG--WLFCKVHPGAIVFVILAAMSIQGSANLQTQWKSTASLALET
 127              ::|:|: : :|:|   :   :: :|:| || | :  :|  |:: |
 128 S44629       IVAALFANSKLLGGDRISKTIRVSALVGVI-AILFYRGIPNIRQQLNVKGEYSNPDQEML
 129               430       440       450        460       470       480
 130
 131 S44629       FDWIQHNTKQDAVFAGTMPVMANVKLTTLRPIVNHPHYEHVGIRERTLKVYSMFSKKPIA
 132                490       500       510       520       530       540
 133
 134
 135 test.gcg
 136 PIR1:WMBELM
 137
 138 P1;WMBELM - membrane protein LMP-2A - human herpesvirus 4
 139 N;Contains: membrane protein LMP-2B
 140 C;Species: human herpesvirus 4, Epstein-Barr virus
 141 A;Note: host Homo sapiens (man)
 142 C;Date: 31-Dec-1989 #sequence_revision 31-Dec-1989 #text_change 16-Jul-1999
 143 C;Accession: A30178; B30178; S00392 . . .
 144
 145
 146 SCORES   Init1: 59    Initn: 91    Opt: 99    z-score: 130.6 E(): 5.1
 147 >>PIR1:WMBELM                                             (497 aa)
 148  initn:  91 init1:  59 opt:  99 Z-score: 130.6 expect():  5.1
 149 Smith-Waterman score: 99;    32.9% identity in 79 aa overlap
 150  (67-141:307-385)
 151
 152                40        50        60        70        80        90
 153 test.gcg     KIISDMWGVLAKQQTHVRKHQFDHGELVYHALQLLAYTALGILIMRLKLFLTPYMCVMAS
 154                                            || |||   || | :   ::|     :::
 155 WMBELM       MTLLLLAFVLWLSSPGGLGTLGAALLTLAAALALLASLILGTLNLTTMFLLMLLWTLVVL
 156               280       290       300       310       320       330
 157
 158               100           110       120       130       140
 159 test.gcg     LICSR----QLFGWLFCKVHPGAIVFVILAAMSIQGSANLQTQWKSTASLALET
 160              ||||      |   |: ::   |:::::||:  | |:: |||::|| :|
 161 WMBELM       LICSSCSSCPLSKILLARLFLYALALLLLASALIAGGSILQTNFKSLSSTEFIPNLFCML
 162               340       350       360       370       380       390
 163
 164 WMBELM       LLIVAGILFILAILTEWGSGNRTYGPVFMCLGGLLTMVAGAVWLTVMSNTLLSAWILTAG
 165               400       410       420       430       440       450
 166
 167
 168 test.gcg
 169 PIR2:AG0762
 170
 171 P1;AG0762 - probable membrane protein STY2265 [imported] - Salmonella enterica
 172  subsp. enterica serovar Typhi (strain CT18)
 173 C;Species: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi
 174 A;Note: this species has also been called Salmonella typhi
 175 C;Date: 09-Nov-2001 #sequence_revision 09-Nov-2001 #text_change 18-Nov-2002
 176 C;Accession: AG0762
 177 R;Parkhill, J.; Dougan, G.; James, K.D.; Thomson, N.R.; Pickard, D.; Wain, J.;
 178  Churcher, C.; Mungall, K.L.; Bentley, S.D.; Holden, M.T.G.; Sebaihia, M.;
 179  Baker, S.; Basham, D.; Brooks, K.; Chillingworth, T.; Connerton, P.; Cronin,
 180  A.; Davis, P.; Davies, R.M.; Dowd, L.; White, N.; Farrar, J.; Feltwell, T.;
 181  Hamlin, N.; Haque, A.; Hien, T.T.; Holroyd, S.; Jagels, K.; Krogh, A.; Larsen,
 182  T.S.; Leather, S.; Moule, S.; O'Gaora, P
 183
 184
 185 SCORES   Init1: 65    Initn: 65    Opt: 96    z-score: 128.9 E(): 6.4
 186 >>PIR2:AG0762                                             (352 aa)
 187  initn:  65 init1:  65 opt:  96 Z-score: 128.9 expect():  6.4
 188 Smith-Waterman score: 96;    27.6% identity in 87 aa overlap
 189  (61-137:63-144)
 190
 191                      40        50        60        70            80
