t/data/dnaEbsub_ecoli.wublastx

   1 BLASTX 2.0MP-WashU [12-Feb-2001] [linux-i686 01:36:08 31-Jan-2001]
   2
   3 Copyright (C) 1996-2000 Washington University, Saint Louis, Missouri USA.
   4 All Rights Reserved.
   5
   6 Reference:  Gish, W. (1996-2000) http://blast.wustl.edu
   7 Gish, Warren and David J. States (1993).  Identification of protein coding
   8 regions by database similarity search.  Nat. Genet. 3:266-72.
   9
  10 Notice:  statistical significance is estimated under the assumption that the
  11 equivalent of one entire reading frame in the query sequence codes for protein
  12 and that significant alignments will involve only coding reading frames.
  13
  14 Query=  gi|142864|gb|M10040.1|BACDNAE B.subtilis dnaE gene encoding DNA
  15     primase, complete cds
  16         (2001 letters)
  17
  18   Translating both strands of query sequence in all 6 reading frames
  19
  20 Database:  ecoli.aa
  21            4289 sequences; 1,358,990 total letters.
  22 Searching....10....20....30....40....50....60....70....80....90....100% done
  23
  24                                                                      Smallest
  25                                                                        Sum
  26                                                               High  Probability
  27 Sequences producing High-scoring Segment Pairs:              Score  P(N)      N
  28
  29 gi|1789447|gb|AAC76102.1| (AE000388) DNA biosynthesis; DN...   671  1.1e-74   1
  30
  31
  32
  33 >gi|1789447|gb|AAC76102.1| (AE000388) DNA biosynthesis; DNA primase
  34             [Escherichia coli]
  35         Length = 581
  36
  37   Plus Strand HSPs:
  38
  39  Score = 671 (265.8 bits), Expect = 1.1e-74, P = 1.1e-74
  40  Identities = 151/421 (35%), Positives = 223/421 (52%), Frame = +3
  41
  42 Query:    21 MGNRIPDEIVDQVQKSADIVEVIGDYVQLKKQGRNYFGLCPFHGESTPSFSVSPDKQIFH 200
  43              M  RIP   ++ +    DIV++I   V+LKKQG+N+   CPFH E TPSF+V+ +KQ +H
  44 Sbjct:     1 MAGRIPRVFINDLLARTDIVDLIDARVKLKKQGKNFHACCPFHNEKTPSFTVNGEKQFYH 60
  45
  46 Query:   201 CFGCGAGGNVFSFLRQMEGYSFAESVSHLADKYQIDFPDDITVHSGARP---ESSGEQKM 371
  47              CFGCGA GN   FL   +   F E+V  LA  + ++ P +    +G+ P   E    Q +
  48 Sbjct:    61 CFGCGAHGNAIDFLMNYDKLEFVETVEELAAMHNLEVPFE----AGSGPSQIERHQRQTL 116
  49
  50 Query:   372 AEAHELLKKFYHHLLINTKEGQEALDYLLSRGFTKELINEFQIGYALDSWDFITKFLVKR 551
  51               +  + L  FY   L        A  YL  RG + E+I  F IG+A   WD + K
  52 Sbjct:   117 YQLMDGLNTFYQQSL-QQPVATSARQYLEKRGLSHEVIARFAIGFAPPGWDNVLKRFGGN 175
  53
  54 Query:   552 GFSEAQMEKAGLLIRREDGSGYFDRFRNRVMFPIHDHHGAVVAFSGRALGSQQPKYMNSP 731
  55                +   +  AG+L+  + G  Y DRFR RVMFPI D  G V+ F GR LG+  PKY+NSP
  56 Sbjct:   176 PENRQSLIDAGMLVTNDQGRSY-DRFRERVMFPIRDKRGRVIGFGGRVLGNDTPKYLNSP 234
  57
  58 Query:   732 ETPLFHKSKLLYNFYKARLHIRKQERAVLFEGFADVYTAVSSDVKESIATMGTSLTDDHV 911
  59              ET +FHK + LY  Y+A+    +  R ++ EG+ DV       +  ++A++GTS T DH+
  60 Sbjct:   235 ETDIFHKGRQLYGLYEAQQDNAEPNRLLVVEGYMDVVALAQYGINYAVASLGTSTTADHI 294
  61
  62 Query:   912 KILRRNVEEIILCYDSDKAGYEATLKASELL---QKKGCKVRVAMIPDGLDPDDYIKKFG 1082
  63              ++L R    +I CYD D+AG +A  +A E        G ++R   +PDG DPD  ++K G
  64 Sbjct:   295 QLLFRATNNVICCYDGDRAGRDAAWRALETALPYMTDGRQLRFMFLPDGEDPDTLVRKEG 354
  65
  66 Query:  1083 GEKFKNDIIDASVTVMAFKMQYFRKGKNLSDEGDRLAYIKDVLKEISTLSGSLEQEVYVK 1262
