t/AlignIO/xmfa.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id: xmfa.t 14971 2008-10-28 16:08:52Z cjfields $
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7         use lib '.';
   8     use Bio::Root::Test;
   9
  10     test_begin(-tests => 30);
  11
  12         use_ok('Bio::AlignIO::xmfa');
  13 }
  14
  15 my $DEBUG = test_debug(); # foo
  16
  17 my ($str,$aln,$strout,$status);
  18
  19 # XMFA
  20 $str = Bio::AlignIO->new(
  21                  -file => test_input_file("testaln.xmfa"),
  22                  -format => 'xmfa');
  23 $aln = $str->next_aln();
  24 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
  25
  26 # test seqs
  27
  28 my @test_data = (
  29     # 1:1-598 + chrY
  30     [ 'chrY/1-598', 1, 598, 1, 'chrY', undef],
  31
  32     # 2:5000-5534 - chr17
  33     [ 'chr17/5534-5000', 5000, 5534, -1, 'chr17', undef],
  34
  35     # 3:19000-19537 - chr7
  36     [ 'chr7/19537-19000', 19000, 19537, -1, 'chr7', undef],
  37 );
  38
  39 for my $pos (1..3) {
  40     my $seq = $aln->get_seq_by_pos($pos);
  41     my @seq_data = @{shift @test_data};
  42     is $seq->get_nse, shift @seq_data,  "xmfa input test ";
  43     is $seq->start, shift @seq_data, "xmfa input test for start";
  44     is $seq->end, shift @seq_data, "xmfa input test for end";
  45     is $seq->strand, shift @seq_data,  "xmfa strand test";
  46     is $seq->display_id, shift @seq_data, "xmfa input test for id";
  47     is $seq->description, shift @seq_data, "xmfa input test for id";
  48 }
  49
  50 # test aln
  51 is $aln->score, 111, 'xmfa alignment score';
  52
  53 $aln = $str->next_aln();
  54 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
  55 is $aln->get_seq_by_pos(1)->get_nse, 'chrY/1000-1059',
  56   "xmfa input test ";
  57 is $aln->get_seq_by_pos(1)->strand, 1,
  58   "xmfa strand";
  59 is ($aln->get_seq_by_pos(2)->description, undef,
  60     "xmfa input test for description");
  61 is ($aln->get_seq_by_pos(3)->display_id, 'chr12',
  62     "xmfa input test for id");
  63 is ($aln->get_seq_by_pos(2)->start, 6000,
  64     "xmfa input test for end");
  65 is ($aln->get_seq_by_pos(1)->end, 1059,
  66     "xmfa input test for end");
  67 is ($aln->score, 11, 'xmfa alignment score');
  68
  69 $strout = Bio::AlignIO->new(
  70    '-file' => ">".test_output_file(),
  71                               '-format' => 'xmfa');
  72 $status = $strout->write_aln($aln);
  73 is $status, 1,"xmfa output test";
  74