t/AlignIO/psi.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id: psi.t 14971 2008-10-28 16:08:52Z cjfields $
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7         use lib '.';
   8     use Bio::Root::Test;
   9
  10     test_begin(-tests => 5);
  11
  12         use_ok('Bio::AlignIO::psi');
  13 }
  14
  15 my $DEBUG = test_debug();
  16
  17 my ($str,$aln,$strout,$status);
  18
  19 # PSI format
  20 $str  = Bio::AlignIO->new(
  21     '-file'     => test_input_file("testaln.psi"),
  22     '-format'   => 'psi');
  23 isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
  24 $aln = $str->next_aln();
  25 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
  26 is($aln->get_seq_by_pos(1)->get_nse, 'QUERY/1-798');
  27 is($aln->num_sequences, 56);