t/Seq/Seq.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use lib '.';
   8     use Bio::Root::Test;
   9
  10     test_begin(-tests => 76);
  11
  12     use_ok('Bio::Seq');
  13     use_ok('Bio::Seq::RichSeq');
  14     use_ok('Bio::SeqFeature::Generic');
  15     use_ok('Bio::Species');
  16     use_ok('Bio::Annotation::SimpleValue');
  17 }
  18
  19 ok my $seq = Bio::Seq->new(-seq=>'ACTGTGGCGTCAACT',
  20                         -desc=>'Sample Bio::Seq object',
  21                         -alphabet => 'dna',
  22                         -is_circular => 1
  23                        );
  24 isa_ok($seq,"Bio::AnnotatableI");
  25
  26 ok $seq->is_circular;
  27 ok not $seq->is_circular(0);
  28 ok not $seq->is_circular;
  29
  30 my $trunc = $seq->trunc(1,4);
  31 is $trunc->length, 4, 'truncated sequence length';
  32
  33 is $trunc->seq, 'ACTG', 'truncated sequence string';
  34
  35 # test ability to get str function
  36 is $seq->seq(),  'ACTGTGGCGTCAACT' ;
  37
  38 ok $seq = Bio::Seq->new(-seq=>'actgtggcgtcaact',
  39                         -desc=>'Sample Bio::Seq object',
  40                         -display_id => 'something',
  41                         -accession_number => 'accnum',
  42                         -alphabet => 'dna' );
  43
  44 is uc $seq->alphabet, 'DNA' , 'alphabet';
  45
  46 # basic methods
  47
  48 is $seq->id(), 'something',  "id";
  49 is $seq->accession_number, 'accnum', "accession number";
  50 is $seq->subseq(5, 9),  'tggcg', "subseq";
  51
  52 # check IdentifiableI and DescribableI interfaces
  53 isa_ok $seq, 'Bio::IdentifiableI';
  54 isa_ok $seq, 'Bio::DescribableI';
  55 # make sure all methods are implemented
  56 is $seq->authority("bioperl.org"), "bioperl.org";
  57 is $seq->namespace("t"), "t";
  58 is $seq->version(0), 0;
  59 is $seq->lsid_string(), "bioperl.org:t:accnum";
  60 is $seq->namespace_string(), "t:accnum.0";
  61 is $seq->description(), 'Sample Bio::Seq object';
  62 is $seq->display_name(), "something";
  63
  64 # check that feature accession works regardless of lazy things going on
  65 is scalar($seq->top_SeqFeatures()), 0;
  66 is scalar($seq->flush_SeqFeatures()), 0;
  67
  68 my $newfeat = Bio::SeqFeature::Generic->new( -start => 10,
  69                                              -end => 12,
  70                                              -primary => 'silly',
  71                                              -source => 'stuff');
  72
  73
  74 $seq->add_SeqFeature($newfeat);
  75 is $seq->feature_count, 1;
  76
  77 my $species = Bio::Species->new
  78     (-verbose => 1,
  79      -classification => [ qw( sapiens Homo Hominidae
  80                               Catarrhini Primates Eutheria
  81                               Mammalia Vertebrata Chordata
  82                               Metazoa Eukaryota )]);
  83 $seq->species($species);
  84 is $seq->species->binomial, 'Homo sapiens';
  85 $seq->annotation->add_Annotation('description',
  86                  Bio::Annotation::SimpleValue->new(-value => 'desc-here'));
  87 my ($descr) = $seq->annotation->get_Annotations('description');
  88 is $descr->value(), 'desc-here';
  89 is $descr->tagname(), 'description';
  90
  91 #
  92 #  translation tests
  93 #
  94
  95 my $trans = $seq->translate();
  96 is  $trans->seq(), 'TVAST' , 'translated sequence';
  97
  98 # unambiguous two character codons like 'ACN' and 'GTN' should give out an amino
  99 # acid ...with the addendum that there should be no assumption by the method
 100 # to complete the codon unless specified, using the -complete_codons flag.
