t/Tools/ePCR.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4
   5 BEGIN {
   6         use Bio::Root::Test;
   7
   8         test_begin(-tests => 27);
   9
  10     use_ok('Bio::Tools::EPCR');
  11     use_ok('Bio::SeqIO');
  12 }
  13
  14 my $DEBUG = test_debug();
  15
  16 my $seqio = Bio::SeqIO->new('-format' => 'fasta', '-file' => test_input_file('genomic-seq.fasta'));
  17
  18 my $seq = $seqio->next_seq;
  19 ok($seq);
  20 my $epcr = Bio::Tools::EPCR->new( '-file' => test_input_file('genomic-seq.epcr'));
  21 ok ($epcr);
  22 my %strand;
  23 while( defined(my $feature = $epcr->next_feature) ) {
  24     ok($feature);
  25     ok($feature->start);
  26     ok($feature->end);
  27     $seq->add_SeqFeature($feature);
  28     $strand{$feature->strand} ++;
  29 }
  30 is ($strand{1},  3, 'got 3 forward strand ePCR hits');
  31 is ($strand{-1}, 3, 'got 3 reverse strand ePCR hits');
  32
  33 if( $DEBUG ) {
  34     $seqio = Bio::SeqIO->new('-format' => 'genbank' );
  35     $seqio->write_seq($seq);
  36 }