t/AlignIO/pfam.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id: pfam.t 14971 2008-10-28 16:08:52Z cjfields $
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7         use lib '.';
   8     use Bio::Root::Test;
   9
  10     test_begin(-tests => 5);
  11
  12         use_ok('Bio::AlignIO::pfam');
  13 }
  14
  15 my $DEBUG = test_debug();
  16
  17 my ($str,$aln,$strout,$status);
  18
  19 # PFAM format (no annotation)
  20 $str = Bio::AlignIO->new(
  21           '-file' => test_input_file("testaln.pfam"));
  22 isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
  23 $aln = $str->next_aln();
  24 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
  25 is($aln->get_seq_by_pos(1)->get_nse, '1433_LYCES/9-246');
  26
  27 $strout = Bio::AlignIO->new(
  28    '-file' => ">".test_output_file(),
  29                             '-format' => 'pfam');
  30 $status = $strout->write_aln($aln);
  31 is($status, 1, " pfam output test");
  32