Changes

   1 ---------------------------------------------------------
   2 Revision history for BioPerl core modules
   3 ---------------------------------------------------------
   4 The comprehensive history and ongoing development of BioPerl:
   5
   6    http://github.com/bioperl/bioperl-live
   7
   8 Some of that history is also highlighted on our wiki:
   9
  10    http://www.bioperl.org/wiki/Change_log
  11    http://www.bioperl.org/wiki/History_of_BioPerl
  12
  13 Bugs and requested features list:
  14
  15    https://github.com/bioperl/bioperl-live/issues
  16
  17 CPAN releases are branched from 'master'.
  18 ---------------------------------------------------------
  19
  20 Philosophy for 1.7.x:
  21
  22 In order to reduce the number of dependencies, we are actively encouraging
  23 developers wanting to submit new code with additional dependencies to release
  24 code in a separate repository and release it on CPAN. We can help assist in this
  25 process and can also place this under the 'bioperl' Github organization (and
  26 similarly under the bioperl umbrella account in CPAN), though this is not
  27 required.
  28
  29 We will also be moving additonal code to other repositories and will release
  30 them separately on CPAN. Modules considered obsolute (relies on a dead web
  31 service or utilizes strict dependencies that are also considered obsolete) will
  32 be removed.
  33
  34 1.7.3 - "To Be Named"
  35
  36     [Code changes]
  37
  38     * The deobfuscator has been removed.
  39
  40     * The script `bp_blast2tree` has been moved to the BioPerl-Run
  41       distribution since it's mainly a wrapper to modules in there.
  42
  43     * The entire Bio::PopGen namespace, Bio::Tree::AlleleNode
  44       module, and scripts bp_composite_LD and bp_heterogeneity_test
  45       have been moved into a separate distribution named Bio-PopGen.
  46
  47     * All modules related to the NeXML format have been moved into a
  48       separate distribution named Bio-NeXMLIO.  These are:
  49
  50           * Bio::AlignIO::nexml
  51           * Bio::Nexml::Factory
  52           * Bio::NexmlIO
  53           * Bio::SeqIO::nexml
  54           * Bio::TreeIO::nexml
  55
  56       This also means BioPerl is no longer dependent on Bio-Phylo.
  57
  58     * All modules interfacing to ACeDB servers have been moved into a
  59       separate distribution named Bio-DB-Ace.  These are:
  60
  61           * Bio::DB::Ace
  62           * Bio::DB::GFF::Adaptor::ace
  63           * Bio::DB::GFF::Adaptor::dbi::mysqlace
  64           * Bio::DB::GFF::Adaptor::dbi::oracleace
  65
  66       This also means BioPerl is no longer dependent on AcePerl.
  67
  68     * The module Bio::Draw::Pictogram has been moved to a separate
  69       distribution named Bio-Draw-Pictogram.  This also means BioPerl
  70       is no longer dependent on SVG.
  71
  72     * The module Bio::Tree::Draw::Cladogram has been moved to a
  73       separate distribution named Bio-Tree-Draw-Cladogram.  This also
  74       means BioPerl is no longer dependent on PostScript.
  75
  76     * The module Bio::TreeIO::svggraph has been moved to a separate
  77       distribution named Bio-TreeIO-svggraph.  This also means that
  78       BioPerl is no longer dependent on SVG-Graph and Tree-DAG_Node.
  79
  80     * The module Bio::SeqIO::excel has been moved to a separate
  81       distribution named Bio-SeqIO-excel.  This also means that
  82       BioPerl is no longer dependent on Spreadsheet-ParseExcel.
  83
  84     * The entire Bio::PhyloNetwork namespace has been moved to a
  85       separate distribution named Bio-PhyloNetwork.  This also means
  86       that BioPerl is no longer dependent on Algorithm::Munkres,
  87       GraphViz, and Array::Compare.
  88
  89     * The entire Bio::Asembly namespace has been moved to a separate
  90       distribution named Bio-Assembly.  This also means that BioPerl
  91       is no longer dependent on Bio-SamTools and Sort-Naturally.
  92
  93     * The entire Bio::Structure namespace has been moved to a
  94       separate distribution named Bio-Structure.
  95
  96     * The entire Bio::SeqEvolution namespace has been moved to a
  97       separate distribution named Bio-SeqEvolution.
  98
  99     * The Bio::Tools::Gel module has been moved into its own
 100       distribution named Bio-Tools-Gel.
 101
 102     * The entire Bio::Restriction namespace has been moved to a
 103       separate distribution named Bio-Restriction.
 104
 105
 106 1.7.2 - "Entebbe"
 107
 108     [Bugs]
 109
 110     * #247 - Omit unnecessary parent_id attribute added by GFF3Loader [nathanweeks]
 111     * #245 - Code coverage fixes [zmughal,cjfields]
 112     * #237 - Fix warning in Bio::DB::IndexedBase [willmclaren,bosborne]
 113     * #238 - Use a Travis cron job for network tests [zmughal,cjfields]
 114     * #218 - Bio::DB::Flat::BinarySearch should use _fh() instead of fh() as fh() does not take arguments in [thibauthourlier,bosborne]
 115     * #227 - Bio::SeqIO Ignores first line of sequence [VAR121,bosborne]
 116     * #223 - Use Travis Perl helper script and enable coverage [zmughal,cjfields]
 117     * #222 - Fix test RemoteDB/Taxonomy.t: requires networking [zmughal,cjfields]
 118     * #216 - Apply carsonhh's patch (Inline::C fixes) [carsonh,bosborne]
 119     * #213 - Support FTS5 in Bio::DB::SeqFeature::Store::DBI::SQLite [nathanweeks,bosborne]
 120     * #210 - Sorting qualifiers while write embl files [hdevillers,cjfields]
 121     * #209 - Fixed bug in _toDsspKey() [jvolkening,hlapp]
 122
 123     [Code changes]
 124
 125     * PAML-related code from bioperl and bioperl-run are now in a separate distribution on CPAN [carandraug]
 126
 127 1.7.1 - "Election"
 128
 129     [Bugs]
 130
 131     * Minor release to incorporate fix for CPAN indexing, which
 132       prevented proper updates [cjfields]
 133     * Fix problem in managing Target attribute for gff3 [Jukes34]
 134     * Minor bug fixes related to NCBI HTTPS support [cjfields]
 135
 136 1.7.0 - "Disney"
 137
 138     [New site]
 139
 140     * We have migrated to Github Pages. This was actually planned, but the
 141       recent OBF server compromise forced our hand.
 142
 143       Brian Osborne [bosborne] took this under his wing to move docs and has
 144       done a tremendous amount of work formatting the site and working out some
 145       of the idiosyncracies with the new Jekyll-based design.  Mark Jensen, Paul
 146       Cantalupo and Franscison Ossandon also helped.  Kudos!!
 147
 148     * Similarly, the official issue tracker is now Github Issues.  This has
 149       been updated in the relevant documentation bits (we hope!)
 150
 151     [Code changes]
 152
 153     * Previously deprecated modules removed
 154       * Bio::Tools::Infernal, Bio::Tools::ERPIN, Bio::Tools::RNAMotif
 155     * Bio::DB::SeqHound has been removed due to the service no longer being
 156       available
 157     * Bio::Tools::Analysis::Protein::Mitoprot has been removed for security
 158       reasons due to the server no longer having a valid cert
 159     * Bio::EUtilities, Bio::Biblio are now separate releases on CPAN
 160     * Bio::Coordinate, Bio::SearchIO::blastxml,
 161       Bio::SearchIO::Writer::BSMLResultWriter are now separate releases to be
 162       added on CPAN
 163
 164     [New features]
 165
 166     * Docker instances of tagged releases are available! [hlapp]
 167     * NCBI HTTPS support [mjohnson and others]
 168     * Bio::SearchIO::infernal
 169       - Issue #131: added CMSEARCH parsing support for Infernal 1.1 [pcantalupo]
 170     * Bio::Search::HSP::ModelHSP
 171       - Added a 'noncanonical_string' method to retrieve the NC line from CMSEARCH
 172         reports [pcantalupo]
 173     * Bio::Search::Result::INFERNALResult
 174       - Added new module to represent features of Infernal reports [pcantalupo]
 175     * Bio::DB::Taxonomy SQLite option [cjfields]
 176     * WrapperBase quoted option values [majensen]
 177     * Various documentation fixes and updates [bosborne]
 178
 179    [Bug Fixes]
 180
 181     * Fixes in Bio::Root::Build to deal with META.json/yml for CPAN indexing [cjfields]
 182     * Bio::SeqFeature::Generic spliced_seq() bug fix [Eric Snyder, via bosborne]
 183     * NeXML parser fixes [fjossandon]
 184     * Bug fix for Bio::DB::SeqFeature memory adapter [lstein]
 185     * RT 103272 : SeqFeature database deletion skipped features with a decimal -
 186       Joshua Fortriede (Xenbase)
 187     * RT 98374: AlignIO issues with sequence names not correctly parsing - Xiaoyu Zhuo
 188     * Issue #70: CONTIG parsing in GenBank output fixed [fjossandon]
 189     * Issue #76: Circular genome fixes with Bio::Location::Split [fjossandon]
 190     * Issue #80: Fix lack of caching issue with Bio::DB::Taxonomy [fjossandon]
 191     * Issue #81: Small updates to make sure possible memory leaks are detected [cjfields]
 192     * Issue #84: EMBL format wrapping problem [nyamned]
 193     * Issue #90: Missing entries for translation tables 24 and 25 [fjossandon]
 194     * Issue #95: Speed up of Bio::DB::Fasta::subseq by using a compiled regex
 195       or compiled C code (when Inline::C is installed) [rocky]
 196     * Fix various Bio::Tools::Analysis remote server config problems [cjfields]
 197     * Added several missing 'Data::Stag' and 'LWP::UserAgent' requirements [fjossandon]
 198     * Added a workaround in Bio::DB::Registry to get Username in Windows [fjossandon]
 199     * For HMMer report parsing, changed "$hsp->bits" to return 0 instead of undef
 200       to be consistent with "$hit->bits" behaviour [fjossandon]
 201     * Fixed a bug in HMMer3 parsing, where an homology line ending in CS or RF
 202       aminoacids made "next_seq" confused and broke the parser [fjossandon]
 203     * Adjusted FTLocationFactory.pm to comply with current GenBank Feature Table
 204       Definition, so now "join(complement(C..D),complement(A..B))" is equivalent
 205       to "complement(join(A..B,C..D))" [fjossandon]
 206     * For the many many many fixes that weren't mentioned - blame the release guy!
 207
 208 1.6.924
 209
 210     [Significant changes]
 211
 212     * Bug/feature issue tracking has moved to GitHub Issues:
 213           https://github.com/bioperl/bioperl-live/issues
 214     * DB_File has been demoted from "required" to "recommended",
 215       which should make easier for Windows users to install BioPerl
 216       if they don't need that module.
 217
 218     [New features]
 219
 220     * Bio::Search::HSP::GenericHSP
 221         - Bug #3370, added a "posterior_string" method to retrieve the
 222           posterior probability lines (PP) from HMMER3 reports [fjossandon]
 223         - Added a "consensus_string" method to retrieve the consensus
 224           structure lines (CS|RF) from HMMER2 and HMMER3 reports when available [fjossandon]
 225     * Bio::SearchIO::hmmer2
 226         - The number of identical and conserved residues are now calculated
 227           directly from the homology line [fjossandon]
 228         - Now the Query Length and Hit Length are reported when the alignment
 229           runs until the end of the sequence/model ('.]' or '[]') [fjossandon]
 230         - Implemented the capture of the consensus structure lines [fjossandon]
 231     * Bio::SearchIO::hmmer3
 232         - The number of identical and conserved residues are now calculated
 233           directly from the homology line [fjossandon]
 234         - Now the Hit Length is reported when the alignment runs until the end
 235           of the sequence/model ('.]' or '[]') [fjossandon]
 236         - Implemented the capture of the consensus structure lines [fjossandon]
 237         - Implemented the capture of the posterior probability lines [fjossandon]
 238         - Completed the development of NHMMER parsing, including alignments [fjossandon]
 239     * Bio::SearchIO::SearchResultEventBuilder & Bio::SearchIO::IteratedSearchResultEventBuilder
 240         - Feature #2615, moved "_init_parse_params", "max_significance, "signif",
 241           "min_score", "min_bits, and "hit_filter" methods from
 242           'IteratedSearchResultEventBuilder' to parent 'SearchResultEventBuilder'.
