t/Tools/Geneid.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7         use Bio::Root::Test;
   8
   9         test_begin(-tests => 26);
  10
  11     use_ok('Bio::Tools::Geneid');
  12 }
  13
  14 my $inputfilename = test_input_file('geneid_1.0.out');
  15 my $parser = Bio::Tools::Geneid->new(-file => $inputfilename);
  16 my @genes;
  17
  18 while (my $gene= $parser->next_prediction)
  19 {
  20     push(@genes, $gene);
  21 }
  22
  23 my @transcripts = $genes[0]->transcripts;
  24 my @exons = $transcripts[0]->exons;
  25
  26 is($transcripts[0]->seq_id, '10');
  27 is($exons[0]->seq_id, '10');
  28 is($transcripts[0]->source_tag, 'geneid');
  29 is($exons[0]->source_tag, 'geneid');
  30 is($transcripts[0]->primary_tag, 'transcript');
  31 is($exons[0]->primary_tag, 'Initial');
  32
  33 is(scalar($transcripts[0]->exons), 2);
  34 is($transcripts[0]->start, 6090);
  35 is($transcripts[0]->end, 7276);
  36 is($transcripts[0]->score, 36.87);
  37 is($transcripts[0]->strand, 1);
  38 is($exons[0]->start, 6090);
  39 is($exons[0]->end, 6155);
  40 is($exons[0]->score, '1.40');
  41 is($exons[0]->strand, 1);
  42
  43 my ($type) = $exons[0]->get_tag_values('Type');
  44 is($type, 'Initial');
  45
  46 my ($phase) = $exons[0]->get_tag_values('phase');
  47 is($phase, 0);
  48
  49 my ($end_phase) = $exons[0]->get_tag_values('end_phase');
  50 is($end_phase, 0);
  51
  52 my ($start_signal_score) = $exons[0]->get_tag_values('start_signal_score');
  53 is($start_signal_score, 2.15);
  54
  55 my ($end_signal_score) = $exons[0]->get_tag_values('end_signal_score');
  56 is($end_signal_score, 3.63);
  57
  58 my ($coding_potential_score) = $exons[0]->get_tag_values('coding_potential_score');
  59 is($coding_potential_score, 12.34);
  60
  61 my ($homology_score) = $exons[0]->get_tag_values('homology_score');
  62 is($homology_score, '0.00');
  63
  64 is(scalar(@genes), 3);
  65
  66 @transcripts = $genes[1]->transcripts;
  67 is(scalar($transcripts[0]->exons), 5);
  68
  69 @transcripts = $genes[2]->transcripts;
  70 is(scalar($transcripts[0]->exons), 1);