t/SearchIO/infernal.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id: SearchIO_infernal.t 14672 2008-04-22 21:42:50Z cjfields $
   3
   4 use strict;
   5 use warnings;
   6
   7 BEGIN {
   8     use lib '.';
   9     use Bio::Root::Test;
  10
  11     test_begin(-tests => 496);
  12
  13     use_ok('Bio::SearchIO');
  14 }
  15
  16 my ($in, $result, $iter, $hit, $hsp, $algorithm, $meta);
  17
  18 ### Infernal v. 1.1 ###
  19 {
  20     # one query vs one database sequence report
  21     $in = Bio::SearchIO->new(
  22         -format  => 'infernal',
  23         -file    => test_input_file('cmsearch_output.txt')
  24     );
  25     $result = $in->next_result;
  26     isa_ok($result, 'Bio::Search::Result::ResultI');
  27     is( ref($result), 'Bio::Search::Result::INFERNALResult', 'Check for the correct Result reference type');
  28     is( $result->algorithm,         'CMSEARCH',    'Check algorithm' );
  29     is( $result->algorithm_version, '1.1.1',       'Check cmsearch algorithm version' );
  30     is( $result->cm_name,           'RF00174.cm',  'Check cm_name');
  31     is( $result->database_name,     'NC_000913.fna','Check database_name' );
  32     is( $result->database_entries,  1,              'Check database_entries' );
  33     is( $result->database_letters,  9283304,        'Check database_letters' );
  34     is( $result->query_name,        'Cobalamin',    'Check query_name' );
  35     is( $result->query_length,      191,            'Check query_length' );
  36     is( $result->query_accession,   'RF00174',      'Check query_accession' );
  37     is( $result->query_description, '',             'Check query_description' );
  38     is( $result->num_hits(),        2,              'Check num_hits' );
  39
  40     # 1st hit
  41
  42     $hit = $result->next_hit;
  43     is( ref($hit), 'Bio::Search::Hit::ModelHit', 'Check for the correct hit reference type' );
  44     is( $hit->algorithm, 'CMSEARCH', "Hit algorithm");
  45     is( $hit->name,              'gi|556503834|ref|NC_000913.3|', 'Check hit name' );
  46     is( $hit->description,       'Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655, complete genome', 'Check hit description' );
  47     is( $hit->length,             0,       'Check hit length' );
  48     is( $hit->score,              98.2,    'Check hit score' );
  49     is( $hit->bits,               98.2,    'Check hit bits' );
  50     is( $hit->num_hsps,           1,       'Check number of HSPs' );
  51     float_is( $hit->significance, 8.7e-16, 'Check hit significance' );
  52     is($hit->rank,                1,       'Check hit rank' );
  53
  54     $hsp = $hit->next_hsp;
  55     is( ref($hsp), 'Bio::Search::HSP::ModelHSP', 'Check for correct hsp reference type' );
  56     isa_ok( $hsp, 'Bio::Search::HSP::HSPI' );
  57     isa_ok( $hsp->get_aln, 'Bio::Align::AlignI' );
  58     isa_ok( $hsp->hit,     'Bio::SeqFeature::Similarity', "Check for hsp hit isa seqfeature similarity" );
  59
  60     is( $hsp->hit->seq_id(),   'gi|556503834|ref|NC_000913.3|', 'Check for HSP hit seq_id' );
  61     is( $hsp->query->seq_id(), 'Cobalamin', 'Check for HSP query seq_id' );
  62     is( $hsp->start('query'),     1,       'Check hsp query start' );
  63     is( $hsp->end('query'),       191,     'Check hsp query end' );
  64     is( $hsp->start('hit'),       4163384, 'Check hsp hit start' );
  65     is( $hsp->end('hit'),         4163574, 'Check hsp hit end' );
  66     is( $hsp->score,              98.2,    'Check hsp score' );
  67     is( $hsp->bits,               98.2,    'Check hsp bits' );
  68     float_is( $hsp->significance, 8.7e-16, 'Check hsp evalue' );
  69
  70     is( $hsp->length('query'), 191, 'Check for hsp query length' );
  71     is( $hsp->length('hit'),   191, 'Check for hsp hit length' );
  72     is( $hsp->length,          207, 'Check for hsp total length' );
  73     is( $hsp->gaps('query'),   16,   'Check for hsp query gaps' );
  74     is( $hsp->gaps('hit'),     16,   'Check for hsp hit gaps' );
  75     is( $hsp->gaps,            32,   'Check for hsp total gaps' );
  76     is( $hsp->strand('hit'),      1,       'Check hsp hit strand' );
  77
  78     # 2nd hit
  79
  80     $hit = $result->next_hit;
  81     is( $hit->name,              'gi|556503834|ref|NC_000913.3|',                 'Check hit name' );
  82     is( $hit->description,       'Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655, complete genome','Check hit description' );
  83     is( $hit->score,              8.4,  'Check hit score' );
  84     is( $hit->raw_score,          8.4, "Check hit raw_score");
  85     is( $hit->bits,               8.4,    'Check hit bits' );
  86     float_is( $hit->significance, 0.63, 'Check hit significance' );
  87     is( $hit->length,             0,  'Check hit length' );
  88     is($hit->rank, 2, "Hit rank");
  89
  90     $hsp = $hit->next_hsp;
  91     is( $hsp->hit->seq_id(),   'gi|556503834|ref|NC_000913.3|', 'Check for hit seq_id' );
  92     is( $hsp->query->seq_id(), 'Cobalamin', 'Check for query seq_id' );
  93     is( $hsp->start('query'),     1,       'Check hsp query start' );
  94     is( $hsp->end('query'),       191,     'Check hsp query end' );
  95     is( $hsp->start('hit'),       4593356, 'Check hsp hit start' );
  96     is( $hsp->end('hit'),         4593565, 'Check hsp hit end' );
  97     is( $hsp->score,              8.4,     'Check hsp score' );
  98     is( $hsp->bits,               8.4,     'Check hsp bits' );
  99     float_is( $hsp->significance, 0.63,    'Check hsp evalue' );
 100
 101     is( $hsp->gaps('query'),   67,   'Check for hsp query gaps' );
 102     is( $hsp->gaps('hit'),     48,   'Check for hsp hit gaps' );
 103     is( $hsp->gaps,            115,   'Check for hsp total gaps' );
 104     is( $hsp->strand('hit'),      1,       'Check hsp hit strand' );
 105
 106     is( $hsp->noncanonical_string,
