t/Ontology/GraphAdaptor.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7         use Bio::Root::Test;
   8
   9         test_begin(-tests => 28,
  10                            -requires_module => 'Graph');
  11
  12     use_ok('Bio::Ontology::SimpleGOEngine::GraphAdaptor');
  13 }
  14
  15 my $g=Bio::Ontology::SimpleGOEngine::GraphAdaptor->new();
  16 my $graph_version=( defined($Graph::VERSION) && $Graph::VERSION >= 0.5 )  ? 'new' : 'old';
  17 my $adaptor_class=$graph_version eq 'new' ?
  18   'Bio::Ontology::SimpleGOEngine::GraphAdaptor' : 'Bio::Ontology::SimpleGOEngine::GraphAdaptor02';
  19 is (ref $g, $adaptor_class);
  20
  21 $g->add_vertex('vertex0');
  22 ok($g->has_vertex('vertex0'));
  23 ok(!$g->has_vertex('vertex1'));
  24 my @v=$g->vertices;
  25 is (@v, 1);
  26 is ($v[0],'vertex0');
  27
  28 $g->add_edge('vertex0','vertex1');
  29 ok($g->has_edge('vertex0','vertex1'));
  30 ok(!$g->has_edge('vertex0','vertex'));
  31 my @e=$g->edges;
  32 is (@e, 1);
  33 is ($e[0]->[0],'vertex0');
  34 is ($e[0]->[1],'vertex1');
  35
  36 @e=$g->edges_at('vertex0');
  37 is (@e, 1);
  38 is ($e[0]->[0], 'vertex0');
  39 is ($e[0]->[1], 'vertex1');
  40
  41 @v=$g->predecessors('vertex1');
  42 is (@v, 1);
  43 is ($v[0],'vertex0');
  44
  45 @v=$g->successors('vertex0');
  46 is(@v, 1);
  47 is ($v[0],'vertex1');
  48
  49 @v=$g->source_vertices;
  50 is(@v,1);
  51 is($v[0],'vertex0');
  52
  53 @v=$g->sink_vertices;
  54 is(@v, 1);
  55 is($v[0],'vertex1');
  56
  57 $g->set_vertex_attribute('vertex0','ATTR0','vertex0_ATTR0');
  58 $g->set_vertex_attribute('vertex0','ATTR1','vertex0_ATTR1');
  59 $g->set_vertex_attribute('vertex1','ATTR0','vertex1_ATTR0');
  60 $g->set_vertex_attribute('vertex1','ATTR1','vertex1_ATTR1');
  61 is ($g->get_vertex_attribute('vertex0','ATTR0'),'vertex0_ATTR0');
  62 is ($g->get_vertex_attribute('vertex0','ATTR1'),'vertex0_ATTR1');
  63 is ($g->get_vertex_attribute('vertex1','ATTR0'),'vertex1_ATTR0');
  64 is ($g->get_vertex_attribute('vertex1','ATTR1'),'vertex1_ATTR1');
  65
  66 $g->set_edge_attribute('vertex0','vertex1','ATTR0','vertex0_vertex1_ATTR0');
  67 $g->set_edge_attribute('vertex0','vertex1','ATTR1','vertex0_vertex1_ATTR1');
  68 is ($g->get_edge_attribute('vertex0','vertex1','ATTR0'),'vertex0_vertex1_ATTR0');
  69 is ($g->get_edge_attribute('vertex0','vertex1','ATTR1'),'vertex0_vertex1_ATTR1');