t/data/a_thaliana.blastn

   1 BLASTN 2.2.1 [Apr-13-2001]
   2
   3 Reference: Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schaffer,
   4 Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
   5 "Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
   6 programs",  Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
   7 RID: 1012577175-3730-28291
   8 Query=
   9          (60 letters)
  10
  11 Database: All GenBank+EMBL+DDBJ+PDB sequences (but no EST, STS, GSS,
  12 or phase 0, 1 or 2 HTGS sequences)
  13            1,083,200 sequences; 4,677,375,331 total letters
  14
  15
  16
  17
  18                                                                  Score    E
  19 Sequences producing significant alignments:                      (bits) Value
  20
  21 gb|AY052359.1| Arabidopsis thaliana At2g17400 mRNA, complete cds       96   3e-18
  22 gb|AC002329.2|AC002329 Arabidopsis thaliana chromosome II sectio...    96   3e-18
  23 gb|AF132318.1|AF132318 Buchnera aphidicola phosphoribosyl anthra...    42   0.040
  24 gb|AC024791.1| Caenorhabditis elegans cosmid Y47G6A, complete se...    36   2.5
  25 gb|AC017078.8| Homo sapiens BAC clone RP11-457N9 from 2, complet...    36   2.5
  26 gb|AC005046.3|AC005046 Homo sapiens BAC clone CTB-13F3 from 7q22...    36   2.5
  27 gb|AC006017.2|AC006017 Homo sapiens PAC clone RP5-981O7 from 7q3...    36   2.5
  28 dbj|AP001519.1|AP001519 Bacillus halodurans genomic DNA, section...    36   2.5
  29 gb|AC095064.3| Homo sapiens chromosome 4 clone RP11-620C21, comp...    34   9.7
  30 gb|AC003029.3| Homo sapiens Chromosome 12q24 PAC RP3-462E2 (Rosw...    34   9.7
  31 gb|AC079248.5| Homo sapiens BAC clone RP11-24J11 from 2, complet...    34   9.7
  32 gb|AC093865.2| Homo sapiens chromosome 2 clone RP11-560C24, comp...    34   9.7
  33 gb|AC010202.6|AC010202 Homo sapiens 12q BAC RP11-210L7 (Roswell ...    34   9.7
  34 gb|AC017118.3|AC017118 Genomic sequence for Arabidopsis thaliana...    34   9.7
  35 emb|AL355520.8|AL355520 Human DNA sequence from clone RP4-595C2 ...    34   9.7
  36 emb|AL137879.15|AL137879 Human DNA sequence from clone RP11-153O...    34   9.7
  37 gb|AC006395.1|AC006395 Homo sapiens PAC clone RP3-394H4 from Xq2...    34   9.7
  38 gb|AE000650.1|AE000650 Helicobacter pylori 26695 section 128 of ...    34   9.7
  39 gb|AC006924.3|AC006924 Homo sapiens, clone hRPK.32_A_1, complete...    34   9.7
  40 gb|AC006266.1|AC006266 Arabidopsis thaliana BAC F1K3 from chromo...    34   9.7
  41 gb|U32797.1|U32797 Haemophilus influenzae Rd section 112 of 163 ...    34   9.7
  42 emb|AJ286341.1|HIM286341 Human immunodeficiency virus type 1 pro...    34   9.7
  43 emb|AL161561.2|ATCHRIV61 Arabidopsis thaliana DNA chromosome 4, ...    34   9.7
  44 emb|AL161508.2|ATCHRIV20 Arabidopsis thaliana DNA chromosome 4, ...    34   9.7
  45 emb|AL035356.1|ATF22K18 Arabidopsis thaliana DNA chromosome 4, B...    34   9.7
  46 emb|AJ132676.1|MMU132676 Mus musculus IgVk gh33r pseudogene            34   9.7
  47 emb|AJ132673.1|MMU132673 Mus musculus IgVk gd33r pseudogene            34   9.7
  48 emb|AJ132672.1|MMU132672 Mus musculus IgVk gc33r pseudogene            34   9.7
  49 emb|Z74955.1|SCYOR047C S.cerevisiae chromosome XV reading frame ...    34   9.7
  50 emb|Z74954.1|SCYOR046C S.cerevisiae chromosome XV reading frame ...    34   9.7
  51 gb|U28135.1|SCU28135 Saccharomyces cerevisiae DEAD-Box Protein 5...    34   9.7
