t/AlignIO/AlignIO.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use lib '.';
   8     use Bio::Root::Test;
   9
  10     test_begin(-tests           => 29,
  11                -requires_module => 'Data::Stag');
  12
  13     use_ok('Bio::AlignIO');
  14 }
  15
  16 my $DEBUG = test_debug();
  17
  18 my ($str,$aln,$strout,$status);
  19
  20 # general filehandle tests
  21 # not all parsers support output (noted as 0)
  22 my %files = (
  23     # file                   format       I  O
  24     'testaln.phylip'     => ['phylip',     1, 1],
  25     'testaln.psi'         => ['psi',        1, 1],
  26     'testaln.arp'       => ['arp',        1, 0],
  27     'rfam_tests.stk'    => ['stockholm',  1, 1],
  28     'testaln.pfam'      => ['pfam',       1, 1],
  29     'testaln.msf'       => ['msf',        1, 1],
  30     'testaln.fasta'     => ['fasta',      1, 1],
  31     'testaln.selex'     => ['selex',      1, 1],
  32     'testaln.mase'      => ['mase',       1, 0],
  33     'testaln.prodom'    => ['prodom',     1, 0],
  34     'testaln.clustalw'  => ['clustalw',   1, 1],
  35     'testaln.metafasta' => ['metafasta',  1, 1],
  36     'testaln.nexus'     => ['nexus',      1, 1],
  37     'testaln.po'        => ['po',         1, 1],
  38     'testaln.xmfa'      => ['xmfa',       1, 1],
  39  );
  40
  41 # input file handles
  42
  43 $aln = Bio::AlignIO->new(
  44     -file  => test_input_file('longnames.aln'),
  45     -format=>'clustalw',
  46 )->next_aln();
  47 isa_ok($aln, 'Bio::AnnotatableI');
  48
  49 while (my ($file, $fdata) = each %files) {
  50     my ($format, $in, $out) = @{$fdata};
  51     if ($in) {
  52         my $fhin = Bio::AlignIO->newFh(
  53            '-file'  => test_input_file($file),
  54                            '-format' => $format);
  55         my $fhout = Bio::AlignIO->newFh(
  56            '-file' => ">".test_output_file(),
  57                         '-format' => 'clustalw');
  58         while ( $aln = <$fhin>) {
  59             cmp_ok($aln->num_sequences, '>=', 2, "input filehandle method test : $format");
  60             last;
  61         }
  62     }
  63 }
  64
  65 # output file handles
  66
  67 while (my ($file, $fdata) = each %files) {
  68     my ($format, $in, $out) = @{$fdata};
  69     if ($out) {
  70         my $status = 0;
  71         my $fhin = Bio::AlignIO->newFh(
  72            '-file' => test_input_file('testaln.clustalw'),
  73                         '-format' => 'clustalw');
  74         my $fhout = Bio::AlignIO->newFh(
  75            '-file'  => '>'.test_output_file(),
  76                            '-format' => $format);
  77         while ( $aln = <$fhin> ) {
  78             $status = print $fhout $aln;
  79             last;
  80         }
  81         is $status, 1, "filehandle output test : $format";
  82     }
  83 }