t/Tools/Genewise.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id: Genewise.t 11733 2007-10-26 18:22:10Z jason $
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7         use Bio::Root::Test;
   8
   9         test_begin(-tests => 33);
  10
  11     use_ok('Bio::Tools::Genewise');
  12 }
  13
  14 my $inputfilename= test_input_file('genewise.out');
  15 my $parser = Bio::Tools::Genewise->new(-file => $inputfilename);
  16 my @gene;
  17 while (my $gene= $parser->next_prediction){
  18     push @gene, $gene;
  19 }
  20 my @t = $gene[0]->transcripts;
  21 my @e = $t[0]->exons;
  22
  23 is ($t[0]->seq_id, 'Scaffold_2042.1');
  24 is ($e[0]->seq_id, 'Scaffold_2042.1');
  25 is ($t[0]->source_tag, 'genewise');
  26 is ($e[0]->source_tag, 'genewise');
  27 is ($t[0]->primary_tag, 'transcript');
  28 is ($e[0]->primary_tag, 'exon');
  29
  30 is (scalar($t[0]->exons), 18);
  31 is ($t[0]->start, 22265);
  32 is ($t[0]->end, 37062);
  33 is ($e[0]->start,22265);
  34 is ($e[0]->end, 22396);
  35 my ($phase) = $e[0]->get_tag_values('phase');
  36 is ($phase,0);
  37 my ($sf)= $e[0]->get_tag_values('supporting_feature');
  38 is ($sf->feature1->seq_id,'Scaffold_2042.1');
  39 is ($sf->feature1->start,22265);
  40 is ($sf->feature1->end,22396);
  41 is ($sf->feature2->seq_id,'SINFRUP00000067802');
  42 is ($sf->feature2->start,1);
  43 is ($sf->feature2->end,44);
  44 is ($sf->feature1->end,22396);
  45
  46 open my $FH, '<', $inputfilename or die "Could not read file '$inputfilename': $!\n";
  47 $parser = Bio::Tools::Genewise->new(-fh => $FH);
  48 while (my $gene = $parser->next_prediction){
  49     push @gene, $gene;
  50 }
  51 @t = $gene[0]->transcripts;
  52 @e = $t[0]->exons;
  53
  54 is (scalar($t[0]->exons), 18);
  55 is ($t[0]->start, 22265);
  56 is ($t[0]->end, 37062);
  57 is ($e[0]->start,22265);
  58 is ($e[0]->end, 22396);
  59 ($phase) = $e[0]->get_tag_values('phase');
  60 is ($phase,0);
  61 ($sf)= $e[0]->get_tag_values('supporting_feature');
  62 is ($sf->feature1->seq_id,'Scaffold_2042.1');
  63 is ($sf->feature1->start,22265);
  64 is ($sf->feature1->end,22396);
  65 is ($sf->feature2->seq_id,'SINFRUP00000067802');
  66 is ($sf->feature2->start,1);
  67 is ($sf->feature2->end,44);
  68 is ($sf->feature1->end,22396);