  52
  53 ALIGNMENTS
  54 >gb|AY052359.1| Arabidopsis thaliana At2g17400 mRNA, complete cds
  55           Length = 2826
  56
  57  Score = 95.6 bits (48), Expect = 3e-18
  58  Identities = 58/60 (96%), Gaps = 1/60 (1%)
  59  Strand = Plus / Plus
  60
  61
  62 Query: 1   aggaatgctgtttaattggaatcgtacaatggagaatttgacggaaatagaatcaacgat 60
  63            |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||
  64 Sbjct: 154 aggaatgctgtttaattggaatca-acaatggagaatttgacggaaatagaatcaacgat 212
  65
  66
  67 >gb|AC002329.2|AC002329 Arabidopsis thaliana chromosome II section 100 of 255 of the complete
  68              sequence. Sequence from clones T23A1, F5J6, MJB20
  69           Length = 76170
  70
  71  Score = 95.6 bits (48), Expect = 3e-18
  72  Identities = 58/60 (96%), Gaps = 1/60 (1%)
  73  Strand = Plus / Plus
  74
  75
  76 Query: 1     aggaatgctgtttaattggaatcgtacaatggagaatttgacggaaatagaatcaacgat 60
  77              |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||
  78 Sbjct: 60659 aggaatgctgtttaattggaatca-acaatggagaatttgacggaaatagaatcaacgat 60717
  79
  80
  81 >gb|AF132318.1|AF132318 Buchnera aphidicola phosphoribosyl anthranilate transferase (trpD),
  82            phosphoribosyl anthranilate isomerase/indoleglycerol
  83            phosphate synthetase fusion (trpC/F), beta subunit of
  84            tryptophan synthetase (trpB), and alpha subunit of
  85            tryptophan synthetase (trp>
  86           Length = 5383
  87
  88  Score = 42.1 bits (21), Expect = 0.040
  89  Identities = 21/21 (100%)
  90  Strand = Plus / Plus
  91
  92
  93 Query: 35  aatttgacggaaatagaatca 55
  94            |||||||||||||||||||||
  95 Sbjct: 536 aatttgacggaaatagaatca 556
  96
  97
  98 >gb|AC024791.1| Caenorhabditis elegans cosmid Y47G6A, complete sequence
  99           Length = 194322
 100
 101  Score = 36.2 bits (18), Expect = 2.5
 102  Identities = 18/18 (100%)
 103  Strand = Plus / Minus
 104
 105
 106 Query: 34     gaatttgacggaaataga 51
 107               ||||||||||||||||||
 108 Sbjct: 193876 gaatttgacggaaataga 193859
 109
 110
 111 >gb|AC017078.8| Homo sapiens BAC clone RP11-457N9 from 2, complete sequence
 112           Length = 193979
 113
 114  Score = 36.2 bits (18), Expect = 2.5
 115  Identities = 24/26 (92%)
 116  Strand = Plus / Plus
 117
 118
 119 Query: 3      gaatgctgtttaattggaatcgtaca 28
 120               ||||| ||||||| ||||||||||||
 121 Sbjct: 142900 gaatgttgtttaaatggaatcgtaca 142925
 122
 123
 124 >gb|AC005046.3|AC005046 Homo sapiens BAC clone CTB-13F3 from 7q22, complete sequence
 125           Length = 219436
 126
 127  Score = 36.2 bits (18), Expect = 2.5
 128  Identities = 18/18 (100%)
 129  Strand = Plus / Plus
 130
 131
 132 Query: 13    taattggaatcgtacaat 30
 133              ||||||||||||||||||
 134 Sbjct: 46649 taattggaatcgtacaat 46666
 135
 136
 137 >gb|AC006017.2|AC006017 Homo sapiens PAC clone RP5-981O7 from 7q34-q36, complete sequence
 138           Length = 162556
 139
 140  Score = 36.2 bits (18), Expect = 2.5
 141  Identities = 18/18 (100%)
 142  Strand = Plus / Minus
 143
 144
 145 Query: 13     taattggaatcgtacaat 30
 146               ||||||||||||||||||
 147 Sbjct: 114940 taattggaatcgtacaat 114923
 148
 149
 150 >dbj|AP001519.1|AP001519 Bacillus halodurans genomic DNA, section 13/14
 151           Length = 303650
 152
 153  Score = 36.2 bits (18), Expect = 2.5