 243           This means that the Bio::SearchIO->new() parameters '-signif', '-score',
 244           '-bits' and '-hit_filter' will now work with other Bio::SearchIO formats
 245           besides Blast, instead of being ignored. Added tests for all moved methods
 246           using HMMER outputs and run the full test suite and everything pass [fjossandon]
 247     * Bio::SeqIO::MultiFile
 248         - Autodetection of file format [fangly]
 249     * Bio::Tools::GuessSeqFormat:
 250         - Format detection from non-seekable filehandles such as STDIN [fangly]
 251
 252     [Bug fixes]
 253
 254     * Fix problems when using Storable as backend for cloning [v1.6.x branch, tsibley]
 255     * Fix potential problems with Storable in Bio::DB::SeqFeature::Store [tsibley]
 256     * SeqFeature::Lite: Fixed wrong strand when using "+", "-", or "." [nathanweeks]
 257     * Abstract: Fixed ActivePerl incapability of removing temporary files
 258       because of problems closing tied filehandles [fjossandon]
 259     * IndexedBase: For Windows' ActivePerl, several LocalDB tests were failing
 260       because ActivePerl were producing a ".index.pag" and ".index.dir"
 261       files instead of a single ".index" file (like Strawberry Perl).
 262       Now those temporary files are correctly considered and deleted. [fjossandon]
 263     * Test files: Added missing module requirements (DB_File and Data::Stag)
 264       to several tests files that were failing because those modules were
 265       not present. Now those test files are correctly skipped instead. [fjossandon]
 266     * Blast: Added support to changes in bl2seq from BLAST+ output, which
 267       now uses "Subject=" instead of ">" to start hit lines [yschensandiego]
 268     * Phylip: Return undef in "next_aln" at file end to avoid
 269       an infinite loop [yschensandiego]
 270     * HMMER3: When a hit description is too long, it is truncated in
 271       the Scores table. In those cases, the more complete description from
 272       the Annotation line (>>) will be used [fjossandon]
 273     * GenericHSP: Added '.' to gap symbols in "_pre_gaps" (except for ERPIN),
 274       since it is now used by HMMER3 format in alignments [fjossandon]
 275     * GenericHit: Changed "frac_aligned_query" and "frac_aligned_hit"
 276       to return undef if the query/hit length is unknown (like in some
 277       HMMER outputs), to avoid division by 0 crashes. Also "query_length"
 278       now is set to 0 if its undefined, to be consistent with hit "length" [fjossandon]
 279     * HMMER: fixed many bugs in the parsing of Hmmer2 and Hmmer3 outputs,
 280       added support to multi-query reports, reduced code redundancy,
 281       and eliminated the automatic removal of hits below "inclusion threshold" [fjossandon]
 282     * [3369] - Fixed reported bugs in parse from HMMSEARCH3 reports [fjossandon]
 283     * [3446] - Fixed wrong marker position in Bio::Map::Physical [fjossandon]
 284     * [3455] - Fixed wrong print of DBLink in Genbank file [bosborne]
 285     * Fixed some Bio::Root::Utilities subroutines [fjossandon]
 286     * Double-quotes on paths are needed in some places [fjossandon]
 287     * [3453] - Allow multiple homologies and products in Entrezgene [fjossandon]
 288     * Use "NUL" instead of"/dev/null" when running in Windows [fjossandon]
 289     * Updated all files from Bio-Root, Bio-Coordinate and Bio-SearchIO-blastxml
 290       with the latest changes made in their own repositories [fjossandon]
 291     * General synching of files with the master branch [fjossandon]
 292     * Fixed tests failing in Windows because of using Linux commands [fjossandon]
 293     * Closed many open filehandles that prevented temporary files deletion [fjossandon]
 294     * Fixed broken MeSH parser [fjossandon]
 295     * Fixed missing detection of format in SeqIO when given a -string [fangly]
 296
 297 1.6.923
 298
 299     * Major Windows support updates! [fjossandon]
 300     * MAKER update to allow for stricter standard codon table [cjfields]
 301     * Better support for circular sequences [fjossandon]
 302     * Fixes for some complex location types [fjossandon]
 303     * Address CONTIG bug in GenBank format, bug #3448 [cjfields]
 304     * Fix bug #2978 related to BLAST report type [fjossandon]
 305     * Deobfuscator fixes [DaveMessina]
 306
 307 1.6.922
 308
 309     * Address CPAN test failures [cjfields]
 310     * Add BIOPROJECT support for Genbank files [hyphaltip]
 311     * Better regex support for HMMER3 output [bosborne]
 312
 313 1.6.921
 314
 315     * Minor update to address CPAN test failures
 316
 317 1.6.920
 318
 319     * Remove Bio::Biblio and related files [carandraug]
 320       - this cause version clashes with an independently-released
 321         version of Bio::Biblio
 322
 323 1.6.910
 324
 325     [New features]
 326
 327     * Hash randomization fixes for perl 5.18.x
 328       - Note: at least one module (Bio::Map::Physical) still has a failing test;
 329         this is documented in bug #3446 and has been TODO'd; we will be pulling
 330         Bio::Map and similar modules out of core into separate distributions in the
 331         1.7.x release series [cjfields]
 332
 333     [New features]
 334
 335     * Bio::Seq::SimulatedRead
 336         - New module to represent reads taken from other sequences [fangly]
 337     * Bio::Root::Root
 338         - Support of Clone::Fast as a faster cloning alternative [fangly]
 339     * Bio::Root::IO
 340         - Moved the format() and variant() methods from Bio::*IO modules to
 341           Bio::Root::IO [fangly]
 342         - Can now use format() to get the type of IO format in use [fangly]
 343     * Bio::Tools::IUPAC
 344         - New regexp() method to create regular expressions from IUPAC sequences
 345           [fangly]
 346     * Bio::SeqFeature::Primer and Bio::Seq::PrimedSeq:
 347         - Code refresh [fangly]
 348     * Bio::DB::Taxonomy
 349         - Added support for the Greengenes and Silva taxonomies [fangly]
 350     * Bio::Tree::TreeFunctionsI
 351         - get_lineage_string() represents a lineage as a string [fangly]
 352         - add_trait() returns instead of reporting an error when the column
 353           number is exceeded in add_trait() [fangly]
 354         - Option to support tree leaves without trait [fangly]
 355         - Allow ID of 0 in trait files [fangly]
 356     * Bio::DB::Taxonomy::list
 357         - Misc optimizations [fangly]
 358         - Option -names of get_taxon() to help with ambiguous taxa [fangly]
 359     * Bio::DB::Taxonomy::*
 360         - get_num_taxa() returns the number of taxa in the database [fangly]
 361     * Bio::DB::Fasta and Bio::DB::Qual
 362         - support indexing an arbitrary list of files [fangly]
 363         - user can supply an arbitrary index file name [fangly]
 364         - new option to remove index file at the end [fangly]
 365     * Bio::DB::Fasta
 366         - now handles IUPAC degenerate residues [fangly]
 367     * Bio::PrimarySeq and Bio::PrimarySeqI
 368         - speed improvements for large sequences [Ben Woodcroft, fangly]
 369     * Bio::PrimaryQual
 370         - tightened and optimized quality string validation [fangly]
 371     * Bio::SeqIO::fasta
 372         - new method and option 'block', to create FASTA output with space
 373           intervaled blocks (similar to genbank or EMBL) has been implemented.
 374         - package variables $WIDTH and $DEFAULT_SEQ_ID_TYPE have been removed
 375           in favour of the methods 'width' and 'preferred_id_type` respectively.
 376     * Bio::FeatureIO::*
 377         - moved from bioperl-live into the separate distribution Bio-FeatureIO
 378     * Bio::SeqFeature::Annotated
 379         - moved from bioperl-live into the separate distribution Bio-FeatureIO
 380     * Bio::Cluster::SequenceFamily
 381         - improved performance when using get_members with overlapping multiple
 382           criteria
 383     * Bio::SearchIO::hmmer3
 384         - now supports nhmmer [bosborne]
 385
 386     [Bug fixes]
 387
 388     * [3302] Fixes bug in Bio::SearchIO::hmmer2.pm to correctly parse
 389       multi-query hmmer output [Francisco J. Ossandon, Paul Cantalupo]
 390     * [3421] Fixes bug in Bio::SearchIO::hmmer2.pm to correctly parse an HSP
 391       with a line full of dashes [Francisco J. Ossandon, Paul Cantalupo]
 392     * [3298] Fix bug in Bio::SearchIO::blast.pm where algorithm version
 393       information was lost in a multi-result blast file [Paul Cantalupo]
 394     * [3343] Fix bug in Bio::SearchIO::blasttable.pm to correctly calculate
 395       total gaps [Paul Cantalupo]
 396     * [3375] Fix DBLINK parsing bug in Bio::SeqIO::genbank.pm [Paul Cantalupo]
 397     * [3376] Fix bug in Bio::SearchIO::hmmer2.pm to correctly handle case
 398       when end of domain indicator is split across lines [Paul Cantalupo]
 399     * [3240] Bio::AlignIO::stockholm now parses simple sequences [Bernd Web,
 400       cjfields]
 401     * [3237] Bio::DB::Fasta now allows blank lines between sequences, catches
 402       instances where blank lines are within sequences [cjfields]
 403     * Bio::DB::Fasta reports correct alphabet for files with multiple sequence
 404       types [fangly]
 405     * Bio::DB::Fasta rev-comps sequences other than DNA properly [fangly]
 406     * [3238] Fixes for Bio::DB::SeqFeature::Store::DBI::Pg [Thomas Burkhard,
 407       cjfields]
 408     * Various fixes for Stockholm file indexing and processing [bosborne]
 409     * Fix edge case in FASTQ parsing where sequence of length 1 and qual of 0
 410       breaks parsing [cjfields]
 411     * Fix case where Bio::Seq::Meta* objects with no meta information could not
 412       be reverse-complemented [fangly]
 413     * Fix bug for fields without aliases in Bio::DB::Query::HIVQuery [fangly]
 414     * Fix Bio::PopGen::IO::phase: sort values lexically instead of numerically
 415       when unsure that values will be numerical [fangly]
 416     * Fix undef warnings in Bio::SeqIO::embl [fangly]
 417     * Fix undef warnings in Bio::DB::Fasta and Bio::DB::Qual [fangly]
 418     * Fix Bio::Tools::IUPAC should accept any sequence object [fangly]
 419     * Fix for 'Inappropriate ioctl' in Bio::DB::Store::berkeleydb3 [Olivier
 420       Sallou]
 421     * Bio::SeqFeature::Generic SeqfeatureI compliance: methods primary_tag,
 422       source_tag and display_name must return a string, not undef [fangly]
 423     * Bio::SimpleAlign and Bio::Seq compliance with Bio::FeatureHolderI
 424       add_SeqFeature takes a single argument [fangly]
 425     * Use cross-platform filenames and temporary directory in
 426       Bio::DB::Taxonomy::flatfile [fangly]
 427     * Fix bug in Bio::DB::Taxonomy::list where taxa with no ancestors were not
 428       properly identified as existing taxa in the database [fangly]
 429     * Fix issue where a Bio::DB::Taxonomy::list object could not be created
 430       without also passing a lineage to store [fangly]
 431     * Prevent passing a directory to the gi2taxid option (-g) of
 432       bp_classify_hits_kingdom.pl and remove an 'earlier declaration' warning
 433       [fangly]
 434     * Fixed bp_genbank2gff3.pl crash when missing source feature date [fangly]
 435     * Bio::PrimarySeq constructor -direct works for -seq or -ref_to_seq [fangly]
 436     * Bio::Cluster::SequenceFamily - checks if the sequence has a Bio::Species
 437       object before trying to access, and no longer returns repeated sequences.
