t/data/testdbaccnums.out

   1 BLASTP 2.2.4 [Aug-26-2002]
   2
   3
   4 Reference: Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schaffer,
   5 Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
   6 "Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
   7 programs",  Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
   8 RID: 1036160600-011802-21377
   9 Query= test_result
  10          (8 letters)
  11
  12 Database: All non-redundant GenBank CDS
  13 translations+PDB+SwissProt+PIR+PRF
  14            1,220,597 sequences; 388,937,031 total letters
  15
  16
  17
  18                                                                  Score    E
  19 Sequences producing significant alignments:                      (bits) Value
  20
  21 gb|NP_065733.1|CYT19 (NM_020682) Cyt19 protein; likely ortholog of r...    31   0.18
  22 emb|XP_053690.4|Cyt19 (XM_053690) similar to Cyt19 protein; likely or...    31   0.18
  23 dbj|NP_056277.2|DKFZP586L0724 (NM_015462) DKFZP586L0724 protein [Homo sapiens...    21   113
  24 pir||T14789 hypothetical protein DKFZp586L0724.1 - human >gi|581...    21   113
  25 prf||XP_064862.2 (XM_064862) similar to pheromone receptor [Homo...    21   152
  26 pdb|BAB13968.1|1 (AK022138) unnamed protein product [Homo sapiens]      21   204
  27 sp|Q16478|GLK5_HUMAN Glutamate receptor, ionotropic kainate 5 pr...    21   204
  28 pat|US|NP_002079.2 (NM_002088) glutamate receptor, ionotropic, kai...    21   204
  29 bbs|NP_079463.2| (NM_025187) hypothetical protein FLJ12076 [Homo...    21   204
  30 gnl|db1|NP_002444.1 (NM_002453) mitochondrial translational initiat...    21   204
  31 ref|XP_051877.1| (XM_051877) similar to NS1-binding protein-like...    20   274
  32 lcl|AAH16829.1| (BC016829) Unknown (protein for IMAGE:413...    20   274
  33 gi|1|gb|NP_065733.1|CYT19 (NM_020682) Cyt19 protein; likely ortholog of r...    31   0.18
  34 gi|2|emb|XP_053690.4|Cyt19 (XM_053690) similar to Cyt19 protein; likely or...    31   0.18
  35 gi|3|dbj|NP_056277.2|DKFZP586L0724 (NM_015462) DKFZP586L0724 protein [Homo sapiens...    21   113
  36 gi|4|pir||T14789 hypothetical protein DKFZp586L0724.1 - human >gi|581...    21   113
  37 gi|5|prf||XP_064862.2 (XM_064862) similar to pheromone receptor [Homo...    21   152
  38 gi|6|pdb|BAB13968.1|1 (AK022138) unnamed protein product [Homo sapiens]      21   204
  39 gi|7|sp|Q16478|GLK5_HUMAN Glutamate receptor, ionotropic kainate 5 pr...    21   204
  40 gi|8|pat|US|NP_002079.2 (NM_002088) glutamate receptor, ionotropic, kai...    21   204
  41 gi|9|bbs|NP_079463.2| (NM_025187) hypothetical protein FLJ12076 [Homo...    21   204
  42 gi|10|gnl|db1|NP_002444.1 (NM_002453) mitochondrial translational initiat...    21   204
  43 gi|11|ref|XP_051877.1| (XM_051877) similar to NS1-binding protein-like...    20   274
  44 gi|12|lcl|AAH16829.1| (BC016829) Unknown (protein for IMAGE:413...    20   274
  45 MY_test_ID (BC016829) Unknown (protein for IMAGE:413...    20   274
  46
  47 ALIGNMENTS
  48 >pir||T14789 hypothetical protein DKFZp586L0724.1 - human
  49  emb|CAB53709.1| (AL110271) hypothetical protein [Homo sapiens]
  50  gb|AAH01726.1|AAH01726 (BC001726) Similar to DKFZP586L0724 protein [Homo sapiens]
  51           Length = 314
  52
