t/Variation/DNAMutation.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use lib '.';
   8         use Bio::Root::Test;
   9
  10         test_begin(-tests => 37);
  11
  12         use_ok('Bio::Variation::DNAMutation');
  13         use_ok('Bio::Variation::Allele');
  14 }
  15
  16 my($obj,$a1,$a2,$obj2);
  17 $obj = Bio::Variation::DNAMutation -> new;
  18
  19 ok defined $obj;
  20
  21 $obj->start(3);
  22 is $obj->start, 3;
  23
  24 $obj->end(3);
  25 is $obj->end, 3;
  26
  27 $obj->length(2);
  28 is $obj->length, 2;
  29
  30 $obj->strand('1');
  31 is $obj->strand, '1';
  32
  33 is $obj->primary_tag, 'Variation';
  34
  35 $obj->source_tag('source');
  36 is $obj->source_tag, 'source';
  37
  38 $obj->frame(2);
  39 is $obj->frame,2;
  40
  41 $obj->score(2);
  42 is $obj->score, 2;
  43
  44 if( $obj->can('dna_mut') ) {
  45         #test gff string
  46     $obj->dna_mut('dna_mut');
  47     is( $obj->dna_mut,'dna_mut');
  48 }
  49
  50 $a1 = Bio::Variation::Allele->new(-seq => 'c');
  51 $obj->allele_ori($a1);
  52
  53 is $obj->allele_ori->seq, 'c';
  54
  55 $a2 = Bio::Variation::Allele->new('-seq' => 'g');
  56 $obj->allele_mut($a2);
  57
  58 is $obj->allele_mut->seq, 'g';
  59
  60 $obj->upStreamSeq('agcacctcccggcgccagtttgctg');
  61 is $obj->upStreamSeq, 'agcacctcccggcgccagtttgctg';
  62
  63 $obj->dnStreamSeq('tgctgcagcagcagcagcagcagca');
  64 is $obj->dnStreamSeq, 'tgctgcagcagcagcagcagcagca';
  65
  66
  67 is $obj->label, 'point, transversion' ;
  68
  69 $obj->status('proven');
  70 is $obj->status, 'proven';
  71
  72
  73 $obj->proof('experimental');
  74 is $obj->proof, 'experimental';
  75
  76
  77 is $obj->restriction_changes, '-BbvI, +BstXI, -Fnu4HI, -TseI';
  78
  79 $obj->region('region');
  80 is $obj->region, 'region';
  81
  82 $obj->region_value('region_value');
  83 is $obj->region_value, 'region_value';
  84
  85 $obj->region_dist(-5);
  86 is $obj->region_dist, -5;
  87
  88 $obj->numbering('coding');
  89 is $obj->numbering, 'coding';
  90
  91 ok not $obj->CpG;
  92
  93 $obj->mut_number(2);
  94 is $obj->mut_number, 2;
  95
  96
  97 ok defined ($obj2 = Bio::Variation::DNAMutation -> new
  98             ('-mut_number' => 2));
  99
 100 is $obj2->mut_number, 2;
 101
 102
 103 $obj->isMutation(1);
 104 ok $obj->isMutation;
 105
 106 $obj->add_Allele($a1);
 107 $obj->add_Allele($a2);
 108
 109 is scalar ($obj->each_Allele), 2;
 110
 111
 112 $obj = Bio::Variation::DNAMutation->new
 113     ('-start'         => 23,
 114      '-end'           => 24,
 115      '-length'        => 2,
 116      '-upStreamSeq'   => 'gt',
 117      '-dnStreamSeq'   => 'at',
 118      '-proof'         => 'experimental',
 119      '-isMutation'    => 1,
 120      '-mut_number'    => 2
 121      );
 122
 123 is $obj->start(), 23;
 124 is $obj->end(), 24;
 125 is $obj->length(), 2;
 126 is $obj->upStreamSeq(), 'gt';
 127 is $obj->dnStreamSeq(), 'at';
 128 is $obj->proof(), 'experimental';
 129 is $obj->mut_number(), 2;
 130 ok $obj->isMutation;