t/data/glimmer3-fragment.detail

   1 Command:  glimmer3 -l -X AAVN02000021.1.fasta aavn.icm glimmer3-fragment
   2
   3 Sequence file = AAVN02000021.1.fasta
   4 Number of sequences = 1
   5 ICM model file = aavn.icm
   6 Excluded regions file = none
   7 List of orfs file = none
   8 Input is NOT separate orfs
   9 Independent (non-coding) scores are used
  10 Circular genome = false
  11 Truncated orfs = true
  12 Minimum gene length = 100 bp
  13 Maximum overlap bases = 30
  14 Threshold score = 30
  15 Use first start codon = false
  16 Start codons = atg,gtg,ttg
  17 Start probs = 0.600,0.300,0.100
  18 Stop codons = taa,tag,tga
  19 GC percentage = 53.3%
  20 Ignore score on orfs longer than 812
  21
  22
  23 >gi|123977258|gb|AAVN02000021.1| Collinsella aerofaciens ATCC 25986 C_aerofaciens-2.0_Cont1.6, whole genome shotgun sequence
  24 Sequence length = 2932
  25
  26            ----- Start -----           --- Length ----  ------------- Scores -------------
  27  ID  Frame   of Orf  of Gene     Stop   of Orf of Gene      Raw InFrm F1 F2 F3 R1 R2 R3 NC
  28         +1       -2       79      192      189     111    -5.50     0  0  - 99  -  -  0  0
  29         -1      333      270      154      177     114   -13.99     0  -  0 99  0  -  0  0
  30         -2      340      328      221      117     105    -9.96     0  -  0 93  0  0  1  5
  31         +2      134      263      424      288     159   -10.03     0  0  0 99  -  -  0  0
  32         -3      458      233        3      453     228     1.15     0  -  - 99  -  -  0  0
  33         +1      229      277      540      309     261    -9.76     0  0  - 99  -  -  -  0
  34 0001    +3        0        0      674      669     669     7.01    99  -  - 99  -  -  -  0
  35         -2      727      580      368      357     210    -3.05     0  -  - 99  -  0  -  0
  36         -1      786      771      658      126     111   -14.03     0  -  -  -  0  -  - 99
  37         -2      904      859      728      174     129   -12.38     0  1  -  -  -  0  - 98
  38         -3      914      905      750      162     153    -0.96    17  0  -  9  -  0 17 72
  39         +1      718      778      930      210     150    -3.84     0  0  -  1  -  -  - 98
  40         -1      978      918      787      189     129   -12.66     0  0  -  1  0  - 80 17
  41         +3      750      804      986      234     180    -4.06     0  -  -  0  -  -  - 99
  42         -1     1110     1089      979      129     108   -11.01     0  -  0  -  0  -  - 99
  43         +2      983     1016     1234      249     216    -6.83     0  -  0 96  -  0  -  3
  44 0002    +3     1005     1071     1253      246     180     5.32    99  -  - 99  -  0  -  0
  45         -2     1339     1225     1013      324     210    -6.58     0  -  0 49  -  0  - 50
  46         +2     1322     1388     1492      168     102    -8.80     0 99  0  -  0  -  0  0
  47         -3     1514     1514     1302      210     210    -4.98     0 99  -  -  0  -  0  0
  48         -1     1605     1221     1111      492     108   -14.08     0  -  0 99  0  0  0  0
  49         -2     1771     1744     1619      150     123   -16.35     0 99  -  -  0  0  0  0
  50         +2     1814     1820     1930      114     108    -7.50     0 99  0  -  -  -  0  0
  51         -3     1973     1622     1515      456     105    -1.02     0 99  0  -  -  -  0  0
  52         -3     2258     2090     1974      282     114    -5.13     0 99  -  -  0  -  0  0
  53         +2     2000     2081     2287      285     204   -14.54     0 99  0  -  0  0  -  0
  54         -2     2335     2332     2018      315     312   -12.59     0 99  -  -  0  0  -  0
  55         -1     2340     2247     1891      447     354    -3.45     0 99  -  -  0  -  -  0
  56 0003    +1     1177     1231     2511     1332    1278    12.08    99 99  -  -  -  -  -  0
  57         +2     2288     2453     2560      270     105    -9.51     0  -  0  0  0  -  - 99
  58         -1     2562     2502     2341      219     159    -1.23     0 99  0  -  0  -  -  0
  59         +3     2457     2478     2594      135     114   -12.83     0  -  -  0  -  -  - 99
  60         -3     2831     2816     2652      177     162    -9.05     0 84  -  -  -  -  0 15
  61         -2     2935     2935     2813      117     117    -9.81     0 99  0  0  0  0  -  0
  62 0004    -1     2934     2880     2755      174     123     2.72    40 25 32  - 40  -  -  1
  63         +3     2802     2805     2933      129     126    -8.60     0 99  0  0  0  -  -  0
  64 0005    +1     2656     2677     2934      276     255     5.90    99 99  -  -  -  -  -  0
  65         +2     2699     2798     2935      234     135    -3.20     0 99  0  0  0  -  -  0