  53  Score = 21.4 bits (43), Expect =   113
  54  Identities = 6/8 (75%), Positives = 7/8 (87%)
  55
  56 Query: 1   LMFDANFT 8
  57            L+ DANFT
  58 Sbjct: 247 LLLDANFT 254
  59
  60
  61 >gb|NP_065733.1|CYT19 (NM_020682) Cyt19 protein; likely ortholog of rat methyltransferase
  62            Cyt19; S-adenosylmethionine:arsenic (III)
  63            methyltransferase [Homo sapiens]
  64  gb|AAG09731.1|AF226730_1 (AF226730) Cyt19 [Homo sapiens]
  65           Length = 338
  66
  67  Score = 30.8 bits (65), Expect = 0.18
  68  Identities = 8/8 (100%), Positives = 8/8 (100%)
  69
  70 Query: 1   LMFDANFT 8
  71            LMFDANFT
  72 Sbjct: 286 LMFDANFT 293
  73
  74
  75 >emb|XP_053690.4|Cyt19 (XM_053690) similar to Cyt19 protein; likely ortholog of rat
  76            methyltransferase Cyt19; S-adenosylmethionine:arsenic
  77            (III) methyltransferase [Homo sapiens]
  78           Length = 375
  79
  80  Score = 30.8 bits (65), Expect = 0.18
  81  Identities = 8/8 (100%), Positives = 8/8 (100%)
  82
  83 Query: 1   LMFDANFT 8
  84            LMFDANFT
  85 Sbjct: 286 LMFDANFT 293
  86
  87
  88 >dbj|NP_056277.2|DKFZP586L0724 (NM_015462) DKFZP586L0724 protein [Homo sapiens]
  89  dbj|BAB14647.1| (AK023702) unnamed protein product [Homo sapiens]
  90           Length = 719
  91
  92  Score = 21.4 bits (43), Expect =   113
  93  Identities = 6/8 (75%), Positives = 7/8 (87%)
  94
  95 Query: 1   LMFDANFT 8
  96            L+ DANFT
  97 Sbjct: 652 LLLDANFT 659
  98
  99
 100 >prf||XP_064862.2 (XM_064862) similar to pheromone receptor [Homo sapiens]
 101           Length = 370
 102
 103  Score = 21.0 bits (42), Expect =   152
 104  Identities = 5/5 (100%), Positives = 5/5 (100%)
 105
 106 Query: 2   MFDAN 6
 107            MFDAN
 108 Sbjct: 348 MFDAN 352
 109
 110
 111 >pdb|BAB13968.1|1 (AK022138) unnamed protein product [Homo sapiens]
 112           Length = 258
 113
 114  Score = 20.6 bits (41), Expect =   204
 115  Identities = 5/5 (100%), Positives = 5/5 (100%)
 116
 117 Query: 1  LMFDA 5
 118           LMFDA
 119 Sbjct: 45 LMFDA 49
 120
 121
 122 >sp|Q16478|GLK5_HUMAN Glutamate receptor, ionotropic kainate 5 precursor (Glutamate
 123            receptor KA-2) (KA2) (Excitatory amino acid receptor 2)
 124            (EAA2)
 125  pir||I57936 glutamate receptor subunit - human
 126  gb|AAB22591.1| (S40369) glutamate receptor subunit; EAA2; excitatory amino acid
 127            receptor 2 [Homo sapiens]
 128           Length = 980
 129
 130  Score = 20.6 bits (41), Expect =   204
 131  Identities = 5/5 (100%), Positives = 5/5 (100%)
 132
 133 Query: 1   LMFDA 5
 134            LMFDA
 135 Sbjct: 306 LMFDA 310
 136
 137
 138 >pat|US|NP_002079.2 (NM_002088) glutamate receptor, ionotropic, kainate 5 [Homo
 139            sapiens]
 140  emb|CAC80547.1| (AJ249209) kainate receptor subunit KA2a [Homo sapiens]
 141           Length = 981
 142
 143  Score = 20.6 bits (41), Expect =   204
 144  Identities = 5/5 (100%), Positives = 5/5 (100%)
 145
 146 Query: 1   LMFDA 5
 147            LMFDA
 148 Sbjct: 306 LMFDA 310
 149
 150
 151 >bbs|NP_079463.2| (NM_025187) hypothetical protein FLJ12076 [Homo sapiens]
 152  sp|Q9BSU1|U183_HUMAN UPF0183 protein