 107         '               v                                    v             v   v        v       v  v       vvvvvv     vvv    vvv                                   vvv      vvvvvvvvv                                              v  v                    v               ',
 108         'Check for NC string');
 109     is( $hsp->meta,
 110         ':::::::::::::::[[[[[[,<<<____________>>>,,,,,(((,,,<<<<<_______>>>>>,,<<<____>>>,<<<---<<<<.------<<<<<<-----<<<-<<<<<<_____............................._>>>>>>--->>>>>>>>>----------....................................>>>>----.>>>,,,,)))]]]]]]:::::::::::::::',
 111         'Check for CS string');
 112     is( $hsp->query_string,
 113         'uuaaauugaaacgaugauGGUuccccuuuaaagugaaggguuAAaaGGGAAcccGGUGaaAaUCCgggGCuGcCCCCgCaACuGUAAgcGg.agagcaccccccAauAaGCCACUggcccgcaa.............................gggccGGGAAGGCggggggaaggaaugac....................................cCgcgAGc.CaGGAGACCuGCCaucaguuuuugaaucucc',
 114         'Check for query string');
 115     is( $hsp->homology_string,
 116         '  A AUU+A+++    :UGG  :C +U ++  G     G: +AA : GGAA:  G         C  :+  GCCCCCGC +C GU+A ::     GCA ++ ++ A   GCCA   G+C G                                                                                                  :: +AG+ C GGA AC : CCA:  + + + + AU    ',
 117         'Check for homology string');
 118     is( $hsp->hit_string,
 119         'GGAGAUUAAUCUUUACGUGGG-UCGUUGAUCGG---CUGACGAACCAGGAAGAUGU-------ACGCCAGUGCCCCCGCUGCGGUGACGCAa-CCGCAGAUGAUUAGU-GCCA---GACGG---aaugagugggugguaucaacaauaaaacc-----------------------------aguaaugaucggcgcaaaagaggcgcagaugaagcuGGCAAAGUuCUGGAUACUGCCCACCGACGCAGUCAUGCGA',
 120         'Check for hit string');
 121     is( $hsp->posterior_string,
 122         '*********************.88877554444...5777779*********9996.......7999********************88873.333333333333333.4544...33333...44566655444444444444444444444.............................566666666666666666666666677777777776788899966*******************************',
 123         'Check for posterior probability string');
 124
 125     isa_ok($hsp->feature1, 'Bio::SeqFeature::Similarity');
 126     isa_ok($hsp->feature2, 'Bio::SeqFeature::Similarity');
 127     ($meta) = $hsp->feature1->get_tag_values('meta');
 128     is($meta, ':::::::::::::::[[[[[[,<<<____________>>>,,,,,(((,,,<<<<<_______>>>>>,,<<<____>>>,<<<---<<<<.------<<<<<<-----<<<-<<<<<<_____............................._>>>>>>--->>>>>>>>>----------....................................>>>>----.>>>,,,,)))]]]]]]:::::::::::::::', "Check hsp feature1 get_tag_values");
 129     ($meta) = $hsp->feature2->get_tag_values('meta');
 130     is($meta, ':::::::::::::::[[[[[[,<<<____________>>>,,,,,(((,,,<<<<<_______>>>>>,,<<<____>>>,<<<---<<<<.------<<<<<<-----<<<-<<<<<<_____............................._>>>>>>--->>>>>>>>>----------....................................>>>>----.>>>,,,,)))]]]]]]:::::::::::::::', "Check hsp feature2 get_tag_values");
 131
 132     $result = $in->next_result;
 133     is( $result, undef, 'Check for undefined result' );
 134
 135
 136     # multi query vs multi sequence database report
 137     $in = Bio::SearchIO->new(
 138         -format  => 'infernal',
 139         -file    => test_input_file('cmsearch.multi.out')
 140     );
 141       # 1st query
 142     $result = $in->next_result;
 143     is( $result->num_hits,   12, 'Check result num_hits - multi report');
 144     is( $result->query_name, 'tRNA5', 'Check result query_name - multi report');
 145     $hit = $result->next_hit;
 146     is( $hit->length,        72, 'Check hit length - multi report' );
 147
 148       # 2nd query
 149     $result = $in->next_result;
 150     is( $result->num_hits,   1, 'Check result#2 num_hits - multi report');
 151     is( $result->query_name, 'Cobalamin', 'Check result#2 query_name - multi report');
 152     $hit = $result->next_hit;
 153     is( $hit->length,        0, 'Check result#2 hit length - multi report' );
 154     $hsp = $hit->next_hsp;
 155     is( $hsp->strand('hit'), -1, 'Check result#2 hsp hit strand - multi report');
 156
 157
 158     # report with no hits
 159     $in = Bio::SearchIO->new(
 160         -format  => 'infernal',
 161         -file    => test_input_file('cmsearch.nohit.out')
 162     );
 163     $result = $in->next_result;
 164     is( $result->cm_name, 'Cobalamin.c.cm', 'Check cm_name' );
 165     $hit = $result->next_hit;
 166     is( $hit, undef, 'Check for undefined hit' );
 167
 168 }
 169
 170
 171 ### Infernal v. 1.0 ####
 172
 173 my $searchio = Bio::SearchIO->new( -format => 'infernal',
 174                                 -file   => test_input_file('test2.infernal'),
 175                                 -model => 'tRNAtest',
 176                                 -query_acc => 'RF01234',
 177                                 -query_desc => 'tRNA',
 178                                );
 179
 180 $result = $searchio->next_result;
 181 isa_ok($result, 'Bio::Search::Result::ResultI');
 182 is($result->algorithm, 'CMSEARCH', "Result");
 183 is($result->algorithm_reference, undef, "Result reference");
 184 is($result->algorithm_version, '1.0', "Result version");
 185 is($result->available_parameters, 0, "Result parameters");
 186 is($result->available_statistics, 0, "Result statistics");
 187 is($result->database_entries, '', "Result entries");
 188 is($result->database_letters, 600000, "Result letters");
 189 is($result->database_name, 'tosearch.300Kb.db',
 190    "Result database_name");
 191 is($result->num_hits, 1, "Result num_hits");
 192 is($result->program_reference, undef, "Result program_reference");
 193 is($result->query_accession, 'RF01234', "Result query_accession");
 194 is($result->query_description, 'tRNA', "Result query_description");
 195 is($result->query_length, 72, "Result query_length");
 196 is($result->query_name, 'trna.5-1', "Result query_name");
 197
 198 $hit = $result->next_hit;
 199
 200 isa_ok($hit, 'Bio::Search::Hit::HitI');
