t/data/ecoli_domains.rpsblast

   1 RPS-BLAST 2.2.4 [Aug-26-2002]
   2
   3 Query= gi|1786183|gb|AAC73113.1| (AE000111) aspartokinase I,
   4 homoserine dehydrogenase I [Escherichia coli]
   5          (820 letters)
   6
   7
   8
   9                                                                  Score    E
  10 Sequences producing significant alignments:                      (bits) Value
  11
  12 gnl|CDD|3919 smart00483, POLXc, DNA polymerase X family; include...    28   0.064
  13 gnl|CDD|7379 smart00533, MUTSd, DNA-binding domain of DNA mismat...    26   0.47
  14 gnl|CDD|178 smart00202, SR, Scavenger receptor Cys-rich; The sea...    22   4.5
  15 gnl|CDD|8977 smart00359, PUA, Putative RNA-binding Domain in Pse...    22   7.0
  16 gnl|CDD|7370 smart00486, POLBc, DNA polymerase type-B family; DN...    22   7.6
  17 gnl|CDD|28 smart00035, CLa, CLUSTERIN alpha chain;                     21   7.6
  18 gnl|CDD|8994 smart00450, RHOD, Rhodanese Homology Domain; An alp...    22   8.0
  19
  20 >gnl|CDD|3919 smart00483, POLXc, DNA polymerase X family; includes vertebrate
  21            polymerase beta and terminal
  22            deoxynucleotidyltransferases
  23           Length = 335
  24
  25  Score = 28.3 bits (63), Expect = 0.064
  26  Identities = 11/57 (19%), Positives = 21/57 (36%), Gaps = 3/57 (5%)
  27
  28 Query: 599 SRRKFLYDTNVGAGLPVIENLQNLLNAGDELMKFSGILSGSLSYIFGKLDEGMSFSE 655
  29            ++RK  Y         V+++L   +N+  +L    GI       I   ++ G
  30 Sbjct: 23  NKRKCSY---FRKAASVLKSLPFPINSMKDLKGLPGIGDKIKKKIEEIIETGKLSKA 76
  31
  32
  33 >gnl|CDD|7379 smart00533, MUTSd, DNA-binding domain of DNA mismatch repair MUTS
  34            family;
  35           Length = 310
  36
  37  Score = 25.7 bits (56), Expect = 0.47
  38  Identities = 19/107 (17%), Positives = 36/107 (32%), Gaps = 21/107 (19%)
  39
  40 Query: 9   TSVANAERFLR------VADILESNARQGQVATVLSAPAKITNHLVAMIEKTISGQDALP 62
  41                  +R LR      + D+ E N R                 L+   E     +  L
  42 Sbjct: 13  CKTPMGKRLLRRWLLQPLTDLKEINERL-----------DAVEELLENPELRQDLRGLLK 61
  43
  44 Query: 63  NISDAERIFAELLTGLAAAQPGFPLAQLKTFVDQEFAQIKHVLHGIS 109
  45             I D ER+ + +    A+ +    L +L   ++    +I+ +L  +
  46 Sbjct: 62  RIPDLERLLSRIKLSRASPR---DLLRLYDSLEG-LKEIRKLLESLE 104
  47
  48
  49 >gnl|CDD|178 smart00202, SR, Scavenger receptor Cys-rich; The sea urchin egg
  50            peptide speract contains 4 repeats of SR domains that
  51            contain 6 conserved cysteines. May bind bacterial
  52            antigens in the protein MARCO
  53           Length = 101
  54
  55  Score = 22.2 bits (47), Expect = 4.5
  56  Identities = 13/53 (24%), Positives = 20/53 (37%), Gaps = 2/53 (3%)
  57
  58 Query: 648 DEGMSFSEATTLAREMGYTEP--DPRDDLSGMDVARKLLILARETGRELELAD 698
  59            D+G    +A  + R++G+            G       L   R TG E  L+D
  60 Sbjct: 27  DDGWDLRDANVVCRQLGFGGAVSASGSAYFGPGSGPIWLDNVRCTGTEASLSD 79
  61
  62
  63 >gnl|CDD|8977 smart00359, PUA, Putative RNA-binding Domain in PseudoUridine
  64            synthase and Archaeosine transglycosylase;
  65           Length = 78
  66
  67  Score = 21.8 bits (46), Expect = 7.0
  68  Identities = 10/40 (25%), Positives = 17/40 (42%), Gaps = 5/40 (12%)
  69
  70 Query: 135 AGVLEARGH-----NVTVIDPVEKLLAVGHYLESTVDIAE 169
