t/Ontology/IO/interpro.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use lib '.';
   8     use Bio::Root::Test;
   9
  10     test_begin(-tests => 69,
  11                -requires_modules => [qw(XML::Parser::PerlSAX
  12                                         XML::Parser
  13                                         Graph::Directed)]);
  14     use_ok('Bio::OntologyIO');
  15 }
  16 use Data::Dumper;
  17
  18 my $ipp = Bio::OntologyIO->new( -format          => 'interpro',
  19                                 -file            => test_input_file('interpro_short.xml'),
  20                                 -ontology_engine => 'simple' );
  21 isa_ok ($ipp, 'Bio::OntologyIO::InterProParser');
  22
  23 my $ip;
  24 while(my $ont = $ipp->next_ontology) {
  25     # there should be only one ontology
  26     is ($ip, undef);
  27     $ip = $ont;
  28 }
  29 # we grep for defined values because we don't want a list of undefined values to be pass any test
  30 my @leaves = $ip->get_leaf_terms;
  31 ok( ( grep { defined } map { $_->get_dbxrefs } @leaves), 'get_dbxrefs on leaf terms is non-empty');
  32 ok( ( grep { defined } map { $_->get_dbxrefs('member_list') }       @leaves), 'get_dbxrefs(member_list) on leaf terms is non-empty');
  33 ok( ( grep { defined } map { $_->get_dbxrefs('sec_list') }          @leaves), 'get_dbxrefs(sec_list) on leaf terms is non-empty');
  34 ok( ( grep { defined } map { $_->get_dbxrefs('class_list') }        @leaves), 'get_dbxrefs(class_list) on leaf terms is non-empty');
  35 ok( ( grep { defined } map { $_->get_dbxrefs('pub_list') }          @leaves), 'get_dbxrefs(pub_list) on leaf terms is non-empty');
  36 ok( ( grep { defined } map { $_->get_dbxrefs('example_list') }      @leaves), 'get_dbxrefs(example_list) on leaf terms is non-empty');
  37 ok( ( grep { defined } map { $_->get_dbxrefs('external_doc_list') } @leaves), 'get_dbxrefs(external_doc_list) on leaf terms is non-empty');
  38
  39 ok( ( grep { defined } map { $_->get_members }            @leaves), 'get_members on leaf terms is non-empty');
  40 ok( ( grep { defined } map { $_->class_list }             @leaves), 'class_list on leaf terms is non-empty');
  41 ok( ( grep { defined } map { $_->get_examples }           @leaves), 'get_examples on leaf terms is non-empty');
  42 ok( ( grep { defined } map { $_->get_external_documents } @leaves), 'get_external_documents on leaf terms is non-empty');
  43 ok( ( grep { defined } map { $_->get_references }         @leaves), 'get_references on leaf terms is non-empty');
  44 ok( ( grep { defined } map { $_->protein_count }          @leaves), 'protein_count on leaf terms is non-empty');
  45
  46 # this could greatly be improved (note: @leaves elements currently come in random order)
  47 like( $leaves[0]->to_string, qr/-- InterPro id:/, 'to_string looks reasonable');
  48
  49 # there should be 8 root terms: InterPro Domain, InterPro Family,
  50 # InterPro Repeat, and InterPro PTM (Post Translational Modification),
  51 # Active_site, Binding_site, Conserved_site and Region
  52
  53 my @rt = sort { $a->name cmp $b->name; } $ip->get_root_terms();
  54 is (scalar(@rt), 8, 'There are 8 root InterPro terms');
  55
  56 # every InterPro term should have an ontology,
  57 foreach my $term ($ip->get_leaf_terms, @rt) {
  58     isa_ok ($term->ontology, 'Bio::Ontology::Ontology');
  59     is ($term->ontology->name, "InterPro", "term ".$term->name." in ontology InterPro");
  60 }
  61
  62 # there are 10 fully instantiated InterPro terms in total, which should be returned as the leafs
  63 is (scalar($ip->get_leaf_terms), 10);
  64 # roots and leafs together:
  65 is (scalar($ip->get_all_terms), 15);
  66
  67 # descendants and children (synonymous here because of depth 1)
  68 # note that the sort should have placed Domain first and Family second
  69 is (scalar($ip->get_descendant_terms($rt[3])), 4); # 4 InterPro Domains
  70 is (scalar($ip->get_child_terms($rt[3])),      4); # dto.
  71 is (scalar($ip->get_descendant_terms($rt[4])), 3); # 3 Interpro Family
  72 is (scalar($ip->get_child_terms($rt[4])),      3); # dto.
  73
  74 # test for ancestors and parents (synonymous here because of depth 1)
  75 foreach my $t ($ip->get_leaf_terms) {
  76     # every InterPro term has exactly one parent - namely either
  77     # Domain, Region, Family, Repeat, or PTM(Post Transl. Modification)
  78
  79     if (not (   $t->identifier eq "Repeat" or $t->identifier eq "PTM"
  80              or $t->identifier eq "Region" or $t->identifier =~ '_site' )
  81         ) {
  82         is (scalar($ip->get_parent_terms($t)),   1, $t->name . " term has one parent");
  83         is (scalar($ip->get_ancestor_terms($t)), 1, $t->name . " term has one ancestor");
  84     }
  85 }
  86
  87 # test for secondary accession map
  88 is(scalar(keys %{$ipp->secondary_accessions_map}), 2, 'secondary accession map has 2 keys');