 201 is($hit->ncbi_gi, '', "Hit GI");
 202 is($hit->accession, 'example', "Hit accession");
 203 is($hit->algorithm, 'CMSEARCH', "Hit algorithm");
 204 is($hit->bits, '78.06', "Hit bits");
 205 is($hit->description, '', "Hit description"); # no hit descs yet
 206 is($hit->locus, '', "Hit locus");
 207 is($hit->n, 3, "Hit n");
 208 is($hit->name, 'example', "Hit name");
 209 is($hit->num_hsps, 3, "Hit num_hsps");
 210
 211 # These Bio::Search::Hit::HitI methods are currently unimplemented in
 212 # Bio::Search::Hit::ModelHit; they may be integrated over time but will require
 213 # some reconfiguring for Model-based searches
 214
 215 # these need to be replaced by dies_ok() or warnings_like()
 216 warning_like { $hit->length_aln() }
 217     qr'length_aln not implemented for Model-based searches',
 218     "Hit length_aln() not implemented";
 219 warning_like {$hit->num_unaligned_hit}
 220     qr'num_unaligned_hit/num_unaligned_sbjct not implemented for Model-based searches',
 221     "Hit num_unaligned_hit() not implemented";
 222 warning_like {$hit->num_unaligned_query}
 223     qr'num_unaligned_query not implemented for Model-based searches',
 224     "Hit num_unaligned_query() not implemented";
 225 warning_like {$hit->num_unaligned_sbjct}
 226     qr'num_unaligned_hit/num_unaligned_sbjct not implemented for Model-based searches',
 227     "Hit num_unaligned_sbjct() not implemented";
 228 warning_like {$hit->start}
 229     qr'start not implemented for Model-based searches',
 230     'Hit start not implemented';
 231 warning_like {$hit->end}
 232     qr'end not implemented for Model-based searches',
 233     'Hit end not implemented';
 234 warning_like {$hit->strand}
 235     qr'strand not implemented for Model-based searches',
 236     'Hit strand not implemented';
 237 warning_like {$hit->logical_length}
 238     qr'logical_length not implemented for Model-based searches',
 239     'Hit logical_length not implemented';
 240 warning_like {$hit->frac_aligned_hit}
 241     qr'frac_aligned_hit not implemented for Model-based searches',
 242     'Hit frac_aligned_hit not implemented';
 243 warning_like {$hit->frac_aligned_query}
 244     qr'frac_aligned_query not implemented for Model-based searches',
 245     'Hit frac_aligned_query not implemented';
 246 warning_like {$hit->frac_conserved}
 247     qr'frac_conserved not implemented for Model-based searches',
 248     'Hit frac_conserved not implemented';
 249 warning_like {$hit->frac_identical}
 250     qr'frac_identical not implemented for Model-based searches',
 251     'Hit frac_identical not implemented';
 252 warning_like {$hit->matches}
 253     qr'matches not implemented for Model-based searches',
 254     'Hit matches not implemented';
 255 warning_like {$hit->gaps}
 256     qr'gaps not implemented for Model-based searches',
 257     'Hit gaps not implemented';
 258 warning_like {$hit->frame}
 259     qr'frame not implemented for Model-based searches',
 260     'Hit frame not implemented';
 261 warning_like {$hit->range}
 262     qr'range not implemented for Model-based searches',
 263     'Hit range not implemented';
 264 warning_like {$hit->seq_inds}
 265     qr'seq_inds not implemented for Model-based searches',
 266     'Hit seq_inds not implemented';
 267
 268 is($hit->length, 0, "Hit length");
 269 is($hit->overlap, 0, "Hit overlap");
 270 is($hit->query_length, 72, "Hit query_length");
 271 is($hit->rank, 1, "Hit rank");
 272 is($hit->raw_score, '78.06', "Hit raw_score");
 273 is($hit->score, '78.06', "Hit score");
 274 float_is($hit->p, '2.906e-26', "Hit p");
 275 float_is($hit->significance, '3.133e-21');
 276
 277 $hsp = $hit->next_hsp;
 278 isa_ok($hsp, 'Bio::Search::HSP::HSPI');
 279 is($hsp->algorithm, 'CMSEARCH', "HSP algorithm");
 280 float_is($hsp->evalue, '3.133e-21');
 281 isa_ok($hsp->feature1, 'Bio::SeqFeature::Similarity');
 282 isa_ok($hsp->feature2, 'Bio::SeqFeature::Similarity');
 283 ($meta) = $hsp->feature1->get_tag_values('meta');
 284 is($meta, '(((((((,,<<<<___.____>>>>,<<<<<_______>>>>>,,,,,<<<<<_______>>>>>))))))):');
 285 ($meta) = $hsp->feature2->get_tag_values('meta');
 286 is($meta, '(((((((,,<<<<___.____>>>>,<<<<<_______>>>>>,,,,,<<<<<_______>>>>>))))))):');
 287
 288 is($hsp->frame('query'), 0, "HSP frame");
 289 is($hsp->gaps, 1, "HSP gaps");
 290 is($hit->length, 0, "Hit length");
 291 isa_ok($hsp->get_aln, 'Bio::Align::AlignI');
 292 isa_ok($hsp->hit, 'Bio::SeqFeature::Similarity', "HSP hit");
 293 is($hsp->hit_string,
 294    'GCGGAUUUAGCUCAGUuGGGAGAGCGCCAGACUGAAGAUCUGGAGGUCCUGUGUUCGAUCCACAGAAUUCGCA',
 295    "HSP hit_string");
 296 is($hsp->homology_string,
 297    'GC::A::UAGC:CAGU GG AG:GCGCCAG:CUG+++A:CUGGAGGUCC:G:GUUCGAU C:C:G::U::GCA',
 298    "HSP homology_string");
 299 is($hsp->hsp_group, undef, "HSP hsp_group");
 300 is($hsp->hsp_length, 73, "HSP hsp_length");
 301 is($hsp->length, 73, "HSP length");
 302 is($hsp->links, undef, "HSP links");
 303 is($hsp->n, 1, "HSP n");
 304 float_is($hsp->pvalue, 2.906e-26, "HSP pvalue");
 305 isa_ok($hsp->query, 'Bio::SeqFeature::Similarity', "HSP query");
 306 is($hsp->query_string,
 307    'gCcgacAUaGcgcAgU.GGuAgcgCgccagccUgucAagcuggAGgUCCgggGUUCGAUuCcccGUgucgGca',
 308    "HSP query_string");
 309 is($hsp->range, 72, "HSP range");
 310 is($hsp->rank, 1, "HSP rank");
 311 float_is($hsp->significance, 3.133e-21);
 312 is($hsp->end, 72, "HSP end");
 313 float_is($hsp->expect, '3.133e-21', "HSP expect");
 314
 315 # These Bio::Search::HSP::HSPI methods are currently unimplemented in
 316 # Bio::Search::HSP::ModelHSP; they may be integrated over time but will require
 317 # some reconfiguring for Model-based searches
 318
 319 warning_like {$hsp->seq_inds}
 320     qr'seq_inds not implemented for Model-based searches',
 321     'HSP seq_inds not implemented';
 322 warning_like {$hsp->matches}
 323     qr'matches not implemented for Model-based searches',
 324     'HSP matches not implemented';