 438
 439
 440 1.6.901 May 18, 2011
 441
 442     [Notes]
 443
 444     * Use of AcePerl is deprecated; Ace.pm isn't actively maintained, and
 445       modules using Ace will also be deprecated [lds, cjfields]
 446     * Minor bug fix release
 447     * Bio::SeqIO::gbxml tests require XML::SAX [hartzell]
 448     * Address Build.PL issues when DBI is not present [hartzell]
 449     * Skip gbxml.t and Interpro tests when modules not installed [cjfields]
 450     * Remove deprecated code for perl 5.14.0 compat [cjfields]
 451     * Due to schema changes and lack of support for older versions, support
 452       for NeXML 0.9 is only (very) partially implemented.
 453       See: https://redmine.open-bio.org/issues/3207
 454
 455     [Bug fixes]
 456
 457     * [3205] - small fix to Bio::Perl blast_sequence() to make compliant with
 458       docs [genehack, cjfields]
 459     * $VERSION for CPAN/cpanm-based installs was broken; force setting of
 460       module version from dist_version (probably not the best way to do this,
 461       but it seems to work) [rbuels, cjfields]
 462
 463
 464 1.6.900 April 14, 201
 465
 466     [Notes]
 467
 468     * This will probably be the last release to add significant features to
 469       core modules; subsequent releases will be for bug fixes alone.
 470       We are planning on a restructuring of core for summer 2011, potentially
 471       as part of the Google Summer of Code.  This may become BioPerl 2.0.
 472     * Version bump represents 'just prior to v 1.7'.  We may have point
 473       releases to deal with bugs, with increments of 1.6.901, 1.6.902, etc.
 474       This code essentially is what is on the github master branch.
 475
 476     [New features]
 477
 478     * Core code updated for perl 5.12.x [cjfields, Charle Tilford]
 479     * Bio::Tree refactor
 480         - major overhaul of Bio::Tree code by Greg Jordan, fixes several bugs
 481         - removal of Scalar::Util::weaken code, which was causing odd headaches
 482           with premature GC, memory leaks with perl 5.10.0, etc [cjfields]
 483     * Bio::DB::SeqFeature bug fixes for GBrowse2 compatibility [lds, scottcain,
 484           many others]
 485     * Bio::SeqIO::msout, Bio::SeqIO::mbsout - parsers for ms and mbs
 486           [Warren Kretzschmar]
 487     * Bio::SeqIO::gbxml
 488         - bug 2515 - new contribution [Ryan Golhar, jhannah]
 489     * Bio::Assembly::IO
 490         - support for reading Maq, Sam and Bowtie files [maj]
 491         - support for reading 454 GS Assembler (Newbler) ACE files [fangly]
 492         - bug 2483: support for writing ACE files [Joshua Udall, fangly]
 493         - bug 2599: support DBLINK annotation in GenBank files [cjfields]
 494         - bug 2726: reading/writing granularity: whole scaffold or one contig
 495           at a time [Joshua Udall, fangly]
 496     * Bio::OntologyIO
 497         - Added parsing of xrefs to OBO files, which are stored as secondary
 498             dbxrefs of the cvterm [Naama Menda]
 499         - General Interpro-related code refactors [dukeleto, rbuels, cjfields]
 500     * PAML code updated to work with PAML 4.4d [DaveMessina]
 501
 502     [Bug fixes]
 503
 504     * [3198] - sort tabular BLAST hits by score [DaveMessina]
 505     * [3196] - fix invalid metadata produced by latest Module::Build [cjfields]
 506     * [3190] - RemoteBlast GAPCOSTS regex fix [Ali Walsh, cjfields]
 507     * [3185] - Bio::Tools::SeqStats->get_mol_wt now gives correct MW
 508                [cjfields]
 509     * [3178] - fix tr/// issue in Bio::Range [Andrew Conley, cjfields]
 510     * [3172] - Bio::DB::Fasta - catch possibly bad FASTA files [cjfields]
 511     * [3164] - TreeFunctionsI syntax  bug [gjuggler]
 512     * [3163] - AssemblyIO speedup [fangly]
 513     * [3160] - Bio::SearchIO::Writer::TextResultWriter output [Paul Cantalupo,
 514                hyphaltip]
 515     * [3159] - add SwissPfam support to bp_index.PLS [hyphaltip]
 516     * [3158] - fix EMBL file mis-parsing [cjfields]
 517     * [3157] - Bio::Restriction::Analysis 'sizes' method fixed [Marc Perry,
 518                cjfields]
 519     * [3153] - fix SeqIO::swiss TagTree issues [Charles Tilford, cjfields]
 520     * [3148] - URL change for UniProt [cjfields]
 521     * [3145] - AXT off-by-1 error [Aaron Goodman, cjfields]
 522     * [3136] - HMMer3 parser fixes [kblin]
 523     * [3126] - catch description [Toshihiko Akiba]
 524     * [3122] - Catch instances where non-seekable filehandles were being
 525                seek'd w/o checking for status [Stefan Kirov, Roy Chaudhuri]
 526     * [3121] - Bio::OntologyIO cannot parse the full InterPro XML file
 527                [dukeleto, rbuels, cjfields]
 528     * [3120] - bp_seqfeature_gff3.pl round-trip fixes [genehack, David Breimann,
 529                jhannah]
 530     * [3116,3117] - perl 5.12.x warnings fixed [cjfields, Charles Tilford]
 531     * [3110] - Better 'namespace' support for bp_seqfeature_load.PLS [dbolser,
 532                cjfields]
 533     * [3107] - BLAST alignment column_from_residue_number() [cjfields]
 534     * [3104] - Bio::Species single node hierarchies [Charles Tilford, cjfields]
 535     * [3092, 3090] - parsing of BLAST HSP stats [Razi Khaja, cjfields]
 536     * [3089] - HSPTableWriter missing methods [Robson de Souza, cjfields]
 537     * [3086] - EMBL misparsing long tags [kblin, cjfields]
 538     * [3085] - CommandExts and array of files [maj, hyphaltip]
 539     * [3077] - Bio::SimpleAlign slice() now correctly computes seq coordinates
 540                for alignment slices [Ha X. Dang, cjfields]
 541     * [3076] - XMFA alignment strand wrong [Ha X., cjfields]
 542     * [3073] - fix parsing of GenBank files from RDP [cjfields]
 543     * [3068] - FASTQ parse failure with trailing 0 [cjfields]
 544     * [3064] - All-gap midline BLAST report issues [cjfields]
 545     * [3063] - BLASt report RID [Razi Khaja, cjfields]
 546     * [3058] - SearchIO::fasta parsing [DaveMessina, cjfields]
 547     * [3053] - LOCUS line formatting [M. Wayne, cjfields]
 548     * [3039] - correct Newick output root node branch length [gjuggler,
 549                DaveMessina]
 550     * [3038] - SELEX alignment error [Bernd, cjfields]
 551     * [3033] - PrimarySeq ID setting [Bernd, maj]
 552     * [3032] - Fgenesh errors [Wes Barris, hyphaltip]
 553     * [3034] - AlignIO::clustal output [Bernd, DaveMessina]
 554     * [3031] - Parse algorithm ref for BLAST [Razi Khaja, cjfields]
 555     * [3028] - Bio::TreeIO::nexus and FigTree compat [Kevin Balbi, cjfields]
 556     * [3025] - Bio::SeqIO::embl infinite loop [Adam Sjøgren, cjfields]
 557     * [3040, 3023, 2974, 2921, 2753, 2636, 2482] - PAML parser fixed, works with
 558                PAML 4.4d [DaveMessina]
 559     * [3015, 3022] - Bio::Restriction withrefm regexp [Emmanuel Quevillon,
 560                DaveMessina]
 561     * [3020] - GFF3Loader alias attribute [Nathan Weeks, cjfields]
 562     * [3018, 3019, 3021] - gmap_f9 parsing [Kiran Mukhyala, cjfields]
 563     * [3017] - using threads with Bio::DB::GenBank [cjfields]
 564     * [3012] - Bio::Root::HTTPget fixes [maj, cjfields]
 565     * [3011] - namespace support for SF::Store::DBI::Pg [Adam Witney, cjfields]
 566     * [3002] - Bio::DB::EUtilities NCBI policy updates [cjfields]
 567     * [3001] - seq identifier '0' dropped with FASTA [Michael Kuhn, maj]
 568     * [2984] - let LocatableSeq decide on length of phylip aln [Adam Witney,
 569                cjfields]
 570     * [2983] - fix score/percent ID mixup [Alexie Papanicolaou]
 571     * [2977] - TreeIO issues [DaveMessina]
 572     * [2959] - Bio::SeqUtils->revcom_with_features [Roy Chaudhuri, maj]
 573     * [2944] - Bio::Tools::GFF score [cjfields]
 574     * [2942] - correct MapTiling output [maj]
 575     * [2939] - PDB residue insertion codes [John May, maj]
 576     * [2930] - PrimarySeqI term symbol [Adam Sjøgren, maj]
 577     * [2928] - GuessSeqFormat raw [maj]
 578     * [2926] - Bio:Tools::TandemRepeatsFinder seq_id [takadonet, cjfields]
 579     * [2922] - open() directive issue [cjfields]
 580     * [2915] - GenBank parser infinite loop [Francisco Ossandon, cjfields]
 581     * [2901] - DNAStatistics div by zero error [Janet Young, cjfields]
 582     * [2899] - SeqFeature::Store host issues [lstein, dbolser]
 583     * [2897] - Add a "mask_below_threshold" method to Seq::Quality [dbolser,
 584                cjfields]
 585     * [2881] - .scf files don't' roundtrip [Adam Sjøgren, cjfields]
 586     * [2876] - CDD search with RemoteBlast [Malcolm Cook]
 587     * [2863] - Root::IO::_initialize_io causes crash [rbuels, maj, DaveMessina]
 588     * [2845] - Bio::Seq::Quality gives seq with no ID [Tristan Lefebure, cjfields]
 589     * [2843] - FeatureIO BED to GFF fails w/ no phase [cassjm cjfields]
 590     * [2773] - Bio::Tree::Node premature GC [Morgan Price, cjfields]
 591     * [2764] - add ID Tracker helper for SwissProt [heikki, cjfields]
 592     * [2758] - Bio::AssemblyIO ace problems [fangly]
 593     * [2744] - Bio::LocatableSeq::end [Bernd, cjfields]
 594     * [2726] - ace file IO [Josh, fangly]
 595     * [2700] - Refactor Build.PL [cjfields]
 596     * [2673] - addition of simple Root-based clone() method [cjfields]
 597     * [2648] - Bio::Assembly::Scaffold->get_all_seq_ids [dbolser, fangly]
 598     * [2599] - support for DBLINK annotation in GenBank files [cjfields]
 599     * [2594] - Bio::Species memory leak [cjfields]
 600     * [2515] - GenBank XML parser [jhannah]
 601     * [2499] - Method "pi" in package Bio::PopGen::Statistics [hyphaltip]
 602     * [2483] - Bio::Assembly::IO::ace write_assembly implemented [fangly]
 603     * [2350] - ID consistency btwn Bio::SeqI, Bio::Align::AlignI [fangly,
 604                cjfields]
 605     * [1572] - no docs Bio::Location::Simple/Atomic::trunc [hyphaltip]
 606
 607     [Deprecated]
 608
 609     * Bio::Expression modules - these were originally designed to go with the
 610       bioperl-microarray suite of tools, however they have never been completed
 611       and so have been removed from the distribution.  The original code has
 612       been moved into the inactive bioperl-microarray suite. [cjfields]
 613
 614     [Other]
 615
 616     * Repository moved from Subversion (SVN) to
 617       http://github.com/bioperl/bioperl-live [cjfields]
 618     * Bug database has moved to Redmine (https://redmine.open-bio.org)