 154  Identities = 18/18 (100%)
 155  Strand = Plus / Minus
 156
 157
 158 Query: 30    tggagaatttgacggaaa 47
 159              ||||||||||||||||||
 160 Sbjct: 28875 tggagaatttgacggaaa 28858
 161
 162
 163 >gb|AC095064.3| Homo sapiens chromosome 4 clone RP11-620C21, complete sequence
 164           Length = 87943
 165
 166  Score = 34.2 bits (17), Expect = 9.7
 167  Identities = 17/17 (100%)
 168  Strand = Plus / Plus
 169
 170
 171 Query: 12    ttaattggaatcgtaca 28
 172              |||||||||||||||||
 173 Sbjct: 42346 ttaattggaatcgtaca 42362
 174
 175
 176 >gb|AC003029.3| Homo sapiens Chromosome 12q24 PAC RP3-462E2 (Roswell Park Cancer
 177              Institute Human PAC library) complete sequence
 178           Length = 137830
 179
 180  Score = 34.2 bits (17), Expect = 9.7
 181  Identities = 17/17 (100%)
 182  Strand = Plus / Plus
 183
 184
 185 Query: 24    gtacaatggagaatttg 40
 186              |||||||||||||||||
 187 Sbjct: 71491 gtacaatggagaatttg 71507
 188
 189
 190 >gb|AC079248.5| Homo sapiens BAC clone RP11-24J11 from 2, complete sequence
 191           Length = 128535
 192
 193  Score = 34.2 bits (17), Expect = 9.7
 194  Identities = 17/17 (100%)
 195  Strand = Plus / Minus
 196
 197
 198 Query: 6      tgctgtttaattggaat 22
 199               |||||||||||||||||
 200 Sbjct: 111999 tgctgtttaattggaat 111983
 201
 202
 203 >gb|AC093865.2| Homo sapiens chromosome 2 clone RP11-560C24, complete sequence
 204           Length = 186218
 205
 206  Score = 34.2 bits (17), Expect = 9.7
 207  Identities = 17/17 (100%)
 208  Strand = Plus / Plus
 209
 210
 211 Query: 5      atgctgtttaattggaa 21
 212               |||||||||||||||||
 213 Sbjct: 113514 atgctgtttaattggaa 113530
 214
 215
 216 >gb|AC010202.6|AC010202 Homo sapiens 12q BAC RP11-210L7 (Roswell Park Cancer Institute Human
 217              BAC Library) complete sequence
 218           Length = 170004
 219
 220  Score = 34.2 bits (17), Expect = 9.7
 221  Identities = 17/17 (100%)
 222  Strand = Plus / Plus
 223
 224
 225 Query: 4     aatgctgtttaattgga 20
 226              |||||||||||||||||
 227 Sbjct: 95294 aatgctgtttaattgga 95310
 228
 229
 230 >gb|AC017118.3|AC017118 Genomic sequence for Arabidopsis thaliana BAC F6N18 from chromosome I,
 231              complete sequence
 232           Length = 92219
 233
 234  Score = 34.2 bits (17), Expect = 9.7
 235  Identities = 17/17 (100%)
 236  Strand = Plus / Plus
 237
 238
 239 Query: 14    aattggaatcgtacaat 30
 240              |||||||||||||||||
 241 Sbjct: 84400 aattggaatcgtacaat 84416
 242
 243
 244 >emb|AL355520.8|AL355520 Human DNA sequence from clone RP4-595C2 on chromosome 1q24.1-25.3
 245              Contains ESTs, STSs and GSSs. Contains the 3' part of the
 246              gene for two isoforms of the KIAA0351 protein and the gene
 247              for angiopoietin Y1, complete sequence [Homo sapiens]
 248           Length = 157575
 249
 250  Score = 34.2 bits (17), Expect = 9.7
 251  Identities = 17/17 (100%)
 252  Strand = Plus / Plus
 253
 254
 255 Query: 5     atgctgtttaattggaa 21
 256              |||||||||||||||||
 257 Sbjct: 80465 atgctgtttaattggaa 80481
 258
 259
 260 >emb|AL137879.15|AL137879 Human DNA sequence from clone RP11-153O23 on chromosome 13, complete
 261              sequence [Homo sapiens]
 262           Length = 85149
 263
 264  Score = 34.2 bits (17), Expect = 9.7