 325 warning_like {$hsp->frac_conserved}
 326     qr'frac_conserved not implemented for Model-based searches',
 327     'HSP frac_conserved not implemented';
 328 warning_like {$hsp->frac_identical}
 329     qr'frac_identical not implemented for Model-based searches',
 330     'HSP frac_identical not implemented';
 331 warning_like {$hsp->num_conserved}
 332     qr'num_conserved not implemented for Model-based searches',
 333     'HSP num_conserved not implemented';
 334 warning_like {$hsp->num_identical}
 335     qr'num_identical not implemented for Model-based searches',
 336     'HSP num_identical not implemented';
 337 warning_like {$hsp->percent_identity}
 338     qr'percent_identity not implemented for Model-based searches',
 339     'HSP percent_identity not implemented';
 340 warning_like {$hsp->cigar_string}
 341     qr'cigar_string not implemented for Model-based searches',
 342     'HSP cigar_string not implemented';
 343 warning_like {$hsp->generate_cigar_string}
 344     qr'generate_cigar_string not implemented for Model-based searches',
 345     'HSP cigar_string not implemented';
 346
 347 isa_ok($hsp->seq, 'Bio::LocatableSeq');
 348 is($hsp->seq_str,
 349    'gCcgacAUaGcgcAgU.GGuAgcgCgccagccUgucAagcuggAGgUCCgggGUUCGAUuCcccGUgucgGca',
 350    "HSP seq_str");
 351 is($hsp->start, 1, "HSP start");
 352 is($hsp->custom_score, undef, "HSP custom_score");
 353 is($hsp->meta,
 354    '(((((((,,<<<<___.____>>>>,<<<<<_______>>>>>,,,,,<<<<<_______>>>>>))))))):',
 355    "HSP meta");
 356 is($hsp->strand('hit'), 1, "HSP strand");
 357
 358 $hsp = $hit->next_hsp;
 359 isa_ok($hsp, 'Bio::Search::HSP::HSPI');
 360 is($hsp->algorithm, 'CMSEARCH', "HSP algorithm");
 361 float_is($hsp->evalue, 0.6752);
 362 isa_ok($hsp->feature1, 'Bio::SeqFeature::Similarity');
 363 isa_ok($hsp->feature2, 'Bio::SeqFeature::Similarity');
 364 is($hsp->frame('query'), 0, "HSP frame");
 365 is($hsp->gaps, 4, "HSP gaps");
 366 # infernal can return alignment data
 367 isa_ok($hsp->get_aln, 'Bio::Align::AlignI');
 368 isa_ok($hsp->hit, 'Bio::SeqFeature::Similarity', "HSP hit");
 369 is($hsp->hit_string,
 370    'UCUGCUAUGGCGUAAUGGCCACGCGC----CCAUCAACAAAGAUAUC*[19]*UAACAGGA',
 371    "HSP hit_string");
 372 is($hsp->homology_string,
 373    ' C:G :AU+GCG:A+UGG  :CGCGC    C  UCAA +++GA +UC      U: C:G A',
 374    "HSP homology_string");
 375 is($hsp->hsp_group, undef, "HSP hsp_group");
 376 is($hsp->hsp_length, 73, "HSP hsp_length");
 377 is($hsp->length, 73, "HSP length");
 378 is($hsp->links, undef, "HSP links");
 379 is($hsp->n, 1, "HSP n");
 380 float_is($hsp->pvalue, 6.263e-06, "HSP pvalue");
 381 isa_ok($hsp->query, 'Bio::SeqFeature::Similarity', "HSP query");
 382 is($hsp->query_string,
 383    'gCcgacAUaGcgcAgUGGuAgcgCgccagccUgucAagcuggAGgUC*[17]*UgucgGca',
 384    "HSP query_string");
 385 is($hsp->range, 72, "HSP range");
 386 is($hsp->rank, 2, "HSP rank");
 387 float_is($hsp->significance, 0.6752);
 388 is($hsp->end, 72, "HSP end");
 389 float_is($hsp->expect, 0.6752, "HSP expect");
 390 isa_ok($hsp->seq, 'Bio::LocatableSeq');
 391 # this should probably default to the hit string
 392 is($hsp->seq_str,
 393    'gCcgacAUaGcgcAgUGGuAgcgCgccagccUgucAagcuggAGgUC*[17]*UgucgGca',
 394    "HSP seq_str");
 395 is($hsp->start, 1, "HSP start");
 396 is($hsp->custom_score, undef, "HSP custom_score");
 397 is($hsp->meta,
 398    '(((((((,,<<<<_______>>>>,<<<<<_______>>>>>,,,,,~~~~~~))))))):',
 399    "HSP meta");
 400 is($hsp->strand('hit'), 1, "HSP strand");
 401
 402 ### Infernal pre-v. 1.0 ####
 403
 404 $searchio = Bio::SearchIO->new( -format => 'infernal',
 405                                 -file   => test_input_file('test.infernal'),
 406                                 # version is reset to the correct one by parser
 407                                 -version => 0.7,
 408                                 -model => 'Purine',
 409                                 -query_acc => 'RF00167',
 410                                 -query_desc => 'Purine riboswitch',
 411                                 -database => 'b_sub.fas',
 412                                 -hsp_minscore => 40,
 413                                 -convert_meta => 0,
 414                                );
 415
 416 $result = $searchio->next_result;
 417 isa_ok($result, 'Bio::Search::Result::ResultI');
 418 $algorithm = $result->algorithm;
 419 is($result->algorithm, 'CMSEARCH', "Result $algorithm");
 420 is($result->algorithm_reference, undef, "Result $algorithm reference");
 421 is($result->algorithm_version, 0.7, "Result $algorithm version");
 422 is($result->available_parameters, 0, "Result parameters");
 423 is($result->available_statistics, 0, "Result statistics");
 424 is($result->database_entries, '', "Result entries");
 425 is($result->database_letters, '', "Result letters");
 426 is($result->database_name, 'b_sub.fas', "Result database_name");
 427 is($result->num_hits, 2, "Result num_hits");
 428 is($result->program_reference, undef, "Result program_reference");
 429 is($result->query_accession, 'RF00167', "Result query_accession");
 430 is($result->query_description, 'Purine riboswitch', "Result query_description");
 431 is($result->query_length, 102, "Result query_length");
 432 is($result->query_name, 'Purine', "Result query_name");
 433
 434 $hit = $result->next_hit;
 435
 436 isa_ok($hit, 'Bio::Search::Hit::HitI');
 437 is($hit->ncbi_gi, '2239287', "Hit GI");
 438 is($hit->accession, 'U51115.1', "Hit accession");
 439 is($hit->algorithm, 'CMSEARCH', "Hit algorithm");
 440 is($hit->bits, 81.29, "Hit bits");
 441 is($hit->description, '', "Hit description"); # no hit descs yet
 442 is($hit->locus, 'BSU51115', "Hit locus");
 443 is($hit->n, 2, "Hit n");
 444 is($hit->name, 'gi|2239287|gb|U51115.1|BSU51115', "Hit name");
 445 is($hit->num_hsps, 2, "Hit num_hsps");
 446
 447 # p() works but there are no evalues yet for Infernal output, so catch and check...
