models/population_proposal.txt

   1 A toolkit for manipulating population data is critical for population
   2 geneticists, epidemiologists, evo-devo and others.
   3
   4
   5 This proposal will outline basic set of objects which are useful for
   6 manipulating population data.  Our primary driving force will be to
   7 process the data generated from the SNP haplotype project.
   8
   9
  10 Population Objects
  11
  12 Bio::Population namespace
  13
  14 Bio::Population::HaplotypeCohortI  a collection (likely) co-inherited
  15                                      markers
  16 Bio::Population::HaplotypeI  -- a score for a particular haplotype
  17                                 cohort or an individual
  18 Bio::Population::GenotypeI   -- a score value for a marker for an individual
  19 Bio::Population::FrequencyI  -- an allele frequency in a Population
  20 Bio::Population::PopulationI -- group of unrelated individuals
  21 Bio::Population::PedigreeI   -- group of related individuals w/ relationships
  22 Bio::Population::IndividualI -- a single identifiable entity with distinct
  23                                 genotypes for markers
  24 Bio::Population::PhenotypeI  -- a trait associated with an individual
  25
  26 Relationships
  27 ---------------
  28 A PedigreeI isa PopulationI
  29 A PopulationI can contain other PopulationIs