 619     * Bio::Micrarray - the tools developed for ReSeq chip analysis by Marian
 620       Thieme have been moved to their own distribution (Bio-Microarray).
 621       [cjfields]
 622
 623 1.6.1   Sept. 29, 2009 (point release)
 624     * No change from last alpha except VERSION and doc updates [cjfields]
 625
 626 1.6.0_6 Sept. 27, 2009 (sixth 1.6.1 alpha)
 627     * Fix for silent OBDA bug related to FASTA validation [cjfields]
 628
 629 1.6.0_5 Sept. 27, 2009 (fifth 1.6.1 alpha)
 630     * Possible fix for RT 49950 (Strawberry Perl installation) [cjfields]
 631     * [RT 50048] - removed redundant VERSION, which was borking CPANPLUS
 632       [cjfields]
 633     * BioPerl.pod -> BioPerl.pm (Perl Best Practices) [cjfields]
 634
 635 1.6.0_4 Sept. 25, 2009 (fourth 1.6.1 alpha)
 636     * WinXP test fixes [cjfields, maj]
 637     * BioPerl.pod added for descriptive information, fixes CPAN indexing
 638       [cjfields]
 639     * Minor doc fixes [cjfields]
 640
 641 1.6.0_3 Sept. 22, 2009 (third 1.6.1 alpha)
 642     * Fix tests failing due to merging issues [cjfields]
 643     * More documentation updates for POD parsing [cjfields]
 644
 645 1.6.0_2 Sept. 22, 2009 (second 1.6.1 alpha)
 646     * Bio::Root::Build
 647         - fix YAML meta data generation [cjfields]
 648
 649 1.6.0_1 Sept. 15, 2009 (first 1.6.1 alpha)
 650     * Bio::Align::DNAStatistics
 651         - fix divide by zero problem [jason]
 652     * Bio::AlignIO::*
 653         - bug 2813 - fix faulty logic to detect end-of-stream [cjfields]
 654     * Bio::AlignIO::stockholm
 655         - bug 2796 - fix faulty logic to detect end-of-stream [cjfields]
 656     * Bio::Assembly::Tools::ContigSpectrum
 657         - function to score contig spectrum [fangly]
 658     * Bio::DB::EUtilities
 659         - small updates [cjfields]
 660     * Bio::DB::Fasta
 661         - berkeleydb database now autoindexes wig files and locks correctly
 662           [lstein]
 663     * Bio::DB::HIV
 664         - various small updates for stability; tracking changes to LANL
 665           database interface [maj]
 666     * Bio::DB::SeqFeature (lots of updates and changes)
 667         - add Pg, SQLite, and faster BerkeleyDB implementations [lstein, scain]
 668         - bug 2835 - patch [Dan Bolser]
 669         - bug RT 44535 - patch FeatureFileLoader [Cathy Gresham]
 670     * Bio::DB::SwissProt
 671         - bug 2764 - idtracker() method [cjfields, courtesy Neil Saunders]
 672     * Bio::Factory::FTLocationFactory
 673         - mailing list bug fix [cjfields]
 674     * Bio::LocatableSeq
 675         - performance work on column_from_residue_number [hartzell]
 676     * Bio::Matrix::IO::phylip
 677         - bug 2800 - patch to fix phylip parsing [Wei Zou]
 678     * Bio::Nexml
 679         - Google Summer of Code project from Chase Miller - parsers for Nexml
 680           file format [maj, chmille4]
 681     * Bio::PopGen
 682         - Make Individual, Population, Marker objects AnnotatableI [maj]
 683         - simplify LD code [jason]
 684     * Bio::RangeI
 685         - deal with empty intersection [jason]
 686     * Bio::Restriction
 687         - significant overhaul of Bio::Restriction system: complete support for
 688           external and non-palindromic cutters. [maj]
 689     * Bio::Root::Build
 690         - CPANPLUS support, no automatic installation [sendu]
 691     * Bio::Root::IO
 692         - allow IO::String (regression fix) [cjfields]
 693         - catch unintentional undef values [cjfields]
 694         - throw if non-fh is passed to -fh [maj]
 695     * Bio::Root::Root/RootI
 696         - small debugging and core fixes [cjfields]
 697     * Bio::Root::Test
 698         - bug RT 48813 - fix for Strawberry Perl bug [kmx]
 699     * Bio::Root::Utilities
 700         - bug 2737 - better warnings [cjfields]
 701     * Bio::Search
 702         - tiling completely refactored, HOWTO added [maj]
 703           NOTE : Bio::Search::Hit::* classes do not use this code directly; we
 704           will deprecate usage of the older tiling code in the next BioPerl
 705           release
 706         - small fixes [cjfields]
 707     * Bio::SearchIO
 708         - Infernal 1.0 output now parsed [cjfields]
 709         - new parser for gmap -f9 output [hartzell]
 710         - bug 2852 - fix infinite loop in some output [cjfields]
 711         - blastxml output now passes all TODO tests [cjfields]
 712         - bug 2346, 2850 - psl and exonerate parsing fixes [rbuels, jhannah, bvecchi, YAPC hackathon]
 713         - RT 44782 - GbrowseGFF writer now catches evalues [Allen Day]
 714         - bug 2575 - add two columns of additional output to HSPTableWriter [cjfields]
 715     * Bio::Seq::LargePrimarySeq
 716         - delete tempdirs [cjfields]
 717         - bug fixes [rbuels, jhannah, bvecchi, YAPC hackathon]
 718     * Bio::Seq::Quality
 719         - extract regions based on quality threshold value [Dan Bolser, heikki]
 720         - bug 2847 - resolve threshold issue (rbuels, jhannah, bvecchi)
 721     * Bio::SeqFeature::Lite
 722         - various Bio::DB::SeqFeature-related fixes [lstein]
 723     * Bio::SeqFeature::Tools::TypeMapper
 724         - additional terms for GenBank to SO map [scain]
 725     * Bio::SeqIO::chadoxml
 726         - bug 2785 - patch to get this working for bp_seqconvert [cjfields]
 727     * Bio::SeqIO::embl
 728         - support for CDS records [dave_messina, Sylvia]
 729     * Bio::SeqIO::fastq
 730         - complete refactoring to handle all FASTQ variants, perform validation,
 731           write output. API now conforms with other Bio* parsers and the rest of
 732           Bio::SeqIO (e.g. write_seq() creates fastq output, not fasta output).
 733           [cjfields]
 734     * Bio::SeqIO::genbank
 735         - bug 2784 - fix DBSOURCE issue [Phillip Garland]
 736         - bug RT 44536 - support for UniProt/UniProtKB tests [cjfields]
 737     * Bio::SeqIO::largefasta
 738         - parser returns a Bio::Seq::LargePrimarySeq [jhannah]
 739     * Bio::SeqIO::raw
 740         - add option for 'single' and 'multiple'
 741     * Bio::SeqIO::scf
 742         - bug 2881 - fix scf round-tripping [Adam Søgren]
 743     * Bio::SeqUtils
 744         - bug 2766, 2810 - copy over tags from features, doc fixes [David
 745           Jackson]
 746     * Bio::SimpleAlign
 747         - bug 2793 - patch for add_seq index issue [jhannah, maj]
 748         - bug 2801 - throw if args are required [cjfields]
 749         - bug 2805 - uniq_seq returns SimpleAlign and hash ref of sequence types
 750           [Tristan Lefebure, maj]
 751         - bug fixes from YAPC hackathon [rbuels, jhannah, bvecchi]
 752         - fix POD and add get_SeqFeatures filter [maj]
 753     * Bio::Tools::dpAlign
 754         - add support for LocatableSeq [ymc]
 755         - to be moved to a separate distribution [cjfields, rbuels]
 756     * Bio::Tools::EUtilities
 757         - fix for two bugs from mail list [Adam Whitney, cjfields]
 758         - add generic ItemContainerI interface for containing same methods
 759           [cjfields]
 760     * Bio::Tools::HMM
 761         - fix up code, add more warnings [cjfields]
 762         - to be moved to a separate distribution [cjfields, rbuels]
 763     * Bio::Tools::Primer3
 764         - bug 2862 - fenceposting issue fixed [maj]
 765     * Bio::Tools::Run::RemoteBlast
 766         - tests for remote RPS-BLAST [mcook]
 767     * Bio::Tools::SeqPattern
 768         - bug 2844 - backtranslate method [rbuels, jhannah, bvecchi]
 769     * Bio::Tools::tRNAscanSE
 770         - use 'gene' and 'exon' for proper SO, ensure ID is unique [jason]
 771     * Bio::Tree::*
 772         - bug 2456 - fix reroot_tree(), added create_node_on_branch() [maj]
 773     * Bio::Tree::Statistics
 774         - several methods for calculating Fitch-based score, internal trait
 775           values, statratio(), sum of leaf distances [heikki]
 776     * Bio::Tree::Tree
 777         - bug 2869 - add docs indicating edge case where nodes can be
 778           prematurely garbage-collected [cjfields]
 779         - add as_text() function to create Tree as a string in specified format
 780           [maj]
 781     * Bio::Tree::TreeFunctionsI
 782         - bug 2877 - fix bug where bootstrap assigned to the wrong node [Tristan
 783           Lefebure, maj]
 784     * Bio::TreeIO::newick
 785         - fix small semicolon issue [cjfields]
 786     * scripts
 787         - update to bp_seqfeature_load for SQLite [lstein]
 788         - hivq.pl - commmand-line interface to Bio::DB::HIV [maj]
 789         - fastam9_to_table - fix for MPI output [jason]
 790         - gccalc - total stats [jason]
 791     * General Stuff
 792         - POD cleanup re: FEEDBACK section [maj, cjfields]
 793         - cleanup or fix dead links [cjfields]
 794         - Use of no_* methods (indicating 'number of something') is deprecated
 795           in favor of num_* [cjfields]
 796         - lots of new tests for the above bugs and refactors [everyone!]
 797         - new template for Komodo text editor [cjfields]
 798
 799 1.6.0 Winter 2009
 800     * Feature/Annotation rollback
 801         - Problematic changes introduced prior to the 1.5 release have been
 802           rolled back. These changes led to subtle bugs involving operator
 803           overloading and interface methods.
 804         - Behavior is very similar to that for BioPerl 1.4, with tag values
 805           being stored generically as simple scalars. Results in a modest
 806           speedup.
 807     * Bio::Graphics
 808         - Split into a separate distribution on CPAN, primarily so development
 809           isn't reliant on a complete BioPerl release.
 810         - Bio::Graphics::Pictogram has been renamed to Bio::Draw::Pictogram but
 811           is only available via Subversion (via bioperl-live main trunk)
 812     * Bio::Root::Test
 813         - Common test bed for all BioPerl modules
 814     * Bio::Root::Build
 815         - Common Module::Build-based subclass for all BioPerl modules
 816     * Bio::DB::EUtilities
 817         - Complete refactoring to split up parsing (Bio::Tools::EUtilities),
 818           parameter handling (Bio::Tools::EUtilities::EUtilParameters),
 819           and user agent request posting and retrieval
 820     * Test implementation and reorganization
 821         - Tests have been reorganized into groups based on classes or use
 822           cases.
 823         - Automated test coverage is now online:
 824           http://www.bioperl.org/wiki/Test_Coverage
 825         - After this release, untested modules will be moved into a
 826           separate developer distribution until tests can be derived.
 827           Also, new modules to be added are expected to have a test suite
 828           and adequate test coverage.
 829
 830 1.5.2 Developer release
 831
 832     Full details of changes since 1.5.1 are available online at:
 833     http://www.bioperl.org/wiki/Change_log
 834     The following represents a brief overview of the most important changes.
 835
 836     o Bio::Map
 837       - Overhaul. Brand new system fully allows markers to have multiple
 838         positions on multiple maps, and to have relative positions. Should be
 839         backward compatible.
 840
 841     o Bio::Taxonomy
 842       - This module and all the modules in the Taxonomy directory now
 843         deprecated in favour of Bio::Taxon and Bio::Tree::Tree
 844
 845     o Bio::DB::Taxonomy
 846
 847       - Taxonomy.pm
 848         * get_Taxonomy_Node() eventually to be deprecated, renamed get_taxon().
 849
 850         * New methods ancestor(), each_Descendent() and _handle_internal_id().
 851
 852         * Allows for different database modules to create Bio::Taxon objects
 853           with the same internal id when the same taxon is requested from each.
 854
 855       - flatfile.pm
 856         * get_Children_Taxids() is deprecated, superceded by each_Descendent().
 857
 858         * No longer includes the fake root node 'root'; there are multiple roots
 859           now (10239, 12884, 12908, 29384 and 131567). Consistent with entrez.pm
 860
 861       - entrez.pm
 862         * get_node() has new option -full
 863
 864         * Caches data retrieved from website
 865
 866     o Bio::Species
 867       - Now a Bio::Taxon. Carries out the species name -> specific name munging
 868         that Bio::DB::Taxonomy modules and SeqIO modules used to do, for
 869         backward compatability in species() method.