 448 warning_like {$hit->p}
 449     qr'P-value not defined. Using significance\(\) instead',
 450     "No p values";
 451
 452 is($hit->length, 0, "Hit length");
 453 is($hit->overlap, 0, "Hit overlap");
 454 is($hit->query_length, 102, "Hit query_length");
 455 is($hit->rank, 1, "Hit rank");
 456 is($hit->raw_score, 81.29, "Hit raw_score");
 457 is($hit->score, 81.29, "Hit score");
 458 float_is($hit->significance, undef);
 459
 460 $hsp = $hit->next_hsp;
 461 isa_ok($hsp, 'Bio::Search::HSP::HSPI');
 462 is($hsp->algorithm, 'CMSEARCH', "HSP algorithm");
 463 float_is($hsp->evalue, undef);
 464 isa_ok($hsp->feature1, 'Bio::SeqFeature::Similarity');
 465 isa_ok($hsp->feature2, 'Bio::SeqFeature::Similarity');
 466 ($meta) = $hsp->feature1->get_tag_values('meta');
 467 is($meta, ':::::::::::::::::((((((((,,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,,,,,,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,)))).))))::::::::::::::');
 468 ($meta) = $hsp->feature2->get_tag_values('meta');
 469 is($meta, ':::::::::::::::::((((((((,,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,,,,,,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,)))).))))::::::::::::::');
 470
 471 is($hsp->frame('query'), 0, "HSP frame");
 472 is($hsp->gaps, 1, "HSP gaps");
 473 is($hit->length, 0, "Hit length");
 474 isa_ok($hsp->get_aln, 'Bio::Align::AlignI');
 475 isa_ok($hsp->hit, 'Bio::SeqFeature::Similarity', "HSP hit");
 476 is($hsp->hit_string,
 477    'CAUGAAAUCAAAACACGACCUCAUAUAAUCUUGGGAAUAUGGCCCAUAAGUUUCUACCCGGCAACCGUAAAUUGCCGGACUAUGcAGGGAAGUGAUCGAUAAA',
 478    "HSP hit_string");
 479 is($hsp->homology_string,
 480    ' A+ A+A+ AAAA A   :CUC:UAUAAU: :GGGAAUAUGGCCC: :AGUUUCUACC:GGCAACCGUAAAUUGCC:GACUA:G AG: AA + ++  +++++',
 481    "HSP homology_string");
 482 is($hsp->hsp_group, undef, "HSP hsp_group");
 483 is($hsp->hsp_length, 103, "HSP hsp_length");
 484 is($hsp->length, 103, "HSP length");
 485 is($hsp->links, undef, "HSP links");
 486 is($hsp->n, 1, "HSP n");
 487 float_is($hsp->pvalue, undef, "HSP pvalue");
 488 isa_ok($hsp->query, 'Bio::SeqFeature::Similarity', "HSP query");
 489 is($hsp->query_string,
 490    'aAaaauaaAaaaaaaaauaCuCgUAUAaucucgggAAUAUGGcccgagaGUuUCUACCaGgcaaCCGUAAAuugcCuGACUAcG.aGuaAauauuaaauauuu',
 491    "HSP query_string");
 492 is($hsp->range, 102, "HSP range");
 493 is($hsp->rank, 1, "HSP rank");
 494 float_is($hsp->significance, undef);
 495 is($hsp->end, 102, "HSP end");
 496 float_is($hsp->expect, undef, "HSP expect");
 497
 498 isa_ok($hsp->seq, 'Bio::LocatableSeq');
 499 is($hsp->seq_str,
 500    'aAaaauaaAaaaaaaaauaCuCgUAUAaucucgggAAUAUGGcccgagaGUuUCUACCaGgcaaCCGUAAAuugcCuGACUAcG.aGuaAauauuaaauauuu',
 501    "HSP seq_str");
 502 is($hsp->start, 1, "HSP start");
 503 is($hsp->custom_score, undef, "HSP custom_score");
 504 is($hsp->meta,
 505    ':::::::::::::::::((((((((,,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,,,,,,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,)))).))))::::::::::::::',
 506    "HSP meta");
 507 is($hsp->strand('hit'), 1, "HSP strand");
 508
 509 $hsp = $hit->next_hsp;
 510 isa_ok($hsp, 'Bio::Search::HSP::HSPI');
 511 is($hsp->algorithm, 'CMSEARCH', "HSP algorithm");
 512 float_is($hsp->evalue, undef);
 513 isa_ok($hsp->feature1, 'Bio::SeqFeature::Similarity');
 514 isa_ok($hsp->feature2, 'Bio::SeqFeature::Similarity');
 515 is($hsp->frame('query'), 0, "HSP frame");
 516 is($hsp->gaps, 0, "HSP gaps");
 517 # infernal can return alignment data
 518 isa_ok($hsp->get_aln, 'Bio::Align::AlignI');
 519 isa_ok($hsp->hit, 'Bio::SeqFeature::Similarity', "HSP hit");
 520 is($hsp->hit_string,
 521    'AGAAAUCAAAUAAGAUGAAUUCGUAUAAUCGCGGGAAUAUGGCUCGCAAGUCUCUACCAAGCUACCGUAAAUGGCUUGACUACGUAAACAUUUCUUUCGUUU',
 522    "HSP hit_string");
 523 is($hsp->homology_string,
 524    'A AAAU AAA+AA A+   : CGUAUAAU::CG:GAAUAUGGC:CG::AGU UCUACCA:GC ACCGUAAAU GC:UGACUACG :   AU+U +++  UUU',
 525    "HSP homology_string");
 526 is($hsp->hsp_group, undef, "HSP hsp_group");
 527 is($hsp->hsp_length, 103, "HSP hsp_length");
 528 is($hsp->length, 103, "HSP length");
 529 is($hsp->links, undef, "HSP links");
 530 is($hsp->n, 1, "HSP n");
 531 float_is($hsp->pvalue, undef, "HSP pvalue");
 532 isa_ok($hsp->query, 'Bio::SeqFeature::Similarity', "HSP query");
 533 is($hsp->query_string,
 534    'aAaaauaaAaaaaaaaauaCuCgUAUAaucucgggAAUAUGGcccgagaGUuUCUACCaGgcaaCCGUAAAuugcCuGACUAcGaGuaAauauuaaauauuu',
 535    "HSP query_string");
 536 is($hsp->range, 102, "HSP range");
 537 is($hsp->rank, 2, "HSP rank");
 538 float_is($hsp->significance, undef);
 539 is($hsp->end, 102, "HSP end");
 540 float_is($hsp->expect, undef, "HSP expect");
 541 #is($hsp->matches, 2, "HSP matches");
 542 isa_ok($hsp->seq, 'Bio::LocatableSeq');
 543 # this should probably default to the hit string
 544 is($hsp->seq_str,
 545    'aAaaauaaAaaaaaaaauaCuCgUAUAaucucgggAAUAUGGcccgagaGUuUCUACCaGgcaaCCGUAAAuugcCuGACUAcGaGuaAauauuaaauauuu',
 546    "HSP seq_str");
 547 is($hsp->start, 1, "HSP start");
 548 is($hsp->custom_score, undef, "HSP custom_score");
 549 is($hsp->meta,
 550    ':::::::::::::::::((((((((,,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,,,,,,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,))))))))::::::::::::::',
 551    "HSP meta");
 552 is($hsp->strand('hit'), 1, "HSP strand");
 553
 554 # one more hit...
