t/SeqIO/qual.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use Bio::Root::Test;
   8
   9     test_begin(-tests => 18);
  10
  11         use_ok('Bio::SeqIO');
  12         use_ok('Bio::Seq::PrimaryQual');
  13 }
  14
  15 my $DEBUG = test_debug();
  16
  17 my $in_qual  = Bio::SeqIO->new('-file' => test_input_file('qualfile.qual'),
  18                                '-format' => 'qual');
  19 ok($in_qual);
  20
  21 my @quals;
  22
  23 my $first = 1;
  24 while ( my $qual = $in_qual->next_seq() ) {
  25                 # ::dumpValue($qual);
  26         isa_ok($qual, 'Bio::Seq::PrimaryQual');
  27     @quals = @{$qual->qual()};
  28     if( $DEBUG ) {
  29         warn($qual->id()."\n");
  30
  31         warn("(".scalar(@quals).") quality values.\n");
  32     }
  33     if( $first ) {
  34                 is(@quals, 484);
  35     }
  36     $first = 0;
  37 }
  38
  39 # in October 2004, Carlos Mauricio La Rota posted a problem with descriptions
  40 # this routine is to test that
  41
  42 @quals = 10..20;
  43 # this one has a forced header
  44 my $seq = Bio::Seq::PrimaryQual->new(
  45                     -qual =>   \@quals,
  46                     -header   =>   "Hank is a good cat. I gave him a bath yesterday.");
  47 my $out = Bio::SeqIO->new(-file  =>   ">".test_output_file(),
  48                          -format   =>   'qual');
  49 # yes, that works
  50 is $seq->header, 'Hank is a good cat. I gave him a bath yesterday.';
  51 @quals = @{$seq->qual()};
  52 is scalar(@quals), 11;
  53 ok $out->write_seq($seq);
  54 $seq->header('');
  55 is $seq->header, '';
  56 $seq->id('Hank1');
  57 is $seq->id, 'Hank1';
  58 # yes, that works
  59 ok $out->write_seq($seq);