t/data/codeml43_nssites.mlc

   1
   2 seed used = 739250845
   3 CODONML (in paml version 4.3, August 2009)  abglobin.nuc
   4 Model: One dN/dS ratio for branches
   5 Codon frequency model: F3x4
   6 Site-class models:
   7 ns =   5  ls = 285
   8
   9 Codon usage in sequences
  10 --------------------------------------------------------------------------------------------------
  11 Phe TTT  5  8  3  3  6 | Ser TCT  4  2  6  7  6 | Tyr TAT  3  2  3  1  1 | Cys TGT  2  1  1  2  2
  12     TTC 10  9 13 11  8 |     TCC  6  7  7  3  8 |     TAC  3  3  3  5  5 |     TGC  1  1  1  3  3
  13 Leu TTA  0  0  0  0  0 |     TCA  0  0  0  0  1 | *** TAA  0  0  0  0  0 | *** TGA  0  0  0  0  0
  14     TTG  0  2  1  4  5 |     TCG  0  1  0  0  2 |     TAG  0  0  0  0  0 | Trp TGG  3  3  3  3  4
  15 --------------------------------------------------------------------------------------------------
  16 Leu CTT  1  1  0  1  3 | Pro CCT  7  2  4  7  3 | His CAT  2  4  4  5  6 | Arg CGT  1  2  1  2  1
  17     CTC  5  4  4  4  7 |     CCC  3  6  5  4  7 |     CAC 16 11 15 14 12 |     CGC  0  1  0  0  0
  18     CTA  1  2  0  2  1 |     CCA  2  0  1  0  0 | Gln CAA  0  0  0  0  1 |     CGA  0  0  0  0  0
  19     CTG 29 28 30 21 15 |     CCG  2  2  1  0  0 |     CAG  4  4  5  5  7 |     CGG  1  0  1  0  0
  20 --------------------------------------------------------------------------------------------------
  21 Ile ATT  0  0  1  4  1 | Thr ACT  3  4  4  3 10 | Asn AAT  1  5  5  3  2 | Ser AGT  2  3  5  2  1
  22     ATC  0  0  3  2  7 |     ACC 12 11 12  9  9 |     AAC  9  7  7  8  4 |     AGC  4  4  3  5  3
  23     ATA  0  0  0  1  0 |     ACA  1  0  0  1  0 | Lys AAA  4  3  5  5  3 | Arg AGA  0  1  0  0  2
  24 Met ATG  3  3  2  4  5 |     ACG  0  0  0  0  0 |     AAG 18 21 19 19 21 |     AGG  4  3  4  4  2
  25 --------------------------------------------------------------------------------------------------
  26 Val GTT  5  5  4  4  6 | Ala GCT  8 11  8 13 10 | Asp GAT  5  8  1 11  6 | Gly GGT  5  4  5  6 10
  27     GTC  4  6  2  4  3 |     GCC 21 18 16 18 19 |     GAC 10 10 10  8 10 |     GGC 14 15 14 12  5
  28     GTA  0  0  0  1  1 |     GCA  0  1  1  3  2 | Glu GAA  2  2  7  4  4 |     GGA  0  1  0  3  3
  29     GTG 21 19 21 14 14 |     GCG  7  4  3  0  0 |     GAG 10  9 10  5  6 |     GGG  1  1  1  2  2
  30 --------------------------------------------------------------------------------------------------
  31
  32 Codon position x base (3x4) table for each sequence.
  33
  34 #1: human
  35 position  1:    T:0.12982    C:0.25965    A:0.21404    G:0.39649
  36 position  2:    T:0.29474    C:0.26667    A:0.30526    G:0.13333
  37 position  3:    T:0.18947    C:0.41404    A:0.03509    G:0.36140
  38 Average         T:0.20468    C:0.31345    A:0.18480    G:0.29708
  39
  40 #2: goat-cow
  41 position  1:    T:0.13684    C:0.23509    A:0.22807    G:0.40000
  42 position  2:    T:0.30526    C:0.24211    A:0.31228    G:0.14035
  43 position  3:    T:0.21754    C:0.39649    A:0.03509    G:0.35088
  44 Average         T:0.21988    C:0.29123    A:0.19181    G:0.29708
  45
  46 #3: rabbit
  47 position  1:    T:0.14386    C:0.24912    A:0.24561    G:0.36140
  48 position  2:    T:0.29474    C:0.23860    A:0.32982    G:0.13684
  49 position  3:    T:0.19298    C:0.40351    A:0.04912    G:0.35439
  50 Average         T:0.21053    C:0.29708    A:0.20819    G:0.28421
  51
  52 #4: rat
  53 position  1:    T:0.14737    C:0.22807    A:0.24561    G:0.37895
  54 position  2:    T:0.28070    C:0.23860    A:0.32632    G:0.15439
  55 position  3:    T:0.25965    C:0.38596    A:0.07018    G:0.28421
  56 Average         T:0.22924    C:0.28421    A:0.21404    G:0.27251
  57
  58 #5: marsupial
  59 position  1:    T:0.17895    C:0.22105    A:0.24561    G:0.35439
  60 position  2:    T:0.28772    C:0.27018    A:0.30877    G:0.13333
  61 position  3:    T:0.25965    C:0.38596    A:0.06316    G:0.29123
  62 Average         T:0.24211    C:0.29240    A:0.20585    G:0.25965
  63
  64 Sums of codon usage counts
  65 ------------------------------------------------------------------------------
  66 Phe F TTT      25 | Ser S TCT      25 | Tyr Y TAT      10 | Cys C TGT       8
  67       TTC      51 |       TCC      31 |       TAC      19 |       TGC       9
  68 Leu L TTA       0 |       TCA       1 | *** * TAA       0 | *** * TGA       0