 192 test.gcg     FVAIVRKIISDMWGVLAKQQTHVRKHQFDHGELVYHALQLLAYT----ALGILIMRLKLF
 193                                            |::| :|:: :: |    |||:: :||:||
 194 AG0762       TFLLVRLFSIPEGTWPLITLVVIMGPISFWGNVVPRAFERIGGTILGAALGLVALRLELF
 195                    40        50        60        70        80        90
 196
 197                90          100       110         120       130        140
 198 test.gcg     LTPYM---CVMASLICSRQLFGWLFCKVHP--GAIVFVILAAMSIQGSANLQTQ-WKSTA
 199                | |   |::| ::|     |||    :|  : :: : ||::    :::::|  |::
 200 AG0762       SLPLMLVWCAIAMFLC-----GWLALGKKPYQALLIGITLAVVVGAPAGDMNTALWRGGD
 201                   100            110       120       130       140
 202
 203
 204 test.gcg     SLALET
 205
 206 AG0762       VILGALLAMLFTGIWPQRAFLHWRIQLAHCVTAYNRVYQAALSPNLLERPRLDKYLQRLL
 207              150       160       170       180       190       200
 208
 209
 210 test.gcg
 211 PIR2:B83179
 212
 213 P1;B83179 - hypothetical protein PA3730 [imported] - Pseudomonas aeruginosa
 214  (strain PAO1)
 215 C;Species: Pseudomonas aeruginosa
 216 C;Date: 15-Sep-2000 #sequence_revision 15-Sep-2000 #text_change 31-Dec-2000
 217 C;Accession: B83179
 218 R;Stover, C.K.; Pham, X.Q.; Erwin, A.L.; Mizoguchi, S.D.; Warrener, P.; Hickey,
 219  M.J.; Brinkman, F.S.L.; Hufnagle, W.O.; Kowalik, D.J.; Lagrou, M.; Garber,
 220  R.L.; Goltry, L.; Tolentino, E.; Westbrook-Wadman, S.; Yuan, Y.; Brody, L.L.;
 221  Coulter, S.N.; Folger, K.R.; Kas, A.; Larbig, K.; Lim, R.M.; Smith, K.A.;
 222  Spencer, D.H.; Wong, G.K.S.; Wu, Z.; Paulsen, I.T.; Reizer, J.; Saier, M.H.;
 223  Hancock, R.E.W.; Lory, S.; Olson, M.V.
 224 Nature 406, 959-964, 2000 . . .
 225
 226
 227 SCORES   Init1: 40    Initn: 40    Opt: 92    z-score: 127.0 E(): 8.2
 228 >>PIR2:B83179                                             (213 aa)
 229  initn:  40 init1:  40 opt:  92 Z-score: 127.0 expect():  8.2
 230 Smith-Waterman score: 92;    28.4% identity in 88 aa overlap
 231  (22-109:9-86)
 232
 233                      10        20        30        40        50        60
 234 test.gcg     VXCAAEFDFMEKETPLRYTKTLLLPVVLVVFVAIVRKIISDMWGVLAKQQTHVRKHQFDH
 235                                   | :|:||  |: |:  |   :||::|  ::::   ::|
 236 B83179                    MEGFLQTALSFPTVLFSFLLILAII---YWGIVALGMVEIDVLDLDA
 237                                   10        20           30        40
 238
 239                      70        80        90       100       110       120
 240 test.gcg     GELVYHALQLLAYTALGILIMRLKLFLTPYMCVMASLICSRQLFGWLFCKVHPGAIVFVI
 241                :|  | |     :|: |: :|||  :|   |:: |    ::|:|::|
 242 B83179       ESVVDGAGQA---EGLAALLAKLKLNGVPVTLVLTLL----SFFAWFLCYFVQLWLLSAL
 243                  50           60        70            80        90
 244
 245                     130       140
 246 test.gcg     LAAMSIQGSANLQTQWKSTASLALET
 247
 248 B83179       PLGWLRYPLGAVVAVGALFLAAPLAATLCRPLRPLFRKLESTSSKSVLGQVAVVRSGRVT
 249              100       110       120       130       140       150
 250
 251
 252
 253 ! Distributed over 1 thread.
 254 !      Start time: Mon Aug 25 13:23:54 2003
 255 ! Completion time: Mon Aug 25 13:25:12 2003
 256
 257 ! CPU time used:
 258 !        Database scan:  0:01:34.1
 259 ! Post-scan processing:  0:00:00.6
 260 !       Total CPU time:  0:01:34.7
 261 ! Output File: test.fasta