 870
 871     o Bio::Search and Bio::SearchIO
 872       - Overhaul. The existing system has been sped up via some minor changes
 873         (mostly gain-of-function to the API). Bio::PullParserI is introduced
 874         as a potential eventual replacment for the existing system, though as
 875         yet only a Hmmpfam parser exists written using it.
 876
 877
 878 1.5.1 Developer release
 879
 880     o Major problem with how Annotations were written out with
 881       Bio::Seq is fixed by reverting to old behavior for
 882       Bio::Annotation objects.
 883
 884     o Bio::SeqIO
 885
 886      - genbank.pm
 887        * bug #1871; REFLOOP' parsing loop, I changed the pattern to
 888          expect at l east 9 spaces at the beginning of a line to
 889          indicate line wrapping.
 890
 891        * Treat multi-line SOURCE sections correctly, this defect broke
 892          both common_name() and classification()
 893
 894        * parse swissprot fields in genpept file
 895
 896        * parse WGS genbank records
 897
 898      - embl.pm
 899         * Changed regexp for ID line. The capturing parentheses are
 900           the same, the difference is an optional repeated-not-semi-
 901           colon expression following the captured \S+. This means the
 902           regexp works when the division looks like /PRO;/ or when the
 903           division looks like /ANG ;/ - the latter is from EMBL
 904           repbase
 905
 906         * fix ID line parsing: the molecule string can have spaces in
 907           it. Like: "genomic DNA"
 908
 909      - swiss.pm: bugs  #1727, #1734
 910
 911      - entrezgene.pm
 912         * Added parser for entrezgene ASN1 (text format) files.
 913           Uses Bio::ASN1::EntrezGene as a low level parser (get it from CPAN)
 914
 915     o Bio::AlignIO
 916
 917      -  maf.pm coordinate problem fixed
 918
 919     o Bio::Taxonomy and Bio::DB::Taxonomy
 920
 921      - Parse NCBI XML now so that nearly all the taxonomy up-and-down
 922        can be done via Web without downloading all the sequence.
 923
 924     o Bio::Tools::Run::RemoteBlast supports more options and complies
 925       to changes to the NCBI interface. It is reccomended that you
 926       retrieve the data in XML instead of plain-text BLAST report to
 927       insure proper parsing and retrieval of all information as NCBI
 928       fully expects to change things in the future.
 929
 930     o Bio::Tree and Bio::TreeIO
 931
 932       - Fixes so that re-rooting a tree works properly
 933
 934       - Writing out nhx format from a newick/nexus file will properly output
 935         bootstrap information.  The use must move the internal node labels over
 936         to bootstraps.
 937          for my $node ( grep { ! $_->is_Leaf } $tree->get_nodes ) {
 938             $node->bootstrap($node->id);
 939             $node->id('');
 940          }
 941       - Nexus parsing is much more flexible now, does not care about
 942         LF.
 943
 944       - Cladogram drawing module in Bio::Tree::Draw
 945
 946       - Node height and depth now properly calculated
 947
 948       - fix tree pruning algorithm so that node with 1 child gets merged
 949
 950     o Graphics tweaks.  Glyph::xyplot improved.  Many other small-medium sized
 951       bugs and improvements were added, see Gbrowse mailing list for most of
 952       these.
 953
 954     o Bio::DB::GFF partially supports GFF3.  See information about
 955       gff3_munge flag in scripts/Bio-DB-GFF/bulk_load_gff.pl.
 956
 957     o Better location parsing in Bio::Factory::FTLocationFactory -
 958       this is part of the engine for parsing EMBL/GenBank feature table
 959       locations.  Nested join/order-by/complement are allowed now
 960
 961     o Bio::PrimarySeqI->translate now takes named parameters
 962
 963     o Bio::Tools::Phylo::PAML - parsing RST (ancestral sequence
 964       reconstruction) is now supported.  Parsing different models and
 965       branch specific parametes are now supported.
 966
 967     o Bio::Factory::FTLocationFactory - parse hierarchical locations
 968       (joins of joins)
 969
 970     o Bio::Matrix::DistanceMatrix returns arrayrefs instead of arrays
 971       for getter/setter functions
 972
 973     o Bio::SearchIO
 974
 975       - blast bug #1739; match scientific notation in score
 976         and possible e+ values
 977
 978       - blast.pm reads more WU-BLAST parameters and parameters, match
 979         a full database pathname,
 980
 981       - Handle NCBI WEB and newer BLAST formats specifically
 982         (Query|Sbjct:) match in alignment blocks can now be (Query|Sbjct).
 983
 984       - psl off-by-one error fixed
 985
 986       - exonerate parsing much improved, CIGAR and VULGAR can be parsed
 987         and HSPs can be constructed from them.
 988
 989       - HSPs query/hit now have a seqdesc field filled out (this was
 990         always available via $hit->description and
 991         $result->query_description
 992
 993       - hmmer.pm can parse -A0 hmmpfam files
 994
 995       - Writer::GbrowseGFF more customizeable.
 996
 997     o Bio::Tools::Hmmpfam
 998       make e-value default score displayed in gff, rather than raw score
 999       allow parse of multiple records
1000
1001
1002 1.5 Developer release
1003
1004     o Bio::Align::DNAStatistics and Bio::Align::ProteinStatistics
1005       provide Jukes-Cantor and Kimura pairwise distance methods,
1006       respectively.
1007
1008     o Bio::AlignIO support for "po" format of POA, and "maf";
1009       Bio::AlignIO::largemultifasta is a new alternative to
1010       Bio::AlignIO::fasta for temporary file-based manipulation of
1011       particularly large multiple sequence alignments.
1012
1013     o Bio::Assembly::Singlet allows orphan, unassembled sequences to
1014       be treated similarly as an assembled contig.
1015
1016     o Bio::CodonUsage provides new rare_codon() and probable_codons()
1017       methods for identifying particular codons that encode a given
1018       amino acid.
1019
1020     o Bio::Coordinate::Utils provides new from_align() method to build
1021       a Bio::Coordinate pair directly from a
1022       Bio::Align::AlignI-conforming object.
1023
1024     o Bio::DB::Biblio::eutils is a class for querying NCBI's Eutils.
1025       Send a Pubmed, Pubmed Central, Entrez, or other query to NCBI's
1026       web service using standard Pubmed query syntax, and retrieve
1027       results as XML.
1028
1029     o Bio::DB::GFF has various sundry bug fixes.
1030
1031     o Bio::FeatureIO is a new SeqIO-style subsystem for
1032       writing/reading genomic features to/from files.  I/O classes
1033       exist for BED, GTF (aka GFF v2.5), and GFF v3.  Bio::FeatureIO
1034       classes only read/write Bio::SeqFeature::Annotated objects.
1035       Notably, the GFF v3 class requires features to be typed into the
1036       Sequence Ontology.
1037
1038     o Bio::Graph namespace contains new modules for manipulation and
1039       analysis of protein interaction graphs.
1040
1041     o Bio::Graphics has many bug fixes and shiny new glyphs.
1042
1043     o Bio::Index::Hmmer and Bio::Index::Qual provide multiple-file
1044       indexing for HMMER reports and FASTA qual files, respectively.
1045
1046     o Bio::Map::Clone, Bio::Map::Contig, and Bio::Map::FPCMarker are
1047       new objects that can be placed within a Bio::Map::MapI-compliant
1048       genetic/physical map; Bio::Map::Physical provides a new physical
1049       map type; Bio::MapIO::fpc provides finger-printed clone mapping
1050       import.
1051
1052     o Bio::Matrix::PSM provide new support for postion-specific
1053       (scoring) matrices (e.g. profiles, or "possums").
1054
1055     o Bio::Ontology::Ontology and Bio::Ontology::Term objects can now
1056       be instantiated without explicitly using Bio::OntologyIO.  This
1057       is possible through changes to Bio::Ontology::OntologyStore to
1058       download ontology files from the web as necessary.  Locations of
1059       ontology files are hard-coded into
1060       Bio::Ontology::DocumentRegistry.
1061
1062     o Bio::PopGen includes many new methods and data types for
1063       population genetics analyses.
1064
1065     o New constructor to Bio::Range, unions().  Given a list of
1066       ranges, returns another list of "flattened" ranges --
1067       overlapping ranges are merged into a single range with the
1068       mininum and maximum coordinates of the entire overlapping group.
1069
1070     o Bio::Root::IO now supports -url, in addition to -file and -fh.
1071       The new -url argument allows one to specify the network address
1072       of a file for input.  -url currently only works for GET
1073       requests, and thus is read-only.
1074
1075     o Bio::SearchIO::hmmer now returns individual Hit objects for each
1076       domain alignment (thus containing only one HSP); previously
1077       separate alignments would be merged into one hit if the domain
1078       involved in the alignments was the same, but this only worked
1079       when the repeated domain occured without interruption by any
1080       other domain, leading to a confusing mixture of Hit and HSP
1081       objects.
1082
1083     o Bio::Search::Result::ResultI-compliant report objects now
1084       implement the "get_statistics" method to access
1085       Bio::Search::StatisticsI objects that encapsulate any
1086       statistical parameters associated with the search (e.g. Karlin's
1087       lambda for BLAST/FASTA).
1088
1089     o Bio::Seq::LargeLocatableSeq combines the functionality already
1090       found in Bio::Seq::LargeSeq and Bio::LocatableSeq.
1091
1092     o Bio::SeqFeature::Annotated is a replacement for
1093       Bio::SeqFeature::Generic.  It breaks compliance with the
1094       Bio::SeqFeatureI interface because the author was sick of
1095       dealing with untyped annotation tags.  All
1096       Bio::SeqFeature::Annotated annotations are Bio::AnnotationI
1097       compliant, and accessible through Bio::Annotation::Collection.
1098
1099     o Bio::SeqFeature::Primer implements a Tm() method for primer
1100       melting point predictions.
1101
1102     o Bio::SeqIO now supports AGAVE, BSML (via SAX), CHAOS-XML,
1103       InterProScan-XML, TIGR-XML, and NCBI TinySeq formats.
1104
1105     o Bio::Taxonomy::Node now implements the methods necessary for
1106       Bio::Species interoperability.
1107
1108     o Bio::Tools::CodonTable has new reverse_translate_all() and
1109       make_iupac_string() methods.
1110
1111     o Bio::Tools::dpAlign now provides sequence profile alignments.
1112
1113     o Bio::Tools::GFF now parses GFF version 2.5 (a.k.a. GTF).
1114
1115     o Bio::Tools::Fgenesh, Bio::Tools::tRNAscanSE are new report
1116       parsers.
1117
1118     o Bio::Tools::SiRNA includes two new rulesets (Saigo and Tuschl)
1119       for designing small inhibitory RNA.
1120
1121     o Bio::Tree::DistanceFactory provides NJ and UPGMA tree-building
1122       methods based on a distance matrix.
1123
1124     o Bio::Tree::Statistics provides an assess_bootstrap() method to
1125       calculate bootstrap support values on a guide tree topology,
1126       based on provided bootstrap tree topologies.
1127
1128     o Bio::TreeIO now supports the Pagel (PAG) tree format.
1129
1130 1.4 branch
1131
1132 1.4.1
1133
1134   o Improvements to Bio::AlignIO::nexus for parsing TreeBase nexus files
1135
1136   o Bio::Graphics will work with gd1 or gd2
1137
1138   o Bio::SearchIO
1139    - hmmer.pm Better hmmpfam parsing, fix bug for small number of alignment outputs
1140      (RF lines alone)
1141    - blast.pm Parse multi-line query fields properly
1142    - small speed improvements to blasttable.pm and others
1143
1144   o Bio::DB::Taxonomy has better support for hierarchy traversal so that
1145     Bio::Taxonomy::Node can be as simple as Bio::Species object while still
1146     supporting more complex queries
1147
1148
1149 1.4. Stable major release
1150
1151 Since initial 1.2.0, 3000 separate changes have been made to make this release.
1152
1153    o installable scripts
1154
1155    o global module version from Bio::Root:Version
1156
1157    o Bio::Graphics
1158       - major improvements; SVG support
1159
1160    o Bio::Popgen
1161      - population genetics
1162      - support several population genetics types of questions.