 153  gb|AAH04556.1|AAH04556 (BC004556) Similar to CG7083 gene product [Homo sapiens]
 154  gb|AAK96888.1| (AF176088) lin-10-like protein [Homo sapiens]
 155           Length = 422
 156
 157  Score = 20.6 bits (41), Expect =   204
 158  Identities = 5/5 (100%), Positives = 5/5 (100%)
 159
 160 Query: 1  LMFDA 5
 161           LMFDA
 162 Sbjct: 67 LMFDA 71
 163
 164
 165
 166  Score = 16.8 bits (32), Expect =  2880
 167  Identities = 4/5 (80%), Positives = 5/5 (100%)
 168
 169 Query: 2   MFDAN 6
 170            +FDAN
 171 Sbjct: 296 LFDAN 300
 172
 173
 174 >gnl|db1|NP_002444.1 (NM_002453) mitochondrial translational initiation factor 2
 175            precursor; IF-2mt [Homo sapiens]
 176  sp|P46199|IF2M_HUMAN Translation initiation factor IF-2, mitochondrial precursor
 177            (IF-2Mt) (IF-2(Mt))
 178  pir||A55628 translation initiation factor IF-2 precursor, mitochondrial - human
 179  gb|AAA67038.1| (L34600) initiation factor 2 [Homo sapiens]
 180  gb|AAM14617.1|AF494407_1 (AF494407) mitochondrial translation-initiation factor 2 [Homo
 181            sapiens]
 182  gb|AAM70196.1| (AF495546) translation initiation factor 2 [Homo sapiens]
 183           Length = 727
 184
 185  Score = 20.6 bits (41), Expect =   204
 186  Identities = 5/6 (83%), Positives = 5/6 (83%)
 187
 188 Query: 1   LMFDAN 6
 189            LMFD N
 190 Sbjct: 398 LMFDEN 403
 191
 192
 193 >ref|XP_051877.1| (XM_051877) similar to NS1-binding protein-like protein [Homo
 194           sapiens]
 195  dbj|BAA74873.1| (AB020657) KIAA0850 protein [Homo sapiens]
 196  emb|CAB72329.1| (AL078644) bG279B7.1.1 (NS1-binding protein (KIAA0850, BTB/POZ
 197           domain and Kelch motifs containing protein)) [Homo
 198           sapiens]
 199  gb|AAG43485.1| (AF205218) NS1-binding protein-like protein [Homo sapiens]
 200           Length = 642
 201
 202  Score = 20.2 bits (40), Expect =   274
 203  Identities = 6/8 (75%), Positives = 6/8 (75%), Gaps = 1/8 (12%)
 204
 205 Query: 1  LMF-DANF 7
 206           LMF D NF
 207 Sbjct: 7  LMFEDENF 14
 208
 209
 210 >lcl|AAH16829.1| (BC016829) Unknown (protein for IMAGE:4132295) [Homo sapiens]
 211           Length = 391
 212
 213  Score = 20.2 bits (40), Expect =   274
 214  Identities = 5/6 (83%), Positives = 5/6 (83%)
 215
 216 Query: 3  FDANFT 8
 217           FD NFT
 218 Sbjct: 32 FDTNFT 37
 219
 220 >gi|1|gb|NP_065733.1|CYT19 (NM_020682) Cyt19 protein; likely ortholog of rat methyltransferase
 221            Cyt19; S-adenosylmethionine:arsenic (III)
 222            methyltransferase [Homo sapiens]
 223  gb|AAG09731.1|AF226730_1 (AF226730) Cyt19 [Homo sapiens]
 224           Length = 338
 225
 226  Score = 30.8 bits (65), Expect = 0.18
 227  Identities = 8/8 (100%), Positives = 8/8 (100%)
 228
 229 Query: 1   LMFDANFT 8
 230            LMFDANFT
 231 Sbjct: 286 LMFDANFT 293
 232
 233
 234 >gi|2|emb|XP_053690.4|Cyt19 (XM_053690) similar to Cyt19 protein; likely ortholog of rat
 235            methyltransferase Cyt19; S-adenosylmethionine:arsenic
 236            (III) methyltransferase [Homo sapiens]
 237           Length = 375
 238
 239  Score = 30.8 bits (65), Expect = 0.18
 240  Identities = 8/8 (100%), Positives = 8/8 (100%)
 241
 242 Query: 1   LMFDANFT 8
 243            LMFDANFT
 244 Sbjct: 286 LMFDANFT 293
 245
 246