 265  Identities = 17/17 (100%)
 266  Strand = Plus / Plus
 267
 268
 269 Query: 25    tacaatggagaatttga 41
 270              |||||||||||||||||
 271 Sbjct: 41783 tacaatggagaatttga 41799
 272
 273
 274 >gb|AC006395.1|AC006395 Homo sapiens PAC clone RP3-394H4 from Xq23, complete sequence
 275           Length = 72291
 276
 277  Score = 34.2 bits (17), Expect = 9.7
 278  Identities = 17/17 (100%)
 279  Strand = Plus / Plus
 280
 281
 282 Query: 1     aggaatgctgtttaatt 17
 283              |||||||||||||||||
 284 Sbjct: 40047 aggaatgctgtttaatt 40063
 285
 286
 287 >gb|AE000650.1|AE000650 Helicobacter pylori 26695 section 128 of 134 of the complete genome
 288           Length = 11043
 289
 290  Score = 34.2 bits (17), Expect = 9.7
 291  Identities = 17/17 (100%)
 292  Strand = Plus / Minus
 293
 294
 295 Query: 36   atttgacggaaatagaa 52
 296             |||||||||||||||||
 297 Sbjct: 1772 atttgacggaaatagaa 1756
 298
 299
 300 >gb|AC006924.3|AC006924 Homo sapiens, clone hRPK.32_A_1, complete sequence
 301           Length = 165633
 302
 303  Score = 34.2 bits (17), Expect = 9.7
 304  Identities = 17/17 (100%)
 305  Strand = Plus / Minus
 306
 307
 308 Query: 4     aatgctgtttaattgga 20
 309              |||||||||||||||||
 310 Sbjct: 11360 aatgctgtttaattgga 11344
 311
 312
 313 >gb|AC006266.1|AC006266 Arabidopsis thaliana BAC F1K3 from chromosome IV near 21 cM, complete
 314              sequence
 315           Length = 105680
 316
 317  Score = 34.2 bits (17), Expect = 9.7
 318  Identities = 20/21 (95%)
 319  Strand = Plus / Minus
 320
 321
 322 Query: 20    aatcgtacaatggagaatttg 40
 323              ||||||||||||||| |||||
 324 Sbjct: 52077 aatcgtacaatggagtatttg 52057
 325
 326
 327 >gb|U32797.1|U32797 Haemophilus influenzae Rd section 112 of 163 of the complete genome
 328           Length = 10274
 329
 330  Score = 34.2 bits (17), Expect = 9.7
 331  Identities = 17/17 (100%)
 332  Strand = Plus / Minus
 333
 334
 335 Query: 26   acaatggagaatttgac 42
 336             |||||||||||||||||
 337 Sbjct: 2447 acaatggagaatttgac 2431
 338
 339
 340 >emb|AJ286341.1|HIM286341 Human immunodeficiency virus type 1 proviral env gene for gp160,
 341             genomic RNA, isolate M2424/4, clone 1
 342           Length = 2586
 343
 344  Score = 34.2 bits (17), Expect = 9.7
 345  Identities = 20/21 (95%)
 346  Strand = Plus / Plus
 347
 348
 349 Query: 7    gctgtttaattggaatcgtac 27
 350             |||||||||||||||| ||||
 351 Sbjct: 1176 gctgtttaattggaatagtac 1196
 352
 353
 354 >emb|AL161561.2|ATCHRIV61 Arabidopsis thaliana DNA chromosome 4, contig fragment No. 61
 355           Length = 198402
 356
 357  Score = 34.2 bits (17), Expect = 9.7
 358  Identities = 17/17 (100%)
 359  Strand = Plus / Plus
 360
 361
 362 Query: 44     gaaatagaatcaacgat 60
 363               |||||||||||||||||
 364 Sbjct: 146009 gaaatagaatcaacgat 146025
 365
 366
 367 >emb|AL161508.2|ATCHRIV20 Arabidopsis thaliana DNA chromosome 4, contig fragment No. 20
 368           Length = 196517
 369
 370  Score = 34.2 bits (17), Expect = 9.7
 371  Identities = 20/21 (95%)
 372  Strand = Plus / Minus
 373
 374
 375 Query: 20     aatcgtacaatggagaatttg 40
 376               ||||||||||||||| |||||
 377 Sbjct: 180658 aatcgtacaatggagtatttg 180638
 378
 379
 380 >emb|AL035356.1|ATF22K18 Arabidopsis thaliana DNA chromosome 4, BAC clone  F22K18 (ESSAII project)
 381           Length = 125803
