t/data/bl2seq.blastx.out

   1 Query= AE000111.1 Escherichia coli K-12 MG1655 section 1 of 400 of the
   2 complete genome
   3          (720 letters)
   4
   5 >AK1H_ECOLI P00561 Bifunctional aspartokinase/homoserine
   6            dehydrogenase I (AKI-HDI) [Includes: Aspartokinase I ;
   7            Homoserine dehydrogenase I ]
   8           Length = 820
   9
  10  Score =  248 bits (634), Expect = 2e-70
  11  Identities = 128/128 (100%), Positives = 128/128 (100%)
  12  Frame = -1
  13
  14 Query: 384 MRVLKFGGTSVANAERFLRVADILESNARQGQVATVLSAPAKITNHLVAMIEKTISGQDA 205
  15            MRVLKFGGTSVANAERFLRVADILESNARQGQVATVLSAPAKITNHLVAMIEKTISGQDA
  16 Sbjct: 1   MRVLKFGGTSVANAERFLRVADILESNARQGQVATVLSAPAKITNHLVAMIEKTISGQDA 60
  17
  18 Query: 204 LPNISDAERIFAELLTGLAAAQPGFPLAQLKTFVDQEFAQIKHVLHGISLLGQCPDSINA 25
  19            LPNISDAERIFAELLTGLAAAQPGFPLAQLKTFVDQEFAQIKHVLHGISLLGQCPDSINA
  20 Sbjct: 61  LPNISDAERIFAELLTGLAAAQPGFPLAQLKTFVDQEFAQIKHVLHGISLLGQCPDSINA 120
  21
  22 Query: 24  ALICRGEK 1
  23            ALICRGEK
  24 Sbjct: 121 ALICRGEK 128
  25
  26
  27
  28  Score = 19.2 bits (38), Expect = 0.29
  29  Identities = 15/57 (26%), Positives = 28/57 (48%)
  30  Frame = -1
  31
  32 Query: 420 LFFSTKGNEVTTMRVLKFGGTSVANAERFLRVADILESNARQGQVATVLSAPAKITN 250
  33            + F+T  ++V  + V+  GG   A  E+  R    L++     +V  V ++ A +TN
  34 Sbjct: 458 MLFNT--DQVIEVFVIGVGGVGGALLEQLKRQQSWLKNKHIDLRVCGVANSKALLTN 512
  35
  36
  37
  38  Score = 18.5 bits (36), Expect = 0.49
  39  Identities = 11/42 (26%), Positives = 18/42 (42%)
  40  Frame = -1
  41
  42 Query: 360 TSVANAERFLRVADILESNARQGQVATVLSAPAKITNHLVAM 235
  43            T +   E+ L V   LES     +    ++A     +H+V M
  44 Sbjct: 146 TVIDPVEKLLAVGHYLESTVDIAESTRRIAASRIPADHMVLM 187
  45
  46
  47
  48  Score = 17.7 bits (34), Expect = 0.84
  49  Identities = 10/35 (28%), Positives = 17/35 (48%)
  50  Frame = -1
  51
  52 Query: 267 PAKITNHLVAMIEKTISGQDALPNISDAERIFAEL 163
  53            P K  ++L  M   ++SG      +  A R+FA +
  54 Sbjct: 305 PVKGISNLNNMAMFSVSGPGMKGMVGMAARVFAAM 339
  55
  56
  57
  58  Score = 15.0 bits (27), Expect = 5.5
  59  Identities = 5/14 (35%), Positives = 8/14 (56%)
  60  Frame = -3
  61
  62 Query: 388 NHASVEVRRYISGK 347
  63            NH    + + ISG+
  64 Sbjct: 45  NHLVAMIEKTISGQ 58
  65
  66
  67
  68  Score = 15.0 bits (27), Expect = 5.5
  69  Identities = 5/7 (71%), Positives = 7/7 (99%)
  70  Frame = +1
  71
  72 Query: 640 PVQKLLS 660
  73            PV+KLL+
  74 Sbjct: 150 PVEKLLA 156
  75
  76
  77 Lambda     K      H
  78    0.318    0.135    0.401
  79
  80 Gapped
  81 Lambda     K      H
  82    0.267   0.0410    0.140
  83
  84
  85 Matrix: BLOSUM62
  86 Gap Penalties: Existence: 11, Extension: 1
  87 Number of Hits to DB: 1264
  88 Number of Sequences: 0
  89 Number of extensions: 25
  90 Number of successful extensions: 6
  91 Number of sequences better than 10.0: 2
  92 Number of HSP's better than 10.0 without gapping: 1
  93 Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 0
  94 Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 0
  95 Number of HSP's gapped (non-prelim): 6
  96 length of database: 820
  97 effective HSP length: 33
  98 effective length of database: 787
  99 effective search space used:   162122
 100 frameshift window, decay const: 50,  0.1
 101 T: 12
 102 A: 40
 103 X1: 16 ( 7.3 bits)
 104 X2: 38 (14.6 bits)
 105 X3: 64 (24.7 bits)
 106 S1: 25 (14.3 bits)