 247 >gi|3|dbj|NP_056277.2|DKFZP586L0724 (NM_015462) DKFZP586L0724 protein [Homo sapiens]
 248  dbj|BAB14647.1| (AK023702) unnamed protein product [Homo sapiens]
 249           Length = 719
 250
 251  Score = 21.4 bits (43), Expect =   113
 252  Identities = 6/8 (75%), Positives = 7/8 (87%)
 253
 254 Query: 1   LMFDANFT 8
 255            L+ DANFT
 256 Sbjct: 652 LLLDANFT 659
 257
 258
 259 >gi|4|pir||T14789 hypothetical protein DKFZp586L0724.1 - human
 260  emb|CAB53709.1| (AL110271) hypothetical protein [Homo sapiens]
 261  gb|AAH01726.1|AAH01726 (BC001726) Similar to DKFZP586L0724 protein [Homo sapiens]
 262           Length = 314
 263
 264  Score = 21.4 bits (43), Expect =   113
 265  Identities = 6/8 (75%), Positives = 7/8 (87%)
 266
 267 Query: 1   LMFDANFT 8
 268            L+ DANFT
 269 Sbjct: 247 LLLDANFT 254
 270
 271
 272 >gi|5|prf||XP_064862.2 (XM_064862) similar to pheromone receptor [Homo sapiens]
 273           Length = 370
 274
 275  Score = 21.0 bits (42), Expect =   152
 276  Identities = 5/5 (100%), Positives = 5/5 (100%)
 277
 278 Query: 2   MFDAN 6
 279            MFDAN
 280 Sbjct: 348 MFDAN 352
 281
 282
 283 >gi|6|pdb|BAB13968.1|1 (AK022138) unnamed protein product [Homo sapiens]
 284           Length = 258
 285
 286  Score = 20.6 bits (41), Expect =   204
 287  Identities = 5/5 (100%), Positives = 5/5 (100%)
 288
 289 Query: 1  LMFDA 5
 290           LMFDA
 291 Sbjct: 45 LMFDA 49
 292
 293
 294 >gi|7|sp|Q16478|GLK5_HUMAN Glutamate receptor, ionotropic kainate 5 precursor (Glutamate
 295            receptor KA-2) (KA2) (Excitatory amino acid receptor 2)
 296            (EAA2)
 297  pir||I57936 glutamate receptor subunit - human
 298  gb|AAB22591.1| (S40369) glutamate receptor subunit; EAA2; excitatory amino acid
 299            receptor 2 [Homo sapiens]
 300           Length = 980
 301
 302  Score = 20.6 bits (41), Expect =   204
 303  Identities = 5/5 (100%), Positives = 5/5 (100%)
 304
 305 Query: 1   LMFDA 5
 306            LMFDA
 307 Sbjct: 306 LMFDA 310
 308
 309
 310 >gi|8|pat|US|NP_002079.2 (NM_002088) glutamate receptor, ionotropic, kainate 5 [Homo
 311            sapiens]
 312  emb|CAC80547.1| (AJ249209) kainate receptor subunit KA2a [Homo sapiens]
 313           Length = 981
 314
 315  Score = 20.6 bits (41), Expect =   204
 316  Identities = 5/5 (100%), Positives = 5/5 (100%)
 317
 318 Query: 1   LMFDA 5
 319            LMFDA
 320 Sbjct: 306 LMFDA 310
 321
 322
 323 >gi|9|bbs|NP_079463.2| (NM_025187) hypothetical protein FLJ12076 [Homo sapiens]
 324  sp|Q9BSU1|U183_HUMAN UPF0183 protein
 325  gb|AAH04556.1|AAH04556 (BC004556) Similar to CG7083 gene product [Homo sapiens]
 326  gb|AAK96888.1| (AF176088) lin-10-like protein [Homo sapiens]
 327           Length = 422
 328
 329  Score = 20.6 bits (41), Expect =   204
 330  Identities = 5/5 (100%), Positives = 5/5 (100%)
 331
 332 Query: 1  LMFDA 5
 333           LMFDA
 334 Sbjct: 67 LMFDA 71
 335
 336
 337
 338  Score = 16.8 bits (32), Expect =  2880
 339  Identities = 4/5 (80%), Positives = 5/5 (100%)
 340
 341 Query: 2   MFDAN 6
 342            +FDAN
 343 Sbjct: 296 LFDAN 300
 344
 345
 346 >gi|10|gnl|db1|NP_002444.1 (NM_002453) mitochondrial translational initiation factor 2
 347            precursor; IF-2mt [Homo sapiens]