 382
 383  Score = 34.2 bits (17), Expect = 9.7
 384  Identities = 17/17 (100%)
 385  Strand = Plus / Minus
 386
 387
 388 Query: 44     gaaatagaatcaacgat 60
 389               |||||||||||||||||
 390 Sbjct: 102901 gaaatagaatcaacgat 102885
 391
 392
 393 >emb|AJ132676.1|MMU132676 Mus musculus IgVk gh33r pseudogene
 394           Length = 737
 395
 396  Score = 34.2 bits (17), Expect = 9.7
 397  Identities = 17/17 (100%)
 398  Strand = Plus / Minus
 399
 400
 401 Query: 13  taattggaatcgtacaa 29
 402            |||||||||||||||||
 403 Sbjct: 317 taattggaatcgtacaa 301
 404
 405
 406 >emb|AJ132673.1|MMU132673 Mus musculus IgVk gd33r pseudogene
 407           Length = 813
 408
 409  Score = 34.2 bits (17), Expect = 9.7
 410  Identities = 17/17 (100%)
 411  Strand = Plus / Minus
 412
 413
 414 Query: 13  taattggaatcgtacaa 29
 415            |||||||||||||||||
 416 Sbjct: 318 taattggaatcgtacaa 302
 417
 418
 419 >emb|AJ132672.1|MMU132672 Mus musculus IgVk gc33r pseudogene
 420           Length = 736
 421
 422  Score = 34.2 bits (17), Expect = 9.7
 423  Identities = 17/17 (100%)
 424  Strand = Plus / Minus
 425
 426
 427 Query: 13  taattggaatcgtacaa 29
 428            |||||||||||||||||
 429 Sbjct: 318 taattggaatcgtacaa 302
 430
 431
 432 >emb|Z74955.1|SCYOR047C S.cerevisiae chromosome XV reading frame ORF YOR047c
 433           Length = 3461
 434
 435  Score = 34.2 bits (17), Expect = 9.7
 436  Identities = 17/17 (100%)
 437  Strand = Plus / Plus
 438
 439
 440 Query: 24  gtacaatggagaatttg 40
 441            |||||||||||||||||
 442 Sbjct: 473 gtacaatggagaatttg 489
 443
 444
 445 >emb|Z74954.1|SCYOR046C S.cerevisiae chromosome XV reading frame ORF YOR046c
 446           Length = 2310
 447
 448  Score = 34.2 bits (17), Expect = 9.7
 449  Identities = 17/17 (100%)
 450  Strand = Plus / Plus
 451
 452
 453 Query: 24   gtacaatggagaatttg 40
 454             |||||||||||||||||
 455 Sbjct: 1605 gtacaatggagaatttg 1621
 456
 457
 458 >gb|U28135.1|SCU28135 Saccharomyces cerevisiae DEAD-Box Protein 5 (DBP5) gene, complete cds
 459           Length = 3696
 460
 461  Score = 34.2 bits (17), Expect = 9.7
 462  Identities = 17/17 (100%)
 463  Strand = Plus / Minus
 464
 465
 466 Query: 24   gtacaatggagaatttg 40
 467             |||||||||||||||||
 468 Sbjct: 1212 gtacaatggagaatttg 1196
 469
 470
 471   Database: All GenBank+EMBL+DDBJ+PDB sequences (but no EST, STS, GSS,
 472   or phase 0, 1 or 2 HTGS sequences)
 473     Posted date:  Jan 31, 2002 11:56 PM
 474   Number of letters in database: 382,408,035
 475   Number of sequences in database:  1,083,200
 476
 477 Lambda     K      H
 478     1.37    0.711     1.31
 479
 480 Gapped
 481 Lambda     K      H
 482     1.37    0.711     1.31
 483
 484
 485 Matrix: blastn matrix:1 -3
 486 Gap Penalties: Existence: 5, Extension: 2
 487 Number of Hits to DB: 117,267
 488 Number of Sequences: 1083200
 489 Number of extensions: 117267
 490 Number of successful extensions: 7699
 491 Number of sequences better than 10.0: 31
 492 length of query: 60
 493 length of database: 4,677,375,331
 494 effective HSP length: 19
 495 effective length of query: 41
 496 effective length of database: 4,656,794,531
 497 effective search space: 190928575771
 498 effective search space used: 190928575771
 499 T: 0
 500 A: 30
 501 X1: 6 (11.9 bits)
 502 X2: 15 (29.7 bits)
 503 S1: 12 (24.3 bits)
 504 S2: 17 (34.2 bits)
 505