1163      - Tests for statistical neutrality of mutations
1164        (Fu and Li's D/F, Tajima's D) are in Bio::PopGen::Statistics.
1165        Tests of population structure (Wright's F-statistic: Fst) is in
1166        Bio::PopGen::PopStats. Calculating composite linkage
1167        disequilibrium (LD) is available in Bio::PopGen::Statistics as
1168        well.
1169      - Bio::PopGen::IO for reading in prettybase (SeattleSNPs)
1170        and csv (comma delimited formatted) data.
1171
1172      - a directory for implementing population simulations has
1173        been added Bio::PopGen::Simulation and 2 simulations - a
1174        Coalescent and a simple single-locus multi-allele genetic drift
1175        simulation have been provided.  This replaces the code in
1176        Bio::Tree::RandomTree which has been deprecated until proper
1177        methods for generating random phylogenetic trees are
1178        implemented.
1179
1180    o Bio::Restriction
1181       - new restrion analysis modules
1182
1183    o Bio::Tools::Analysis
1184       - web based DNA and Protein analysis framework and several
1185         implementations
1186
1187    o Bio::Seq::Meta
1188      - per residue annotable sequences
1189
1190    o Bio::Matrix
1191       - Bio::Matrix::PSM - Position Scoring Matrix
1192       - Bio::Matrix::IO has been added for generalized parsing of
1193         matrix data.  Matrix::IO::scoring and Matrix::IO::phylip are
1194         initial implementations for parsing BLOSUM/PAM and Phylip
1195         Distance matricies respectively.  A generic matrix
1196         implementation for general use was added in
1197         Bio::Matrix::Generic.
1198
1199    o Bio::Ontology
1200      - major changes
1201
1202    o Bio:Tree
1203
1204    o Bio::Tools::SiRNA, Bio::SeqFeature::SiRNA
1205      - small inhibitory RNA
1206
1207    o Bio::SeqFeature::Tools
1208      - seqFeature mapping tools
1209      - Bio::SeqFeature::Tools::Unflattener.pm
1210        -- deal with mapping GenBank feature collections into
1211           Chado/GFF3 processable feature sets (with SO term mappings)
1212
1213    o Bio::Tools::dpAlign
1214      - pure perl dynamic programming sequence alignment
1215      - needs Bioperl-ext
1216
1217    o new Bio::SearchIO formats
1218      - axt and psl:  UCSC formats.
1219      - blasttable: NCBI -m 8 or -m 9 format from blastall
1220
1221    o new Bio::SeqIO formats
1222      - chado, tab, kegg, tigr, game
1223      - important fixes for old modules
1224
1225    o Bio::AlignIO: maf
1226
1227    o improved Bio::Tools::Genewise
1228
1229    o Bio::SeqIO now can recongnize sequence formats automatically from
1230      stream
1231
1232    o new parsers in Bio::Tools:
1233       Blat, Geneid, Lagan, Mdust, Promoterwise, PrositeScan,
1234
1235    o Bio::DB::Registry bugs fixed
1236      - BerkeleyDB-indexed flat files can be used by the OBDA system
1237      - Multiple seqdatabase.ini locations in OBDA_SEARCH_PATH are all
1238        used by the OBDA system
1239
1240    o several new HOWTOs
1241      - SimpleWebAnalysis, Trees, Feature Annotation, OBDA Access, Flat
1242        Databases
1243
1244    o hundreds of new and improved files
1245
1246
1247    o
1248    o Bio::Tree::AlleleNode has been updated to be a container of
1249      an Bio::PopGen::Individual object for use in the Coalescent simulations.
1250
1251
1252 1.2 Branch
1253
1254 1.2.3 Stable release update
1255     o Bug #1475 - Fix and add speedup to spliced_seq for remote location
1256                   handling.
1257     o Bug #1477 - Sel --> Sec abbreviation fixed
1258     o Fix bug #1487 where paring in-between locations when
1259       end < start caused the FTLocationFactory logic to fail.
1260     o Fix bug #1489 which was not dealing with keywords as an
1261       arrayref properly (this is fixed on the main trunk because
1262       keywords returns a string and the array is accessible via
1263       get_keywords).
1264     o Bio::Tree::Tree memory leak (bug #1480) fixed
1265       Added a new initialization option -nodelete which
1266       won't try and cleanup the containing nodes if this
1267       is true.
1268      o Bug with parsing labeled nodes with Bio::TreeIO::newick fixed
1269        this was only present on the branch for the 1.2.1 and 1.2.2 series
1270        - Also merged main trunk changes to the branch which make
1271          newick -> nhx round tripping more effective (storing branch length
1272          and bootstrap values in same locate for NodeNHX and Node
1273          implementations.)  Fixes to TreeIO parsing for labeled internal
1274          also required small changes to TreeIO::nhx.  Improved
1275          tests for this module as well.
1276     o Bio::SearchIO
1277       - Fixed bugs in BLAST parsing which couldn't parse NCBI
1278         gapped blast properly (was losing hit significance values due to
1279         the extra unexpeted column).
1280       - Parsing of blastcl3 (netblast from NCBI) now can handle case of
1281         integer overflow (# of letters in nt seq dbs is > MAX_INT)
1282         although doesn't try to correct it - will get the negative
1283         number for you.  Added a test for this as well.
1284       - Fixed HMMER parsing bug which prevented parsing when a hmmpfam report
1285         has no top-level family classification scores but does have scores and
1286         alignments for individual domains.
1287       - Parsing FASTA reports where ungapped percent ID is < 10 and the
1288         regular expression to match the line was missing the possibility of
1289         an extra space.  This is rare, which is why we probably did not
1290         catch it before.
1291       - BLAST parsing picks up more of the statistics/parameter fields
1292         at the bottom of reports.  Still not fully complete.
1293       - SearchIO::Writer::HTMLResultWriter and TextResultWriter
1294         were fixed to include many improvements and added flexiblity
1295         in outputting the files.  Bug #1495 was also fixed in the process.
1296      o Bio::DB::GFF
1297       - Update for GFF3 compatibility.
1298       - Added scripts for importing from UCSC and GenBank.
1299       - Added a 1.2003 version number.
1300      o Bio::Graphics
1301       - Updated tutorial.
1302       - Added a 1.2003 version number.
1303      o SeqIO::swiss Bug #1504 fixed with swiss writing which was not
1304        properly writing keywords out.
1305      o Bio::SeqIO::genbank
1306       - Fixed bug/enhancement #1513 where dates of
1307         the form D-MMM-YYYY were not parsed.  Even though this is
1308         invalid format we can handle it - and also cleanup the date
1309         string so it is properly formatted.
1310       - Bug/enhancement #1517 fixed so that SEGMENT line can be parsed
1311         and written with Genbank format.  Similarly bug #1515 is fixed to
1312         parse in the ORIGIN text.
1313      o Bio::SeqIO::fasta, a new method called preferred_id_type allows you
1314        to specify the ID type, one of (accession accession.version
1315        display primary).  See Bio::SeqIO::preferred_id_type method
1316        documentation for more information.
1317      o Unigene parsing updated to handle file format changes by NCBI
1318
1319 1.2.2 Stable release update
1320
1321     o A series of bug fixes of the Bio::OntologyIO dagflat-related parsers:
1322       - auto-discover ontology name
1323       - bug in parsing relationships when certain characters are in the term
1324       - fixed hard-coded prefix for term identifiers
1325       - various smaller issues
1326
1327     o Fixed bug in Bio::Annotation::OntologyTerm of not implementing all
1328       of Bio::Ontology::TermI
1329
1330     o brought the OBDA Registry code up to latest specs
1331
1332     o Bio::DB::GenBank
1333       - eutils URL change
1334       - accession number retrieval fixed
1335
1336     o Bio::SearchIO::blast - fix bug #1443 (missing last hits), parse megablast
1337
1338     o Bio::SearchIO::Writer::(HTML|Text)ResultWriter fix bugs #1458,
1339       #1459 which now properly report alignment start/end info
1340       for translated BLAST/FASTA searches.
1341
1342     o Bio::TreeIO::newick can parse labeled internal nodes
1343
1344     o Bio::Tools::BPbl2seq can properly report strand info for HSPs
1345       for BLASTX if if you provide -report_type => 'BLASTX' when
1346       initializing a BPbl2seq object.  Bioperl 1.3 will have better
1347       support for bl2seq in the SearchIO system.
1348
1349     o Bio::Root::IO support a -noclose boolean flag which will not
1350       close a filehandle upon object cleanup - useful when sharing
1351       a filehandle among objects.  Additionally code added s.t.
1352       STDOUT/STDIN/STDERR will never be closed by Root::IO cleanup.
1353
1354     o Bio::Tools::Genemark bug #1435 fixed which was missing last prediction
1355
1356     o Bio::SeqIO::genbank
1357       - bug #1456 fixed which generated extra sequence lines
1358       - write moltype correctly for genpept
1359
1360 1.2.1 Stable release update
1361
1362     o Inclusion of WrapperBase, a needed component for StandAloneBlast
1363
1364     o Addition from main trunk of Ontology objects, principly to allow
1365       BioSQL releases against 1.2.1
1366
1367     o Fixes and cleanup of Bio::Coordinate modules
1368
1369     o A fix to Bio::Index::EMBL allowing  retrieval of entries using
1370       the primary accession number
1371
1372     o Other bug fixes, including bpindex GenBank fix
1373
1374     o Bio::SeqIO::genbank bug #1389 fixed
1375
1376 1.2  Stable major release
1377
1378     o More functionality added to Bio::Perl, the newbie module
1379
1380     o Bug fixes in Bio::TreeIO::newick fixes bug introduced in 1.0.2
1381       Support for New Hampshire Extended (NHX) format parsing.
1382
1383     o Bio::Tools added support for parsing Genomewise, Pseudowise, Est2Genome,
1384       Tmhmm, SignalP, Seg, RepeatMasker, FootPrinter, and a lightweight
1385       Hmmpfam parser.
1386
1387     o New ontology parsing Bio::Ontology
1388
1389     o Bug fixes in Bio::SearchIO for HMMer parsing, support for
1390       multi-report (mlib) fasta reports, support for waba and exonerate.
1391
1392     o Bio::ClusterIO for parsing Unigene clusters
1393
1394     o Bio::Assembly added for representing phrap and ace assembly clusters.
1395
1396     o Rudimentary support for writing Chado XML (see
1397       GMOD project: www.gmod.org for more information)
1398
1399     o Bio::Coordinate for mapping between different coordinate systems such
1400       as protein -> cDNA -> Exon -> DNA and back.  Useful for mapping
1401       features into different coordinate systems.
1402
1403     o Bio::DB::GenBank/Bio::DB::GenPept now support Entrez queries
1404       with the get_Stream_by_query method and supports the latest
1405       NCBI eutils interface.
1406
1407     o Bugs fixed in Bio::SeqFeature::Collection an in-memory fast
1408       object for extracting subsets of features : currently only
1409       supports extraction by location.
1410
1411 1.1.1 Developer release
1412
1413     o Deprecated modules are now listed in the DEPRECATED file
1414
1415     o New HowTo documents located in doc/howto describing
1416       a domain of Bioperl.
1417
1418     o Note that bugs are now stored at redmine.open-bio.org/projects/bioperl/
1419       and all old bugs are searchable through the bugzilla interface.
1420
1421     o Several reported bugs in Bio::Tools::Sigcleave and Bio::SimpleAlign
1422       have been addressed.
1423
1424     o Support for Genewise parsing in Bio::Tools::Genewise
1425
1426     o Start of Ontology framework with Bio::Ontology
1427
1428     o Speedup to the Bio::Root::Root object method _rearrange.
1429       A global _load_module method was implemented to simplify the
1430       dynamic loading of modules ala Bio::SeqIO::genbank.  This
1431       method is now used by all the XXIO (AlignIO,TreeIO,SearchIO,SeqIO,
1432       etc).
1433
1434     o Several performance improvements to sequence parsing in Bio::SeqIO.