  69       TTG      12 |       TCG       3 |       TAG       0 | Trp W TGG      16
  70 ------------------------------------------------------------------------------
  71 Leu L CTT       6 | Pro P CCT      23 | His H CAT      21 | Arg R CGT       7
  72       CTC      24 |       CCC      25 |       CAC      68 |       CGC       1
  73       CTA       6 |       CCA       3 | Gln Q CAA       1 |       CGA       0
  74       CTG     123 |       CCG       5 |       CAG      25 |       CGG       2
  75 ------------------------------------------------------------------------------
  76 Ile I ATT       6 | Thr T ACT      24 | Asn N AAT      16 | Ser S AGT      13
  77       ATC      12 |       ACC      53 |       AAC      35 |       AGC      19
  78       ATA       1 |       ACA       2 | Lys K AAA      20 | Arg R AGA       3
  79 Met M ATG      17 |       ACG       0 |       AAG      98 |       AGG      17
  80 ------------------------------------------------------------------------------
  81 Val V GTT      24 | Ala A GCT      50 | Asp D GAT      31 | Gly G GGT      30
  82       GTC      19 |       GCC      92 |       GAC      48 |       GGC      60
  83       GTA       2 |       GCA       7 | Glu E GAA      19 |       GGA       7
  84       GTG      89 |       GCG      14 |       GAG      40 |       GGG       7
  85 ------------------------------------------------------------------------------
  86
  87
  88 Codon position x base (3x4) table, overall
  89
  90 position  1:    T:0.14737    C:0.23860    A:0.23579    G:0.37825
  91 position  2:    T:0.29263    C:0.25123    A:0.31649    G:0.13965
  92 position  3:    T:0.22386    C:0.39719    A:0.05053    G:0.32842
  93 Average         T:0.22129    C:0.29567    A:0.20094    G:0.28211
  94
  95
  96 Nei & Gojobori 1986. dN/dS (dN, dS)
  97 (Note: This matrix is not used in later m.l. analysis.
  98 Use runmode = -2 for ML pairwise comparison.)
  99
 100 human
 101 goat-cow             0.2507 (0.0863 0.3443)
 102 rabbit               0.2627 (0.0867 0.3301) 0.2943 (0.1054 0.3581)
 103 rat                  0.2045 (0.1261 0.6164) 0.2462 (0.1493 0.6065) 0.2178 (0.1348 0.6187)
 104 marsupial            0.1902 (0.1931 1.0148) 0.1891 (0.1910 1.0099) 0.2184 (0.2111 0.9668) 0.2716 (0.2404 0.8852)
 105
 106
 107 Model 1: NearlyNeutral (2 categories)
 108
 109
 110 TREE #  1:  (((3, 4), 1), 2, 5);   MP score: 387
 111 lnL(ntime:  7  np: 10):  -2970.527521      +0.000000
 112    6..7     7..8     8..3     8..4     7..1     6..2     6..5
 113  0.081884 0.073268 0.252707 0.649536 0.215600 0.223230 1.401893 2.066843 0.826211 0.065970
 114
 115 Note: Branch length is defined as number of nucleotide substitutions per codon (not per neucleotide site).
 116
 117 tree length =   2.89812
 118
 119 (((3: 0.252707, 4: 0.649536): 0.073268, 1: 0.215600): 0.081884, 2: 0.223230, 5: 1.401893);
 120
 121 (((rabbit: 0.252707, rat: 0.649536): 0.073268, human: 0.215600): 0.081884, goat-cow: 0.223230, marsupial: 1.401893);
 122
 123 Detailed output identifying parameters
 124
 125 kappa (ts/tv) =  2.06684
 126
 127
 128 dN/dS (w) for site classes (K=2)
 129
 130 p:   0.82621  0.17379
 131 w:   0.06597  1.00000
 132
 133 dN & dS for each branch
 134
 135  branch          t       N       S   dN/dS      dN      dS  N*dN  S*dS
 136
 137    6..7       0.082    663.8    191.2   0.2283   0.0155   0.0681   10.3   13.0
 138    7..8       0.073    663.8    191.2   0.2283   0.0139   0.0609    9.2   11.7
 139    8..3       0.253    663.8    191.2   0.2283   0.0480   0.2101   31.8   40.2
 140    8..4       0.650    663.8    191.2   0.2283   0.1233   0.5401   81.8  103.3
 141    7..1       0.216    663.8    191.2   0.2283   0.0409   0.1793   27.2   34.3
 142    6..2       0.223    663.8    191.2   0.2283   0.0424   0.1856   28.1   35.5
 143    6..5       1.402    663.8    191.2   0.2283   0.2661   1.1656  176.6  222.9
 144
 145
 146 Naive Empirical Bayes (NEB) analysis
 147 Time used:  0:08
 148
 149
 150 Model 2: PositiveSelection (3 categories)
 151
 152
 153 TREE #  1:  (((3, 4), 1), 2, 5);   MP score: 387
 154 lnL(ntime:  7  np: 12):  -2965.809712      +0.000000
 155    6..7     7..8     8..3     8..4     7..1     6..2     6..5
 156  0.100782 0.089538 0.293059 0.801779 0.242098 0.264641 1.797878 2.181363 0.833468 0.136461 0.072723 6.285989