  67               E F+  + + ++ + AF         +LS    R       L  IS + G   + +Y++
  68 Sbjct:   355 KEAFEARM-EQAMPLSAFLFNSLMPQVDLSTPDGRARLSTLALPLISQVPGETLR-IYLR 412
  69
  70 Query:  1263 Q 1265
  71              Q
  72 Sbjct:   413 Q 413
  73
  74
  75 Parameters:
  76   novalidctxok
  77   nonnegok
  78   gapall
  79   Q=12
  80   R=1
  81   cpus=1
  82   filter=seg
  83   matrix=blosum62
  84   W=3
  85   S2=41
  86   gapS2=68
  87   X=16
  88   gapX=38
  89   hitdist=40
  90   gi
  91   gapL=0.27
  92   gapK=0.047
  93   gapH=0.23
  94
  95   ctxfactor=5.99
  96   E=10
  97
  98   Query                        -----  As Used  -----    -----  Computed  ----
  99   Frame  MatID Matrix name     Lambda    K       H      Lambda    K       H
 100    +3      0   blosum62        0.318   0.135   0.401    0.324   0.139   0.405
 101                Q=12,R=1        0.270   0.0470  0.230     n/a     n/a     n/a
 102    +2      0   blosum62        0.318   0.135   0.401    0.365   0.163   0.618
 103                Q=12,R=1        0.270   0.0470  0.230     n/a     n/a     n/a
 104    +1      0   blosum62        0.318   0.135   0.401    0.356   0.155   0.528
 105                Q=12,R=1        0.270   0.0470  0.230     n/a     n/a     n/a
 106    -1      0   blosum62        0.318   0.135   0.401    0.350   0.155   0.543
 107                Q=12,R=1        0.270   0.0470  0.230     n/a     n/a     n/a
 108    -2      0   blosum62        0.318   0.135   0.401    0.350   0.155   0.505
 109                Q=12,R=1        0.270   0.0470  0.230     n/a     n/a     n/a
 110    -3      0   blosum62        0.318   0.135   0.401    0.358   0.157   0.543
 111                Q=12,R=1        0.270   0.0470  0.230     n/a     n/a     n/a
 112
 113   Query
 114   Frame  MatID  Length  Eff.Length     E    S W   T  X   E2     S2
 115    +3      0      666       666       10.  59 3  12 16  0.021   41
 116                                                     38  0.0     59
 117    +2      0      666       666       10.  59 3  12 16  0.021   41
 118                                                     38  0.0     59
 119    +1      0      667       667       10.  59 3  12 16  0.021   41
 120                                                     38  0.0     59
 121    -1      0      667       667       10.  59 3  12 16  0.021   41
 122                                                     38  0.0     59
 123    -2      0      666       666       10.  59 3  12 16  0.021   41
 124                                                     38  0.0     59
 125    -3      0      666       666       10.  59 3  12 16  0.021   41
 126                                                     38  0.0     59
 127
 128
 129 Statistics:
 130
 131   Database:  /home/jes12/db/ecoli.aa
 132    Title:  ecoli.aa
 133    Posted:  2:52:35 PM EST Nov 18, 2001
 134    Created:  9:46:47 AM EST Nov 18, 2001
 135    Format:  XDF-1
 136    # of letters in database:  1,358,990
 137    # of sequences in database:  4289
 138    # of database sequences satisfying E:  1
 139   No. of states in DFA:  600 (64 KB)
 140   Total size of DFA:  655 KB (1283 KB)
 141   Time to generate neighborhood:  0.04u 0.01s 0.05t  Elapsed: 00:00:00
 142   No. of threads or processors used:  1
 143   Search cpu time:  0.44u 0.01s 0.45t  Elapsed: 00:00:01
 144   Total cpu time:  0.48u 0.02s 0.50t  Elapsed: 00:00:01
 145   Start:  Sat Apr 20 14:39:05 2002   End:  Sat Apr 20 14:39:06 2002