t/data/test2.infernal

   1 # cmsearch :: search a sequence database with an RNA CM
   2 # INFERNAL 1.0 (January 2009)
   3 # Copyright (C) 2009 HHMI Janelia Farm Research Campus
   4 # Freely distributed under the GNU General Public License (GPLv3)
   5 # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
   6 # command:    cmsearch my.cm tosearch.300Kb.db
   7 # date:       Tue May 19 11:36:34 2009
   8 # num seqs:   1
   9 # dbsize(Mb): 0.600000
  10 #
  11 # Pre-search info for CM 1: trna.5-1
  12 #
  13 #                                  cutoffs            predictions
  14 #                            -------------------  --------------------
  15 # rnd  mod  alg  cfg   beta     E value   bit sc     surv     run time
  16 # ---  ---  ---  ---  -----  ----------  -------  -------  -----------
  17     1   cm  cyk  loc  1e-07     100.010     3.84   0.0183  00:02:34.47
  18     2   cm  ins  loc  1e-15       1.000    11.92   0.0001  00:00:13.89
  19 # ---  ---  ---  ---  -----  ----------  -------  -------  -----------
  20   all    -    -    -      -           -        -        -  00:02:48.36
  21 #
  22
  23 CM: trna.5-1
  24 >example
  25
  26   Plus strand results:
  27
  28  Query = 1 - 72, Target = 101 - 173
  29  Score = 78.06, E = 3.133e-21, P = 2.906e-26, GC =  53
  30
  31            (((((((,,<<<<___.____>>>>,<<<<<_______>>>>>,,,,,<<<<<_______
  32          1 gCcgacAUaGcgcAgU.GGuAgcgCgccagccUgucAagcuggAGgUCCgggGUUCGAUu 59
  33            GC::A::UAGC:CAGU GG AG:GCGCCAG:CUG+++A:CUGGAGGUCC:G:GUUCGAU
  34        101 GCGGAUUUAGCUCAGUuGGGAGAGCGCCAGACUGAAGAUCUGGAGGUCCUGUGUUCGAUC 160
  35
  36            >>>>>))))))):
  37         60 CcccGUgucgGca 72
  38            C:C:G::U::GCA
  39        161 CACAGAAUUCGCA 173
  40
  41
  42  Query = 1 - 72, Target = 70822 - 70891
  43  Score = 12.47, E = 0.6752, P = 6.263e-06, GC =  53
  44
  45            (((((((,,<<<<_______>>>>,<<<<<_______>>>>>,,,,,~~~~~~)))))))
  46          1 gCcgacAUaGcgcAgUGGuAgcgCgccagccUgucAagcuggAGgUC*[17]*UgucgGc 71
  47             C:G :AU+GCG:A+UGG  :CGCGC    C  UCAA +++GA +UC      U: C:G
  48      70822 UCUGCUAUGGCGUAAUGGCCACGCGC----CCAUCAACAAAGAUAUC*[19]*UAACAGG 70890
  49
  50            :
  51         72 a 72
  52            A
  53      70891 A 70891
  54
  55
  56   Minus strand results:
  57
  58  Query = 1 - 72, Target = 15124 - 15083
  59  Score = 12.93, E = 0.4841, P = 4.491e-06, GC =  48
  60
  61            (((((((,,~~~~~~,,,,,<<<<<_______>>>>>))))))):
  62          1 gCcgacAUa*[33]*AGgUCCgggGUUCGAUuCcccGUgucgGca 72
  63            GCC: :AUA      A G CC::GG UCG  UCC::GU: :GGC+
  64      15124 GCCAGUAUA*[ 5]*AUGCCCUAGGAUCG--UCCUAGUAAUGGCG 15083
  65
  66
  67 #
  68 # Post-search info for CM 1: trna.5-1
  69 #
  70 #                              number of hits       surv fraction
  71 #                            -------------------  -----------------
  72 # rnd  mod  alg  cfg   beta    expected   actual  expected   actual
  73 # ---  ---  ---  ---  -----  ----------  -------  --------  -------
  74     1   cm  cyk  loc  1e-07     100.010       70    0.0183   0.0152
  75     2   cm  ins  loc  1e-15       1.000        3    0.0001   0.0003
  76 #
  77 # expected time    actual time
  78 # -------------  -------------
  79     00:02:48.36    00:02:42.00
  80 //
  81 #
  82 # CPU time: 157.69u 1.65s 00:02:39.34 Elapsed: 00:02:43