  71             GV+   G       V ++D   + L +G    S+ +IA
  72 Sbjct: 22  PGVVRVDGDIKEGDVVVIVDEKGEPLGIGLANMSSEEIAR 61
  73
  74
  75 >gnl|CDD|7370 smart00486, POLBc, DNA polymerase type-B family; DNA polymerase
  76            alpha, delta, epsilon and zeta chain (eukaryota), DNA
  77            polymerases in archaea, DNA polymerase II in e. coli,
  78            mitochondrial DNA polymerases and and virus DNA
  79            polymerases
  80           Length = 475
  81
  82  Score = 21.7 bits (45), Expect = 7.6
  83  Identities = 8/33 (24%), Positives = 14/33 (42%), Gaps = 3/33 (9%)
  84
  85 Query: 247 KSMSYQEAMELSYFGAKVLHPRTI---TPIAQF 276
  86            K +  +   ++ Y G KVL P+      P+
  87 Sbjct: 275 KGLEPELKKKVKYEGGKVLEPKKGFYENPVLVL 307
  88
  89
  90 >gnl|CDD|28 smart00035, CLa, CLUSTERIN alpha chain;
  91           Length = 215
  92
  93  Score = 21.5 bits (45), Expect = 7.6
  94  Identities = 7/13 (53%), Positives = 9/13 (68%)
  95
  96 Query: 479 ALLEQLKRQQSWL 491
  97            +LLEQL  Q  W+
  98 Sbjct: 129 SLLEQLNEQFGWV 141
  99
 100
 101 >gnl|CDD|8994 smart00450, RHOD, Rhodanese Homology Domain; An alpha beta fold
 102            found duplicated in the Rhodanese protein. The the
 103            Cysteine containing enzymatically active version of the
 104            domain is also found in the CDC25 class of protein
 105            phosphatases and a variety of proteins such as sulfide
 106            dehydrogenases and stress proteins such as Senesence
 107            specific protein 1 in plants, PspE and GlpE in bacteria
 108            and cyanide and arsenate resistance proteins. Inactive
 109            versions with a loss of the cysteine are also seen in
 110            Dual specificity phosphatases, ubiquitin hydrolases from
 111            yeast and in sulfuryltransferases. These are likely to
 112            play a role in protein interactions
 113           Length = 109
 114
 115  Score = 21.7 bits (45), Expect = 8.0
 116  Identities = 14/56 (25%), Positives = 17/56 (30%)
 117
 118 Query: 520 NWQEELAQAKEPFNLGRLIRLVKEYHLLNPVIVDCTSSQAVADQYADFLREGFHVV 575
 119               E L +  E  +L   +          PVIV C S    A         GF  V
 120 Sbjct: 38  PLSELLDRRGETDSLFEELLGSLGLDKDKPVIVYCRSGNRSAKAAWLLRELGFKNV 93
 121
 122
 123 Lambda     K      H
 124    0.319    0.136    0.384
 125
 126 Gapped
 127 Lambda     K      H
 128    0.267   0.0574    0.140
 129
 130
 131 Matrix: BLOSUM62
 132 Gap Penalties: Existence: 1100, Extension: 100
 133 Number of Hits to DB: 194,372
 134 Number of Sequences: 0
 135 Number of extensions: 14001
 136 Number of successful extensions: 17
 137 Number of sequences better than 10.0: 1
 138 Number of HSP's better than 10.0 without gapping: 1
 139 Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 0
 140 Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 0
 141 Number of HSP's gapped (non-prelim): 17
 142 length of query: 438
 143 length of database: 75,508
 144 effective HSP length: 68
 145 effective length of query: 438
 146 effective length of database: 31,988
 147 effective search space: 14010744
 148 effective search space used: 24054976
 149 T: 11
 150 A: 40
 151 X1: 1600 (737.2 bits)
 152 X2: 3800 (1463.8 bits)
 153 X3: 6400 (2465.3 bits)
 154 S1: 4100 (1892.0 bits)
 155 S2: 43 (20.7 bits)