 101
 102 $seq->seq('ACTGTGGCGTCAACN');
 103 $trans = $seq->translate();
 104 is $trans->seq(), 'TVAST', 'translated sequence with explicit unambiguous codons';
 105
 106 $seq->seq('ACTGTGGCGTCAAC');
 107 $trans = $seq->translate();
 108 is $trans->seq(), 'TVAS', 'translated sequence with unknown unambiguous codons';
 109
 110 $seq->seq('ACTGTGGCGTCAAC');
 111 $trans = $seq->translate(-complete_codons => 1);
 112 is $trans->seq(), 'TVAST', 'translated sequence with unknown unambiguous codons, completed';
 113
 114 $seq->seq('ACTGTGGCGTCAACA');
 115 $trans = $seq->translate();
 116 is $trans->seq(), 'TVAST', 'translated sequence with unambiguous codons';
 117
 118 $seq->seq('ACTGTGGCGTCAACAG');
 119 $trans = $seq->translate();
 120 is $trans->seq(), 'TVAST', 'translated sequence with unambiguous codons';
 121
 122 $seq->seq('ACTGTGGCGTCAACAGT');
 123 $trans = $seq->translate(-complete_codons => 1);
 124 is $trans->seq(), 'TVASTV', 'translated sequence with unknown unambiguous codons, completed';
 125
 126 $seq->seq('ACTGTGGCGTCAACAGTA');
 127 $trans = $seq->translate();
 128 is $trans->seq(), 'TVASTV', 'translated sequence with unambiguous codons';
 129
 130 $seq->seq('AC');
 131 is $seq->translate(-complete_codons => 1)->seq , 'T', 'translated sequence with unknown unambiguous codons, completed';
 132
 133 #difference between the default and full CDS translation
 134
 135 $seq->seq('atgtggtaa');
 136 $trans = $seq->translate();
 137 is $trans->seq(), 'MW*' , 'translated sequence with stop';
 138
 139 $seq->seq('atgtggtaa');
 140 $trans = $seq->translate(undef,undef,undef,undef,1);
 141 is $trans->seq(), 'MW', 'translated sequence';
 142
 143 #frame
 144 my $string;
 145 my @frames = (0, 1, 2);
 146 foreach my $frame (@frames) {
 147     $string .= $seq->translate(undef, undef, $frame)->seq;
 148     $string .= $seq->revcom->translate(undef, undef, $frame)->seq;
 149 }
 150 is $string, 'MW*LPHCGYHVVTT';
 151
 152 #Translating with all codon tables using method defaults
 153 $string = '';
 154 my @codontables = qw(0 1 2 3 4 5 6 9 10 11 12 13 14 16 21
 155     22 23 24 25 26 27 28 29 30 31);
 156 foreach my $ct (@codontables) {
 157     $string .= $seq->translate(undef, undef, undef, $ct)->seq;
 158 }
 159 is $string, 'MW*MW*MW*MW*MW*MW*MWQMW*MW*MW*MW*MW*MWYMW*MW*MW*MW*MW*MW*MW*MWQMWQMWYMWEMWE';
 160
 161 # CDS translation set to throw an exception for internal stop codons
 162 $seq->seq('atgtggtaataa');
 163 eval {
 164     $seq->translate(undef, undef, undef, undef, 'CDS' , 'throw');
 165 };
 166 like ($@, qr/EX/);
 167
 168 $seq->seq('atgtggtaataa');
 169 is( $seq->translate('J', '-',)->seq, 'MWJJ');
 170
 171 # tests for RichSeq
 172 ok my $richseq = Bio::Seq::RichSeq->new( -seq => 'atgtggtaataa',
 173                                       -accession_number => 'AC123',
 174                                       -alphabet => 'rna',
 175                                       -molecule => 'mRNA',
 176                                       -id => 'id1',
 177                                       -dates => [ '2001/1/1' ],
 178                                       -pid => '887821',
 179                                       -keywords => 'JUNK1;JUNK2',
 180                                       -division => 'Fungi',
 181                                       -secondary_accessions => 'AC1152' );
 182
 183 is ($richseq->seq, 'atgtggtaataa');
 184 is ($richseq->display_id, 'id1');
 185 is (($richseq->get_dates)[0], '2001/1/1');
 186 is (($richseq->get_secondary_accessions)[0], 'AC1152');
 187 is ($richseq->accession_number, 'AC123');
 188 is ($richseq->alphabet, 'rna');
 189 is ($richseq->molecule, 'mRNA');
 190 is ($richseq->pid, 887821);
 191 is ($richseq->division, 'Fungi');
 192 is ($richseq->keywords, 'JUNK1; JUNK2');
 193 $richseq->seq_version('2');
 194 is ($richseq->seq_version, 2);
 195
 196 # Test adding a feature to a RichSeq type, then
 197 # trunc() and see if the feature vanishes (we shouldn't
 198 # be using clone() for RichSeq types)
 199 $richseq->add_SeqFeature($newfeat);
 200 is $richseq->feature_count, 1;
 201 my $newrichseq = $richseq->trunc(1,5);
 202 is $newrichseq->feature_count, 0, "Don't use clone for trunc of Bio::Seq::RichSeq";
 203 is $newrichseq->length, 5;
 204
 205 # tests for subtle misbehaviors
 206 $seq = Bio::Seq->new(-primary_id => 'blah', -accession_number => 'foo');
 207 is ($seq->accession_number, $seq->primary_seq->accession_number);
 208 is ($seq->primary_id, $seq->primary_seq->primary_id);
 209 $seq->accession_number('blurb');
 210 $seq->primary_id('bar');
 211 is ($seq->accession_number, $seq->primary_seq->accession_number);
 212 is ($seq->primary_id, $seq->primary_seq->primary_id);
 213
 214
 215 # Bug #2864:
 216
 217 $seq = Bio::Seq->new(-display_id => 0, -seq => 'GATC');
 218
 219 is $seq->display_id, 0, "Bug #2864";
 220
 221 # transcribe/rev_transcribe
 222
 223 $seq = Bio::Seq->new( -id => 'seq1', -alphabet=>'dna',
 224                       -seq=> 'attTcgcatgT' );
 225 ok my $xseq = $seq->transcribe;
 226 is $xseq->alphabet, 'rna';
 227 ok !($xseq->seq =~ /[tT]/);
 228 is $xseq->seq, 'auuUcgcaugU';
 229 ok !$xseq->transcribe;
 230 ok $seq = $xseq->rev_transcribe;
 231 is $seq->seq, 'attTcgcatgT';
 232 is $seq->alphabet, 'dna';