1435       Attempt to speedup by reducing object creation overhead.
1436
1437     o Bio::DB::GenBank and Bio::DB::GenPept use the NCBI's approved
1438       method for sequence retrieval with their E-utils CGI scripts.
1439       More work to support Entrez queries to their fullest is planned
1440       before 1.2 release.
1441
1442     o Numerous fixes to Bio::SearchIO and sequence parsing (swissprot)
1443
1444 1.1 Developer release
1445
1446     o Bio::Tools::Run has been broken off into a new pkg bioperl-run,
1447       this separation removes some of the complexity in our test suite
1448       and separates the core modules in bioperl from those that need
1449       external programs to run.
1450
1451     o With latest ExtUtils::MakeMaker module installed SGI/IRIX should
1452       not run into trouble running the makefile
1453
1454     o Bio::Location and Bio::SeqIO::FTHelper are fixed to properly
1455       read,create,and write locations for grouped/split locations
1456       (like mRNA features on genomic sequence).
1457
1458     o Bio::Tools::Phlyo added for wrappers for parsing Molphy (protml)
1459       and PAML (codeml,aaml, etc) parsing.
1460
1461     o Bio::Tree:: objects expanded to handle testing monophyly,
1462       paraphyly, least common ancestor, etc.
1463
1464     o Bio::Coordinate for mapping locations from different coordinate spaces
1465
1466     o Bio::SearchIO::waba added for parsing WABA, Bio::SearchIO::hmmer
1467       added for parsing hmmpfam and hmmsearch output.
1468
1469     o Bio::SearchIO::Writer::TextResultWriter for outputting
1470       a pseudo-blast textfile format
1471
1472
1473 1.0.2 Bug fix release
1474
1475     o Note: The modules Bio::DB::GenBank and Bio::DB::GenPept provided
1476       in this release will not work after December 2002 when NCBI
1477       shuts off the old Entrez cgi scripts.  We have already fixed
1478       on our main development branch and the functionality will be
1479       available in the next stable bioperl release (1.2) slated for
1480       Fall 2002.
1481
1482     o Numerous parsing bugs in Bio::SearchIO::fasta found through
1483       testset by Robin Emig.  These were fixed as was the get_aln
1484       method in Bio::Search::HSP::GenericHSP to handle the extra
1485       context sequence that is provided with a FastA alignment.
1486
1487     o Migrating differences between Bio::Search::XX::BlastXX to
1488       Bio::Search::XX::GenericXX objects.  This included mechanism
1489       to retrieve whole list of HSPs from Hits and whole list of Hits from
1490       Results in addition to the current next_XX iterator methods that
1491       are available.  Added seq_inds() method to GenericHSP which identifies
1492       indexes in the query or hit sequences where conserved,identical,gaps,
1493       or mismatch residues are located (adapted from Steve Chervitz's
1494       implementation in BlastHSP).
1495
1496     o Bio::DB::GFF bugs fixed and are necessary for latest GBrowse release.
1497       Bio::DB::GFF::RelSegment is now Bio::SeqI compliant.
1498
1499     o Bio::Graphics glyph set improved and extended for GBrowse release
1500
1501     o Bio::Tree::Tree get_nodes implementation improvement thanks
1502       to Howard Ross notice performance problem when writing out
1503       unbalanced trees.
1504
1505     o Bio::Location::Fuzzy::new named parameter -loc_type became
1506       -location_type, Bio::Location::Simple::new named parameter
1507       -seqid becamse -seq_id.
1508
1509     o Fixed major Bio::AlignIO::emboss parsing bug on needle output,
1510       was mis-detecting that gaps should be placed at the beginning of
1511       the alignment when the best alignment starts internally in the
1512       sequence.
1513
1514 1.0.1 Bug fix release
1515
1516     o Minor bug fixes to Bio::DB:GFF.  Glyph sets improved.
1517
1518     o Parser fixes in SearchIO blast, fasta for more complete WU BLAST
1519       and mixed (3.3 - 3.4) versions of FASTA.
1520
1521     o Small API change to add methods for completeness across
1522       implementations of Bio::Search objects.  These new methods
1523       in the interface are implemented by the GenericXX object as well
1524       as the BlastXX objects.
1525         * Bio::Search::Result::ResultI
1526          - hits() method returns list of all Hits (next_hit is an
1527            iterator method)
1528
1529         * Bio::Search::Hit::HitI
1530          - hsps() method returns list of all HSPs (next_hsp is an
1531            iterator method)
1532
1533     o The Bio::SearchIO::Writer classes have been fixed to handle results
1534        created from either psiblast (Search::BlastXX objects) or
1535        blast|fasta|blastxml objects (Search::GenericXX objects).  More work
1536        has to be done here to make it work properly and will nee major
1537        API changes.
1538
1539     o Bugs in Bio::Tools::HMMER fixed, including
1540        * #1178 - Root::IO destructor wasn't being called
1541        * #1034 - filter_on_cutoff now behaves properly
1542
1543     o Bio::SeqFeature::Computation initialization args fixed and
1544       tests added.
1545
1546     o Tests are somewhat cleaner, flat.t now properly cleans up after itsself,
1547
1548     o Updated FAQ with more example based answers to typical questions
1549
1550     o Bug #1202 was fixed which would improperly join together qual values
1551       parsed by Bio::SeqIO::qual when a trailing space was not present before
1552       the newline.
1553
1554 1.0.0 Major Stable Release
1555
1556   This represents a major release of bioperl with significant
1557   improvements over the 0.7.x series of releases.
1558
1559     o Bio::Tools::Blast is officially deprecated.  Please see
1560       Bio::SearchIO for BLAST and FastA parsing.
1561
1562     o The methods trunc() and subseq() in Bio::PrimarySeqI now accepts
1563       Bio::LocationI objects as well as start/end.
1564
1565     o Bio::Biblio contains modules for Bibliographic data.
1566       Bio::DB::Biblio contains the query modules.  Additionally one can
1567       parse medlinexml from the ebi bibliographic query service (BQS)
1568       system and Pubmed xml from NCBI.  See Martin Senger's
1569       documentation in Bio::Biblio for more information.
1570
1571     o Bio::DB::Registry is a sequence database registry part of
1572       Open Bioinformatics Database Access.  See
1573       http://obda.open-bio.org for more information.
1574
1575     o File-based and In-Memory Sequence caching is provided by
1576       Bio::DB::InMemoryCache and Bio::DB::FileCache which acts like a
1577       local database.
1578
1579     o Bio::Graphics for rendering sequences as PNG,JPG, or GIFs has
1580       been added by Lincoln Stein.
1581
1582     o XEMBL SOAP service access in provided in Bio::DB::XEMBL.
1583
1584     o A FAQ has been started and is included in the release to provide
1585       a starting point for frequent questions and issues.
1586
1587 0.9.3 Developer's release
1588
1589     o Event based parsing system improved (SearchIO).  With parsers for
1590       XML Blast (blastxml), Text Blast (blast), and FASTA results (fasta).
1591       Additionally a lazy parsing system for text and html blast reports was
1592       added and is called psiblast (name subject to change in future releases).
1593
1594     o Bio::Search objects improved and standardized with associated Interfaces
1595       written.  The concept of a search "Hit" was standardized to be called
1596       "hit" consistently and the use of "subject" was deprecated in all active
1597       modules.
1598
1599     o Bio::Structure added (since 0.9.1) for Protein structure objects
1600       and PDB parser to retrieve and write these structures from data files.
1601
1602     o Several important Bio::DB::GFF bug fixes for handling features that
1603       are mapped to multiple reference points.  Updated mysql adaptor
1604       so as to be able to store large (>100 megabase) chunks of DNA into
1605       Bio::DB::GFF databases.
1606
1607 0.9.2 Developer's release
1608
1609     o Bio::Search and Bio::SearchIO system introduced for event based
1610       parsing of Blast,Fasta reports Bio::SearchIO supports ncbi BLAST
1611       in text and XML and FASTA reports in standard output format.
1612
1613     o Bio::Tree and Bio::TreeIO for phylogenetic trees.  A Random tree
1614       generator is included in Bio::TreeIO::RandomTrees and a
1615       statistics module for evaluating.
1616
1617     o Bio::DB::GFF, Lincoln Stein's GFF database suitable as a DB
1618       server for DAS servers.
1619
1620     o Bio::Tools::BPlite is provides more robust parsing of BLAST
1621       files.  The entire BPlite system migrated to using Bio::Root::IO
1622       for the data stream.
1623
1624     o Bio::Tools::Alignment for Consed and sequence Trimming
1625       functionality.
1626
1627     o Bio::Structure for Protein structure information and parsing
1628
1629     o Bio::DB::GenBank/Bio::DB::GenPept updated to new NCBI Entrez
1630       cgi-bin entry point which should be more reliable.
1631
1632     o Bio::Map and Bio::MapIO for biological map navigation and a
1633       framework afor parsing them in.  Only preliminary work here.
1634
1635     o Interface for executing EMBOSS programs locally in Bio::Factory::EMBOSS
1636       Future work will integrate Pise and allow submission of analysis on
1637       remote servers.
1638
1639     o Bio::AnnotationCollectionI and Bio::Annotation::Collection
1640       introduced as new objects for handling Sequence Annotation
1641       information (dblinks, references, etc) and is more robust that
1642       previous system.
1643
1644     o Bio::Tools::FASTAParser introduced.
1645
1646     o Scripts from the bioperl script submission project and new
1647       scripts from bioperl authors are included in "scripts" directory.
1648
1649     o Factory objects and interfaces are being introduced and are more
1650       strictly enforced.
1651
1652     o Bio::Root::Root introduced as the base object while
1653       Bio::Root::RootI is now simply an interface.
1654
1655     o Bio::DB::RefSeq provides database access to copy of the NCBI
1656       RefSeq database using the EBI dbfetch script.
1657
1658 0.9.0 Developer's release
1659
1660     o perl version at least 5.005 is now required instead of perl 5.004
1661
1662     o Bio::Tools::Run::RemoteBlast is available for running remote
1663       blast jobs at NCBI.
1664
1665     o Bio::Tools::BPbl2seq was fixed to handle multiple HSPs.
1666
1667     o Bio::SeqFeature::GeneStructure migrated to Bio::SeqFeature::Gene.
1668       Also added are related modules UTR3, UTR5, Exon, Intron,
1669       Promotor, PolyA and Transcript.
1670
1671     o Speedup of translate method in PrimarySeq
1672
1673     o Bio::SimpleAlign has new methods: location_from_column(), slice(),
1674       select(), dot(), get_seq_by_pos(), column_from_residue_number()
1675
1676     o Various fixes to Variation toolkit
1677
1678     o Bio::DB::EMBL provides database access to EMBL sequence data.
1679       Bio::DB::Universal provides a central way to point to indexes
1680       and dbs in a single interface.
1681
1682     o Bio::DB::GFF - a database suitable for running DAS servers locally.
1683
1684     o Bio::Factory::EMBOSS is still in design phase as is
1685       Bio::Factory::ApplicationFactoryI
1686
1687     o Dia models for bioperl design are provided in the models/ directory
1688
1689 0.7.2 Bug fix release
1690
1691     o documentation fixes in many modules - SYNOPSIS code verified
1692       to be runnable in many (but not all modules)
1693
1694     o corrected MANIFEST file from 0.7.1 release
1695
1696     o Bug fix in Bio::SeqIO::FTHelper to properly handle
1697       split locations
1698
1699     o Bio::SeqIO::genbank
1700         * Correct parsing and writing of genbank format with protein data
1701         * moltype and molecule separation
1702
1703     o Bio::SeqIO::largefasta fix to avoid inifinite loops
1704
1705     o Bio::SimpleAlign fixed to correctly handle consensus
1706       sequence calculation
1707
1708     o Bio::Tools::HMMER supports hmmer 2.2g
1709
1710     o Bio::Tools::BPlite to support report type specific parsing.  Most
1711       major changes are not on the 0.7 branch.
