t/Ontology/OntologyEngine.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 my $ERROR_CLASS;
   7
   8 BEGIN {
   9     use Bio::Root::Test;
  10
  11     test_begin(
  12         -tests           => 31,
  13         -requires_module => 'Graph::Directed'
  14     );
  15
  16     $ERROR_CLASS = eval "require Error; 1" ? 1 : 0;
  17
  18     use_ok('Bio::Ontology::Term');
  19     use_ok('Bio::Ontology::Relationship');
  20     use_ok('Bio::Ontology::RelationshipType');
  21     use_ok('Bio::Ontology::SimpleOntologyEngine');
  22     use_ok('Bio::Ontology::Ontology');
  23 }
  24
  25 my $ont = Bio::Ontology::Ontology->new( -name => "My Ontology" );
  26
  27 my $eng = Bio::Ontology::SimpleOntologyEngine->new();
  28 $ont->engine($eng);
  29 isa_ok( $eng, "Bio::Ontology::OntologyEngineI" );
  30 is( $ont->engine, $eng );
  31
  32 my @terms = (
  33     [
  34         -identifier => "IPR000001",
  35         -name       => "Kringle",
  36         -definition => "Kringles are autonomous structural domains ...",
  37         -ontology   => $ont
  38     ],
  39     [
  40         -identifier => "IPR000002",
  41         -name       => "Cdc20/Fizzy",
  42         -definition => "The Cdc20/Fizzy region is almost always ...",
  43         -ontology   => $ont
  44     ],
  45     [
  46         -identifier => "IPR000003",
  47         -name       => "Retinoid X receptor",
  48         -definition => "Steroid or nuclear hormone receptors ...",
  49         -ontology   => $ont
  50     ],
  51     [
  52         -identifier => "IPR000004",
  53         -name       => "Test4",
  54         -definition => "Test4 definition ...",
  55         -ontology   => $ont
  56     ],
  57 );
  58
  59 for ( my $i = 0 ; $i < @terms ; $i++ ) {
  60     $terms[$i] = Bio::Ontology::Term->new( @{ $terms[$i] } );
  61     $ont->add_term( $terms[$i] );
  62 }
  63
  64 my $rel_type  = Bio::Ontology::RelationshipType->get_instance( "IS_A",    $ont );
  65 my $rel_type1 = Bio::Ontology::RelationshipType->get_instance( "PART_OF", $ont );
  66
  67 my @rels = (
  68     [
  69         -object_term    => $terms[0],
  70         -subject_term   => $terms[1],
  71         -predicate_term => $rel_type,
  72         -ontology       => $ont,
  73     ],
  74     [
  75         -object_term    => $terms[1],
  76         -subject_term   => $terms[2],
  77         -predicate_term => $rel_type,
  78         -ontology       => $ont,
  79     ],
  80     [
  81         -object_term    => $terms[0],
  82         -subject_term   => $terms[3],
  83         -predicate_term => $rel_type,
  84         -ontology       => $ont,
  85     ],
  86     [
  87         -object_term    => $terms[3],
  88         -subject_term   => $terms[2],
  89         -predicate_term => $rel_type,
  90         -ontology       => $ont,
  91     ],
  92 );
  93 my @bad_rels = (
  94     [
  95         -object_term    => undef,
  96         -subject_term   => $terms[2],
  97         -predicate_term => $rel_type,
  98         -ontology       => $ont,
  99     ],
 100     [
 101         -object_term    => $terms[1],
 102         -subject_term   => undef,
 103         -predicate_term => $rel_type,
 104         -ontology       => $ont,
 105     ],
 106     [
 107         -object_term    => $terms[1],
 108         -subject_term   => $terms[2],
 109         -predicate_term => $rel_type,
 110         -ontology       => $ont,
 111     ],
 112 );
 113