 157
 158 Note: Branch length is defined as number of nucleotide substitutions per codon (not per neucleotide site).
 159
 160 tree length =   3.58978
 161
 162 (((3: 0.293059, 4: 0.801779): 0.089538, 1: 0.242098): 0.100782, 2: 0.264641, 5: 1.797878);
 163
 164 (((rabbit: 0.293059, rat: 0.801779): 0.089538, human: 0.242098): 0.100782, goat-cow: 0.264641, marsupial: 1.797878);
 165
 166 Detailed output identifying parameters
 167
 168 kappa (ts/tv) =  2.18136
 169
 170
 171 dN/dS (w) for site classes (K=3)
 172
 173 p:   0.83347  0.13646  0.03007
 174 w:   0.07272  1.00000  6.28599
 175
 176 dN & dS for each branch
 177
 178  branch          t       N       S   dN/dS      dN      dS  N*dN  S*dS
 179
 180    6..7       0.101    662.3    192.7   0.3861   0.0247   0.0641   16.4   12.3
 181    7..8       0.090    662.3    192.7   0.3861   0.0220   0.0569   14.6   11.0
 182    8..3       0.293    662.3    192.7   0.3861   0.0719   0.1863   47.6   35.9
 183    8..4       0.802    662.3    192.7   0.3861   0.1968   0.5096  130.3   98.2
 184    7..1       0.242    662.3    192.7   0.3861   0.0594   0.1539   39.4   29.6
 185    6..2       0.265    662.3    192.7   0.3861   0.0649   0.1682   43.0   32.4
 186    6..5       1.798    662.3    192.7   0.3861   0.4412   1.1428  292.2  220.2
 187
 188
 189 Naive Empirical Bayes (NEB) analysis
 190 Positively selected sites (*: P>95%; **: P>99%)
 191 (amino acids refer to 1st sequence: human)
 192
 193             Pr(w>1)     post mean +- SE for w
 194
 195     35 S      0.643         4.400
 196    111 A      0.736         4.890
 197    115 A      0.785         5.151
 198    131 S      0.704         4.722
 199    144 P      0.794         5.198
 200    215 A      0.799         5.225
 201    226 T      0.560         3.962
 202    264 P      0.971*        6.134
 203
 204
 205 Bayes Empirical Bayes (BEB) analysis (Yang, Wong & Nielsen 2005. Mol. Biol. Evol. 22:1107-1118)
 206 Positively selected sites (*: P>95%; **: P>99%)
 207 (amino acids refer to 1st sequence: human)
 208
 209             Pr(w>1)     post mean +- SE for w
 210
 211     35 S      0.634         4.600 +- 3.257
 212    111 A      0.727         5.133 +- 3.164
 213    115 A      0.779         5.538 +- 3.111
 214    131 S      0.706         5.170 +- 3.273
 215    144 P      0.781         5.485 +- 3.082
 216    195 G      0.502         3.842 +- 3.253
 217    215 A      0.788         5.577 +- 3.082
 218    226 T      0.572         4.307 +- 3.325
 219    264 P      0.964*        6.573 +- 2.443
 220
 221
 222
 223 The grid (see ternary graph for p0-p1)
 224
 225 w0:   0.050  0.150  0.250  0.350  0.450  0.550  0.650  0.750  0.850  0.950
 226 w2:   1.500  2.500  3.500  4.500  5.500  6.500  7.500  8.500  9.500 10.500
 227
 228
 229 Posterior on the grid
 230
 231 w0:   1.000  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000
 232 w2:   0.006  0.033  0.085  0.129  0.147  0.146  0.135  0.121  0.106  0.092
 233
 234 Posterior for p0-p1 (see the ternary graph)
 235
 236  0.000
 237  0.000 0.000 0.000
 238  0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
 239  0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
 240  0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
 241  0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
 242  0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
 243  0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.199
 244  0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.100 0.700
 245  0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.001 0.000
 246
 247 sum of density on p0-p1 =   1.000000
 248
 249 Time used:  0:26
 250
 251 Time used:  0:26