t/SearchIO/CigarString.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4
   5 use strict;
   6
   7 BEGIN {
   8     use lib '.';
   9         use Bio::Root::Test;
  10
  11         test_begin(-tests => 4);
  12
  13         use_ok('Bio::SearchIO');
  14 }
  15
  16 my $searchio = Bio::SearchIO->new(
  17          -format => 'blast',
  18     -file => test_input_file('blast.report')
  19 );
  20
  21 my @hsps = ();
  22 while(my $result = $searchio->next_result){
  23     while(my $hit = $result->next_hit){
  24         while(my $hsp = $hit->next_hsp){
  25             push @hsps, $hsp;
  26         }
  27     }
  28 }
  29
  30 my $first_hsp = shift @hsps;
  31 my $first_hsp_cigar_string = '504M';
  32 is $first_hsp->cigar_string, $first_hsp_cigar_string;
  33 is $first_hsp->cigar_string, $first_hsp_cigar_string; # fetch from hash
  34
  35 my $second_hsp = $hsps[0];
  36 my $second_hsp_cigar_string = '29M18I22M11I20MD33M4I22M3I25M5I21MI33MD14M';
  37 is $second_hsp->cigar_string, $second_hsp_cigar_string;