 114 $bad_rels[0] = Bio::Ontology::Relationship->new( @{ $bad_rels[0] } );
 115 if ($ERROR_CLASS) {
 116     throws_ok( sub { $ont->add_relationship( $bad_rels[0] ) },
 117     'Bio::Root::Exception',
 118     'adding a relationship with an undef object term fails');
 119 } else {
 120     throws_ok( sub { $ont->add_relationship( $bad_rels[0] ) }, qr/Exception/,
 121               'adding a relationship with an undef object term fails');
 122 }
 123 throws_ok( sub { $ont->add_relationship( $bad_rels[0] ) }, qr/MSG: cannot add relationship, relationship has no object_term/, 'adding a relationship with an undef object term fails');
 124
 125 $bad_rels[1] = Bio::Ontology::Relationship->new( @{ $bad_rels[1] } );
 126 if ($ERROR_CLASS) {
 127     throws_ok( sub { $ont->add_relationship( $bad_rels[1] ) },
 128     'Bio::Root::Exception',
 129     'adding a relationship with an undef subject term fails');
 130 } else {
 131     throws_ok( sub { $ont->add_relationship( $bad_rels[1] ) },
 132     qr/Exception/,
 133     'adding a relationship with an undef subject term fails');
 134 }
 135 throws_ok( sub { $ont->add_relationship( $bad_rels[1] ) }, qr/MSG: cannot add relationship, relationship has no subject_term/, 'adding a relationship with an undef subject term fails');
 136
 137 for ( my $i = 0 ; $i < @rels ; $i++ ) {
 138     $rels[$i] = Bio::Ontology::Relationship->new( @{ $rels[$i] } );
 139     $ont->add_relationship( $rels[$i] );
 140 }
 141
 142 my @child_terms =
 143     sort { $a->identifier() cmp $b->identifier(); } $ont->get_child_terms( $terms[0] );
 144 is( scalar(@child_terms), 2 );
 145 is( $child_terms[0],      $terms[1] );
 146 my @child_terms1 =
 147     sort { $a->identifier() cmp $b->identifier(); } $ont->get_child_terms( $terms[0], $rel_type );
 148 is( scalar(@child_terms), 2 );
 149 is( $child_terms1[0],     $terms[1] );
 150 is( scalar( $ont->get_child_terms( $terms[0], $rel_type1 ) ), 0 );
 151
 152 my @descendant_terms =
 153     sort { $a->identifier() cmp $b->identifier(); } $ont->get_descendant_terms( $terms[0] );
 154 is( scalar(@descendant_terms), 3 );
 155 is( $descendant_terms[1],      $terms[2] );
 156
 157 my @descendant_terms1 =
 158     sort { $a->identifier() cmp $b->identifier(); }
 159     $ont->get_descendant_terms( $terms[0], $rel_type );
 160 is( $descendant_terms1[1],      $terms[2] );
 161 is( scalar(@descendant_terms1), 3 );
 162 is( scalar( $ont->get_descendant_terms( $terms[0], $rel_type1 ) ), 0 );
 163
 164 my @parent_terms =
 165     sort { $a->identifier() cmp $b->identifier(); } $ont->get_parent_terms( $terms[1] );
 166 is( scalar(@parent_terms), 1 );
 167 is( $parent_terms[0],      $terms[0] );
 168
 169 my @ancestor_terms =
 170     sort { $a->identifier() cmp $b->identifier(); } $ont->get_ancestor_terms( $terms[2] );
 171 is( $ancestor_terms[0],      $terms[0] );
 172 is( scalar(@ancestor_terms), 3 );
 173 is( scalar( $ont->get_ancestor_terms( $terms[2], $rel_type ) ),  3 );
 174 is( scalar( $ont->get_ancestor_terms( $terms[2], $rel_type1 ) ), 0 );
 175
 176 my @leaf_terms = $ont->get_leaf_terms();
 177
 178 # print scalar(@leaf_terms)."\n";
 179 is( scalar(@leaf_terms), 1 );
 180 is( $leaf_terms[0],      $terms[2] );
 181
 182 my @root_terms = $ont->get_root_terms();
 183
 184 # print scalar(@root_terms)."\n";
 185 is( scalar(@root_terms), 1 );
 186 is( $root_terms[0],      $terms[0] );
 187
 188 #print $ont->engine->to_string();