t/data/megablast_output.paracel_btk

   1 MEGABLAST 1.4.13-Paracel [2002-12-12]
   2
   3
   4 Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
   5 "A greedy algorithm for aligning DNA sequences",
   6 J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14.
   7
   8 Database: bwb/tmp/vISbyVPvvB
   9            2 sequences; 80 total letters
  10
  11 Searching. done
  12 Query= DNA sequence #1
  13          (40 letters)
  14
  15
  16
  17                                                                  Score    E
  18 Sequences producing significant alignments:                      (bits) Value
  19
  20 reverse-complement of sequence #1                                      74   1e-19
  21 DNA sequence #1                                                        74   1e-19
  22
  23 >reverse-complement of sequence #1
  24           Length = 40
  25
  26  Score = 73.8 bits (37), Expect = 1e-19
  27  Identities = 37/37 (100%)
  28  Strand = Plus / Minus
  29
  30
  31 Query: 2  ccccccccccccccccccccccccccccccccccccc 38
  32           |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  33 Sbjct: 40 ccccccccccccccccccccccccccccccccccccc 4
  34
  35
  36
  37  Score = 67.9 bits (34), Expect = 8e-18
  38  Identities = 34/34 (100%)
  39  Strand = Plus / Minus
  40
  41
  42 Query: 1  cccccccccccccccccccccccccccccccccc 34
  43           ||||||||||||||||||||||||||||||||||
  44 Sbjct: 36 cccccccccccccccccccccccccccccccccc 3
  45
  46
  47 >DNA sequence #1
  48           Length = 40
  49
  50  Score = 73.8 bits (37), Expect = 1e-19
  51  Identities = 37/37 (100%)
  52  Strand = Plus / Plus
  53
  54
  55 Query: 2  ccccccccccccccccccccccccccccccccccccc 38
  56           |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  57 Sbjct: 1  ccccccccccccccccccccccccccccccccccccc 37
  58
  59
  60
  61  Score = 71.9 bits (36), Expect = 5e-19
  62  Identities = 36/36 (100%)
  63  Strand = Plus / Plus
  64
  65
  66 Query: 1  cccccccccccccccccccccccccccccccccccc 36
  67           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  68 Sbjct: 3  cccccccccccccccccccccccccccccccccccc 38
  69
  70
  71 Searching. done
  72 Query= reverse-complement of sequence #1
  73          (40 letters)
  74
  75
  76
  77                                                                  Score    E
  78 Sequences producing significant alignments:                      (bits) Value
  79
  80 reverse-complement of sequence #1                                      74   1e-19
  81 DNA sequence #1                                                        74   1e-19
  82
  83 >reverse-complement of sequence #1
  84           Length = 40
  85
  86  Score = 73.8 bits (37), Expect = 1e-19
  87  Identities = 37/37 (100%)
  88  Strand = Plus / Plus
  89
  90
  91 Query: 3  ggggggggggggggggggggggggggggggggggggg 39
  92           |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  93 Sbjct: 4  ggggggggggggggggggggggggggggggggggggg 40
  94
  95
  96
  97  Score = 67.9 bits (34), Expect = 8e-18
  98  Identities = 34/34 (100%)
  99  Strand = Plus / Plus
 100
 101
 102 Query: 7  gggggggggggggggggggggggggggggggggg 40
 103           ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104 Sbjct: 3  gggggggggggggggggggggggggggggggggg 36
 105
 106
 107 >DNA sequence #1
 108           Length = 40
 109
 110  Score = 73.8 bits (37), Expect = 1e-19
 111  Identities = 37/37 (100%)
 112  Strand = Plus / Minus
 113
 114
 115 Query: 3  ggggggggggggggggggggggggggggggggggggg 39
 116           |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117 Sbjct: 37 ggggggggggggggggggggggggggggggggggggg 1
 118
 119
 120
 121  Score = 71.9 bits (36), Expect = 5e-19
 122  Identities = 36/36 (100%)
 123  Strand = Plus / Minus
 124
 125
 126 Query: 5  gggggggggggggggggggggggggggggggggggg 40
 127           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128 Sbjct: 38 gggggggggggggggggggggggggggggggggggg 3
 129
 130
 131   Database: bwb/tmp/vISbyVPvvB
 132     Posted date:  Jan 23, 2003  9:25 AM
 133   Number of letters in database: 80
 134   Number of sequences in database:  2
 135
 136 Lambda     K      H
 137     1.37    0.711     1.31
 138
 139 Gapped
 140 Lambda     K      H
 141     1.37    0.711     1.31
 142
 143
 144 Matrix: blastn matrix:1 -3
 145 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 0
 146 Number of Hits to DB: 0
 147 Number of Sequences: 2
 148 length of database: 80
 149 effective search space used:        0
 150 S2: 4 ( 8.4 bits)