 348  sp|P46199|IF2M_HUMAN Translation initiation factor IF-2, mitochondrial precursor
 349            (IF-2Mt) (IF-2(Mt))
 350  pir||A55628 translation initiation factor IF-2 precursor, mitochondrial - human
 351  gb|AAA67038.1| (L34600) initiation factor 2 [Homo sapiens]
 352  gb|AAM14617.1|AF494407_1 (AF494407) mitochondrial translation-initiation factor 2 [Homo
 353            sapiens]
 354  gb|AAM70196.1| (AF495546) translation initiation factor 2 [Homo sapiens]
 355           Length = 727
 356
 357  Score = 20.6 bits (41), Expect =   204
 358  Identities = 5/6 (83%), Positives = 5/6 (83%)
 359
 360 Query: 1   LMFDAN 6
 361            LMFD N
 362 Sbjct: 398 LMFDEN 403
 363
 364
 365 >gi|11|ref|XP_051877.1| (XM_051877) similar to NS1-binding protein-like protein [Homo
 366           sapiens]
 367  dbj|BAA74873.1| (AB020657) KIAA0850 protein [Homo sapiens]
 368  emb|CAB72329.1| (AL078644) bG279B7.1.1 (NS1-binding protein (KIAA0850, BTB/POZ
 369           domain and Kelch motifs containing protein)) [Homo
 370           sapiens]
 371  gb|AAG43485.1| (AF205218) NS1-binding protein-like protein [Homo sapiens]
 372           Length = 642
 373
 374  Score = 20.2 bits (40), Expect =   274
 375  Identities = 6/8 (75%), Positives = 6/8 (75%), Gaps = 1/8 (12%)
 376
 377 Query: 1  LMF-DANF 7
 378           LMF D NF
 379 Sbjct: 7  LMFEDENF 14
 380
 381
 382 >gi|12|lcl|AAH16829.1| (BC016829) Unknown (protein for IMAGE:4132295) [Homo sapiens]
 383           Length = 391
 384
 385  Score = 20.2 bits (40), Expect =   274
 386  Identities = 5/6 (83%), Positives = 5/6 (83%)
 387
 388 Query: 3  FDANFT 8
 389           FD NFT
 390 Sbjct: 32 FDTNFT 37
 391
 392 >MY_test_ID (BC016829) Unknown (protein for IMAGE:4132295) [Homo sapiens]
 393           Length = 391
 394
 395  Score = 20.2 bits (40), Expect =   274
 396  Identities = 5/6 (83%), Positives = 5/6 (83%)
 397
 398 Query: 3  FDANFT 8
 399           FD NFT
 400 Sbjct: 32 FDTNFT 37
 401
 402
 403   Database: All non-redundant GenBank CDS
 404   translations+PDB+SwissProt+PIR+PRF
 405     Posted date:  Oct 31, 2002  3:52 AM
 406   Number of letters in database: 388,937,031
 407   Number of sequences in database:  1,220,597
 408
 409 Lambda     K      H
 410    0.328    0.274     1.77
 411
 412 Gapped
 413 Lambda     K      H
 414    0.294    0.110    0.610
 415
 416
 417 Matrix: PAM30
 418 Gap Penalties: Existence: 9, Extension: 1
 419 Number of Hits to DB: 660,045
 420 Number of Sequences: 1220597
 421 Number of extensions: 3731
 422 Number of successful extensions: 3028
 423 Number of sequences better than 200000.0: 2850
 424 Number of HSP's better than 200000.0 without gapping: 2850
 425 Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 0
 426 Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 0
 427 Number of HSP's gapped (non-prelim): 3028
 428 length of query: 8
 429 length of database: 35,444,647
 430 effective HSP length: 0
 431 effective length of query: 9
 432 effective length of database: 35,444,647
 433 effective search space: 319001823
 434 effective search space used: 319001823
 435 T: 11
 436 A: 40
 437 X1: 15 ( 7.1 bits)
 438 X2: 35 (14.8 bits)
 439 X3: 58 (24.6 bits)
 440 S1: 18 (10.4 bits)
 441 S2: 18 (10.8 bits)
 442
 443