 555
 556 $hit = $result->next_hit;
 557 isa_ok($hit, 'Bio::Search::Hit::HitI');
 558 is($hit->accession, 'X83878.1', "Hit accession");
 559 is($hit->ncbi_gi, '633168', "Hit GI");
 560 is($hit->algorithm, 'CMSEARCH', "Hit algorithm");
 561 is($hit->bits, 79.36, "Hit bits");
 562 is($hit->description, '', "Hit description"); # no hit descs yet
 563 is($hit->length, 0, "Hit length");
 564 is($hit->locus, '', "Hit locus");
 565 is($hit->n, 1, "Hit n");
 566 is($hit->name, 'gi|633168|emb|X83878.1|', "Hit name");
 567 is($hit->num_hsps, 1, "Hit num_hsps");
 568 is($hit->overlap, 0, "Hit overlap");
 569 is($hit->query_length, 102, "Hit query_length");
 570 is($hit->rank, 2, "Hit rank");
 571 is($hit->raw_score, 79.36, "Hit raw_score");
 572 is($hit->score, 79.36, "Hit score");
 573 float_is($hit->significance, undef);
 574
 575 # one more HSP...
 576
 577 $hsp = $hit->next_hsp;
 578 isa_ok($hsp, 'Bio::Search::HSP::HSPI');
 579 is($hsp->algorithm, 'CMSEARCH', "HSP algorithm");
 580 float_is($hsp->evalue, undef);
 581 isa_ok($hsp->feature1, 'Bio::SeqFeature::Similarity');
 582 isa_ok($hsp->feature2, 'Bio::SeqFeature::Similarity');
 583 is($hsp->frame('query'), 0, "HSP frame");
 584 is($hsp->gaps, 2, "HSP gaps");
 585 isa_ok($hsp->get_aln, 'Bio::Align::AlignI');
 586 isa_ok($hsp->hit, 'Bio::SeqFeature::Similarity', "HSP hit");
 587 is($hsp->hit_string,
 588    'UUACAAUAUAAUAGGAACACUCAUAUAAUCGCGUGGAUAUGGCACGCAAGUUUCUACCGGGCA-CCGUAAA-UGUCCGACUAUGGGUGAGCAAUGGAACCGC',
 589    "HSP hit_string");
 590 is($hsp->homology_string,
 591    '+ A A++A AA A  AA:AC+C:UAUAAU::CG:G AUAUGGC:CG::AGUUUCUACC:G CA CCGUAAA UG C:GACUA:G+GU:A  A+U  A+    ',
 592    "HSP homology_string");
 593 is($hsp->hsp_group, undef, "HSP hsp_group");
 594 is($hsp->hsp_length, 103, "HSP hsp_length");
 595 is($hsp->length, 103, "HSP length");
 596 is($hsp->links, undef, "HSP links");
 597 is($hsp->n, 1, "HSP n");
 598 isa_ok($hsp->query, 'Bio::SeqFeature::Similarity', "HSP query");
 599 is($hsp->query_string,
 600    'aAaaauaaAaaaaaaaauaCuCgUAUAaucucgggAAUAUGGcccgagaGUuUCUACCaGgcaaCCGUAAAuugcCuGACUAcGaGuaAauauuaaauauuu',
 601    "HSP query_string");
 602 is($hsp->range, 102, "HSP range");
 603 is($hsp->rank, 1, "HSP rank");
 604 float_is($hsp->significance, undef);
 605 is($hsp->end, 102, "HSP end");
 606 float_is($hsp->expect, undef, "HSP expect");
 607 isa_ok($hsp->seq, 'Bio::LocatableSeq');
 608 is($hsp->seq_str,
 609    'aAaaauaaAaaaaaaaauaCuCgUAUAaucucgggAAUAUGGcccgagaGUuUCUACCaGgcaaCCGUAAAuugcCuGACUAcGaGuaAauauuaaauauuu',
 610    "HSP seq_str");
 611 is($hsp->start, 1, "HSP start");
 612 is($hsp->custom_score, undef, "HSP custom_score");
 613 is($hsp->meta,
 614    ':::::::::::::::::((((((((,,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,,,,,,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,))))))))::::::::::::::',
 615    "HSP meta");
 616 is($hsp->strand('hit'), 1, "HSP strand");
 617
 618 my $symbols = {
 619             '5-prime'        => '(',
 620             '3-prime'        => ')',
 621             'single-strand'  => ':',
 622             'unknown'        => '?',
 623             'gap'            => '-'
 624              # may add more for quartets, triplets
 625               };
 626
 627 $searchio = Bio::SearchIO->new( -format => 'infernal',
 628                                 -file   => test_input_file('test.infernal'),
 629                                 # version is reset to the correct one by parser
 630                                 -version => 0.7,
 631                                 -model => 'Purine',
 632                                 -query_acc => 'RF00167',
 633                                 -query_desc => 'Purine riboswitch',
 634                                 -database => 'b_sub.fas',
 635                                 -hsp_minscore => 40,
 636                                 -convert_meta => 1,
 637                                 -symbols => $symbols,
 638                                );
 639
 640 $result = $searchio->next_result;
 641 $hit = $result->next_hit;
 642 $hsp = $hit->next_hsp;
 643 is($hsp->meta,
 644    ':::::::::::::::::((((((((:::(((((((:::::::)))))))::::::::(((((((:::::::)))))))::))))-))))::::::::::::::',
 645    "HSP meta gap bug");
 646 $hsp = $hit->next_hsp;
 647 is($hsp->meta,
 648    ':::::::::::::::::((((((((:::(((((((:::::::)))))))::::::::(((((((:::::::)))))))::))))))))::::::::::::::',
 649    "HSP meta");
 650 $hit = $result->next_hit;
 651 $hsp = $hit->next_hsp;
 652 is($hsp->meta,
 653    ':::::::::::::::::((((((((:::(((((((:::::::)))))))::::::::(((((((:::::::)))))))::))))))))::::::::::::::',
 654    "HSP meta");
 655 ($meta) = $hsp->feature1->get_tag_values('meta');
 656 is($meta, ':::::::::::::::::((((((((:::(((((((:::::::)))))))::::::::(((((((:::::::)))))))::))))))))::::::::::::::');
 657 ($meta) = $hsp->feature2->get_tag_values('meta');
 658 is($meta, ':::::::::::::::::((((((((:::(((((((:::::::)))))))::::::::(((((((:::::::)))))))::))))))))::::::::::::::');
 659
 660 ## Infernal 0.81 parsing ##
 661
 662 $searchio = Bio::SearchIO->new( -format => 'infernal',
 663                                 -file   => test_input_file('purine_v081.infernal'),
