t/Seq/PrimaryQual.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use lib '.';
   8     use Bio::Root::Test;
   9
  10     test_begin(-tests => 70);
  11
  12     use_ok('Bio::SeqIO');
  13     use_ok('Bio::Seq::Quality');
  14     use_ok('Bio::Seq::PrimaryQual');
  15 }
  16
  17 my $DEBUG = test_debug();
  18 my $verbose = -1 unless $DEBUG;
  19
  20 # redirect STDERR to STDOUT
  21 open (STDERR, ">&STDOUT");
  22
  23 my $string_quals = "10 20 30 40 50 40 30 20 10";
  24 print("Quals are $string_quals\n") if($DEBUG);
  25 ok my $qualobj = Bio::Seq::PrimaryQual->new(
  26     -qual             => $string_quals,
  27     -id               => 'QualityFragment-12',
  28     -accession_number => 'X78121',
  29 );
  30 is $qualobj->display_id, 'QualityFragment-12';
  31 is $qualobj->accession_number, 'X78121';
  32
  33 my @q2 = split / /, $string_quals;
  34 $qualobj = Bio::Seq::PrimaryQual->new(
  35     -qual             => \@q2,
  36     -primary_id       => 'chads primary_id',
  37     -desc             => 'chads desc',
  38     -accession_number => 'chads accession_number',
  39     -id               => 'chads id',
  40     -header           => 'chads header'
  41 );
  42
  43 is $qualobj->primary_id, 'chads primary_id';
  44 isa_ok $qualobj->qual(), 'ARRAY';
  45
  46 my $newqualstring = "50 90 1000 20 12 0 0";
  47
  48 ok $qualobj->qual($newqualstring);
  49 is join(' ', @{$qualobj->qual()}), $newqualstring;
  50
  51 my @newqualarray = split / /,$newqualstring;
  52 ok $qualobj->qual(\@newqualarray);
  53 is join(' ', @{$qualobj->qual()}), $newqualstring;
  54
  55 is $qualobj->validate_qual($string_quals ), 1;
  56 is $qualobj->validate_qual(""            ), 1;
  57 is $qualobj->validate_qual("0"           ), 1;
  58 is $qualobj->validate_qual(undef         ), 1;
  59 is $qualobj->validate_qual("   "         ), 1;
  60 is $qualobj->validate_qual("10 20 30 30" ), 1;
  61 is $qualobj->validate_qual(" 20  9 5   " ), 1;
  62 is $qualobj->validate_qual("+1 9.3 50e-1"), 1;
  63 is $qualobj->validate_qual(" 4"          ), 1;
  64 is $qualobj->validate_qual("chad"        ), 0;
  65 is $qualobj->validate_qual("10 one"      ), 0;
  66
  67 ok $qualobj->qual("10 20 30 30");
  68 ok $qualobj->qual("+1 9.3 50e-1");
  69 throws_ok { $qualobj->qual("chad"); } qr/.+/;
  70 throws_ok { $qualobj->validate_qual("chad", 1) } qr/.+/;
  71
  72 ok $qualobj->qual("4 10");
  73 is $qualobj->length(), 2;
  74
  75 $qualobj->qual("10 20 30 40 50 40 30 20 10");
  76 ok my @subquals = @{$qualobj->subqual(3,6);};
  77 is @subquals, 4;
  78 is "30 20 10", join(' ',@{$qualobj->subqual(7,9)});
  79
  80 throws_ok { $qualobj->subqual(-1,6); } qr/EX/;
  81 ok $qualobj->subqual(1,6);
  82 ok $qualobj->subqual(1,9);
  83 throws_ok { $qualobj->subqual(9,1); } qr/EX/;
  84
  85
  86 is $qualobj->display_id(), "chads id";
  87 is $qualobj->display_id("chads new display_id"), "chads new display_id";
  88 is $qualobj->display_id(), "chads new display_id";
  89
  90 is $qualobj->accession_number(), "chads accession_number";
  91 is $qualobj->accession_number("chads new accession_number"), "chads new accession_number";
  92 is $qualobj->accession_number(), "chads new accession_number";
  93 is $qualobj->primary_id(), "chads primary_id";
  94 is $qualobj->primary_id("chads new primary_id"), "chads new primary_id";
  95 is $qualobj->primary_id(), "chads new primary_id";
  96
  97 is $qualobj->desc(), "chads desc";
  98 is $qualobj->desc("chads new desc"), "chads new desc";
  99 is $qualobj->desc(), "chads new desc";
 100 is $qualobj->display_id(), "chads new display_id";
 101 is $qualobj->display_id("chads new id"), ("chads new id");
 102 is $qualobj->display_id(), "chads new id";
 103
 104 is $qualobj->header(), "chads header";
 105
 106 ok my $in_qual  = Bio::SeqIO->new(
 107     -file    => test_input_file('qualfile.qual'),
 108     -format  => 'qual',
 109     -verbose => $verbose,
 110 );
 111 ok my $pq = $in_qual->next_seq();
 112 is $pq->qual()->[99] , '39'; # spot check boundary
 113 is $pq->qual()->[100], '39'; # spot check boundary
 114
 115 ok my $out_qual = Bio::SeqIO->new(
 116     -file    => ">".test_output_file(),
 117     -format  => 'qual',
 118     -verbose => $verbose,
 119 );
 120 ok $out_qual->write_seq(-source => $pq);
 121
 122 ok my $swq545 = Bio::Seq::Quality->new (
 123     -seq  => "ATA",
 124     -qual => $pq
 125 );
 126 ok $out_qual->write_seq(-source => $swq545);
 127
 128 ok $in_qual = Bio::SeqIO->new(
 129     -file    => test_input_file('qualfile.qual'),
 130     -format  => 'qual',
 131     -verbose => $verbose,
 132 );
 133
 134 ok my $out_qual2 = Bio::SeqIO->new(
 135     -file    => ">".test_output_file(),
 136     -format  => 'qual',
 137     -verbose => $verbose,
 138 );
 139
 140 while ( my $batch_qual = $in_qual->next_seq() ) {
 141     ok $out_qual2->write_seq(-source => $batch_qual);
 142 }
 143