t/Ontology/RelationshipType.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use lib '.';
   8     use Bio::Root::Test;
   9
  10     test_begin(-tests => 23,
  11                -requires_module => 'Graph::Directed');
  12
  13     use_ok('Bio::Ontology::RelationshipType');
  14     use_ok('Bio::Ontology::Ontology');
  15 }
  16
  17 my $ont = Bio::Ontology::Ontology->new(-name => "relationship type");
  18
  19 my $IS_A     = Bio::Ontology::RelationshipType->get_instance("IS_A", $ont);
  20 my $PART_OF  = Bio::Ontology::RelationshipType->get_instance("PART_OF", $ont);
  21 my $CONTAINS = Bio::Ontology::RelationshipType->get_instance("CONTAINS", $ont);
  22 my $FOUND_IN = Bio::Ontology::RelationshipType->get_instance("FOUND_IN", $ont);
  23 my $IS_A2    = Bio::Ontology::RelationshipType->get_instance("IS_A", $ont);
  24
  25 isa_ok($IS_A, "Bio::Ontology::RelationshipType");
  26 isa_ok($IS_A, "Bio::Ontology::TermI");
  27
  28
  29 ok( ! $IS_A->equals( $PART_OF ) );
  30 ok( $IS_A->equals( $IS_A2 ) );
  31 ok( $PART_OF->equals( $PART_OF ) );
  32
  33
  34 is( $IS_A->identifier(), undef ); # don't make up identifiers
  35 is( $IS_A->name(), "IS_A" );
  36 is( $IS_A->definition(), "IS_A relationship predicate (type)" );
  37 is( $IS_A->ontology()->name(), "relationship type" );
  38
  39
  40 is( $PART_OF->identifier(), undef ); # don't make up identifiers
  41 is( $PART_OF->name(), "PART_OF" );
  42 is( $PART_OF->definition(), "PART_OF relationship predicate (type)" );
  43 is( $PART_OF->ontology()->name(), "relationship type" );
  44
  45
  46 is( $CONTAINS->identifier(), undef ); # don't make up identifiers
  47 is( $CONTAINS->name(), "CONTAINS" );
  48 is( $CONTAINS->definition(), "CONTAINS relationship predicate (type)" );
  49 is( $CONTAINS->ontology()->name(), "relationship type" );
  50
  51
  52 is( $FOUND_IN->identifier(), undef ); # don't make up identifiers
  53 is( $FOUND_IN->name(), "FOUND_IN" );
  54 is( $FOUND_IN->definition(), "FOUND_IN relationship predicate (type)" );
  55 is( $FOUND_IN->ontology()->name(), "relationship type" );