 664                                 # version is reset to the correct one by parser
 665                                 -query_acc => 'RF00167',
 666                                 -query_desc => 'Purine riboswitch',
 667                                 -database => 'b_sub.fas',
 668                                 -convert_meta => 0,
 669                                );
 670
 671 $result = $searchio->next_result;
 672
 673 isa_ok($result, 'Bio::Search::Result::ResultI');
 674 $algorithm = $result->algorithm;
 675 is($result->algorithm, 'CMSEARCH', "Result $algorithm");
 676 is($result->algorithm_reference, undef, "Result $algorithm reference");
 677 is($result->algorithm_version, 0.81, "Result $algorithm version");
 678 is($result->available_parameters, 0, "Result parameters");
 679 is($result->available_statistics, 0, "Result statistics");
 680 is($result->database_entries, '', "Result entries");
 681 is($result->database_letters, '', "Result letters");
 682 is($result->database_name, 'b_sub.fas', "Result database_name");
 683 is($result->num_hits, 3, "Result num_hits");
 684 is($result->program_reference, undef, "Result program_reference");
 685 is($result->query_accession, 'RF00167', "Result query_accession");
 686 is($result->query_description, 'Purine riboswitch', "Result query_description");
 687 is($result->query_length, 102, "Result query_length");
 688 is($result->query_name, 'Purine', "Result query_name");
 689
 690 $hit = $result->next_hit;
 691 isa_ok($hit, 'Bio::Search::Hit::HitI');
 692 is($hit->ncbi_gi, '633168', "Hit GI");
 693 is($hit->accession, 'X83878.1', "Hit accession");
 694 is($hit->algorithm, 'CMSEARCH', "Hit algorithm");
 695 is($hit->bits, 79.36, "Hit bits");
 696 is($hit->description, '', "Hit description"); # no hit descs yet
 697 is($hit->locus, '', "Hit locus");
 698 is($hit->n, 2, "Hit n");
 699 is($hit->name, 'gi|633168|emb|X83878.1|', "Hit name");
 700 is($hit->num_hsps, 2, "Hit num_hsps");
 701
 702 # p() works but there are no evalues yet for Infernal output, so catch and check...
 703 warnings_like {$hit->p} qr'P-value not defined. Using significance\(\) instead',
 704      "No p values";
 705
 706 is($hit->length, 0, "Hit length");
 707 is($hit->overlap, 0, "Hit overlap");
 708 is($hit->query_length, 102, "Hit query_length");
 709 is($hit->rank, 1, "Hit rank");
 710 is($hit->raw_score, 79.36, "Hit raw_score");
 711 is($hit->score, 79.36, "Hit score");
 712 float_is($hit->significance, 1.945e-07);
 713
 714 $hsp = $hit->next_hsp;
 715 isa_ok($hsp, 'Bio::Search::HSP::HSPI');
 716 is($hsp->algorithm, 'CMSEARCH', "HSP algorithm");
 717 float_is($hsp->evalue, 1.945e-07);
 718 isa_ok($hsp->feature1, 'Bio::SeqFeature::Similarity');
 719 isa_ok($hsp->feature2, 'Bio::SeqFeature::Similarity');
 720 ($meta) = $hsp->feature1->get_tag_values('meta');
 721 is($meta, ':::::::::::::::::((((((((,,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,,,,,,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,))))))))::::::::::::::');
 722 ($meta) = $hsp->feature2->get_tag_values('meta');
 723 is($meta, ':::::::::::::::::((((((((,,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,,,,,,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,))))))))::::::::::::::');
 724
 725 is($hsp->frame('query'), 0, "HSP frame");
 726 is($hsp->gaps, 2, "HSP gaps");
 727 is($hit->length, 0, "Hit length");
 728 isa_ok($hsp->get_aln, 'Bio::Align::AlignI');
 729 isa_ok($hsp->hit, 'Bio::SeqFeature::Similarity', "HSP hit");
 730 is($hsp->hit_string,
 731    'UUACAAUAUAAUAGGAACACUCAUAUAAUCGCGUGGAUAUGGCACGCAAGUUUCUACCGGGCA-CCGUAAA-UGUCCGACUAUGGGUGAGCAAUGGAACCGC',
 732    "HSP hit_string");
 733 is($hsp->homology_string,
 734    '+ A A++A AA A  AA:AC+C:UAUAAU::CG:G AUAUGGC:CG::AGUUUCUACC:G CA CCGUAAA UG C:GACUA:G+GU:A  A+U  A+    ',
 735    "HSP homology_string");
 736 is($hsp->hsp_group, undef, "HSP hsp_group");
 737 is($hsp->hsp_length,102, "HSP hsp_length");
 738 is($hsp->length, 102, "HSP length");
 739 is($hsp->links, undef, "HSP links");
 740 is($hsp->n, 1, "HSP n");
 741 float_is($hsp->pvalue, 1.945e-07, "HSP pvalue");
 742 isa_ok($hsp->query, 'Bio::SeqFeature::Similarity', "HSP query");
 743 is($hsp->query_string,
 744    'aAaaauaaAaaaaaaaauaCuCgUAUAaucucgggAAUAUGGcccgagaGUuUCUACCaGgcaaCCGUAAAuugcCuGACUAcGaGuaAauauuaaauauuu',
 745    "HSP query_string");
 746 is($hsp->range, 102, "HSP range");
 747 is($hsp->rank, 1, "HSP rank");
 748 float_is($hsp->significance, 1.945e-07);
 749 is($hsp->end, 102, "HSP end");
 750 float_is($hsp->expect, 1.945e-07, "HSP expect");
 751
 752 isa_ok($hsp->seq, 'Bio::LocatableSeq');
 753 is($hsp->seq_str,
 754    'aAaaauaaAaaaaaaaauaCuCgUAUAaucucgggAAUAUGGcccgagaGUuUCUACCaGgcaaCCGUAAAuugcCuGACUAcGaGuaAauauuaaauauuu',
 755    "HSP seq_str");
 756 is($hsp->start, 1, "HSP start");
 757 is($hsp->custom_score, undef, "HSP custom_score");
 758 is($hsp->meta,
 759    ':::::::::::::::::((((((((,,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,,,,,,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,))))))))::::::::::::::',
 760    "HSP meta");
 761 is($hsp->strand('hit'), 1, "HSP strand");
 762
 763 $hsp = $hit->next_hsp;
