t/data/exonerate.output.negativescore.works

   1 C4 Alignment:
   2 ------------
   3          Query: aly-miR169a MIMAT0017485 Arabidopsis lyrata miR169a
   4         Target: contig15750__54-177
   5          Model: ungapped:dna2dna
   6      Raw score: -3
   7    Query range: 0 -> 21
   8   Target range: 19 -> 40
   9
  10   1 : CAGCCAAGGATGACTTGCCGA : 21
  11        |||||||||||| ||||| |
  12  20 : TagccaaggaTgaaTTgccTa : 40
  13
  14 vulgar: aly-miR169a 0 21 + contig15750__54-177 19 40 + -3 M 21 21
  15 -- completed exonerate analysis