t/Tools/Primer3.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4
   5 use strict;
   6
   7 BEGIN {
   8     use Bio::Root::Test;
   9
  10     test_begin(-tests => 14);
  11
  12     use_ok('Bio::Tools::Primer3');
  13 }
  14
  15 my ($p3, $num, $primer);
  16
  17 ok $p3 = Bio::Tools::Primer3->new(-file => test_input_file('primer3_output.txt'));
  18 ok $num = $p3->number_of_results;
  19 is $num, 5 or diag "Got $num";
  20 ok $num = $p3->all_results;
  21 is defined $num, 1 or diag "Can't get all results";
  22 ok $num = $p3->primer_results(1);
  23 is defined $num, 1 or diag "Can't get results for 1";
  24 ok $primer = $p3->next_primer;
  25 isa_ok $primer, "Bio::Seq::PrimedSeq" or diag
  26   "reference for primer stream is not right";
  27
  28 # get the left primer
  29 my $left_primer = $primer->get_primer('left');
  30
  31 # get the sequence for that primer. This is a test to verify behavior
  32 # on the bioperl list in or about 050315
  33 my $seqobj = $left_primer->seq();
  34
  35 my $seq = $seqobj->seq();
  36
  37 my $other_left_primer = $primer->get_primer();
  38
  39 # a different way to access the primers in the stream
  40 my $alt = $p3->primer_results(0,'PRIMER_LEFT_INPUT');
  41
  42 # next one
  43 ok $primer = $p3->next_primer;
  44 # get the left primer
  45 my $left_primer_seq = $primer->get_primer('left')->seq;
  46 is $left_primer_seq->seq, "GAGGGTAACACGCTGGTCAT";
  47
  48 # bug 2862
  49 ok $p3 = Bio::Tools::Primer3->new(-file => test_input_file('bug2862.pmr'));
  50 $num = 0;
  51 while ($p3->next_primer) { $num++ };
  52 is $p3->number_of_results, $num, 'bug 2862';