t/Ontology/Term.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use Bio::Root::Test;
   8
   9     test_begin(-tests => 54,
  10                            -requires_module => 'Graph::Directed');
  11
  12         use_ok('Bio::Ontology::Term');
  13         use_ok('Bio::Ontology::TermFactory');
  14         use_ok('Bio::Annotation::DBLink');
  15 }
  16
  17 my $obj = Bio::Ontology::Term->new();
  18
  19 isa_ok $obj, "Bio::Ontology::TermI";
  20
  21 is( $obj->identifier( "0003947" ), "0003947" );
  22 is( $obj->identifier(), "0003947" );
  23
  24 is( $obj->name( "N-acetylgalactosaminyltransferase" ), "N-acetylgalactosaminyltransferase" );
  25 is( $obj->name(), "N-acetylgalactosaminyltransferase" );
  26
  27 is( $obj->definition( "Catalysis of ..." ), "Catalysis of ..." );
  28 is( $obj->definition(), "Catalysis of ..." );
  29
  30 is( $obj->version( "666" ), "666" );
  31 is( $obj->version(), "666" );
  32
  33 ok( $obj->ontology( "category 1 name" ) );
  34 is( $obj->ontology()->name(), "category 1 name" );
  35
  36 my $ont = Bio::Ontology::Ontology->new();
  37 ok( $ont->name( "category 2 name" ) );
  38
  39 ok( $obj->ontology( $ont ) );
  40 is( $obj->ontology()->name(), "category 2 name" );
  41
  42 is( $obj->is_obsolete( 1 ), 1 );
  43 is( $obj->is_obsolete(), 1 );
  44
  45 is( $obj->comment( "Consider the term ..." ), "Consider the term ..." );
  46 is( $obj->comment(), "Consider the term ..." );
  47
  48 is( $obj->get_synonyms(), 0 );
  49
  50 $obj->add_synonym( ( "AA", "AB" ) );
  51 my @al1 = $obj->get_synonyms();
  52 is( scalar(@al1), 2 );
  53 is( $al1[ 0 ], "AA" );
  54 is( $al1[ 1 ], "AB" );
  55
  56 my @al2 = $obj->remove_synonyms();
  57 is( $al2[ 0 ], "AA" );
  58 is( $al2[ 1 ], "AB" );
  59
  60 is( $obj->get_synonyms(), 0 );
  61 is( $obj->remove_synonyms(), 0 );
  62
  63 $obj->add_synonyms( ( "AA", "AB" ) );
  64
  65 is( $obj->identifier(undef), undef );
  66 is( $obj->name(undef), undef );
  67 is( $obj->definition(undef), undef );
  68 is( $obj->is_obsolete(0), 0 );
  69 is( $obj->comment(undef), undef );
  70
  71
  72 $obj = Bio::Ontology::Term->new(
  73     -identifier  => "0016847",
  74     -name        => "1-aminocyclopropane-1-carboxylate synthase",
  75     -definition  => "Catalysis of ...",
  76     -is_obsolete => 0,
  77     -version     => "6.6.6",
  78     -ontology    => "cat",
  79     -comment     => "X",
  80     -dbxrefs    => [
  81         Bio::Annotation::DBLink->new(-database => 'db1'),
  82         Bio::Annotation::DBLink->new(-database => 'db2')
  83     ],
  84     -references => []
  85 );
  86
  87 is( $obj->identifier(), "0016847" );
  88 is( $obj->name(), "1-aminocyclopropane-1-carboxylate synthase" );
  89 is( $obj->definition(), "Catalysis of ..." );
  90 is( $obj->is_obsolete(), 0);
  91 is( $obj->comment(), "X" );
  92 is( $obj->version(), "6.6.6" );
  93 is( $obj->ontology()->name(), "cat" );
  94 is( scalar($obj->get_dbxrefs), 2);
  95 is( scalar($obj->get_references), 0);
  96
  97 # test object factory for terms
  98 my $fact = Bio::Ontology::TermFactory->new();
  99 $obj = $fact->create_object(-name => "some ontology term");
 100 isa_ok $obj, "Bio::Ontology::TermI";
 101 is ($obj->name, "some ontology term");
 102
 103 $fact->type("Bio::Ontology::GOterm");
 104 $obj = $fact->create_object(-name => "some ontology term",
 105                             -identifier => "GO:987654");
 106 isa_ok $obj, "Bio::Ontology::TermI";
 107 isa_ok $obj, "Bio::Ontology::GOterm";
 108 is ($obj->name, "some ontology term");
 109 is ($obj->identifier, "GO:987654");
 110
 111 $fact->type("Bio::Annotation::OntologyTerm");
 112 $obj = $fact->create_object(-name => "some ontology term",
 113                             -identifier => "GO:987654",
 114                             -ontology => "nonsense");
 115 isa_ok $obj, "Bio::Ontology::TermI";
 116 isa_ok $obj, "Bio::AnnotationI";
 117 is ($obj->name, "some ontology term");
 118 is ($obj->identifier, "GO:987654");
 119 is ($obj->tagname, "nonsense");