t/Ontology/OntologyStore.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use Bio::Root::Test;
   8
   9     test_begin(-tests => 6,
  10                            -requires_module => 'Graph',
  11                            -requires_networking => 1);
  12
  13         use_ok('Bio::Ontology::OntologyStore');
  14 }
  15
  16 ok my $store = Bio::Ontology::OntologyStore->get_instance;
  17 SKIP: {
  18         my $ontology;
  19         eval {$ontology = $store->get_ontology(-name => 'Sequence Ontology');};
  20         skip "Couldn't get sequence ontology, network problems? Skipping these tests", 4 if $@;
  21         ok(scalar($ontology->get_root_terms()) == 1);
  22         my($txt) = $ontology->find_terms(-name => 'transcript');
  23         is $txt->identifier, 'SO:0000673';
  24         is $txt->name, 'transcript';
  25         is $txt->definition, 'An RNA synthesized on a DNA or RNA template by an RNA polymerase.';
  26 }