 764 isa_ok($hsp, 'Bio::Search::HSP::HSPI');
 765 is($hsp->algorithm, 'CMSEARCH', "HSP algorithm");
 766 float_is($hsp->evalue, 6.802);
 767 isa_ok($hsp->feature1, 'Bio::SeqFeature::Similarity');
 768 isa_ok($hsp->feature2, 'Bio::SeqFeature::Similarity');
 769 is($hsp->frame('query'), 0, "HSP frame");
 770 is($hsp->gaps, 4, "HSP gaps");
 771 # infernal can return alignment data
 772 isa_ok($hsp->get_aln, 'Bio::Align::AlignI');
 773 isa_ok($hsp->hit, 'Bio::SeqFeature::Similarity', "HSP hit");
 774 is($hsp->hit_string,
 775    'CGUGCGGUUCCAUUGCUCACCCAUA-GUCGGACAU-UUACGG-UGCCCGGUAGAAACUUGCGUGCCAUAUCCACGCGAUUaUAUGAGUGUUCCUAUUAUAUUG',
 776    "HSP hit_string");
 777 is($hsp->homology_string,
 778    '  +    +   A    +:AC C:UA  +::: ::   UA GG :: :::GU    AC: G::::CC UA  ::::C :   UA:G GU: +  U+++AUAUU ',
 779    "HSP homology_string");
 780 is($hsp->hsp_group, undef, "HSP hsp_group");
 781 is($hsp->hsp_length, 102, "HSP hsp_length");
 782 is($hsp->length, 102, "HSP length");
 783 is($hsp->links, undef, "HSP links");
 784 is($hsp->n, 1, "HSP n");
 785 float_is($hsp->pvalue, 0.9989, "HSP pvalue");
 786 isa_ok($hsp->query, 'Bio::SeqFeature::Similarity', "HSP query");
 787 is($hsp->query_string,
 788    'aAaaauaaAaaaaaaaauaCuCgUAUAaucucgggAAUAUGGcccgagaGUuUCUACCaGgcaaCCGUAAAuugcCuGAC.UAcGaGuaAauauuaaauauuu',
 789    "HSP query_string");
 790 is($hsp->range, 102, "HSP range");
 791 is($hsp->rank, 2, "HSP rank");
 792 float_is($hsp->significance, 6.802);
 793 is($hsp->end, 102, "HSP end");
 794 float_is($hsp->expect, 6.802, "HSP expect");
 795 #is($hsp->matches, 2, "HSP matches");
 796 isa_ok($hsp->seq, 'Bio::LocatableSeq');
 797 # this should probably default to the hit string
 798 is($hsp->seq_str,
 799    'aAaaauaaAaaaaaaaauaCuCgUAUAaucucgggAAUAUGGcccgagaGUuUCUACCaGgcaaCCGUAAAuugcCuGAC.UAcGaGuaAauauuaaauauuu',
 800    "HSP seq_str");
 801 is($hsp->start, 1, "HSP start");
 802 is($hsp->custom_score, undef, "HSP custom_score");
 803 is($hsp->meta,
 804    ':::::::::::::::::((((((((,,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,,,,,,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,.))))))))::::::::::::::',
 805    "HSP meta");
 806 is($hsp->strand('hit'), -1, "HSP strand");
 807
 808 # one more hit...
 809
 810 $hit = $result->next_hit;
 811 isa_ok($hit, 'Bio::Search::Hit::HitI');
 812 is($hit->accession, 'U51115.1', "Hit accession");
 813 is($hit->ncbi_gi, '2239287', "Hit GI");
 814 is($hit->algorithm, 'CMSEARCH', "Hit algorithm");
 815 is($hit->bits, 81.29, "Hit bits");
 816 is($hit->description, '', "Hit description"); # no hit descs yet
 817 is($hit->length, 0, "Hit length");
 818 is($hit->locus, 'BSU51115', "Hit locus");
 819 is($hit->n, 11, "Hit n");
 820 is($hit->name, 'gi|2239287|gb|U51115.1|BSU51115', "Hit name");
 821 is($hit->num_hsps, 11, "Hit num_hsps");
 822 is($hit->overlap, 0, "Hit overlap");
 823 is($hit->query_length, 102, "Hit query_length");
 824 is($hit->rank, 2, "Hit rank");
 825 is($hit->raw_score, 81.29, "Hit raw_score");
 826 is($hit->score, 81.29, "Hit score");
 827 float_is($hit->significance, 1.259e-07);
 828
 829 # one more HSP...
 830
 831 $hsp = $hit->next_hsp;
 832 isa_ok($hsp, 'Bio::Search::HSP::HSPI');
 833 is($hsp->algorithm, 'CMSEARCH', "HSP algorithm");
 834 float_is($hsp->evalue, 1.259e-07);
 835 isa_ok($hsp->feature1, 'Bio::SeqFeature::Similarity');
 836 isa_ok($hsp->feature2, 'Bio::SeqFeature::Similarity');
 837 is($hsp->frame('query'), 0, "HSP frame");
 838 is($hsp->gaps, 0, "HSP gaps");
 839 isa_ok($hsp->get_aln, 'Bio::Align::AlignI');
 840 isa_ok($hsp->hit, 'Bio::SeqFeature::Similarity', "HSP hit");
 841 is($hsp->hit_string,
 842    'AGAAAUCAAAUAAGAUGAAUUCGUAUAAUCGCGGGAAUAUGGCUCGCAAGUCUCUACCAAGCUACCGUAAAUGGCUUGACUACGUAAACAUUUCUUUCGUUU',
 843    "HSP hit_string");
 844 is($hsp->homology_string,
 845    'A AAAU AAA+AA A+   : CGUAUAAU::CG:GAAUAUGGC:CG::AGU UCUACCA:GC ACCGUAAAU GC:UGACUACG :   AU+U +++  UUU',
 846    "HSP homology_string");
 847 is($hsp->hsp_group, undef, "HSP hsp_group");
 848 is($hsp->hsp_length, 102, "HSP hsp_length");
 849 is($hsp->length, 102, "HSP length");
 850 is($hsp->links, undef, "HSP links");
 851 is($hsp->n, 1, "HSP n");
 852 isa_ok($hsp->query, 'Bio::SeqFeature::Similarity', "HSP query");
 853 is($hsp->query_string,
 854    'aAaaauaaAaaaaaaaauaCuCgUAUAaucucgggAAUAUGGcccgagaGUuUCUACCaGgcaaCCGUAAAuugcCuGACUAcGaGuaAauauuaaauauuu',
 855    "HSP query_string");
 856 is($hsp->range, 102, "HSP range");
 857 is($hsp->rank, 1, "HSP rank");
 858 float_is($hsp->significance, 1.259e-07);
 859 is($hsp->end, 102, "HSP end");
 860 float_is($hsp->expect, 1.259e-07, "HSP expect");
 861 isa_ok($hsp->seq, 'Bio::LocatableSeq');
 862 is($hsp->seq_str,
 863    'aAaaauaaAaaaaaaaauaCuCgUAUAaucucgggAAUAUGGcccgagaGUuUCUACCaGgcaaCCGUAAAuugcCuGACUAcGaGuaAauauuaaauauuu',
 864    "HSP seq_str");
 865 is($hsp->start, 1, "HSP start");
 866 is($hsp->custom_score, undef, "HSP custom_score");
 867 is($hsp->meta,
 868    ':::::::::::::::::((((((((,,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,,,,,,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,))))))))::::::::::::::',
 869    "HSP meta");
 870 is($hsp->strand('hit'), 1, "HSP strand");