1712
1713     o Bio::Tools::Run::StandAloneBlast exists_blast() fixed and works
1714       with File::Spec
1715
1716     o Bio::Variation::AAChange/RNAChange corrected labels and mutated alleles
1717         in several types of mutations:
1718         1.) AA level: deletion, complex
1719         2.) AA level: complex, inframe
1720         3.) RNA level: silent
1721
1722     o  BPbl2seq parsing of empty reports will not die, but will return
1723        a valid, empty, Bio::SeqFeature::SimilarityFeature for
1724        $report->query() and $report->subject() methods.  So an easy
1725        way to test if report was empty is to see if
1726        $report->query->seqname is undefined.
1727
1728 0.7.1 Bug fix release
1729
1730     o Better parsing of genbank/EMBL files especially fixing bugs
1731       related to Feature table parsing and locations on remote
1732       sequences.  Additionally, species name parsing was better.
1733
1734     o Bio::SeqIO::genbank can parse now NCBI produced genbank database
1735       which include a number of header lines.
1736
1737     o More strict genbank and EMBL format writing (corrected number of
1738       spaces where appropriate).
1739
1740     o Bio::Tools::BPlite can better parse BLASTX reports - see BUGS
1741       for related BPlite BUGS that are unresolved in this release.
1742
1743     o Bio::DB::GenBank, Bio::DB::GenPept have less problems
1744       downloading sequences from NCBI via HTTP.  Bio::DB::SwissProt can
1745       use expasy mirrors or EBI dbfetch cgi-script.
1746
1747     o A moderate number of documentation improvements were made as
1748       well to provide a better code synopsis in each module.
1749
1750
1751 0.7  Large number of changes, including refactoring of the
1752      Object system, new parsers, new functionality and
1753      all round better system. Highlights are:
1754
1755
1756      o Refactored root of inheritance: moved to a lightweight Bio::Root::RootI;
1757        Bio::Root::IO for I/O and file/handle capabilities.
1758
1759      o Imported BPlite modules from Ian Korf for BLAST
1760        parsing. This is considered the supported BLAST parser;
1761        Bio::Tools::Blast.pm will eventually phase out due to lack of support.
1762
1763      o Improved Sequence Feature model. Added complete location
1764        modelling (with fuzzy and compound locations).  See
1765        Bio::LocationI and the modules under Bio/Location.  Added
1766        support in Genbank/EMBL format parsing to completely parse
1767        feature tables for complex locations.
1768
1769      o Moved special support for databanks etc to specialized modules under
1770        Bio/Seq/. One of these supports very large sequences through
1771        a temporary file as a backend.
1772
1773      o Explicit Gene, Transcript and Exon SeqFeature objects, supporting
1774        CDS retrieval and exon shuffling.
1775
1776      o More parsers: Sim4, Genscan, MZEF, ESTScan, BPbl2seq, GFF
1777
1778      o Refactored Bio/DB/GenBank+GenPept. There is now also DB/SwissProt and
1779        DB/GDB (the latter has platform-specific limitations).
1780
1781      o New analysis parser framework for HT sequence annotation (see
1782        Bio::SeqAnalysisParserI and Bio::Factory::SeqAnalysisParserFactory)
1783
1784      o New Alignment IO framework
1785
1786      o New Index modules (Swissprot)
1787
1788      o New modules for running Blast within perl
1789        (Bio::Tools::Run::StandAloneBlast). Added modules for running
1790        Multiple Sequence Alignment tools ClustalW and TCoffee
1791        (Bio::Tools::Run::Alignment).
1792
1793      o New Cookbook-style tutorial (see bptutorial.pl). Improved
1794        documentation across the package.
1795
1796      o Much improved cross platform support. Many known incompatibilities
1797        have been fixed; however, NT and Mac do not work across the entire
1798        setup (see PLATFORMS).
1799
1800      o Many bug fixes, code restructuring, etc. Overall stability and
1801        maintainability benefit a lot.
1802
1803      o A total of 957 automatic tests
1804
1805
1806 0.6.2
1807
1808    There are very few functionality changes but a large
1809    number of software improvements/bug fixes across the package.
1810
1811    o The EMBL/GenBank parsing are improved.
1812
1813    o The Swissprot reading is improved. Swissprot writing
1814      is disabled as it doesn't work at all. This needs to
1815      wait for 0.7 release
1816
1817    o BLAST reports with no hits are correctly parsed.
1818
1819    o Several other bugs of the BLAST parser (regular expressions, ...)
1820      fixed.
1821
1822    o Old syntax calls have been replaced with more modern syntax
1823
1824    o Modules that did not work at all, in particular the Sim4
1825      set have been removed
1826
1827    o Bio::SeqFeature::Generic and Bio::SeqFeature::FeaturePair
1828      have improved compliance with interface specs and documentation
1829
1830    o Mailing list documentation updated throughout the distribution
1831
1832    o Most minor bug fixes have happened.
1833
1834    o The scripts in /examples now work and have the modern syntax
1835      rather than the deprecated syntax
1836
1837
1838 0.6.1  Sun April 2 2000
1839
1840    o Sequences can have Sequence Features attached to them
1841         - The sequence features can be read from or written to
1842           EMBL and GenBank style flat files
1843
1844    o Objects for Annotation, including References (but not
1845      full medline abstracts), Database links and Comments are
1846      provided
1847
1848    o A Species object to represent nodes on a taxonomy tree
1849      is provided
1850
1851    o The ability to parse HMMER and Sim4 output has been added
1852
1853    o The Blast parsing has been improved, with better PSI-BLAST
1854      support and better overall behaviour.
1855
1856    o Flat file indexed databases provide both random access
1857      and sequential access to their component sequences.
1858
1859    o A CodonTable object has been written with all known
1860      CodonTables accessible.
1861
1862    o A number of new lightweight analysis tools have been
1863      added, such as molecular weight determination.
1864
1865     The 0.6 release also has improved software engineering
1866
1867    o The sequence objects have been rewritten, providing more
1868      maintainable and easier to implement objects. These
1869      objects are backwardly compatible with the 0.05.1 objects
1870
1871    o Many objects are defined in terms of interfaces and then
1872      a Perl implementation has been provided. The interfaces
1873      are found in the 'I' files (module names ending in 'I').
1874
1875      This means that it is possible to wrap C/CORBA/SQL access
1876      as true "bioperl" objects, compatible with the rest of
1877      bioperl.
1878
1879    o The SeqIO system has been overhauled to provide better
1880      processing and perl-like automatic interpretation of <>
1881      over arguments.
1882
1883    o Many more tests have been added (a total of 172 automatic
1884      tests are now run before release).
1885
1886
1887
1888 0.05.1 Tue Jun 29 05:30:44 1999
1889         - Central distribution now requires Perl 5.004. This was
1890           done to get around 5.003-based problems in Bio/Index/*
1891           and SimpleAlign.
1892         - Various bug fixes in the Bio::Tools::Blast modules
1893           including better exception handling and PSI-Blast
1894           support. See Bio/Tools/Blast/CHANGES for more.
1895         - Fixed the Parse mechanism in Seq.pm to use readseq.
1896           Follow the instructions in README for how to install
1897           it (basically, you have to edit Parse.pm).
1898         - Improved documentation of Seq.pm, indicating where
1899           objects are returned and where strings are returned.
1900         - Fixed uninitialized warnings in Bio::Root::Object.pm
1901           and Bio::Tools::SeqPattern.pm.
1902         - Bug fixes for PR#s: 30,31,33-35,41,42,44,45,47-50,52.
1903
1904 0.05  Sun Apr 25 01:14:11 1999
1905         - Bio::Tools::Blast modules have less memory problems
1906           and faster parsing. Webblast uses LWP and supports
1907           more functionality. See Bio/Tools/Blast/CHANGES for more.
1908         - The Bio::SeqIO system has been started, moving the
1909           sequence reformatting code out of the sequence object
1910         - The Bio::Index:: system has been started, providing
1911           generic index capabilities and specifically works for
1912           Fasta formatted databases and EMBL .dat formatted
1913           databases
1914         - The Bio::DB:: system started, providing access to
1915           databases, both via flat file + index (see above) and
1916           via http to NCBI
1917         - The scripts/ directory, where industrial strength scripts
1918           are put has been started.
1919         - Many changes - a better distribution all round.
1920
1921 0.04.4  Wed Feb 17 02:20:13 1999
1922         - Bug fixes in the Bio::Tools::Blast modules and postclient.pl
1923           (see Bio::Tools::Blast::CHANGES).
1924         - Fixed a bug in Bio::Tools::Fasta::num_seqs().
1925         - Beefed up the t/Fasta.t test script.
1926         - Small fix in Bio::Seq::type() (now always returns a string).
1927         - Changed Bio::Root::Utilities::get_newline_char() to
1928           get_newline() since it could return more than one char.
1929         - Added $NEWLINE and $TIMEOUT_SECS to Bio::Root::Global.
1930         - Changed default timeout to 20 seconds (was 3).
1931         - Moved lengthy modification notes to the bottom of some files.
1932         - Fixed SimpleAlign write_fasta bug.
1933         - Beefed up SimpleAlign.t test
1934
1935 0.04.3  Thu Feb  4 07:48:53 1999
1936         - Bio::Root::Object.pm and Global.pm now detect when
1937           script is run as a CGI and suppress output that is only
1938           appropriate when running interactively.
1939         - Bio::Root::Err::_set_context() adds name of script ($0).
1940         - Added comments in Bio::Tools::WWW.pm and Bio::Root::Utilities.pm
1941           regarding the use of the static objects via the qw(:obj) tag.
1942         - Fixed the ambiguous reverse calls in Seq.pm and UnivAln.pm to
1943           CORE::reverse, avoiding Perl warnings.
1944         - Bug fixes in Bio::Tools::Blast modules (version 0.074) and
1945           example scripts (see Bio::Tools::Blast::CHANGES).
1946         - examples/seq/seqtools.pl no longer always warns about using
1947           -prot or -nucl command-line arguments; only when using the
1948           -debug argument.
1949         - Methods added to Bio::Root::Utilities: create_filehandle(),
1950           get_newline_char(), and taste_file() to generalize filehandle
1951           creation and autodetect newline characters in files/streams
1952           (see bug report #19).
1953         - Bio::Root::IOManager::read() now handles timeouts and uses
1954           Utilities::create_filehandle().
1955         - Bio::Tools::Fasta.pm uses Utilities::get_newline_char() instead
1956           of hardwiring in "\n".
1957         - Bug fixes in the Bio::SimpleAlign and Bio::Tools::pSW
1958
1959 0.04.2  Wed Dec 30 02:27:36 1998
1960         - Bug fixes in Bio::Tools::Blast modules, version 0.073
1961           (see Bio::Tools::Blast::CHANGES).
1962         - Changed reverse calls in Bio/Seq.pm and Bio/UnivAln.pm
1963           to CORE::reverse (prevents ambiguous warnings with 5.005).
1964         - Appending '.tmp.bioperl' to temporary files created by
1965           Bio::Root::Utilities::compress() or uncompress() to
1966           make it easy to identify & cleanup these files as needed.
1967         - Developers: Created CVS branch release-0-04-bug from
1968           release-0-04-1. Before making bug fixes to the 0.04.1 release,
1969           be sure to cvs checkout this branch into a clean area.
1970
1971 0.04.1  Wed Dec 16 05:39:15 1998
1972         - Bug fixes in Bio::Tools::Blast modules, version 0.072
1973           (see Bio::Tools::Blast::CHANGES).
1974         - Compile/SW/Makefile.PL now removes *.o and *.a files
1975           with make clean.
1976
1977 0.04  Tue Dec  8 07:49:19 1998
1978         - Lots of new modules added including:
1979            * Ewan Birney's Bio::SimpleAlign.pm, Bio::Tools::AlignFactory.pm,
1980              and Bio/Compile directory containing XS-linked C code for
1981              creating Smith-Waterman sequence alignments from within Perl.
1982            * Steve Chervitz's Blast distribution has been incorporated.
1983            * Georg Fuellen's Bio::UnivAln.pm for multiple alignment objects.
1984         - Bio/examples directory for demo scripts for all included modules.
1985         - Bio/t directory containing test suit for all included modules.
1986         - For changes specific to the Blast-related modules prior to
1987           incorporation in this central distribution, see the CHANGES
1988           file in the Bio/Tools/Blast directory.
1989
1990 0.01  Tue Sep  8 14:23:22 1998
1991         - original version from central CVS tree; created by h2xs 1.18